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2004年初頭に開始されたインフルエンザゲノムシーケンスプロジェクト（IGSP）は、多様な種分布を代表する分離株のコレクションから得られた完全なインフルエンザゲノム配列の公開データセットを提供することにより、インフルエンザの進化を調査することを目的としている。
本プロジェクトは、米国国立衛生研究所（ NIH）傘下の国立アレルギー感染症研究所（NIAID）の資金提供を受けており、ゲノム研究所（TIGR、2006年にベンター研究所に改称）内のNIAID微生物シーケンスセンターを拠点として運営されている。プロジェクトによって生成された配列情報は、 GenBankを通じて継続的に公開されている。
2003 年後半、David Lipman、Lone Simonsen、Steven Salzberg、および他の科学者のコンソーシアムは、ゲノム研究所(TIGR)で多数のインフルエンザウイルスの配列決定を開始するための提案書を作成しました。このプロジェクト以前は、公開されているインフルエンザゲノムはごくわずかでした。彼らの提案は国立衛生研究所(NIH)によって承認され、後に IGSP となりました。その年の後半に、Elodie Ghedin が主導する新しい技術開発が TIGR で開始され、100 を超えるインフルエンザゲノムを記述した最初の論文が 2005 年に学術誌 Nature に掲載されました[ 1 ]
このプロジェクトでは、すべての配列データを、米国国立衛生研究所（NIH）が資金提供する国際的な検索可能なオンラインデータベースであるGenBankを通じて公開しています。この研究は、国際的な研究者が新しいワクチン、治療法、診断法を開発するために必要な情報を提供するとともに、インフルエンザの分子進化全体や、その病原性を決定するその他の遺伝的要因の理解を深めるのに役立ちます。このような知識は、毎年発生するインフルエンザの流行の影響を軽減するだけでなく、パンデミックインフルエンザウイルスの出現に関する科学的知識の向上にもつながる可能性があります。
このプロジェクトは2005年3月に最初のゲノムを完成させ、それ以来急速に進展している。2008年半ばまでに、ヒト（「ヒトインフルエンザ」）、鳥類（「鳥インフルエンザ」）、豚（「豚インフルエンザ」）集団に常在するインフルエンザウイルスから3000以上の分離株のゲノム配列が完全に決定され、その中にはH3N2（ヒト）、H1N1（ヒト）、H5N1（鳥類）の多くの株が含まれている。[ 1 ]
このプロジェクトは、米国保健福祉省傘下の機関である国立衛生研究所（NIH）の一部門である国立アレルギー感染症研究所（NIAID）によって資金提供されています。
IGSPは拡大を続け、専門知識と貴重なインフルエンザ分離株コレクションを提供してくれる協力者が増え続けている。初期の主要な貢献者には、ニューヨークのマウントサイナイ医科大学のピーター・パレス、ニューヨーク州保健局ワズワースセンターのジル・テイラー、カンタベリー・ヘルス・ラボラトリーズ（ニュージーランド）のランス・ジェニングス、米軍病理学研究所のジェフ・タウベンバーガー（後にNIHに移籍）、オハイオ州立大学のリチャード・スレモンズ、テネシー州メンフィスのセントジュード小児病院のロブ・ウェブスターなどがいる。
2006年には、イタリアのヴェネツィエ動物衛生研究所のイラリア・カプア氏がプロジェクトに参加し、鳥インフルエンザ分離株の貴重なコレクション（複数のH5N1株を含む）を提供しました。これらの鳥インフルエンザ分離株の一部は、2007年にEmerging Infectious Diseases誌に掲載されました。 [ 2 ]米国疾病予防管理センター（CDC） のナンシー・コックス氏とベイラー医科大学のロバート・カウチ氏も2006年にプロジェクトに参加し、150株以上のインフルエンザB分離株を提供しました。
このプロジェクトは、ボストン小児病院およびハーバード公衆衛生大学院のフローレンス・ブルジョワ氏とケネス・マンドル氏、そしてサーベイランス・データ社のローレル・エデルマン氏との共同研究により、2007年のインフルエンザシーズンに関する前向き研究を開始した。