パブケム

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コンテンツ
説明	化学物質とその生物学的検定
生物	人間と他の動物
接触
研究センター	国立情報学研究所
主な引用	15879180の
アクセス
Webサイト	pubchem.ncbi.nlm.nih.gov
ダウンロードURL	FTP
ウェブサービスURL	PUGビュー[1]
その他
ライセンス	パブリックドメイン

PubChemは化学分子と生物学的アッセイに対するその活性のデータベースです。このシステムは、米国国立衛生研究所（NIH）の一部である国立医学図書館の構成要素である国立生物工学情報センター（NCBI）によって管理されています。PubChemには、Webユーザーインターフェイスを通じて無料でアクセスできます。何百万もの化合物構造と説明データセットは、 FTP経由で無料でダウンロードできます。PubChemには、複数の物質の説明と、100原子未満、1,000結合未満の小分子が含まれています。80を超えるデータベースベンダーが、成長を続けるPubChemデータベースに貢献しています。^[2]

PubChem は、NIH の分子ライブラリ プログラム (MLP) のコンポーネントとして 2004 年にリリースされました。2015 年 11 月現在、PubChem には、寄託者から提供された 1 億 5,000 万件以上の物質記述、6,000 万件の固有の化学構造、および 2 億 2,500 万件の生物活性試験結果 (200 万件以上の小分子に対して実行された 100 万件以上のアッセイ実験から得られた結果。5,000 以上の遺伝子に対応する 10,000 近くの固有のタンパク質ターゲット配列をカバー) が含まれています。また、 15,000 以上の遺伝子をターゲットとするRNA 干渉(RNAi) スクリーニング アッセイも含まれています。^[3]

2018年8月現在、PubChemには40か国629のデータソースから提供された2億4,730万件の物質記述と9,650万件の固有の化学構造が含まれています。また、125万件の生物学的アッセイからの2億3,700万件の生物活性試験結果も含まれており、10,000を超える標的タンパク質配列をカバーしています。^[4]

2020年現在、100を超える新しいソースからのデータ統合により、PubChemには、寄託者から提供された2億9,300万を超える物質の説明、1億1,100万の固有の化学構造、および120万の生物学的アッセイ実験からの2億7,100万の生物活性データポイントが含まれています。^[5]

PubChem は、動的に拡大する 3 つのプライマリ データベースで構成されています。2020 年 11 月 5 日現在 (BioAssays の数は変更されていません)。

• 化合物には、1億1,100万件^[5]（2017年の9,400万件^[4]から増加）があり、純粋で特徴付けられた化合物が含まれています。^[6]
• 物質は2億9,300万件^[5]（2017年の2億3,600万件^[7]、2014年9月の1億6,300万件^[8]から増加）で、混合物、抽出物、複合体、未分類の物質も含まれています。
• バイオアッセイ、数百万の値を持つ125万^[9]（2014年9月の6,000から増加^[10]）のハイスループットスクリーニングプログラムからの生物活性の結果。

化学構造、名前のフラグメント、化学式、分子量、XLogP、水素結合の供与体と受容体の数 など、幅広い特性についてデータベースを検索できます。

PubChem には、 SMILES /SMARTS およびInChI をサポートする独自のオンライン分子エディターが含まれており、構造やフラグメントを検索するために すべての一般的な化学ファイル形式をインポートおよびエクスポートできます。

各ヒットには、同義語、化学的性質、SMILES および InChI 文字列を含む化学構造、生物活性、構造的に関連する化合物やPubMedなどの他の NCBI データベースへのリンクに関する情報が提供されます。

テキスト検索フォームでは、角括弧で囲んだフィールド名を検索語句に追加することで、データベース フィールドを検索できます。数値範囲は、コロンで区切られた 2 つの数値で表されます。検索語句とフィールド名は大文字と小文字を区別しません。括弧と論理演算子AND、OR、NOT を使用できます。演算子が使用されていない場合は、AND が想定されます。

例 (リピンスキーの 5 つのルール):

0:500[mw] 0:5[hbdc] 0:10[hbac] -5:5[logp]

• 化学データベース
  • CAS Common Chemistry - アメリカ化学会が運営
  • 比較毒性ゲノムデータベース- ノースカロライナ州立大学が運営
  • ChEMBL - 欧州バイオインフォマティクス研究所が運営
  • ChemSpider - 英国王立化学協会が運営
  • DrugBank - アルバータ大学が運営
  • IUPAC - スイスに拠点を置く国際純正・応用化学連合 (IUPAC) が運営
  • Moltable - インド国立化学研究所が運営
  • PubChem - 米国国立衛生研究所が運営
  • BindingDB - カリフォルニア大学サンディエゴ校が運営
  • SCRIPDB - カナダのトロント大学が運営
  • 国立生物工学情報センター(NCBI) - 米国国立衛生研究所が運営
  • Entrez - 米国国立衛生研究所が運営
  • GenBank - 米国国立衛生研究所が運営

Wikidata には次のプロパティがあります:

• PubChem CID (P662) (用途を参照)
• PubChem 物質 ID (SID) (P2153) (用途を参照)
• ラベルなし (P2874) (用途を参照)

Scholia には PubChem (Q278487) のプロファイルがあります。

• 公式サイト