コルチコウイルス

コルチコウイルス
	P2タンパク質とP3タンパク質から構成される組み立てられたカプシド。
ウイルスの分類
(ランク外):	ウイルス
レルム:	バリドナビリア
王国：	バンフォードヴィラエ
門:	プレプラスミウイルス
クラス：	テクティリビリセテス
注文：	ビナウイルス科
家族：	コルチコウイルス科
属:	コルチコウイルス

コルチコウイルスは、コルチコウイルス科のウイルス属。^[2]コルチコウイルスはバクテリオファージであり、つまりその自然宿主は細菌である。この属には2つの種が含まれる。^[2]^[3]名前はラテン語のcortex、 corticis（「地殻」または「樹皮」を意味する）に由来する。しかし、PM2に近縁のプロファージは水生細菌のゲノムに豊富に存在するため、コルチコウイルスの生態学的重要性が過小評価されている可能性がある。 ^{[4]バクテリオファージPM2は、1968年に}チリの海岸から採取された海水から分離されて初めて記述された。^[5]

分類

この属には以下の種が含まれる: ^[6]

シュードアルテロモナスウイルス Cr39582
シュードアルテロモナスウイルス PM2

その他の未割り当てファージ: ^[7]

シュードアルテロモナスウイルスGXT1010
マリノモナスウイルスYY
ビブリオウイルスfNo16

ウイルス学

ウイルス粒子は、直径60nmの円形の二十面体の非エンベロープカプシドと、外側と内側のタンパク質殻の間に位置する内部脂質膜で構成されています。 ^[8] 殻は3層で構成されており、その表面には特徴的な模様が現れており、^{[9] 12の}頂点から茂みのようなスパイクが突き出ています。^[10]

二十面体カプシド（T = 21）は直径 56ナノメートル（nm）で、1200 個の P1（スパイク）タンパク質と 60 個の P2（カプシド）タンパク質で構成されています。五量体の受容体結合スパイクは 12 個の五回軸から突き出ています。カプシドは、構造タンパク質 P3 から P10 を含む内部脂質コアを囲んでいます。^{[引用が必要]}

ゲノム

ゲノムは分節化されておらず、ウイルスの重量の13％を占め、長さ10キロ塩基の環状の超らせん状の二本鎖DNA分子1つを含む。ゲノムのg + c含有量は43％である。^[11]約21種類のタンパク質をコードしている。

転写は 3 つのオペロンに分かれています。

ゲノムの複製は、ウイルスがコードするエンドヌクレアーゼ P12 によって開始されるローリングサークル機構を介して行われます。^{[引用が必要]}

ライフサイクル

ウイルスの複製は細胞質内で起こる。宿主細胞への侵入は、宿主細胞表面への吸着、続いてウイルス膜と宿主細胞の外膜の融合、そしてその後の細胞内部へのゲノムの送達によって達成される。^[12]転写の方法は、DNAテンプレート転写である。シュードアルテロモナス属、マリノモナス属、ビブリオ属の細菌が自然宿主となる。コルチコウイルスPM2は溶解性ウイルスであり、感染サイクルの最後に、ファージにコードされたタンパク質P17とP18、および未確認の宿主自己溶解素からなる独自の溶解システムを使用して宿主細胞を破壊する。^[13]しかし、細菌ゲノム中にPM2のようなプロウイルスが同定されていることから、このファミリーの他のメンバーは温帯ウイルスである可能性があることが示唆されている。感染経路は受動拡散である。^[3]

参考文献

^ Abrescia, Nicola GA; Grimes, Jonathan M.; Kivelä, Hanna M.; Assenberg, Rene; Sutton, Geoff C.; Butcher, Sarah J.; Bamford, Jaana KH; Bamford, Dennis H.; Stuart, David I. (2008 年 9 月)。「海洋脂質含有バクテリオファージ PM2 の構造から得られるウイルス進化と膜生合成に関する洞察」。Molecular Cell。31 ( 5 ) : 749–761。doi : 10.1016/ j.molcel.2008.06.026。PMID 18775333。
^ ab 「コルチコウイルス科」。ICTVオンライン（第10回）レポート。
^ ab 「Viral Zone」。ExPASy 。 2015年6月15日閲覧。
^ Krupovic M 、 Bamford DH (2007) 。「溶解性尾部なし海洋dsDNAファージPM2 に関連する推定プロファージは、水生細菌のゲノム中に広く分布している」。BMC Genomics。8：236。doi ：10.1186 /1471-2164-8-236。PMC 1950889。PMID 17634101。
^ Espejo, Romilio T.; Canelo, Eliana S. (1968年4月). 「バクテリオファージPM2の特性:脂質含有細菌ウイルス」.ウイルス学. 34 (4): 738–747. doi :10.1016/0042-6822(68)90094-9. PMID 5655723.
^ 「ウイルス分類：2020年リリース」。国際ウイルス分類委員会（ICTV）。2021年3月。 2021年5月22日閲覧。
^ コルチコウイルス科。NCBI分類。
^ Kiveld, HM, Kalkkinen, N. および Bamford, DH (2002)。「バクテリオファージ PM2 は、球状の脂質タンパク質コアを囲むタンパク質カプシドを持つ」J. Virol. 76, 8169-8178。
^ Kiveld, HM, Männistö, RH, Kalkkinen, N. および Bamford, DH (1999)。「初めて分離された脂質含有細菌ウイルス PM2 の精製とタンパク質組成」Virology 262, 364-374。
^ Harrison, SC, Caspar, DL, Camerini-Otero, RD and Franklin, RM (1971). バクテリオファージPM2の脂質とタンパク質の配置. Nat. New Biol., 229, 197-201.
^ Männistö, RH, Kivelä, HM, Paulin, L., Bamford, DH および Bamford, JKH (1999)。「初めて分離された脂質含有細菌ウイルス PM2 の完全なゲノム配列」Virology 262, 355-363。
^ Cvirkaite-Krupovic V、Krupovic M、Daugelavicius R、Bamford DH (2010)。「カルシウムイオン依存性の膜含有バクテリオファージPM2のシュードアルテロモナス宿主への侵入」。Virology . 405 ( 1): 120–128. doi : 10.1016/j.virol.2010.05.021 . PMID 20646729。
^ Krupovic M、Daugelavicius R、Bamford DH (2007)。「脂質含有海洋二本鎖DNAバクテリオファージPM2の新しい溶解システム」。Mol Microbiol . 64 (6): 1635–48. doi : 10.1111/j.1365-2958.2007.05769.x . PMID 17555443。

外部リンク

ICTVオンライン（第10回）レポート：コルチコウイルス科
ウイルスゾーン: コルチコウイルス

[abrescia_2008-1] Abrescia, Nicola GA; Grimes, Jonathan M.; Kivelä, Hanna M.; Assenberg, Rene; Sutton, Geoff C.; Butcher, Sarah J.; Bamford, Jaana KH; Bamford, Dennis H.; Stuart, David I. (2008 年 9 月)。「海洋脂質含有バクテリオファージ PM2 の構造から得られるウイルス進化と膜生合成に関する洞察」。Molecular Cell。31 ( 5 ) : 749–761。doi : 10.1016/ j.molcel.2008.06.026。PMID 18775333。

[ICTVReport-2] 「コルチコウイルス科」。ICTVオンライン（第10回）レポート。

[ViralZone-3] 「Viral Zone」。ExPASy 。 2015年6月15日閲覧。

[4] ^ Krupovic M 、 Bamford DH (2007) 。「溶解性尾部なし海洋dsDNAファージPM2 に関連する推定プロファージは、水生細菌のゲノム中に広く分布している」。BMC Genomics。8：236。doi ：10.1186 /1471-2164-8-236。PMC 1950889。PMID 17634101。

[espejo_1968-5] Espejo, Romilio T.; Canelo, Eliana S. (1968年4月). 「バクテリオファージPM2の特性:脂質含有細菌ウイルス」.ウイルス学. 34 (4): 738–747. doi :10.1016/0042-6822(68)90094-9. PMID 5655723.

[6] 「ウイルス分類：2020年リリース」。国際ウイルス分類委員会（ICTV）。2021年3月。 2021年5月22日閲覧。

[7] コルチコウイルス科。NCBI分類。

[8] Kiveld, HM, Kalkkinen, N. および Bamford, DH (2002)。「バクテリオファージ PM2 は、球状の脂質タンパク質コアを囲むタンパク質カプシドを持つ」J. Virol. 76, 8169-8178。

[9] Kiveld, HM, Männistö, RH, Kalkkinen, N. および Bamford, DH (1999)。「初めて分離された脂質含有細菌ウイルス PM2 の精製とタンパク質組成」Virology 262, 364-374。

[10] Harrison, SC, Caspar, DL, Camerini-Otero, RD and Franklin, RM (1971). バクテリオファージPM2の脂質とタンパク質の配置. Nat. New Biol., 229, 197-201.

[11] Männistö, RH, Kivelä, HM, Paulin, L., Bamford, DH および Bamford, JKH (1999)。「初めて分離された脂質含有細菌ウイルス PM2 の完全なゲノム配列」Virology 262, 355-363。

[12] Cvirkaite-Krupovic V、Krupovic M、Daugelavicius R、Bamford DH (2010)。「カルシウムイオン依存性の膜含有バクテリオファージPM2のシュードアルテロモナス宿主への侵入」。Virology . 405 ( 1): 120–128. doi : 10.1016/j.virol.2010.05.021 . PMID 20646729。

[13] Krupovic M、Daugelavicius R、Bamford DH (2007)。「脂質含有海洋二本鎖DNAバクテリオファージPM2の新しい溶解システム」。Mol Microbiol . 64 (6): 1635–48. doi : 10.1111/j.1365-2958.2007.05769.x . PMID 17555443。