偽装した分類群

細菌属のShigellaは、毎年100万人以上が死亡する可能性のある重篤な感染症である細菌性赤痢の原因です。 ^{[ 3 ]}この属（S. dysenteriae、S. flexneri、S. boydii、S. sonnei ）は、一般的な腸内細菌であるEscherichia coliから進化しており、この種は側系統群となっています。E . coli自体も重篤な赤痢を引き起こす可能性がありますが^{[ 4 ]} 、 E. coliとShigellaの遺伝子構成の違いにより、異なる病状と症状を引き起こします。^{[ 2 ]}

大腸菌は、ゲノムの20%しか共通しない株もあるため、分類が困難な種である。この種は非常に多様であることが判明しており、理想的にはさらに細分化されるべきである。しかし、大腸菌と赤痢菌に関連する疾患が存在するため、医療現場での混乱を避けるために再分類は複雑化している。そのため、ゲノム解析の結果は別の可能性を示唆しているにもかかわらず、赤痢菌と大腸菌のいくつかの亜種は未分類のままとなっている。

同様に、B. cereusグループのBacillus種( B. anthracis、B. cereus、B. thuringiensis、B. mycoides、B. pseudomycoides、B. weihenstephanensis、B. medusa ) は 99～100% 類似した 16S rRNA 配列を持ち (97% は一般的に適切な種の限界として引用される)、単一の種とみなされるべきである。^{[ 5 ]}このグループのメンバーの中には、タンパク質をコードするプラスミドを獲得することによって他のBacillus株から生じたと思われるものもあり、そのためこのグループは多系統群である可能性がある。炭疽病などの医学的理由から、現在の別々の種の配置はそのまま維持されている。^{[ 5 ]}

• 細菌属Pseudomonas は、分類学的方法の数世代を経て拡大し、種の数は驚くべき規模に達し、20 世紀半ばまでに約 800 種が認識されるようになりました。^{[ 6 ] [ 7 ]}窒素固定細菌であるAzotobacter属とAzomonas macrocytogenes種は、Pseudomonas属の種から進化しました。^{[ 8 ]}その窒素固定能力と特異な特徴により、Azotobacter は「偽装したPseudomonas」と表現されています。^{[ 1 ]}
• バチルス属は微生物学の歴史の初期に記載された属であり、遺伝的に非常に多様な266種を含む大きな属です。^{[ 9 ]}パエニバチルス属とブレビバチルス属は、バチルス属の中に含まれるクレードです。^{[ 10 ]}バチルス属は医学的に非常に重要であり、パエニバチルス属は研究で使用されるモデル生物であるため、系統発生を反映するように名前を変更すると混乱が生じます。