ホモサピエンス種のタンパク質コード遺伝子
アペックス1 利用可能な構造 ＰＤＢ オルソログ検索: PDBe RCSB PDB IDコードのリスト 1BIX、1CQH、4LND、4QH9、5DFF、4QHD、1E9N、3U8U、5DFI、1HD7、5DG0、5DFJ、4QHE、5DFH、1DE9、4IEM、2ISI、1DE8、2O3H、1CQG、1DEW、5CFG
識別子 エイリアス APEX1 、APE、APE1、APEN、APEX、APX、HAP1、REF1、アプリン/アピリミジンエンドデオキシリボヌクレアーゼ1 外部ID オミム : 107748; MGI : 88042; ホモロジーン : 1241; ジーンカード ：APEX1; OMA :APEX1 - オルソログ 遺伝子の位置（ マウス ） クロ。 14番染色体（マウス） [2] バンド 14 C1|14 26.3 cM 始める 51,162,425 bp [2] 終わり 51,164,596 bp [2]
RNA発現 パターン ブギー 人間 マウス （相同遺伝子） トップの表現 神経節隆起 心室帯 ランゲルハンス島 右副腎 右副腎皮質 左卵巣 右卵巣 左副腎皮質 胆嚢 直腸
トップの表現 原始的な線 内頸動脈 外頸動脈 腹壁 胚葉上層 顆頭 上顎突出 下顎突出 内側神経節隆起 胚
参照表現データの詳細
バイオGPS 参照表現データの詳細
遺伝子オントロジー 分子機能
DNA結合 ヌクレアーゼ活性 エンドヌクレアーゼ活性 加水分解酵素活性 金属イオン結合 リアーゼ活性 クラス I DNA (アプリンまたはアピリミジン部位) エンドヌクレアーゼ活性 タンパク質含有複合体結合 タンパク質結合 エキソヌクレアーゼ活性 ホスホジエステラーゼI活性 二本鎖 DNA 3'-5' エキソデオキシリボヌクレアーゼ活性 エンドデオキシリボヌクレアーゼ活性 クロマチンDNA結合 エンドリボヌクレアーゼ活性 ウラシルDNA N-グリコシラーゼ活性 リン酸ジエステル加水分解酵素活性 部位特異的エンドデオキシリボヌクレアーゼ活性、変異塩基に特異的 二本鎖テロメアDNA結合 酸化還元酵素活性 二本鎖DNAエキソデオキシリボヌクレアーゼ活性 転写活性化因子活性 NF-κB結合 RNA-DNAハイブリッドリボヌクレアーゼ活性 損傷したDNA結合 転写コリプレッサー活性 3'-5'エキソヌクレアーゼ活性 DNA（非プリンまたは非ピリミジン部位）エンドヌクレアーゼ活性 RNA結合 クラス III/IV DNA-(アプリンまたはアピリミジン部位)エンドヌクレアーゼ活性 細胞成分
細胞質 中心体 細胞内解剖構造 ミトコンドリア 核 細胞質の核周囲領域 リボソーム 転写制御因子複合体 核の粒 核質 核小体 小胞体 生物学的プロセス
DNA修復 核酸ホスホジエステル結合加水分解 DNA損傷刺激に対する細胞反応 DNA組み換え 有糸分裂細胞周期のG1/S移行の正の調節 平滑筋細胞の移動の負の調節 転写の調節、DNAテンプレート DNAの脱メチル化 cAMPに対する細胞反応 RNAホスホジエステル結合加水分解、エンドヌクレアーゼ 転写、DNAテンプレート 有機窒素化合物に対する反応 過酸化水素に対する細胞反応 ペプチドホルモン刺激に対する細胞反応 mRNAの安定性の調節 有機窒素化合物に対する細胞反応 細胞の酸化還元恒常性 エージング 塩基除去修復 テロメア維持 核酸テンプレート転写の負の制御 塩基除去修復によるテロメア維持 アポトーシス過程の調節 核酸テンプレート転写の正の制御 出典:Amigo / QuickGO
オルソログ 種 人間 ねずみ エントレズ アンサンブル ユニプロット RefSeq (mRNA) NM_001244249 NM_001641 NM_080648 NM_080649
RefSeq (タンパク質) NP_001231178 NP_001632 NP_542379 NP_542380
場所 (UCSC) 14章: 20.46 – 20.46 Mb 14章: 51.16 – 51.16 Mb PubMed 検索 [3] [4]
ウィキデータ
DNA（アプリンまたはアピリミジン部位）リアーゼは、ヒトでは APEX1 遺伝子 によってコードされる 酵素 です 。
無プリン/無ピリミジン (AP) 部位 (「アベイシック部位」とも呼ばれる) は、DNA 分子内で、自発的な加水分解、DNA 損傷因子、または特定の異常な塩基を除去する DNA グリコシラーゼによって頻繁に発生します。AP 部位は、正常な DNA 複製を妨げる可能性のある前変異原性損傷です。単純な原核生物からヒトまで、すべての細胞は、このような部位を識別して修復するシステムを進化させています。クラス II AP エンドヌクレアーゼは、AP 部位の 5' のホスホジエステル骨格を切断し、それによって 塩基除去修復 (BER) と呼ばれるプロセスを開始します。APEX 遺伝子 (別名 APE1、HAP1、APEN) は、ヒト細胞の主要な AP エンドヌクレアーゼをコードします。この遺伝子にはスプライス バリアントが見つかっており、すべて同じタンパク質をコードしています。 [5]
インタラクション APEX1はMUTYH [6] 、 フラップ構造特異的エンドヌクレアーゼ1 [7] 、 XRCC1 [8] と 相互作用する ことが示されている 。
エージング APEX1の欠損は DNA損傷の蓄積を引き起こし、 細胞老化 と早期 老化 の特徴の両方につながります 。 [9] この発見は、DNA損傷が老化の主な原因であるという理論と一致しています。 [10]
参考文献
^ abc GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000100823 – Ensembl 、2017 年 5 月 ^ abc GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000035960 – Ensembl 、2017 年 5 月 ^ 「Human PubMed Reference:」。 国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館 。 ^ 「マウス PubMed リファレンス:」。 国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館 。 ^ 「Entrez Gene: APEX1 APEX ヌクレアーゼ (多機能 DNA 修復酵素) 1」。 ^ Parker A、Gu Y、Mahoney W、Lee SH、Singh KK、Lu AL (2001 年 2 月)。「MutY 修復タンパク質のヒトホモログ (hMYH) は、ロングパッチ DNA 塩基除去修復に関与するタンパク質と物理的に相互作用する」。The Journal of Biological Chemistry。276 ( 8): 5547–55。doi : 10.1074/jbc.M008463200。PMID 11092888 。 ^ Dianova II、Bohr VA、Dianov GL（2001年10月）。「ヒトAPエンドヌクレアーゼ1とフラップエンドヌクレアーゼ1および増殖細胞核抗原との相互作用はロングパッチ塩基除去修復に関与する」。 生化学。40 （ 42 ）：12639–44。doi ： 10.1021/bi011117i。PMID 11601988 。 ^ Vidal AE、Boiteux S、Hickson ID、Radicella JP (2001 年 11 月)。「XRCC1 はタンパク質間相互作用を介して DNA 脱塩基部位修復の初期段階と後期段階を調整する」。The EMBO Journal。20 ( 22 ) : 6530–9。doi :10.1093/ emboj /20.22.6530。PMC 125722。PMID 11707423 。 ^ Li M, Yang X, Lu X, Dai N, Zhang S, Cheng Y, et al. (2018年6月). 「APE1欠損は細胞老化と早期老化の特徴を促進する」. Nucleic Acids Research . 46 (11): 5664–5677. doi :10.1093/nar/gky326. PMC 6009672. PMID 29750271 . ^ Gensler HL、Bernstein H (1981年9月)。 「 老化の主な原因としてのDNA損傷」。The Quarterly Review of Biology。56 ( 3): 279–303。doi :10.1086/412317。PMID 7031747。S2CID 20822805。
さらに読む
Mol CD、Hosfield DJ、Tainer JA (2000 年 8 月)。「DNA 塩基除去修復における 2 つの非プリン/非ピリミジンエンドヌクレアーゼファミリーによる非塩基部位の認識: 3' 末端が手段を正当化する」。Mutation Research。460 ( 3–4 ): 211–29。doi : 10.1016 / s0921-8777 (00)00028-8。PMID 10946230 。 Fritz G (2000 年 9 月). 「ヒト APE/Ref-1 タンパク質」. 国際生化学・細胞生物学誌 . 32 (9): 925–9. doi :10.1016/S1357-2725(00)00045-5. PMID 11084372. Fritz G、Grösch S、Tomicic M、Kaina B (2003 年 11 月)。「APE/Ref-1 と遺伝毒性ストレスに対する哺乳類の反応」。 毒性 学 。193 (1–2): 67–78。doi : 10.1016 /S0300-483X(03)00290-7。PMID 14599768 。 Tell G、Damante G、Caldwell D、 Kelley MR (2005)。「APE1/Ref-1 の細胞内局在: 受動的な現象以上のもの?」 抗 酸化物質と酸化還元シグナル伝達 。7 (3–4): 367–84。doi :10.1089 / ars.2005.7.367。hdl : 1805/ 4802。PMID 15706084 。 Hung RJ、Hall J、Brennan P、 Boffetta P (2005 年 11 月)。「塩基除去修復経路の遺伝子多型と癌リスク: HuGE レビュー」。American Journal of Epidemiology。162 ( 10 ): 925–42。doi : 10.1093/aje/kwi318。PMID 16221808 。 Dyrkheeva NS、Khodyreva SN 、 Lavrik OI (2007)。「[多機能ヒトアプリン酸/アピリミジン酸エンドヌクレアーゼ1：追加機能の役割]」。 Molekuliarnaia Biologiia。41 （ 3）：450–66。PMID 17685223 。 Harrison L、Ascione G、Menninger JC、Ward DC、Demple B (1992 年 12 月)。「ヒトのアプリン酸エンドヌクレアーゼ遺伝子 (APE): 構造とゲノムマッピング (染色体 14q11.2-12)」。 ヒト 分子 遺伝学 。1 (9): 677–80。doi :10.1093/hmg/1.9.677。PMID 1284593 。 Cheng XB、 Bunville J 、 Patterson TA (1992 年 1 月)。「HeLa 細胞由来のアプリン酸/ピリミジン酸エンドヌクレアーゼの cDNA のヌクレオチド配列」。 核酸研究 。20 (2): 370。doi :10.1093/ nar /20.2.370。PMC 310384。PMID 1371347 。 Xanthoudakis S、Miao G、Wang F 、 Pan YC、Curran T (1992 年 9 月)。「Fos-Jun DNA 結合活性の酸化還元活性化は DNA 修復酵素によって媒介される」。EMBO ジャーナル 。11 ( 9 ) : 3323–35。doi :10.1002/j.1460-2075.1992.tb05411.x。PMC 556867。PMID 1380454 。 Zhao B、Grandy DK、Hagerup JM、Magenis RE、Smith L、Chauhan BC、Henner WD (1992 年 8 月)。「アプリン/アピリミジンエンドヌクレアーゼ (HAP1) のヒト遺伝子: 配列と 14 番染色体バンド q12 への局在」。 核酸 研究 。20 ( 15 ) : 4097–8。doi :10.1093/nar/20.15.4097。PMC 334100。PMID 1380694 。 Robson CN、Hochhauser D、Craig R、Rack K、Buckle VJ、Hickson ID (1992 年 9 月)。「ヒト DNA 修復遺伝子 HAP1 の構造と染色体 14q 11.2-12 への局在」。 核酸 研究 。20 ( 17): 4417–21。doi :10.1093 / nar/ 20.17.4417。PMC 334166。PMID 1383925 。 Seki S, Hatsushika M, Watanabe S, Akiyama K, Nagao K, Tsutsui K (1992 年 7 月). 「大腸菌エキソヌクレアーゼ III と相同なヒト APEX ヌクレアーゼの cDNA クローニング、配列決定、発現およびドメイン構造の可能性」 Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - 遺伝子構造と発現 1131 ( 3): 287–99. doi :10.1016/0167-4781(92)90027-w. PMID 1627644. Robson CN、Hickson ID (1991 年 10 月)。「大腸菌 xth (エキソヌクレアーゼ III) 変異体における DNA 修復および変異誘発の欠陥を修正するヒトのアプリン酸/ピリミジン酸エンドヌクレアーゼをコードする cDNA クローンの分離」。 核酸 研究 。19 ( 20 ): 5519–23。doi :10.1093 / nar/19.20.5519。PMC 328951。PMID 1719477 。 Demple B、Herman T、Chen DS (1991 年 12 月)。「主要なヒトアプリン酸エンドヌクレアーゼをコードする cDNA APE のクローニングと発現: DNA 修復酵素ファミリーの定義」。 米国 科学 アカデミー紀要 。88 (24): 11450–4。Bibcode : 1991PNAS ...8811450D。doi : 10.1073 / pnas.88.24.11450。PMC 53153。PMID 1722334 。 岡崎哲、鄭雨、西下哲、蛭子Ｓ、臼田Ｓ、見城Ｓ、ザンソーダキスＳ、五十嵐哲、尾形Ｅ（1994年11月）。 「酸化還元因子タンパク質ref1は、細胞外カルシウムによる負の遺伝子制御に関与している。」 生物化学ジャーナル 。 269 (45): 27855–62。 土井 ： 10.1016/S0021-9258(18)46865-2 。 PMID 7961715。 Akiyama K, Seki S, Oshida T, Yoshida MC (1994 年 9 月)。「ヒト APEX 遺伝子の構造、プロモーター解析、染色体割り当て」。Biochimica et Biophysica Acta ( BBA) - 遺伝子構造と発現 。1219 (1): 15–25。doi :10.1016/0167-4781(94)90241-0。PMID 8086453 。 Andersson B、 Wentland MA、Ricafrente JY、Liu W 、 Gibbs RA (1996 年 4 月)。「改良されたショットガン ライブラリ構築のための「ダブル アダプター」法」。Analytical Biochemistry。236 ( 1): 107–13。doi :10.1006/abio.1996.0138。PMID 8619474 。 鄭 雨、五十嵐 哲、西下 哲、岩成 英、岩松 亜、諏訪 亜、三森 達、秦 和、恵比須 S、緒方 英、藤田 哲、岡崎 哲 (1996 年 4 月)。 「Ku 抗原と REF1 タンパク質間の相互作用は、細胞外カルシウムによる負の遺伝子制御を媒介します。」 生物化学ジャーナル 。 271 (15): 8593–8。 土井 ： 10.1074/jbc.271.15.8593 。 PMID 8621488。 Rothwell DG、Hickson ID (1996 年 11 月)。「アスパラギン 212 は 、ヒト DNA 修復 エンドヌクレアーゼ HAP1 による無塩基部位の認識に必須である」。 核酸研究 。24 (21): 4217–21。doi :10.1093/ nar /24.21.4217。PMC 146231。PMID 8932375 。 Izumi T、 Henner WD、Mitra S (1996 年 11 月)。「多機能タンパク質である主要なヒト AP エンドヌクレアーゼの負の制御」。 生化学 。35 ( 47): 14679–83。doi :10.1021/bi961995u。PMID 8942627 。
外部リンク
