17世紀のドイツのオルガン作曲家は、大きく分けて北ドイツ派と南ドイツ派の2つの流派に分類できる(場合によっては中央ドイツ派という第3の流派が加えられることもある)。様式上の違いは、師弟関係や国際的な影響だけでなく、オルガン製作の伝統の違いにも起因していた。北ドイツのオルガンは塔状の構造でペダル鍵盤を重視しているのに対し、南ドイツやオーストリアのオルガンは窓を中心に配置され、鍵盤の分割を重視しているのが一般的である。
この楽派の創始者とされている作曲家は、オランダの作曲家ヤン・ピーテルスゾーン・スウェーリンク(父ピーテル・スウィベルツゾーンとヴェネツィアのジョゼッフォ・ザルリーノの弟子)である。スウェーリンクは教師としても非常に名声が高く(ドイツでは「オルガン奏者の育成者」として知られていた)、その影響力も大きかった。しかし、17世紀前半にイギリスの鍵盤楽器楽派は衰退し、スウェーリンク以降のオランダの作曲家は、彼のレベルに達していなかった(アントニ・ファン・ノールト)か、ヨーロッパ音楽史に大きな足跡を残すほどの作品を残していない(ピーテル・コルネット)かのいずれかであった。そのため、スウェーリンクの影響は主にドイツにおいて重要であり、ハインリヒ・シャイデマンとゴットフリート・シャイトが彼に師事した最初の主要な作曲家であった。
後世のフランツ・トゥンダー、ゲオルク・ベーム、ヨハン・アダム・ラインケンといった北ドイツの作曲家たちは皆、コラール即興の伝統に根ざした、和声的にもリズム的にも複雑な即興スタイルを培った。オルガン前奏曲(音階の疾走、アルペジオ、複雑な対位法など、数多くの装飾音や装飾音を多用した多部構成の楽曲)やコラール幻想曲(コラールの歌詞の一節全体を音楽化したもので、異なる行ごとに対照的な部分を持つ多部構成の楽曲)といった形式は、ほぼ北ドイツの作曲家によってのみ発展させられた。ディートリヒ・ブクステフーデの作品はこの伝統の頂点を極めたものであり、前奏曲が彼の作品の中核を成している。ニコラウス・ブルーンスはブクステフーデの最も重要な弟子であったが、若くして亡くなったため、彼の作品はごくわずかしか残っていない。
17世紀から18世紀初頭にかけて、北ドイツのオルガンの品質は飛躍的に向上した。これらの楽器は通常、2段以上の鍵盤、ペダル鍵盤、そして幅広いストップを備えていた。大規模な作品の多くは高度なペダル操作技術を必要とし、より大型で多機能なオルガンが適しているため、こうした特徴がこの地域全体に根付いた音楽様式の形成に貢献した。
南ドイツの伝統は、イタリアを旅したり、イタリアの巨匠に師事した作曲家たちによって形作られました。南ドイツ出身の重要な作曲家として最初に挙げられるのは、ヨハン・ヤーコプ・フローベルガーです。彼はイタリアとフランスを訪れ、トッカータ(ジローラモ・フレスコバルディとジョヴァンニ・デ・マックの影響を受けたもの)にイタリアのイディオムを取り入れ、チェンバロ組曲にはフランスのリュート奏者のスタイルであるブリゼを取り入れました。また、彼は組曲の標準的な形式を確立した最初の人物でもあり、この形式は後に南ドイツと北ドイツの両方の作曲家によって用いられることになります。フローベルガーの影響はヨーロッパ全土に及び、未来まで長く続きました。ベートーヴェンの師であるアルブレヒツベルガーはフローベルガーの作品を知り、尊敬しており、モーツァルトの手によるフローベルガーの作品の一部が現存しています。
フローベルガーには目立った弟子はいなかったが、もう一人の重要な南ドイツ出身の作曲家、ヨハン・カスパー・ケルルは教師として名声を博し、多くの作曲家に影響を与えた。ケルルは当初、ウィーンで活動していたイタリア人作曲家ジョヴァンニ・ヴァレンティーニに師事し、その後イタリアへ旅し、ヨーロッパの多くの地域を訪れた。ケルルの影響力はフローベルガーに比べると短命だったかもしれないが(ここで最も重要なのは、ヘンデルがケルルの作品を頻繁に借用したことである)、南ドイツ音楽の最高峰とされるニュルンベルク生まれのヨハン・パッヘルベルの模範となり(そしておそらくは師でもあった)、彼の作品は南ドイツ音楽の伝統の頂点と言える。
典型的な南ドイツのオルガンは北ドイツのオルガンとは異なり、ストップは12個か20個程度しかなく、鍵盤は1つしかなく、ペダルがないこともありました。これは多くのイタリアの楽器とよく似ています。南ドイツの作曲家の音楽は概して、旋律、和声の明瞭さ、音色に重点を置いています。ジャンル的にはイタリアのモデルが採用され、即興的な前奏曲の一種であるトッカータや、シャコンヌやパッサカリアといったオスティナート変奏曲のドイツ版が生まれました。おそらく最後の重要な南ドイツの作曲家は、パッヘルベルの弟子であるヨハン・ハインリヒ・ブットシュテットでしょう。彼は師の確立した傾向を受け継ぎましたが、大きな名声を得ることはありませんでした。彼の作品の多くは現在失われているようです。