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セーフハーバー認証シーフードは、カリフォルニア州サンラファエルに拠点を置くマイクロアナリティカルシステムズ社（MASI）が開発した最初のブランドです。セーフハーバー認証マークが付いたシーフードは、総水銀含有量がFDAの規制値である1ppm以下であること、ヒスタミン、大腸菌O157:H7、サルモネラ菌について検査されています。大型の魚はすべてMASIの担当者によって個別に検査され、その魚の最大水銀濃度がその魚種に設定された制限値を超えないことが確認されています。さらに、ほとんどの貝類と養殖のナマズ、エビ、ティラピアは大腸菌O157:H7とサルモネラ菌について検査され、マグロ、マヒマヒ、メカジキなどの外来種はヒスタミンによる食中毒について検査されます。個別に検査されない魚（一般的に水銀含有量が低いとされる、体重2ポンド以下の魚）は、ANSI承認のサンプリングアルゴリズムを使用してバッチ検査され、検査対象の各ロットがその魚種に設定されたセーフハーバー基準を満たしていることを95％の信頼度で保証します。
2002年、マイクロアナリティカルシステムズ社（MASI）は、魚介類の水銀濃度を検査する技術を開発しました。10年にわたる研究開発を経て、あらゆる組織サンプル中の総水銀濃度を検査できる独自の技術が開発されました。組織サンプルは改良された生検針を用いて採取され、定量的な結果は60秒以内に記録されます。従来の検査方法とは異なり、この技術の特性と検査プロセスのスピードにより、サンプルをそのまま消費できるだけでなく、加工・流通施設や生産ラインでリアルタイムに検査を行うことができます。MASIのデータによると、同社はこれまでに20万件以上の魚介類の検査を実施し、水銀濃度、ヒスタミン、有害病原体の有無を判定してきました。
2010年、MASIはポリメラーゼ連鎖反応（PCR）技術を用いて大腸菌O157:H7とサルモネラ菌の検査を開始しました。さらに、MASIはヒスタミンの検査も開始しました。ヒスタミンは、通常、不適切な取り扱い、温度管理、海洋環境におけるヒスタミン産生菌の増加などが原因で、時間と温度の乱れによる腐敗生成物です。MASIは、サバ科魚類のヒスタミンスクリーニングに競合ELISA（酵素結合免疫吸着法）を使用しています。
MASIは、世界各地の施設でセーフハーバーラベルに基づき魚の検査を行っています。