5'-3' エキソリボヌクレアーゼ 2

ＸＲＮ２
識別子
エイリアス	XRN2、entrez:22803、5'-3' エクソリボヌクレアーゼ 2
外部ID	オミム：608851; MGI : 894687;ホモロジーン: 6927;ジーンカード：XRN2; OMA :XRN2 - オルソログ
遺伝子の位置（ヒト）
クロ。	染色体20（ヒト）
終わり	21,389,825 bp
遺伝子の位置（マウス）
クロ。	染色体2（マウス）
終わり	146,919,920 bp
RNA発現パターン
	トップの表現
	単球; ; 神経節隆起; ; 生殖腺; ; ランゲルハンス島; ; 平滑筋組織; ; アキレス腱; ; 付録; ; 胆嚢; ; 心室帯; ; 子宮内膜間質細胞;
	トップの表現
	胎児の尾; ; 卵黄嚢; ; 生殖腺隆起; ; 心室帯; ; 神経節隆起; ; 網膜の神経層; ; 下顎突出; ; 上顎突出; ; 腹壁; ; 精子細胞;
	参照表現データの詳細
	該当なし
遺伝子オントロジー
分子機能	DNA結合; 5'-3'エキソリボヌクレアーゼ活性; 5'-3'エキソヌクレアーゼ活性; 金属イオン結合; タンパク質結合; 核酸結合; ヌクレアーゼ活性; 転写終結部位配列特異的DNA結合; エキソヌクレアーゼ活性; 加水分解酵素活性; 3'-5'-エキソリボヌクレアーゼ活性; RNA結合;
細胞成分	膜; 攻撃的な; 核小体; 核; 核質;
生物学的プロセス	RNA処理; 転写の調節、DNAテンプレート; DNAテンプレート転写、終結; mRNA処理; RNA分解プロセス; 転写、DNAテンプレート; DNA分解プロセス、エキソヌクレアーゼ; 精子形成; RNA代謝プロセス; 核酸塩基含有化合物の代謝プロセス; ニューロンの分化; カメラ型眼における網膜の発達; rRNA処理; RNAホスホジエステル結合加水分解、エキソヌクレアーゼ; 海馬の発達;
	出典:Amigo / QuickGO
オルソログ
	22803
	24128
	ENSG00000088930
	ENSMUSG00000027433
	翻訳
	Q9DBR1
	NM_012255 ; NM_001317960
	NM_011917 ; NM_001356402 ; NM_001356403
	NP_001304889 ; NP_036387
	NP_036047 ; NP_001343331 ; NP_001343332
	ウィキデータ
人間の表示/編集	マウスの表示/編集

5'-3'エキソリボヌクレアーゼ2 （XRN2）はDhm1様タンパク質としても知られ、ヒトではXRN2遺伝子によってコードされるエキソリボヌクレアーゼ酵素である。^[5]

XRN2をコードするヒト遺伝子は、マウスのDhm1や酵母のDhp1（Schizosaccharomyces pombe）またはRAT1（Saccharomyces ）遺伝子と類似性があります。酵母遺伝子は、RNA合成やRNA輸送および終結などの相同組換えやRNA 代謝に関与しています。 ^[6]相補性研究により、Dhm1はマウスでDhp1と同様の機能を持つことが示されています。

関数

ヒトXRN2は転写終結の魚雷モデルに関与している。^[7]

C.エレガンスのホモログであるXRN-2は、特定の成熟miRNAの分解とmiRISC miRNAからの除去に関与している。^[8]

酵母では、Rat1タンパク質はトルペード転写終結モデルにも関与していることが示されています。新生RNAにポリアデニル化部位が検出され、RNAポリメラーゼIIによって切断されると、Rtt103因子がRat1をリクルートし、自由端に結合します。Rat1のエキソヌクレアーゼ活性はRNA鎖を分解し、ポリメラーゼに追いつくと転写を停止します。^[6]

参照

エクスターン1

参考文献

^ abc GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000088930 – Ensembl、2017 年 5 月
^ abc GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000027433 – Ensembl、2017 年 5 月
^ 「Human PubMed Reference:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
^ 「マウス PubMed リファレンス:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
^ Zhang M, Yu L, Xin Y, Hu P, Fu Q, Yu C, Zhao S (1999年7月). 「XRN2遺伝子のクローニングとヒト染色体20p11.1-p11.2へのマッピング」. Genomics . 59 (2): 252–4. doi :10.1006/geno.1999.5866. PMID 10409438.
^ ab David Tollervey (2004年11月). 「魚雷による終結」. Nature . 432 (7016): 456–457. doi :10.1038/432456a. PMID 15565140. S2CID 6823163.
^ West S、Gromak N、Proudfoot NJ (2004 年 11 月)。「ヒト 5' --> 3' エキソヌクレアーゼ Xrn2 は共転写切断部位での転写終結を促進する」。Nature . 432 ( 7016 ) : 522–5。Bibcode :2004Natur.432..522W。doi : 10.1038/nature03035。PMID 15565158。S2CID 4365304 。
^ Chatterjee S, Grosshans H (2009 年 9 月). 「Caenorhabditis elegans における成熟マイクロ RNA の活性を調節する活性ターンオーバー」. Nature . 461 (7263): 546–9. Bibcode :2009Natur.461..546C. doi :10.1038/nature08349. PMID 19734881. S2CID 4414841.

外部リンク

UCSC ゲノムブラウザのヒト XRN2 ゲノムの位置と XRN2 遺伝子の詳細ページ。

さらに読む

Lehner B、Sanderson CM (2004)。「ヒトmRNA分解のためのタンパク質相互作用フレームワーク」。Genome Res . 14 (7): 1315–23. doi :10.1101/gr.2122004. PMC 442147. PMID 15231747 。
Deloukas P、Matthews LH 、 Ashurst J、他 (2001)。「ヒト染色体20のDNA配列と比較分析」。Nature 414 ( 6866 ): 865–71。Bibcode :2001Natur.414..865D。doi : 10.1038 /414865a。PMID 11780052。
Beausoleil SA、Villén J、Gerber SA、他 (2006)。「高スループットタンパク質リン酸化解析および部位局在化のための確率ベースのアプローチ」Nat. Biotechnol . 24 (10): 1285–92. doi :10.1038/nbt1240. PMID 16964243. S2CID 14294292.
Lu Y、Liu P、James M、et al. (2010)。「Xrn2 発現をシス制御する遺伝子変異は自然発生肺腫瘍のリスクに寄与する」。Oncogene . 29 (7): 1041–9. doi :10.1038/onc.2009.396. PMC 6019621 . PMID 19915612。
Lejeune F, Li X, Maquat LE (2003). 「哺乳類細胞におけるナンセンス依存mRNA分解には、脱キャップ、脱アデニル化、およびエキソヌクレアーゼ活性が関与している」。Mol . Cell . 12 (3): 675–87. doi : 10.1016/S1097-2765(03)00349-6 . PMID 14527413.
Wiemann S、Weil B、Wellenreuther R、他 (2001)。「ヒト遺伝子およびタンパク質のカタログに向けて：ヒトcDNAをコードする500個の新規完全タンパク質の配列決定および分析」。Genome Res . 11 (3): 422–35. doi :10.1101/gr.GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166 。
Yang XC、Sullivan KD、Marzluff WF、Dominski Z (2009)。「ヒストンpre-mRNA処理におけるCPSF-73の5'エキソヌクレアーゼおよびエンドヌクレアーゼ活性の研究」。Mol . Cell. Biol . 29 (1): 31–42. doi :10.1128/MCB.00776-08. PMC 2612496. PMID 18955505 。
Olsen JV、Blagoev B、Gnad F、et al. (2006)。「シグナル伝達ネットワークにおける全体的、生体内、および部位特異的なリン酸化ダイナミクス」。Cell . 127 (3): 635–48. doi : 10.1016/j.cell.2006.09.026 . PMID 17081983. S2CID 7827573。
Scherl A, Couté Y, Déon C, et al. (2002). 「ヒト核小体の機能的プロテオーム解析」Mol. Biol. Cell . 13 (11): 4100–9. doi :10.1091/mbc.E02-05-0271. PMC 133617 . PMID 12429849.
Kaneko S、Rozenblatt-Rosen O、Meyerson M、Manley JL (2007)。「多機能タンパク質p54nrb/PSFはエキソヌクレアーゼXRN2をリクルートし、pre-mRNA 3'プロセシングと転写終結を促進する」。Genes Dev . 21 (14): 1779–89. doi :10.1101/gad.1565207. PMC 1920172 . PMID 17639083。
Gerhard DS、Wagner L、Feingold EA、他 (2004)。「NIH 完全長 cDNA プロジェクトの現状、品質、拡大: 哺乳類遺伝子コレクション (MGC)」。Genome Res . 14 (10B): 2121–7. doi :10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334 。
太田孝文、鈴木勇、西川孝文、他 (2004)。「21,243 個の完全長ヒト cDNA の完全な配列決定と特性解析」。Nat . Genet . 36 (1): 40–5. doi : 10.1038/ng1285 . PMID 14702039。
Gromak N、West S、Proudfoot NJ (2006)。「一時停止部位は哺乳類RNAポリメラーゼIIの転写終結を促進する」。Mol . Cell. Biol . 26 (10): 3986–96. doi :10.1128/MCB.26.10.3986-3996.2006. PMC 1488997. PMID 16648491 。
Andersen JS 、Lam YW、Leung AK 、他 (2005)。「核小体プロテオームダイナミクス」。Nature . 433 ( 7021 ): 77–83。Bibcode :2005Natur.433...77A。doi : 10.1038/nature03207。PMID 15635413。S2CID 4344740。
Li J、Zheng H、Ji C、et al. (2005)。「ヒトXRN2遺伝子の新規スプライスバリアントは主に血液白血球で発現する」。DNA Seq . 16 (2 ) : 143–6。doi : 10.1080/10425170500066771。PMID 16147866。S2CID 35865401 。
哺乳類遺伝子コレクションプログラムチーム、Strausberg RL、 Feingold EA、Grouse LH、他 (2002)。「15,000 を超える完全長のヒトおよびマウス cDNA 配列の生成と初期分析」。米国科学アカデミー紀要。99 ( 26): 16899–16903。Bibcode : 2002PNAS ... 9916899M。doi : 10.1073/ pnas.242603899。PMC 139241。PMID 12477932。
Beausoleil SA、Jedrychowski M、 Schwartz D、他 (2004)。「HeLa 細胞核リン酸化タンパク質の大規模特性評価」。Proc . Natl. Acad. Sci. USA . 101 ( 33 ) : 12130–5。Bibcode :2004PNAS..10112130B。doi : 10.1073/ pnas.0404720101。PMC 514446。PMID 15302935。

外部リンク

米国国立医学図書館の医学主題標目表(MeSH)における XRN2+タンパク質、+ヒト

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000088930 – Ensembl、2017 年 5 月

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000027433 – Ensembl、2017 年 5 月

[3] 「Human PubMed Reference:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。

[4] 「マウス PubMed リファレンス:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。

[pmid10409438-5] Zhang M, Yu L, Xin Y, Hu P, Fu Q, Yu C, Zhao S (1999年7月). 「XRN2遺伝子のクローニングとヒト染色体20p11.1-p11.2へのマッピング」. Genomics . 59 (2): 252–4. doi :10.1006/geno.1999.5866. PMID 10409438.

[torpedo-6] David Tollervey (2004年11月). 「魚雷による終結」. Nature . 432 (7016): 456–457. doi :10.1038/432456a. PMID 15565140. S2CID 6823163.

[pmid15565158-7] ^ West S、Gromak N、Proudfoot NJ (2004 年 11 月)。「ヒト 5' --> 3' エキソヌクレアーゼ Xrn2 は共転写切断部位での転写終結を促進する」。Nature . 432 ( 7016 ) : 522–5。Bibcode :2004Natur.432..522W。doi : 10.1038/nature03035。PMID 15565158。S2CID 4365304 。

[pmid19734881-8] Chatterjee S, Grosshans H (2009 年 9 月). 「Caenorhabditis elegans における成熟マイクロ RNA の活性を調節する活性ターンオーバー」. Nature . 461 (7263): 546–9. Bibcode :2009Natur.461..546C. doi :10.1038/nature08349. PMID 19734881. S2CID 4414841.