| コンテンツ | |
|---|---|
| 説明 | 1億以上の化学構造、特性、関連情報 |
| 接触 | |
| 研究センター | ケンブリッジ、イギリス |
| 研究室 |
|
| アクセス | |
| Webサイト | ホームページ |
| その他 | |
| ライセンス | クリエイティブ・ コモンズ 表示-継承[2] |
ChemSpiderは、英国王立化学協会が所有する化学物質のオンラインデータベースで、自由にアクセスできます。[3] [4] [5] [6] [7]このデータベースには、270を超えるデータソースからの1億を超える分子の情報が含まれており、それぞれにChemSpider Identifierと呼ばれる一意の識別子が付与されています。
出典
データベースソースには以下が含まれる: [8]
プロフェッショナルデータベース
- EPA DSSTox [9]
- 米国食品医薬品局(FDA)
- ヒトメタボロームデータベース
- 複素環化学ジャーナル
- ケッグ
- クムグム
- リードスコープ
- 脂質MAPS
- マリンリット
- MDPI
- ミカド
- MLSMR
- MMDB
- モリ
- MTDP
- ナノゲン
- ネイチャーケミカルバイオロジー
- NCGC
- NIAID
- 国立衛生研究所(NIH)
- NINDS承認薬物スクリーニングプログラム
- NIST
- NIST 化学ウェブブック
- NMMLSC
- NMRシフトDB
- パナッシュ
- パソコン
- PDSP の
- ペプチド
- プラウスサイエンス 未来の医薬品
- 定量的構造活性相関
- 研究開発化学品
- サンディエゴ化学ゲノミクスセンター
- SGCOx化合物、SGCSto化合物
- SMID
- 仕様
- 構造ゲノミクスコンソーシアム
- シュアケム
- シンソンラボ
- トムソンファーマ
- TOSLab の総合ビルディングブロック
- UM-BBD
- UPCMLD
- 便利な化学
- ウェブ・オブ・サイエンス
- xファーム
- ケミエイド
クラウドソーシング
ChemSpiderデータベースは、化学構造の蓄積、スペクトルの蓄積、ユーザーのキュレーションなど、ユーザーの貢献によって更新できます。これは、オンライン化学データベースを開発するためのクラウドソーシングアプローチです。クラウドソーシングに基づくデータのキュレーションにより、化学構造に関連付けられた化学名の辞書が作成され、生物医学および化学文献のテキストマイニングアプリケーションで使用されています。[10]
しかし、データベースの権利は放棄されておらず、データダンプは利用できません。実際、FAQでは、制限されたダウンロードのみが許可されているとさえ記載されています。[11]したがって、フォークする権利は保証されておらず、プロジェクトはフリー/オープンとは見なされません。
特徴
検索中
利用可能な検索モジュールが多数提供されています:
- 標準検索では、体系名、商標名、同義語、登録番号を検索できます。
- 高度な検索では、化学構造、化学サブ構造、分子式と分子量範囲、CAS番号、サプライヤーなどを使用してインタラクティブな検索を行うことができます。検索を使用して、既に見つかった結果を広げたり制限したりできます。
- モバイルデバイスでの構造検索は、 iOS(iPhone/iPod/iPad)[12]およびAndroid(オペレーティングシステム)[13]用の無料アプリを使用して行うことができます。
化学文書のマークアップ
ChemSpiderデータベースは、化学文書のマークアップの基礎としてテキストマイニングと組み合わせて使用されてきました。ChemMantis [14] 、化学マークアップおよび命名法変換統合システムは、アルゴリズムを使用して文書やウェブページから化学名を識別および抽出し、名前から構造への変換アルゴリズムとChemSpiderデータベースの辞書検索を使用して化学名を化学構造に変換します。その結果、化学文書と、ChemSpiderを介した150を超えるデータソースへの情報検索の統合システムが実現しました。
合成ページ
SyntheticPagesは、英国王立化学協会が運営する合成化学手順の無料インタラクティブデータベースです。[15]ユーザーは、自分で行った合成手順をサイトに投稿し、公開します。これらの手順はオリジナルの作品である場合もありますが、多くの場合は文献の反応に基づいています。適切な場合は、最初に公開された手順が引用されます。投稿前に科学編集者がチェックします。ページは科学雑誌の記事のように正式な査読を受けませんが、ログインしたユーザーはコメントを投稿できます。コメントも科学編集者によってモデレートされます。その目的は、研究室で有用な化学合成を行う方法に関する実践的な経験を収集することです。通常の学術雑誌に掲載される実験方法は正式かつ簡潔にリストされていますが、ChemSpider SyntheticPagesの手順はより実用的な詳細で提供されています。くだけた表現が推奨されています。投稿者によるコメントも含まれます。同等の詳細さを持つ他の出版物には、Organic SynthesesやInorganic Synthesesなどがあります。 SyntheticPagesサイトはもともと、ケビン・ブッカー・ミルバーン教授(ブリストル大学)、スティーブン・キャディック教授(ユニバーシティ・カレッジ・ロンドン)、ピーター・スコット教授(ウォーリック大学)、マックス・ハモンド教授によって設立されました。2010年2月に、王立化学協会の化学構造検索エンジンChemSpiderとの合併[16]とChemSpider|SyntheticPages(CS|SP)の設立が発表されました。
その他のサービス
多数のサービスがオンラインで提供されています。これには、化学名から化学構造への変換、 SMILESおよびInChI文字列の生成、多くの物理化学的パラメータの予測、 NMR予測を可能にする Web サービスへの統合が含まれます。
歴史
ChemSpiderは2009年5月に王立化学協会(RSC)に買収されました。 [17] RSCによる買収以前は、ChemSpiderは民間企業であるChemZoo Inc.によって管理されていました。このシステムは2007年3月にベータ版として最初にリリースされ、2008年3月に正式版に移行しました。
PHACTSを開く
ChemSpiderは、革新的医薬品イニシアチブであるOpen PHACTSプロジェクトの一環として、化合物リポジトリとして機能しました。Open PHACTSは、オープンスタンダード、オープンアクセス、セマンティックウェブアプローチを採用して開発され、小分子医薬品の発見におけるボトルネックである、異なる情報源、標準の欠如、情報過多に対処しました。[18]
参照
参考文献
- ^ Van Noorden、R. (2012)。 「化学のデータの網が拡大する」。自然。483 (7391): 524。ビブコード:2012Natur.483..524V。土井: 10.1038/483524a。PMID 22460877。
- ^ 「ChemSpider Blog » Blog Archive » ChemSpider Adopts Creative Commons Licenses」www.chemspider.com。2015年4月2日時点のオリジナルよりアーカイブ。2014年3月21日閲覧。
- ^ Antony John Williams (2008年1月~ 2月)。「ChemSpiderとその拡大するWeb:化学者のための構造中心のコミュニティの構築」。Chemistry International。30 ( 1)。
- ^ Williams, AJ (2008). 「公開化学化合物データベース」. Current Opinion in Drug Discovery & Development . 11 (3): 393–404. PMID 18428094.
- ^ Brumfiel, G. (2008). 「化学者がデータのウェブを紡ぐ」. Nature . 453 (7192): 139. Bibcode :2008Natur.453..139B. doi : 10.1038/453139a . PMID 18464701.
- ^ Williams, AJ (2011). 「Chemspider: パブリック化合物データベースから 取得したデータをキュレートするためのクラウドソーシングコラボレーションプラットフォーム」。生物医学研究のための共同計算技術。pp. 363–386。doi : 10.1002 /9781118026038.ch22。ISBN 9781118026038。
- ^ Pence, HE; Williams, A. (2010). 「ChemSpider: オンライン化学情報リソース」. Journal of Chemical Education . 87 (11): 1123. Bibcode :2010JChEd..87.1123P. doi :10.1021/ed100697w.
- ^ 「データソース」。Chemspider 。 2019年5月16日閲覧。
- ^ 「ChemSpider Blog » Blog Archive » The US EPA DSSTox Browser Connects to ChemSpider」。ChemSpider。2008年8月23日。2017年11月7日時点のオリジナルよりアーカイブ。2017年11月7日閲覧。
- ^ Hettne, KM; Williams, AJ; Van Mulligen, EM; Kleinjans, J.; Tkachenko, V.; Kors, JA (2010). 「マルチソース化学辞書の自動キュレーションと手動キュレーション:テキストマイニングへの影響」Journal of Cheminformatics . 2 (1): 3. doi : 10.1186/1758-2946-2-3 . PMC 2848622 . PMID 20331846.
- ^ 「ChemSpider ブログ » ブログ アーカイブ » ChemSpider データベース全体を所有したい人はいますか?」www.chemspider.com。 2015 年 9 月 24 日にオリジナルからアーカイブ。2014 年 4 月 18 日に取得。
- ^ 「ChemSpider を App Store で」。App Store。
- ^ 「ChemSpider Mobile - Google Play の Android アプリ」。play.google.com。
- ^ ChemMantis を ChemZoo に歓迎し、コミュニティからの貢献を呼びかけます、2008-10-23、A. Williams、ブログ投稿、2015-09-24 にWayback Machineでアーカイブ
- ^ 「ChemSpider SyntheticPages」。英国王立化学協会。 2012年6月26日閲覧。
- ^ 「ChemSpider と SyntheticPages が合成化学をサポート」RSC Publishing . Royal Society of Chemistry. 2010-02-05. 2012 年 7 月 26 日時点のオリジナルよりアーカイブ。2012 年 6 月 26日閲覧。
- ^ 「RSC が ChemSpider を買収」。英国王立化学協会。2009 年 5 月 11 日。2009年 5 月 11 日閲覧。
- ^ Williams, AJ ; Harland, L.; Groth, P.; Pettifer, S. ; Chichester, C.; Willighagen, EL; Evelo, CT; Blomberg, N.; Ecker, G. ; Goble, C. ; Mons, B. (2012). 「Open PHACTS: 創薬のためのセマンティック相互運用性」. Drug Discovery Today . 17 (21–22): 1188–1198. doi : 10.1016/j.drudis.2012.05.016 . PMID 22683805.
