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| コンテンツ | |
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| 説明 | 生物学データベース |
キャプチャされたデータの種類 | 薬物のような性質と生物学的活性を持つ分子 |
| 接触 | |
| 研究センター | 欧州分子生物学研究所 |
| 研究室 |  欧州バイオインフォマティクス研究所 |
| 著者 | アンドリュー・リーチ、チームリーダー 2016年～現在、ジョン・オーバーイントン、チームリーダー 2008年～2015年 |
| 主な引用 | 21948594 の検索結果 |
| 発売日 | 2009 |
| アクセス | |
| Webサイト | チェムBL |
| ダウンロードURL | ダウンロード |
| ウェブサービスURL | ChEMBL Webサービス |
| Sparqlエンドポイント | ChEMBL EBI-RDF プラットフォーム |
| その他 | |
| ライセンス | ChEMBLデータはクリエイティブ・コモンズ表示-継承3.0非移植ライセンスで利用可能 |
| バージョン管理 | チェルノブイリ |
ChEMBLまたはChEMBLdbは、薬物誘導特性を持つ生理活性分子の手動でキュレーションされた化学データベースです。 [1] これは、英国ヒンクストンのウェルカムトラストゲノムキャンパスに拠点を置く欧州分子生物学研究所（EMBL）の欧州バイオインフォマティクス研究所（EBI）によって管理されています。
もともとStARliteとして知られていたこのデータベースは、後にGalapagos NVに買収されたInpharmatica Ltd.というバイオテクノロジー企業によって開発されました。このデータは2008年にウェルカムトラストの助成金によりEMBLに取得され、[2]ジョン・オーバーリントンが率いるEMBL-EBIのChEMBLケモゲノミクスグループが設立されました。[3] [4]
範囲とアクセス
ChEMBLデータベースには、薬物標的に対する化合物の生物活性データが含まれています。生物活性はKi、Kd、IC50、EC50で報告されています。[5]データをフィルタリングして分析することで、創薬の過程でリード化合物を特定するための化合物スクリーニングライブラリを開発できます。[6]
ChEMBL バージョン 2 (ChEMBL_02) は 2010 年 1 月にリリースされ、24,000 の天然物を含む 622,824 の化合物をカバーする240 万のバイオアッセイ測定が含まれています。これは、12 の医薬化学ジャーナルの 34,000 を超える出版物をキュレーションして取得されました。ChEMBL の利用可能な生物活性データのカバレッジは、「公開データベースでこれまでに見られたものの中で最も包括的」にまで成長しました。[3] 2010 年 10 月には、636,269 の化合物をカバーする 297 万を超えるバイオアッセイ測定を含む ChEMBL バージョン 8 (ChEMBL_08) がリリースされました。[7]
ChEMBL_10では、ChEMBLに含まれるデータの種類とクラスに匹敵するデータを統合するために、PubChem確認アッセイが追加されました。 [8]
ChEMBLdbはウェブインターフェース経由でアクセスするか、ファイル転送プロトコルでダウンロードすることができます。コンピュータによるデータマイニングに適した形式でフォーマットされており、さまざまな出版物間の活動を標準化して比較分析を可能にすることを目指しています。[1] ChEMBLは、 PubChemや王立化学協会のChemSpiderシステムなど、他の大規模な化学リソースにも統合されています。
関連リソース
データベースに加えて、ChEMBLグループはデータマイニングのためのツールとリソースを開発しました。[9]これらには、キナーゼに焦点を当てた統合ケモゲノミクスワークベンチであるKinase SARfariが含まれます。このシステムは、配列、構造、化合物、スクリーニングデータを組み込み、リンクします。
GPCR SARfariはGPCRに焦点を当てた同様のワークベンチであり、ChEMBL-Neglected Tropical Diseases（ChEMBL-NTD）は、アフリカ、アジア、アメリカ大陸の開発途上地域の風土病性熱帯病を対象としたオープンアクセスの一次スクリーニングおよび医薬品化学データのリポジトリです。ChEMBL-NTDの主な目的は、寄託されたデータを自由にアクセスできる恒久的なアーカイブおよび配布センターに提供することです。[3]
2012 年 7 月、世界中の研究者を対象に、Medicines for Malaria Venture (MMV) が後援する新しいマラリア データ サービス( Wayback Machineに 2016-07-30 にアーカイブ) がリリースされました。このサービスのデータには、Malaria Box スクリーニング セットの化合物のほか、ChEMBL-NTD にあるその他の寄贈マラリア データが含まれています。
ChEMBL 仮想マシンである myChEMBL は、ユーザーが完全かつ無料で簡単にインストールできるケミインフォマティクス インフラストラクチャにアクセスできるようにするために 2013 年 10 月にリリースされました。
2013 年 12 月、SureChem 特許情報データベースの運用は EMBL-EBI に移管されました。SureChem は、合成語で SureChEMBL に改名されました。
2014年には、種間ADMEターゲットを予測し比較するためのツールである新しいリソースADME SARfariが導入されました。[10]
参照
参考文献
- ^ ab Gaulton, A; et al. (2011). 「ChEMBL: 医薬品発見のための大規模生物活性データベース」。Nucleic Acids Research . 40 (データベース号): D1100-7. doi :10.1093/nar/gkr777. PMC 3245175. PMID 21948594 .
- ^ 「オープンアクセスの創薬データベースが50万の化合物を収録して始動 | Wellcome」wellcome.ac.uk 2010年1月18日2019年8月31日閲覧。
- ^ abc Bender, A (2010). 「データベース：化合物の生物活性が公開される」Nature Chemical Biology . 6 (5): 309. doi : 10.1038/nchembio.354 .
- ^ Overington J (2009 年 4 月)。「ChEMBL。欧州分子生物学研究所 (EMBL-EBI) の欧州バイオインフォマティクス研究所アウトステーションのケモゲノミクスチームリーダー、John Overington 氏へのインタビュー。インタビューは Wendy A. Warr 氏による」。J . Comput. - Aided Mol. Des . 23 (4): 195–8。Bibcode :2009JCAMD..23..195W。doi : 10.1007 /s10822-009-9260-9。PMID 19194660。S2CID 2946417。
- ^ Mok, N. Yi; Brenk, Ruth (2011 年 10 月 24 日). 「ChEMBL データベースのマイニング: イオンチャネルに焦点を当てたスクリーニング ライブラリを作成するための効率的なケモインフォマティクス ワークフロー」. J. Chem. Inf. Model. 51 (10): 2449–2454. doi :10.1021/ci200260t. PMC 3200031. PMID 21978256 .
- ^ Brenk, R; Schinpani, A; James, D; Krasowski, A (2008 年 3 月). 「無視されている疾患に対する薬剤発見のためのスクリーニング ライブラリの構築から学んだ教訓」. ChemMedChem . 3 (3): 435–44. doi :10.1002/cmdc.200700139. PMC 2628535. PMID 18064617 .
- ^ ChEMBL-og (2010 年 11 月 15 日)、ChEMBL_08 リリース、2010 年11 月 15 日に取得
- ^ ChEMBL-og (2011年6月6日)、ChEMBL_10 Released 、 2011年6月9日閲覧
- ^ Bellis, LJ; et al. (2011). 「医薬品発見のための文献生物 活性データの収集とデータマイニング」。生化学協会誌。39 (5): 1365–1370. doi :10.1042/BST0391365. PMID 21936816。
- ^ Davies, M; et al. (2015). 「ADME SARfari: 薬物代謝システムの比較ゲノミクス」.バイオインフォマティクス. 31 (10): 1695–1697. doi :10.1093/bioinformatics/btv010. PMC 4426839. PMID 25964657 .
外部リンク
Wikidata には次のプロパティがあります:
ChEMBL ID (P592) (用途を参照)
- チェムBLdb
- キナーゼ SARfari 2016-05-15 にWayback Machineでアーカイブされました
- ChEMBL-顧みられない熱帯病アーカイブ
- GPCR SARfari
- ChEMBL-og ChEMBL チームが運営するオープン データと新薬発見のブログ。