主要登場人物 注記 ↑ ミシェル・モーガンが『ゴースト・イン・ザ・マシーン』で演じた役。 ↑ 最初の3話のみレギュラーとしてクレジットされている。 ↑ シーズン2の「ランナー」にゲスト出演した後、すぐにレギュラーに昇格する。 ↑ シーズン2の最初の3エピソードではゲストとしてクレジットされ、その後レギュラーに昇格した。
ジョン・シェパード ジョー・フラニガン 演じるジョン・シェパードは、 アメリカ 空軍中佐（シーズン1では少佐）である。アフガニスタンで経験豊富で有能なアメリカ空軍士官だが、数名の米兵の命を救おうとして直接命令に背いたことで、評判はやや傷ついている。近くの古代防衛施設に設立された研究基地へジャック・オニール准将を輸送するよう命じられたシェパードは、偶然にもATA遺伝子（古代技術を活性化するために必要な遺伝子因子）を持っているだけでなく、それを生まれつき使いこなせることに気づく。多少の迷いはあったものの、最終的にアトランティスへの探検隊に加わるが、マーシャル・サムナー大佐はシェパードの任務参加に不満を抱いていることをはっきりと示している。シーズン1では、シェパードは少佐として任務に就き、後にサムナー大佐の死後、軍司令官となる。シーズン2では、シェパードは最終的に中佐に昇進し、アトランティスの軍事司令官の地位を維持しながら、アトランティス探検隊のチーム、第一アトランティス偵察チーム（AR-1）のチームリーダーを務める。
エリザベス・ウィアー トーリ・ヒギンソン 演じるエリザベス・ウィアー博士は 、民間人であり、アトランティス探検隊の初代リーダーでもあり、最初の3年間その職を務めた。SGCに入隊する前、ウィアーはサイモン・ウォレスという男性と婚約していたが、ウォレスがSGCへの入隊を拒否したため婚約は解消された。ウィアーは、スターゲイトSG-1シーズン7の最終エピソード「ロスト・シティ パート1」でジョージ・ハモンド将軍が異動になった後、SGCの責任者を務め、スターゲイトSG-1シーズン8のエピソード「ニュー・オーダー パート2」で退隊するまでSGC司令官の職を務め、新たに昇進したジャック・オニール准将が後任となった。SGCを去った後、ウィアーは南極に向かい、南極で発見された古代の防衛施設、SG-1が「ロスト・シティ パート2」で発見した古代都市アトランティスを調査する調査特使を率いる。ウィアーは最終的に、スターゲイトを通って失われた都市アトランティスを探査するために派遣されたアトランティス探検隊を率いることになる。ウィアーは外交官であり指導者であり、自分と自分の民に利益をもたらすことを期待して決断を下すことが多いが、時折、他の者と衝突することもある。アトランティス シーズン3の最終話「ファーストストライク」では、探検隊の敵であるアスラン人が作ったビームがアトランティスのコントロールルームを標的にしたため、ウィアーは昏睡状態に陥る。ウィアーは生き延びるが、スターゲイト アトランティス シーズン3のエピソード「プロジェニー」で体内に残されたナノマシンが再活性化されたため、一部レプリケーターとなる。ウィアーは最終的に、スターゲイト アトランティス シーズン4のエピソード「ライフライン」でシェパードと彼のチームが脱出するのに十分な時間を与えるために自らを犠牲にするが、その後の運命は不明である。しかし、シーズン5のエピソード「ゴースト・イン・ザ・マシン」ではレプリケーターとして再び登場する。アトランティス探検隊のリーダーとしての彼女の地位は、後にサマンサ・カーター中佐に引き継がれ、カーターが地球に帰還した後はリチャード・ウールジーに引き継がれる。
サマンサ・カーター アマンダ・タッピング 演じるサマンサ・“サム”・カーターは 、天体物理学者であり、アメリカ空軍大佐である。サマンサ・カーターは、SGCの旗艦チームであるSG-1のメンバーであり、10年間そこに勤務している。カーター自身は、大尉、少佐、中佐の階級を経て、スターゲイトSG-1でのオリ紛争終結後の不明な時点で、大佐に昇進し、最終段階の完成を監督するためにミッドウェイ宇宙ステーションに転属する。アトランティスのシーズン4の初めに、IOAはカーターをアトランティス遠征隊の新しい司令官に任命する。シーズン5の最初のエピソードの終わりに、カーターは最後のバアル・クローンに関するトクラ抽出式典のために地球に呼び戻され、最終的にリチャード・ウールジーがアトランティス遠征隊の新しい司令官として彼女に代わって就任する。
リチャード・ウールジー ロバート・ピカード が演じるリチャード・ウールジーは、NIDの元メンバーであり、 IOA の米国代表である。ウールジーは、レイスとの同盟が失敗に終わったことを説明するため、ウィアー博士を地球に呼び戻したIOAの委員会の一員である。彼はウィアーを心から尊敬しており、彼女の行動を擁護しようとするが、IOAの同僚に従わなければならない。IOAは、ウィアーの指揮能力を評価するために彼をアトランティスに派遣する。ウィアーの能力を評価する際、彼は探検隊のメンバーにあまり良い印象を与えなかった。しかし、最終的にはウィアーに有利なように修正された報告書をIOAに送り、彼女がアトランティスの指揮官であり続けるようにすることで、ウィアーの側に立つ。ウールジーは、前任者のカーター大佐が異動になった後、シーズン5の冒頭でアトランティス探検隊に正式に加わる。
ロドニー・マッケイ ロドニー・マッケイまたはメレディス・ロドニー・マッケイ（ デヴィッド・ヒューレット 演）は、アトランティス探査隊の主任科学士官であり、探査隊の主要チームである第一アトランティス偵察チーム（AR-1）のメンバーです。マッケイ博士は、スターゲイトシリーズの中でも最も傲慢で尊大な人物の一人です。かつてメンサの会員であると自称し、「かくれんぼ」でウィアー博士とカーソンが交わした会話の中で、自分は街で一番賢い人間だと信じています。彼のチームメンバーにとってさらに厄介なのは、他の多くのキャラクターほどの知恵は持ち合わせていないものの、純粋な知性、あるいは少なくとも時折見せる洞察力やひらめきという点では、彼は他のキャラクターよりも優れているということです。彼のいらだたしい態度にもかかわらず、アトランティス探検隊の多くのメンバーは彼と友好的な関係を築いており、マッケイは安定した人間関係を維持し、一緒に働く人々と親密な関係を築いている。彼は疎遠になっている妹のジーニー・ミラー（デヴィッド・ヒューレットの実の妹で女優のケイト・ヒューレット が演じる）へのメッセージの中で、彼らを擬似家族と呼んでいる。
ロノン・デックス ジェイソン・モモア 演じるロノン・デックスは 、サテダの戦士であり、サテダ軍のスペシャリストの階級を持つ隊員である。ロノンがアトランティス探検隊と初めて接触する約7年前、レイスがサテダを襲撃した。ロノンはメレナと共にレイスと戦うために残ったが、レイスはサテダ軍を破り、メレナはロノンの目の前で爆発に巻き込まれて死亡した。その後、ロノンはレイスに捕らえられ、レイスは彼を餌食にする代わりにランナーに変え、背中上部に追跡装置を埋め込み、常に追われるように放った。ロノンは後にシェパードのチームAR-1の正式メンバーとなり、レイスの酵素に中毒になったエイダン・フォードに代わってアトランティスから離脱した。
テイラ・エマガン レイチェル・ラトレル 演じるテイラ・エマガン は、ペガサス銀河の惑星アトス出身の農耕民、狩猟民、商人からなる人類の種族、アトス人のリーダーである。レイスがアトスを襲撃した後、テイラとアトス人はアトランティスに定住する。「疑惑」での摩擦により、アトス人はアトランティスを離れ、本土に定住する。テイラはシェパードのチームに留まるが、その後、さまざまな脅威に直面した際に、本土からのアトス人の避難を何度か手伝う。シーズン1の「贈り物」で、テイラとアトランティス探検隊は、彼女の祖先がレイスの科学者によって人体実験を受けていたこと、そしてテイラがレイスのDNAを微量に持つ数少ないアトス人の一人であり、それによってテレパシーネットワークを通じてレイスを感知できることを知る。テイラは遠征隊の主力チームであるAR-1のメンバーでもあり、白兵戦にも長けている。
カーソン・ベケット ポール・マクギリオン 演じるカーソン・ベケットは 、アトランティス探検隊の初代主任医療責任者である。ベケットは古代技術活性化（ATA）遺伝子を持って生まれ、この遺伝子を持つ者は古代技術にアクセスできる。スターゲイト アトランティスの冒頭では、ベケットは医学に精通した医師であり、古代遺伝子を発見したばかりである。エリザベス・ウィアーは彼をアトランティス探検隊に選抜し、南極にある古代の前哨基地に配属した。そこは、スターゲイト SG-1 シーズン7の最終話「失われた都市」でSG-1チームが宿敵アヌビスを倒した場所である。「かくれんぼ」では、彼はATA遺伝子を通常の人間に模倣する遺伝子治療を開発し、成功率は48%である。その後、シーズン3の「ミスビゴッテン」でベケットが惑星M8G-352で捕らえられた際、マイケルはクローンを作るためにベケットのDNAの一部を採取した。シーズン3のエピソード「日曜日」 で、ベケットは腫瘍の爆発によって死亡するが、彼のクローンが後にアトランティスチームに加わるために戻ってくる。
エイデン・フォード レインボー・サン・フランクス 演じるエイデン・フォードは、 アメリカ海兵隊の 中尉である。フォードは以前スターゲイト・コマンド（SGC）に所属しており、シーズン1の開始時点では25歳である。フォードが言及する家族は祖父母のみである。フォードは「ライジング」の出来事の後、ジョン・シェパードの副官を務めていたが、シーズン2の「包囲戦 パート3」でアトランティスへのレイスの攻撃中にレイスに襲われ、レイスに捕食される。爆発した手榴弾によって彼らはビルから海に吹き飛ばされ、意識を失ったフォードの体とまだ体に付着したレイスは、約1時間後に回収される。フォードは中毒性のあるレイスの酵素の過剰摂取から生き延びたと診断され、その結果、精神的および肉体的な変化が起こり始め、その一つとして左目が完全に黒くなる。彼は最終的にアトランティスを永久に去り、より多くの酵素を手に入れるための旅に出る。彼はシーズン2の途中で再び登場し、シェパードのチームを捕らえ、ハイブシップの破壊に協力するよう彼らを勧誘する。しかし、任務は順調に進まず、フォードの部下の多くが死亡または捕虜となる。フォードが乗っていたハイブシップは間もなく破壊され、フォードは死亡したと推測される。
ジェニファー・ケラー ジュエル・ステイト 演じるジェニファー・ケラーは 、アトランティス探検隊の主任医療責任者であり、前任者のカーソン・ベケット博士の後任となる（ただし、ケラーは多少ためらいながらもその役職を引き受ける）。15歳で高校を卒業したケラーは、同級生より3年も早く、18歳の誕生日を迎える前に学士号を取得している。アトランティスの主任医療責任者に就任したケラーは、アスラ人のビーム兵器で重傷を負ったエリザベス・ウィアー博士を救うために奮闘し、まさに試練の洗礼を受けることになる。その後、ケラーはロドニー・マッケイに、ウィアーの血流中に存在する今は活動停止状態のレプリケーター・ナナイトを使えば彼女を救えることを伝える。シーズン5の終盤、彼女はマッケイと恋愛関係になるが、シリーズ最終回での二人の関係は明らかにされない。
地球の繰り返し登場キャラクター
繰り返し登場する科学者キャラクター ビロ 博士（リンジー・コリンズ演、シーズン1 ～ 3）は、 ベケット博士のチームの病理学者 。 「ホットゾーン 」では、ナノウイルスによって死亡した人々の検死を 行う。「コンバージョン」では、シェパード大佐を イラタス虫 に変えていたレイス・レトロウイルスを治療する方法を見つけるための医療会議に参加する。シーズン3の「サンデー 」にも登場する。ケイティ・ブラウン 博士（ブレンダ・ジェームズ 演、シーズン2 ～ 4）- 「 デュエット 」で初登場する植物学者 。レイスの転送装置での事故によりローラ・キャドマンの精神が体と入れ替わったロドニー・マッケイ とデートする。マッケイの不器用さに苛立ったキャドマンは彼の体を乗っ取り、キスをしてデートを終える。「サンデー 」では、マッケイはそのデートの後1年間彼女を避けていたことが明らかになるが、そのエピソードでは植物学研究所で一緒に昼食をとる。「タブラ・ラサ 」の頃には、彼女が彼の名前を植物につけたことで、二人は恋人同士になる。「隔離 」では、マッケイはケイティにプロポーズしようとして閉じ込められる。しかし、都市封鎖の経験の後、彼はプロポーズを延期することにする。「トリオ 」では、マッケイはケイティが自分の行動を別れ話だと勘違いしたことを明かす。彼女はそれ以来彼と話しておらず、地球への帰還を要請した。
クレイグ・ヴェローニが ピーター・グローディンを演じた。クレイグ・ヴェローニ が演じるピーター・グロディン 博士（シーズン1）– アトランティス探検隊のイギリス人民間科学者。 「ライジング 」で、南極の前哨基地で古代の技術を研究する ウィアー博士 のチームの一員として登場。シーズン1では、アトランティスの制御室で都市を監視し、都市で問題が発生した場合にチームを指導する。また、都市の最新の活動についてウィアーに報告する。「包囲」では、グロディンは古代の防衛衛星に残り、3隻の レイス・ ハイブシップの接近に対抗する。衛星は故障する前にハイブシップの1隻を破壊し、残りのハイブシップがグロディンを乗せたまま衛星を破壊する。ケイト・ハイトマイヤー 博士（クレア・ランキン 演、シーズン1 ～ 4）- アメリカ人心理学者 。初登場は「贈り物 」で、レイスに関する不穏な夢についてテイラと話をする。ベケット 博士の助けを借りて、催眠術でテイラを導き、レイスのテレパシーネットワークにアクセスできるようにする。「デュエット 」では、ローラ・キャドマンの精神と体を共有するという異常な状況についてマッケイに助言する。「マイケル 」では、レイスから人間になったマイケルに、なぜレトロウイルスを使用したのかを説明しようとする。「エコー 」では、幻覚を見ているらしいアトランティス探検隊のメンバー数人と話をする。ハイトマイヤーの最後の登場は「ドッペルゲンガー 」で、ジョン・シェパードの姿をした生きたクリスタルからの存在に感染するが、その存在はなぜかシェパードの暗い側面を現す。その存在は、アトランティスの中心にある尖塔から飛び降りて死ぬという、極めて鮮明な悪夢を彼女に見せ、眠っている間に彼女を殺害する。ピーター・カヴァナ 博士（ベン・コットン 演、シーズン1 ～ 2、4 ～ 5）- アメリカ人科学者。SGCでの前職のように軍人ではなく民間人のリーダーの下で働く方が自分には合っているだろうと考え、アトランティス探査隊に参加することを決めた。カヴァナは、シーズン1の「38分」で、パドルジャンパーが稼働中の スター ゲイトに閉じ込められた シェパード のチームを支援するチームの一員である。カヴァナがチームの前で自分を辱めたとしてウィアー博士 を非難すると、ウィアー博士は仕事に戻らなければ彼を不毛の惑星に一人で追放すると脅す。「ペガサスからの手紙」では、地球にいる愛する人に個人的なメッセージを録音する代わりに、カヴァナは オニール将軍 にメッセージを録音し、到着以来ウィアーが間違ったことをしたと思うことをすべて詳しく述べる。ロドニー・マッケイは 「贈り物 」でカヴァナフの意見に賛成し、アトランティス探検隊の科学者たちは留まって迫りくるレイス と戦うべきではないと述べる。カヴァナフは包囲戦の後アトランティスを去るが、どちらの場所でも歓迎されていないと感じ、地球とアトランティスの間を何度も往復して仕事をする。[ 5 ] 臨界質量 」で地球に向かう途中のダイダロス号 に乗っており、アトランティスを破壊した最有力容疑者となるが、後に無罪となる。カヴァナフはシーズン4の「ミッドウェイ 」でミッドウェイ宇宙ステーションの乗組員の一員として登場し、ミッドウェイ宇宙ステーションへの侵略中にレイスに人質に取られる。カヴァナフはミッドウェイ宇宙ステーションの破壊を引き起こし、生き残り、ダイダロス号 に救助される前に他の者たちと共にジャンパー脱出ポッドで脱出する。彼はまた、シリーズ最終話「門前の敵」で ダイダロス号 の乗組員として登場する。エリー・ハーヴィーは リンジー・ノヴァクを演じた。
スターゲイトの クロスオーバーキャラクター『スターゲイト SG-1』 での役柄でよく知られているキャラクターが何人か、『アトランティス』 にも登場している。彼らは以下の通りだ。
繰り返し登場するエイリアンキャラクター
古代人 古代人は スターゲイト・ ネットワークの元祖であり、スターゲイトSG-1 の時代には肉体を超越し、より高次の存在へと昇華して いる。地球の人類は古代人の「第二進化」である。古代人（元々はアルテラン と呼ばれていた）は数百万年前に天の川銀河を植民地化し、偉大な帝国を築いた。彼らはペガサス銀河も植民地化し、そこに人類の種を蒔いたが、レイス によって追放された。天の川銀河における古代人の文明は数千年前に疫病によって壊滅し、昇華を学ばなかった者は滅びた。ごく少数の例外を除き、昇華した古代人は自由意志を尊重し、（いくつかの例外を除き）物質銀河の事柄に干渉することを拒否している。しかし、彼らの遺産はスターゲイトの世界全体に深く影響を与えており、スターゲイトや アトランティス といった彼らの技術から、異種交配によって人間のゲノムに導入された古代技術活性化遺伝子に至るまで、その影響は多岐にわたる。
ジャヌス （ギルダート・ジャクソン演、シーズン1）– 1万年前のレイス によるアトランティス の最初の包囲戦の時代に生きた古代の科学者。時間と変化を象徴する二つの顔を持つローマ神、 ジャヌス にちなんで名付けられた。ジャヌスはシリーズでは「Before I Sleep 」に一度しか登場しないが、彼と彼の発明品は 「スターゲイト アトランティス 」と「スターゲイト SG-1」 の両方で繰り返し言及されている。アトランティス最高評議会の命令に反して、ジャヌスはタイムマシン を作り、それをパドルジャンパーに組み込んだ。「Before I Sleep 」で偶然タイムトラベルしたもう一人のエリザベス・ウィアーはジャヌスに出会い、助けを求めるが、アトランティス評議会はタイムラインに損害を与えるリスクを冒したくなかった。ジャヌスは上司の命令に背き、ウィアーが静止状態で残るのを助け、未来の自分が街を救うのを手伝うことができるようにした。ヤヌスは仲間の古代人と共に地球へ旅立つ前に、タイムトラベルが可能な別のパドルジャンパーを建造することを望んでいる。[ 17 ] SG-1の エピソード「王様になるのはいいことだ 」で天の川銀河でそのようなパドルジャンパーを発見し、「 メビウス 」でそれを使用する。「失われた部族 」で明らかになったように、ヤヌスはアトランティスの秘密研究所に隠したアテロ装置の作成にも責任を負っていた。メリア （シーズン1ではメリア・マクルーア が演じる） - 約1万年前のアトランティスの最初の包囲戦の際にアトランティス 高等評議会のメンバーだった。彼女は「ライジング 」でホログラムとして初登場し、ペガサス銀河の古代人の歴史を語る。エピソード「ビフォア・アイ・スリープ 」では、メリアはタイムトラベルしてきたエリザベス・ウィアー の別バージョンに、レイスによるアトランティスの包囲 戦について説明する。ウィアーとヤヌスに同情しながらも、メリアは評議会の他のメンバーと共に、ウィアー博士を元の時代に戻さないことに同意する。メリアは最後に、仲間の古代人たちと共にスターゲイトを通って地球に戻る姿が描かれている。
アスラ人 スターゲイト アトランティス シーズン3のエピソード「子孫 」で初登場した、ナノマシンで構成された人工生命体。スターゲイト SG-1 の人間型レプリケーターに似ているため、作中でもそのように呼ばれている。アスランは古代人 がレイスに対抗するために創造したが、最終的には危険すぎるとして古代人に見捨てられ、滅ぼされたと思われた。しかし、古代人が期待していたようなレイスに対する武器にはならなかった。極めて攻撃的なナノマシンのごく一部が生き残り、やがて高度な文明を築き上げた。
シーズン4では、ロドニー・マッケイが アスラン人の攻撃コードを発動させ、アスラン人がレイスを攻撃するが、これは最終的にペガサスの全住民を脅かす事態となる。なぜなら、レイスを倒すための歪んだ論理は、彼らの食料源（つまり人間）を根絶することだったからだ。人間にとって危険な存在となったアスラン人は、最終的に「Be All My Sins Remember'd 」というエピソードで滅ぼされる。
ニアム（ ジョン・オキャラハン 演、シーズン3）– アシュランの一派のリーダーで、彼らの目標は昇天であるべきだと信じている。シーズン3の「子孫」で エリザベス・ウィアー とそのチームと出会い、オベロスに彼らを生かすよう説得する。ニアムはアトランティスチームに、アシュランの攻撃性の基本コードを削除するよう依頼する。彼はそれが昇天を妨げていると考えている。彼がパドルジャンパーで彼らと共にアトランティスへ逃げる際、仲間たちは彼の裏切りに気づき、彼のプログラムをリセットする。アトランティスチームは彼を宇宙に放り出すことを余儀なくされる。「帰還 」では、シェパードとそのチームが軌道上からニアムの動かない体を回収し、彼の中にあるレプリケーターの基本コードにアクセスしてアシュランの侵略者を無力化しようとする。その過程でニアムが予期せず目覚めると、マッケイは対レプリケーター銃で彼を消滅させる。オベロス（ デイビッド・オグデン・スティアーズ 演、シーズン3 ～ 4）- アシュランのリーダーであり、アトランティス探検隊 の敵。初登場は「プロジェニー」で、エリザベス・ウィアー とそのチームに、レイスに対する同盟には興味がないと告げる。彼らがアトランティスに住んでいることを知ると、アシュランの都市船にアトランティスを攻撃するよう命じ、ランティア上空で自爆する都市船に乗っていた。「ファースト・ストライク 」では、オベロスはレプリケーター集合体から肉体を再構築し、アトランティスを何としても破壊しなければならない脅威とみなす。「ライフ ライン」では、ウィアー（レプリケーターのナノマシンで維持されている）がオベロスと接触し、シェパードたちが目的を達成するのに十分な時間を稼ぐために彼を騙すが、オベロスは最終的にウィアーの支配を打ち破り、彼女を捕らえる。シリーズの中で、レプリケーターは初登場のエピソード（「子孫」）では何度かアスラン人と呼ばれているが、それ以降は常にレプリケーターと呼ばれている。
アトス人 アトス人は 、惑星アトス出身の狩猟民、農民、商人からなる集団です。「ライジング 」で初登場した彼らは、ペガサス銀河でアトランティス探検隊が遭遇した最初の人類です。アトス人はかつて高度な技術を持っていましたが、レイスを避けるために産業革命以前の状態に戻ってしまいました。探検隊との接触後、アトス人はランティアに移住し、リーダーのテイラ・エマガン はシェパード少佐のチームに加わります。「ザ・ギフト 」では、一部のアトス人がレイスのDNAを持っていることが明らかになります。これは、人間をより「食べやすく」するためのレイスの古い実験の結果です。これにより、これらの人々はレイスの存在を感じ、テレパシーによる コミュニケーションにアクセスし、レイスのテクノロジーを制御することができます。シーズン3のエピソード「ザ・リターン 」では、地球からアトランティスを取り戻そうとする生き残った古代人のグループによって、アトス人はランティアから去るように求められます。その後、「行方不明 」のエピソードで、ニューアトスからアトス住民が姿を消したことが判明する。行方不明になったアトス住民の捜索と、彼らが凶悪なレイス・マイケルの手にかかる運命は、シーズン4終盤の主要なストーリー展開に繋がる。
クリストファー・ヘイエルダールは、 ハリングとトッド・ザ・レイスの両方を演じた。クリストファー・ヘイエルダール が演じるハリング （シーズン1、4）– アトス人の地位のある男性で、ジントの父親。 「ライジング 」では、アトランティスのチームと出会い、テイラに会うために自分の村へ案内する。レイスによる粛清で捕らえられた数人のアトス人の一人であり、後にシェパード少佐 に救出される。その後、ハリングは他のアトス人と共にアトランティスへ移住する。 「38分 」でテイラが水たまりジャンパーに閉じ込められたとき、ハリングはウィアーに、テイラの死の準備を手伝わせてほしいと頼むが、ウィアーは拒否する。 「疑惑 」では、アトス人がレイスと協力する可能性について質問されると、ハリングは怒って反応する。彼は後に、アトランティス探検隊における自分たちの民族の立場についてテイラに懸念を表明し、テイラの意向に反してアトス人が本土へ移住することをエリザベス・ウィアー博士に知らせる。シーズン4では、ハリングは他のアトス人と共にレイス・ マイケル に誘拐される。[ 18 ] [ 19 ] アトランティスチームは「ザ・キンドレッド 」で、他の捕虜となったアトス人と共に彼を発見し解放する。クリストファー・ヘイエルダールは以前、スターゲイトSG-1 のエピソード「リビジョンズ 」で人間の異星人パランとして登場し、その後アトランティスで繰り返し登場するレイス「 トッド 」を演じた。カナーン（ パトリック・サボンギ 演、シーズン4 ～ 5）- アトス人で、名前が初めて明かされるのは「行方不明 」。テイラは彼を「生まれながらのリーダー」だが「過度に慎重な性格に悩まされている」と評している。彼とテイラは幼い頃からの友人だが、最近になって交際を始めた。カナーンが初めて画面に登場するのは「キンドレッド 」で、テイラと同じようにレイスを感知する能力を持っていることが明らかになる。この能力は、子供の頃に二人の絆を深めたものだ。このエピソードでは、彼はテイラにテレパシーで助けを求めているように見えるが、これはマイケル が彼女の子供を手に入れるための罠であることが判明する。カナーン自身はマイケルによって人間とレイスのハイブリッドに変えられてしまったが、テイラは彼の本当の姿にたどり着くことができる。「捜索と救助 」では、彼はテイラと彼女のチームがマイケルの巡洋艦から脱出するのを助ける。 「ザ・シード 」では、カナーンはカーソン・ベケットのレイス・レトロウイルスを使って元の姿に戻ったが、IOAの命令で本土の他の元ハイブリッドたちと共に収容されていることが述べられている。リース・トンプソン とケイシー・デュボア が演じるジントとウェックス （シーズン1）は、 アトス人の少年で親友同士。初登場は「ライジング 」で、森で遊んでいると、サマー大佐率いるアトランティスの偵察隊に遭遇する。「かくれんぼ 」では、他のアトス人と共にアトランティスに移住した二人は、遊びに部屋を抜け出す。ジントは知らずに古代人の転送装置の中に隠れてしまい、街の別の場所にテレポートされる。そこで彼は古代人の装置を見つけ、誤って中に閉じ込められていたエネルギー生物を解放してしまう。シェパードは最終的にジントが使った転送装置を見つけ、少年を父親のもとに連れ戻す。チャリン（ ブレンダ・マクドナルド 演、シーズン1 ～ 2）- アトス人の長老で、テイラ・エマガンの旧友。テイラが子供の頃、祖先 の歌を歌いながらチャリンの絵を描いていた。テイラはチャリンのタットルルートスープが好きで、自分でレシピを学んでいる。[ 1 ] [ 20 ] 贈り物 」で、チャリンはテイラに、自分がレイスを感じ取れるのは、祖先の一人がレイスに連れ去られ、その後不可解にも以前とは違う姿で戻ってきたからだと話す。「臨界量」で、チャリンの心臓は衰弱しているが、 ペースメーカーを 拒否し、代わりにテイラに自分の死を祝うために指輪の儀式を行ってほしいと頼む。テイラへの最後の言葉は「私たちの旅が始まる」である。
ジェニ ジェニイは 一見すると普通の農民のように見えるが、実際は1940年代後半の地球に匹敵する技術を持つ軍事社会である。「アンダーグラウンド 」で初登場したジェニイは、レイスの攻撃により地下壕に身を隠すことを余儀なくされた。それ以来、彼らはレイスに反撃するための核分裂爆弾などの技術開発に力を注いできた。彼らはシーズン1でアトランティス探検隊の敵となり、一度アトランティスへの侵略を試みたが [ 21 ] [ 22 ] 、シーズン2のクーデター 以降は都市に対してより好意的になっている[ 23 ] 。
コーウェン 主任、コルム・ミーニー 演（シーズン1 ～ 2）- 『スターゲイト アトランティス』 の最初の2シーズンにおけるジェニイのリーダー。「アンダーグラウンド」では、 ジョン・シェパード とロドニー・マッケイが ジェニイの地下バンカーを発見した後、アトランティス探検隊 との同盟に同意する。彼は、ハイブシップからレイスのデータストレージ装置を入手するための共同任務を承認する。任務の最後に、彼はアトランティスチームを裏切ろうとするが、シェパードは彼の動きを予測し、彼のチームはデータストレージ装置を入手する。「嵐 」では、コーウェンは、部隊の準備が整っていないというコーリャの反対にもかかわらず、アカストゥス・コーリャ司令官にアトランティスへの攻撃を開始するよう命じる。「クーデター」では、コーウェンは ATA遺伝子 にアクセスするために、ローン少佐率いるアトランティスチームを誘拐する計画を立案する。彼はまた、ラドン・ラディムをアトランティスに送り込み、シェパードとそのチームを罠に誘い込むため、あたかも自分に対するクーデターを企てているかのように見せかける。しかし、ラドンの真の目的はコーウェンを失脚させることであり、コーウェンが拠点としていた倉庫の地下に核爆弾を仕掛ける。爆弾によってコーウェンと彼の護衛は全滅し、ラディムがジェニイのリーダーとなる。アカスタス・コーリャ（ ロバート・ダヴィ 演、シーズン1、3、5）– 「 嵐 」で登場した冷酷なジェニイの軍事指導者。番組の最初の3シーズンでは、アトランティス探検隊（特にジョン・シェパード ）の執拗な敵対者。コーウェンがコーリャと兵士にアトランティス侵攻を命じた「嵐 」と「目 」でのコーリャの敗北後、コーウェンの寵愛を失い、独自の行動に出る。コーリャは「兄弟団 」でシェパードと彼のチームを捕らえるが、シェパードは後に無防備なコーリャを見逃し、次回は許さないと告げる。その後コーリャは姿を消し、死亡したと推定される。「クーデター 」では、ラドン・ラディムがコーウェンが彼を殺したと信じている。コーリャは「コモン・グラウンド 」で再登場し、シェパードを捕らえてラディムと交換し、ジェニイ政府を自ら乗っ取ろうと企む。シェパードはすぐに脱出し、コーリャと再会したら即座に射殺すると誓う。コーリャとシェパードは「無責任 」で偶然再会するが、コーリャはまたしてもシェパードに出し抜かれる。コーリャが降伏を拒否すると、シェパードは早撃ちで彼を射殺する。シーズン3で死亡したと思われたこのキャラクターは、シーズン5のエピソード「残骸」で復活するが、これ は最終的にエイリアンの技術によって作り出された幻覚であることが明らかになる。ライアン・ロビンスは ラドン・ラディムを演じた。ラドン・ ラディム（ライアン・ロビンス 演、シーズン1 ～ 3）– 「 嵐 」と「目 」でアカスタス・コーリャの補佐官として初登場。コントロールルームからアトランティス侵攻作戦を指揮。ジョン・シェパードが スターゲイトシールドを上げるためにラディムを気絶させ、途中で55人のジェナイ増援部隊を殺害。ラディムは他のジェナイと共に都市から撤退。「クーデター」では、ラディムはコーウェンに対するクーデターの物資支援と引き換えにZPMを提供するという申し出をアトランティスに持ちかける。シェパードと彼のチームがZPMを盗もうとして捕らえられた後、これはコーウェンの策略であることが明らかになる。しかし、ラディムはベケット博士が妹とアトランティスにいる他のジェニーの人質を放射線病から治したという知らせを受けると、実はクーデターを計画していたことを明かし、隠された核爆弾でコーウェンと彼の精鋭護衛を殺害する計画を実行する前にアトランティスチームを解放する。ラディムはジェニーの領土で死者が出なかったため「無血クーデター」と称してジェニー政府を掌握する。 「コモン・グラウンド 」でシェパードがコーリャに捕らえられた後、ラディムは新興政府への脅威を無力化できるという見込みに少なからず動機づけられ、アトランティスへ支援に向かう。コーリャはシェパードと引き換えにラディムを引き渡すよう要求する。しかし、ラディムはコーリャの基地を見つけ出し、シェパードの救出を可能にする。ラディムは「ザ・リターン」で再び登場し、古代人の一団によってアトランティスから追放された ロノン・デックス とテイラ・エマガン に、ジェニイの一員になるよう申し出る。二人はその申し出を断るものの、その後テイラはロノンに、アトランティス探検隊なしでは、ジェニイと協力することが銀河にとって最良の希望かもしれないと語る。ソラ（ エリン・チェンバース 演、シーズン1）– ジェニーの兵士でタイラスの娘。テイラ・エマガンは 幼い頃からソラを知っており、友人だと考えている。[ 24 ] 「アンダーグラウンド 」では、レイスのデータストレージデバイスを入手するためのアトランティスとジェニーの合同任務から取り残されたソラは不満を抱いている。チームが父親のタイラスをレイスのハイブシップに残さざるを得なくなった後、ソラは父親の死をテイラのせいにする。2部構成のエピソード「嵐 」と「目」では、ハリケーンのために都市の大部分が避難した際に、 アカストゥス・コーリャ のチームの一員としてアトランティスを奪取するために派遣される。テイラが都市に入ったことを知ると、ソラはコーリャの命令に背き、父親の死の復讐に向かう。しかし、テイラは一対一の戦闘でソラに勝つが、殺すことは拒否する。二人は協力して、嵐が襲来する前に負傷したカーソン・ベケットを管制室の安全な場所へ避難させる。その後、ソラはアトランティスに囚われの身となる。当初の「 包囲 」の構想では、アトランティス防衛のためにジェニー製の核分裂爆弾を入手する取引の一環として、ソラは故郷の民のもとへ返される予定だった。しかし、時間の制約からこのシーンはカットされた。
レイス 『スターゲイト アトランティス』 の主要な敵対者であるレイスは、ペガサス銀河の支配種族である。彼らは生物学的に不死身の 集合体型ヒューマノイドで、人間の「生命力」を糧としている。彼らはイラタス虫と呼ばれる生物から進化し、虫が餌とする人間の特徴を獲得し始めた。古代人はレイスと遭遇し、長い戦争の末、1万年前にペガサスから追放された。ほぼ無敵となったレイスは、ペガサスの人間世界を食料源として維持してきた。アトランティス探検隊 のペガサス銀河での活動により、レイスは冬眠から早々に目覚め、餌となる人間が不足したため、レイス同士の血みどろの争いが勃発する。
「マイケル」は 、 「 マイケル」 で、カーソン・ベケット 博士のレイス・レトロウイルス の 最初の実験で、アトランティス探検隊によって人間に変えられたレイスである。このプロセスによって記憶が消去されるため、アトランティスの職員はマイケルに偽の経歴を与え、彼を都市に統合しようとするが、マイケルは最終的に真実を知る。彼は拘束から逃れ 、 に 戻り、仲間と合流する。「アライ」では、 変身 後、他のレイスも彼を受け入れていないことが明らかになる。シーズン2と3でアトランティス探検隊や仲間のレイスとの苦い経験を重ねたマイケルは、「復讐 」で自身の私兵軍を編成し、イラタス虫のDNAを人間のDNAと混ぜ合わせて新たな生物を作り出し、その過程でいくつかの人類集団を滅ぼす。 「同族」では、マイケルが ホッファン・ レイス毒薬を 複数の人類世界に配布し、 「行方不明」で アトス人 を誘拐して実験に利用した張本人であることが明らかになる。マイケル自身も治療を受けており、もはやレイスの摂食器官は持っていない。 「最後の男 」と「捜索と救助 」の出来事の後、ダイダロス号がマイケルの巡洋艦を破壊する。 「 種 」では、IOAはマイケルが死んだと考えているが、アトランティスチームはそうではないと疑っている。彼は生き延び 、後に「放蕩息子 」でアトランティスに侵攻したが、テイラに敗北し、最終的にはアトランティスの管制塔から突き落とされて数千フィートの高さから落下し、死亡した。ジェームズ・ラファザノス（シーズン1）が演じる「スティーブ」 は、「疑惑」でアトランティス探検隊に捕らえられたレイスで、 テイラ・エマガン のネックレスから発見されたレイス追跡装置を使って罠に誘い込まれた。彼はアトランティスに拘束されるが、そうすることで自分たちの破滅を招いただけだと捕らえた者たちに告げる。本名を明かすことを拒否したため、シェパード少佐は彼に「スティーブ」という名前をつけた。「井戸に毒を盛る 」では、エリザベス・ウィアー 博士は倫理的な懸念を抱きながらも、人間を捕食から守るように設計されたホッファン薬の実験にスティーブを使用することを許可する。実験は成功するが、スティーブは予期せぬ反応で間もなく死亡する。これは捕虜 の扱いに関するジュネーブ条約 に違反するが、シェパード少佐はレイスは条約の対象外だと主張する。会議に出席していたら、彼らは全員を食べていただろうから。クリストファー・ヘイエルダール が演じる「トッド」 （シーズン3 ～ 5）は、シーズン3の「 コモン・グラウンド」で アカスタス・コーリャ の囚人として初登場するレイス。彼はシェパードを繰り返し吸血することで拷問に使われるが、後に同盟を結び、互いに脱出を助け合う。「トッド」はシーズン4で「名前」を得る。「予言者 」でアトランティスと同盟を結んでアスランと戦うが、ハイブシップの破壊後、アトランティスに取り残される。彼は捕虜としてマッケイと共にアスラン基地のコードの研究に従事し、「すべての罪を忘れるな 」のエピソードで7隻のハイブシップを説得してアトランティスに加わりアスランと戦うことで自由を得る。 『ラストマン 』のもう一つの未来では、トッドはロノン・デックスと共にマイケルの研究施設の一つを破壊する戦いで命を落とす。二人はロノンの攻撃部隊が脱出できるよう、自らを犠牲にして爆弾を起爆させる。
その他の繰り返し登場するキャラクター ハーミオッド トレヴァー・デヴァル 、シーズン2～ 3） - ダイダロス号 アスガードの 技術者「包囲戦 パート3 」で ダイダロス号 の アトランティス への最初の任務中に初登場し、シーズン2を通して登場する。彼は船のアスガード転送装置とハイパードライブエンジンの操作を担当し、主にリンジー・ノヴァクと協力する。ハーミオッドは乗組員の要求に不満があると独り言を言うが、彼のアスガード語は実際には通常の英語を逆再生したものである。プロデューサーは彼に「少し態度に問題のある」 [ 26 ] 
