研究および貢献 トラップネルの研究は、発生や疾患の過程で細胞がどのように運命決定を行うかを研究するための計算技術とゲノム技術の開発に焦点を当てています。彼の研究室は、実験的アプローチと計算的アプローチを組み合わせて遺伝子制御ネットワークを解析しています。[ 5 ]
大学院在学中、トラップネルはRNA-Seqデータの解析のための基礎的なツールをいくつか開発した。彼は、RNA-Seqリードをゲノムにアラインメントしてスプライスジャンクションを特定するプログラムであるTopHat [ 8 ] と、アラインメントされたリードから遺伝子と転写産物の存在量を組み立てて定量化するCufflinks [ 9 ] の主著者である。
トラップネルは、博士研究員時代、そして後に自身の研究室で、遺伝子発現プロファイルに基づいて単一細胞を発生の軌跡に沿って順序付ける方法である擬似時間順序付け、または「擬似時間」の概念を開拓しました。[ 10 ] このアプローチにより、研究者は単一細胞データの静的なスナップショットから、細胞分化などの動的な生物学的プロセスを研究することができます。[ 11 ] 彼の研究室は、これらの軌跡推論解析を実行するためのソフトウェアパッケージ Monocle を開発しました。[ 12 ]
参考文献 1 2 トラップネル、ブルース・C.(ブルース・コルストン)、1982年、米国議会 図書館 ↑ Langmead, Ben; Cole Trapnell; Mihai Pop; Steven L Salzberg (2009). "Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome" . Genome Biology . 10 (3): 10:R25. doi : 10.1186/gb-2009-10-3-r25 . PMC 2690996 . PMID 19261174 . 1 2 コール・トラップネルの出版物( Google Scholar に索引付けされているもの) 1 2 3 Fogg, Christiana N.; Kovats, Diane E.; Shamir, Ron (2018). "2018 ISCB Overton Prize が Cole Trapnell に授与されました" . PLOS Computational Biology . 14 (6) e1006163. Bibcode : 2018PLSCB..14E6163F . doi : 10.1371/journal.pcbi.1006163 . ISSN 1553-7358 . PMC 5991640 . PMID 29879112 . 1 2 3 「コール・トラップネル」 。 ゲノム科学部門 。ワシントン大学 。 2024年 7月15日 取得。 ↑ 「コール・トラップネル」 。 アレン研究所 。 2024 年 7 月 15 日 に取得 。 ↑ 「シアトル合成生物学ハブに関するコール・トラップネル博士への質疑応答」 。 ブロートマン・ベイティ研究所 。2024年1月30日。 2024年 7月15日 取得 。 ↑ Trapnell, Cole; Pachter, Lior; Salzberg, Steven L. (2009年5月1日). "TopHat: RNA-Seqによるスプライス接合部の発見" . Bioinformatics . 25 (9): 1105– 1111. doi : 10.1093/bioinformatics/btp120 . PMC 2672628 . PMID 19289445 . ↑ Trapnell, Cole; Roberts, Adam; Goff, Loyal; Pertea, Geo; Kim, Daehwan; Kelley, David R; Pimentel, Harold; Salzberg, Steven L; Rinn, John L; Pachter, Lior (2012). "TopHatとCufflinksを用いたRNA-seq実験の遺伝子および転写産物の発現差解析" . Nature Protocols . 7 (3). Springer Science and Business Media LLC: 562– 578. doi : 10.1038/nprot.2012.016 . ISSN 1754-2189 . PMC 3334321 . ↑ Trapnell, Cole; Cacchiarelli, Davide; Grimsby, Jonna; Pokharel, Prapti; Li, Shuqiang; Morse, Michael; Lennon, Niall J; Livak, Kenneth J; Mikkelsen, Tarjei S; Rinn, John L (2014年3月23日). "単一細胞の擬似時間順序付けにより、細胞運命決定のダイナミクスと制御因子が明らかになる" . Nature Biotechnology . 32 (4). Springer Science and Business Media LLC: 381– 386. doi : 10.1038/nbt.2859 . ISSN 1087-0156 . PMC 4122333 . 2025年 7月15日 取得 . ↑ Trapnell, Cole (2015). "単一細胞ゲノミクスによる細胞型と状態の定義" (PDF) . Genome Research . 25 (10). Cold Spring Harbor Laboratory: 1491– 1498. doi : 10.1101/gr.190595.115 . ISSN 1088-9051 . 2025年 7月15日 取得 . ↑ Flynn, Emily; Almonte-Loya, Ana; Fragiadakis, Gabriela K. (2023-08-10). "Single-Cell Multiomics" . Annual Review of Biomedical Data Science .