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| コンテンツ | |
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| 説明 | メタボロミクスデータベース |
キャプチャされたデータの種類 | ヒト代謝物の構造、代謝物の説明、代謝物の反応、代謝物の酵素とトランスポーター、ヒトの酵素とトランスポーターの配列、ヒトの代謝経路、ヒトにおける正常および異常な代謝物の濃度、関連する疾患、化学的性質、命名法、同義語、化学分類、代謝物の NMR スペクトル、代謝物の GC-MS スペクトル、代謝物の LC-MS スペクトル |
| 接触 | |
| 研究センター | アルバータ大学とメタボロミクスイノベーションセンター |
| 研究室 | デビッド・S・ウィシャート |
| 主な引用 | HMDB: ヒトメタボロームデータベース。[1] |
| アクセス | |
| Webサイト | http://www.hmdb.ca |
| ダウンロードURL | http://www.hmdb.ca/downloads |
| その他 | |
| データ公開 頻度 | 2年ごとに毎月修正と更新を実施 |
| キュレーションポリシー | 手動でキュレーション |
ヒトメタボロームデータベース（HMDB）[1] [2] [3] [4]は、ヒトの体内で見つかる低分子 代謝物の包括的で高品質、無料でアクセスできるオンラインデータベースです。これは、ゲノムカナダ[5]が資金提供しているヒトメタボロームプロジェクトによって作成され、最初の専用メタボロミクスデータベースの1つです。HMDBは、 NMR分光法、GC-MS分光法、LC/MS分光法を使用したヒト代謝物の識別と特性評価を含む、ヒトメタボロミクス研究を促進します。この発見プロセスを支援するために、HMDBには、1)化学データ、2)臨床データ、3)分子生物学/生化学データの3種類のデータが含まれています（図1～3）。化学データには、詳細な説明が付いた41,514の代謝物構造と、約10,000のNMR、GC-MS、LC/MSスペクトルが含まれています。
臨床データには、10,000を超える代謝物-体液濃度に関する情報と、600を超えるさまざまなヒト疾患に関する代謝物濃度情報が含まれています。生化学データには、5,688のタンパク質（およびDNA ）配列と、これらの代謝物エントリにリンクされている5,000を超える生化学反応が含まれています。 [5] HMDBの各代謝物エントリには110を超えるデータフィールドが含まれており、情報の2/3は化学/臨床データに、残りの1/3は酵素または生化学データに充てられています。多くのデータフィールドは、他のデータベース（KEGG、MetaCyc、PubChem、Protein Data Bank、ChEBI、Swiss-Prot、およびGenBank）や、さまざまな構造およびパスウェイ表示アプレットにハイパーリンクされています。HMDBデータベースは、広範なテキスト、配列、スペクトル、化学構造、リレーショナルクエリ検索をサポートしています。メタボロミクス、臨床化学、バイオマーカーの発見、一般的な生化学教育 で広く使用されています。
さらに4つのデータベース、DrugBank、[6] [7] [8] T3DB、[9] SMPDB [10]、FooDBもHMDBデータベーススイートの一部です。DrugBankには約1,600種類の薬物と薬物代謝物に関する情報が含まれ、T3DBには3,100種類の一般的な毒素と環境汚染物質に関する情報が含まれ、SMPDBには700種類の人間の代謝と疾患の経路の経路図が含まれ、FooDBには約28,000種類の食品成分と食品添加物に関する情報が含まれます。
バージョン履歴
HMDBの最初のバージョンは2007年1月1日にリリースされ、[1]その後、2009年1月1日（バージョン2.0）[2] 、 2009年8月1日（バージョン2.5）、2012年9月18日（バージョン3.0）[4]、2013年1月1日（バージョン3.5）[11] 、 2017年（バージョン4.0） [ 12]、 2022年（バージョン5.0）[11]に2つのバージョンがリリースされました。主要なHMDBバージョン（バージョン5.0まで）の詳細については、表1を参照してください。
範囲とアクセス
HMDB のすべてのデータは非独占的であるか、非独占的ソースから取得されています。誰でも自由にアクセスして利用できます。さらに、ほぼすべてのデータ項目は完全に追跡可能であり、元のソースに明示的に参照されています。HMDB データは、パブリック Web インターフェイスおよびダウンロードを通じて利用できます。
参照
参考文献
- ^ abc Wishart, David S.; Tzur, Dan; Knox, Craig; Eisner, Roman; Guo, An Chi; Young, Nelson; Cheng, Dean; Jewell, Kevin; Arndt, David; Sawhney, Summit; Fung, Chris; Nikolai, Lisa; Lewis, Mike; Coutouly, Marie-Aude; Forsythe, Ian J.; Tang, Peter; Shrivastava, Savita; Jeroncic, Kevin; Stothard, Paul; Amegbey, Godwin; Block, David; Hau, David D.; Wagner, James; Miniaci, Jessica; Clements, Melisa; Gebremedhin, Mulu; Guo, Natalie; Zhang, Ying; Duggan, Gavin E.; Macinnis, Glen D.; Weljie, Alim M.; Dowlatabadi, Reza; Bamforth, Fiona; Clive, Derrick; Greiner, Russ; Li, Liang; Marrie, Tom; Sykes, Brian D.; Vogel, Hans J.; Querengesser, Lori (2007 年 1 月 1 日)。「HMDB: ヒト代謝物データベース」。核酸研究 。35 ( D1 ): D521 – D526。doi :10.1093/nar/gkl923。PMC 1899095。PMID 17202168。
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- ^ Forsythe, Ian J.; Wishart, David S. (2009 年 3 月 1 日)。「ヒト代謝物データベースを使用したヒト代謝物の探索」。Current Protocols in Bioinformatics 25 : 14.8.1–14.8.45。doi : 10.1002 / 0471250953.bi1408s25。ISBN 978-0471250951. PMID 19274632. S2CID 24291704.
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- ^ ab 「Human Metabolome Project」 。 2013年2月13日閲覧。
- ^ Wishart, David S.; Knox, Craig; Guo, An Chi; Shrivastava, Savita; Hassanali, Murtaza; Stothard, Paul; Chang, Zhan; Woolsey, Jennifer (2006 年 1 月 1 日)。「DrugBank: in silico 薬剤発見および探索のための包括的なリソース」。Nucleic Acids Research。34 ( D1 ): D668–D672。doi : 10.1093/ nar /gkj067。PMC 1347430。PMID 16381955。
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- ^ Knox, C; Law, V; Jewison, T; Liu, P; Ly, S; Frolkis, A; Pon, A; Banco, K; Mak, C; Neveu, V; Djoumbou, Y; Eisner, R; Guo, AC; Wishart, DS. (2011 年 1 月). 「DrugBank 3.0: 薬物に関する「オミクス」研究のための包括的なリソース」. Nucleic Acids Research . 39 (データベース号): D1035-41. doi :10.1093/nar/gkq1126. PMC 3013709. PMID 21059682 .
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