DrugBankデータベースは、カナダのアルバータ州にあるアルバータ大学とメタボロミクス・イノベーション・センター（TMIC）によって作成および維持されている、医薬品と医薬品標的に関する情報を含む、包括的で自由にアクセスできるオンラインデータベースです。 [ 1 ]バイオインフォマティクスとケモインフォマティクスの両方のリソースとして、DrugBankは詳細な医薬品（化学、薬理学、および製剤）データと包括的な医薬品標的（配列、構造、および経路）情報を組み合わせています。[ 1 ] [ 2 ] DrugBankはWikipediaのコンテンツを使用しています。[ 3 ] WikipediaもDrugBankにリンクしていることが多く、循環報告の問題を引き起こす可能性があります。[ 3 ]
DrugBank Onlineウェブサイトは、一般に無料でアクセスできるリソースとして提供されています。ただし、DrugBank Onlineのコンテンツまたは基盤となるDrugBankデータの全部または一部を、いかなる目的であれ使用および再配布するには、ライセンスが必要です。学術ユーザーは特定の利用ケースにおいて無料ライセンスを申請できますが、その他のすべてのユーザーは有料ライセンスが必要です。
データベースの最新リリース（バージョン 6.0 [ 4 ] ）には、 FDA承認の低分子医薬品 4030 種類、FDA 承認のバイオテクノロジー（タンパク質/ペプチド）医薬品 1601 種類、栄養補助食品 134 種類、実験薬6722 種類を含む 11,891種類の医薬品エントリが含まれています。[ 5 ]さらに、4939 種類の非冗長タンパク質（すなわち、医薬品の標的/酵素/輸送体/キャリア）配列がこれらの医薬品エントリにリンクされています。各 DrugCard エントリには 200 を超えるデータ フィールドが含まれており、その半分は医薬品/化学データに、残りの半分は医薬品の標的またはタンパク質データに充てられています。[ 5 ]
HMDB [ 6 ]、T3DB [ 7 ] 、 SMPDB [ 8 ]、FooDB の4 つの追加データベースも、メタボロミクス/ケモインフォマティクスデータベースの一般的なスイートの一部です。HMDB には 40,000 を超えるヒト代謝物に関する同等の情報が含まれており、T3DB には 3100 の一般的な毒素と環境汚染物質に関する情報が含まれており、SMPDB には 700 近いヒト代謝経路と疾患経路の経路図が含まれており、FooDB には約 28,000 の食品成分と食品添加物に関する同等の情報が含まれています。
バージョン履歴
DrugBank の最初のバージョンは 2006 年にリリースされました。[ 1 ] この初期リリースには、FDA 承認の 841 種類の低分子医薬品と 113 種類のバイオテクノロジー医薬品に関する比較的控えめな情報が含まれていました。また、2133 種類の薬剤ターゲットに関する情報も含まれていました。DrugBank の 2 番目のバージョンは 2009 年にリリースされました。[ 2 ] この大幅に拡張され改良されたバージョンのデータベースには、承認された 1344 種類の低分子医薬品と 123 種類のバイオテクノロジー医薬品、および 3037 種類の固有の薬剤ターゲットが含まれていました。バージョン 2.0 には、初めて、販売中止になった医薬品と違法薬物、広範な食品と医薬品の相互作用、および薬物間の相互作用、ならびにADMET (吸収、分布、代謝、排泄、および毒性) パラメータも含まれていました。バージョン 3.0 は 2011 年にリリースされました。[ 9 ] このバージョンには、承認された 1424 種類の低分子医薬品と 132 種類のバイオテクノロジー医薬品、および 4000 種類を超える固有の薬剤ターゲットが含まれていました。バージョン 3.0 には、薬物輸送体データ、薬物経路データ、薬物価格、特許および製造データ、ならびに 5000 を超える実験薬に関するデータも含まれていました。バージョン 4.0 は 2014 年にリリースされました。[ 5 ] このバージョンには、FDA 承認の低分子医薬品 1558 種類、バイオテクノロジー医薬品 155 種類、および 4200 種類の固有の薬物ターゲットが含まれていました。バージョン 4.0 には、薬物代謝物 (構造と反応)、薬物分類、薬物スペクトル、薬物結合定数、および薬物合成情報に関する広範な情報も組み込まれています。バージョン 5.0 は 2018 年にリリースされました。[ 10 ]このバージョンには、FDA 承認の低分子医薬品 2100 種類、バイオテクノロジー医薬品 555 種類、および 4563 種類の固有の薬物ターゲットが含まれていました。バージョン 5 には、薬物が代謝物 (薬理代謝学)、タンパク質 (薬理プロテオミクス)、および遺伝子発現 (薬理転写学) レベルに与える影響を捉える新しいデータタイプも組み込まれています。バージョン 5 では、モバイル デバイスとの互換性、検索ツールの改善、臨床試験と薬剤再利用の取り組みに関するデータ、そして初めて錠剤や薬の画像が追加されました。バージョン 6.0 は 2024 年にリリースされました。[ 4 ]上記の薬剤エントリ数に加えて、FDA 承認薬と治験薬の数はバージョン 5 と比較して増加しました。報告された薬物間相互作用と薬物と食品の相互作用の数が大幅に増加しました。薬物代謝経路の数は、バージョン 5 の 64 からこの最新リリースでは 2721 に大幅に増加しました。実験的および予測された MS/MS、NMR スペクトル、衝突断面積 (CCS- for MS)、保持指標 (RI、ガス クロマトグラフィー)、保持時間 (RT、液体クロマトグラフィー) が、低分子医薬品に追加されました。表 1 は、DrugBank の開発履歴のより完全な統計的要約を示しています。
範囲とアクセス
DrugBank のデータはすべて、公開されている非独占的な情報源から取得されています。ほぼすべてのデータ項目は完全に追跡可能で、元の情報源が明示的に参照されています。DrugBank のデータは、公開されているウェブ インターフェースを通じて利用できます。[ 11 ]
参考文献
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