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第二次世界大戦中のドイツによるソ連侵攻は1941年6月22日に始まり、ベラルーシはドイツ軍の占領下に置かれ、1944年8月にバグラチオン作戦によって完全に解放されるまで続いた。ベラルーシ西部は1941年に東方総督府の一部となり、1943年にはドイツ当局が地元の協力者にベラルーシ中央議会という地方政府の設立を許可したが、これはソ連が同地域に対する支配権を再確立するまで続いた。
ナチス占領下の3年間で、ベラルーシでは合計200万人以上が殺害され、これは同地域の人口の約25%に相当する[ 1 ] [ 2 ]。あるいは、300万人、人口の30%に及ぶという説もある[ 3 ] [ 4 ]。その中には、ベラルーシにおけるホロコーストの一環として50万人から55万人のユダヤ人が含まれており、第二次世界大戦中にベラルーシ人の3人に1人が死亡したと推定されている[ 5 ] 。現在のベラルーシの領土全体では、9,200以上の村や集落、68万2,000棟の建物が破壊され焼失し、一部の集落は複数回焼失した[ 6 ] 。戦争終結までに、ベラルーシは死と移住の結果、人口の半分を失い、これはヨーロッパ諸国の中で最悪の事態となった[ 2 ] 。
ソ連とベラルーシの歴史学は、ドイツ占領という主題を、 1941年の国境線全体におけるソ連の構成共和国であるベラルーシ・ソビエト社会主義共和国（BSSR）とみなされる現代ベラルーシの文脈で研究している。ポーランドの歴史学は、1921年の国境線におけるポーランド東部（別名「クレシ・フショドニエ」、別名西ベラルーシ）を特別に、あるいは別個に扱うことを主張している。この地域は、 1939年9月17日にソ連がポーランドに侵攻した後、BSSRに編入された。西ベラルーシでは、主にポーランド人とユダヤ人である10万人以上の様々な民族的背景を持つ人々が、ドイツ侵攻前にソ連当局によって投獄、処刑、またはソ連東部へ移送された。NKVD （ソ連秘密警察）は、例えばチェルヴィエンで、 1941年6月と7月に1000人以上の囚人を殺害した。
西ベラルーシと西ウクライナにおけるソ連の支配が20か月続いた後、1941年6月22日にナチス・ドイツとその枢軸国同盟軍はソ連に侵攻した。東ベラルーシは戦闘とドイツ占領中に特に大きな被害を受けた。血みどろの包囲戦の後、1941年8月末までに現在のベラルーシ全土がドイツ軍に占領された。ポーランドはソ連による併合を違法とみなしていたため、1939年から1941年の間、ポーランド国民の大多数はソ連市民権を求めず、その結果、ソ連、そして後にドイツ占領下でもポーランド国民であった。
占領初期には、強力で組織化されたソ連のパルチザン運動が台頭した。森や沼地に潜むパルチザンは、鉄道線路、橋、電信線を破壊し、補給基地、燃料貯蔵庫、輸送車両を攻撃し、枢軸軍兵士を待ち伏せするなど、ドイツ軍の補給線や通信網に甚大な被害を与えた。第二次世界大戦全体を通して最も成功したパルチザンの破壊工作の一つである、1943年7月30日のいわゆるアシポヴィチ陽動作戦では、物資とティーガー戦車を積んだドイツ軍の列車4本が破壊された。パルチザンの活動に対抗するため、ドイツ軍は前線後方に相当数の兵力を撤退させざるを得なかった。1944年6月22日、ソ連の大規模な戦略攻勢作戦「バグラチオン作戦」が開始され、8月末までにベラルーシ全土が奪還された。
ドイツ軍の侵攻と占領は甚大な人的被害をもたらし、約38万人が強制労働のために国外追放され、さらに数十万人の民間人が大量虐殺された。スラブ系のベラルーシ人は、ドイツの民族浄化作戦「東方総合計画」の一環として、絶滅、追放、または奴隷化されることになっていた。少なくとも5,295のベラルーシ人集落がナチスによって破壊され、住民の一部または全員が殺害された（第二次世界大戦中にベラルーシで焼失またはその他の方法で破壊された9,200の集落のうち）[ 7 ] 、ハティンのような600以上の村では全住民が虐殺された[ 7 ] 。
歴史家の中には、ソ連のパルチザンがドイツ軍の報復を意図的に引き起こし、それが死者数の多さの一因となったと主張する者もいる。しかし、この結論には異論があり、大量殺戮のロジスティクスに焦点を当てた2017年の研究では、「ソ連のパルチザンによるドイツ軍人に対する攻撃は民間人に対する報復を招いたが、鉄道に対する攻撃は逆の効果をもたらした。パルチザンがドイツ人を殺害するのではなく、ドイツ軍の補給線を妨害することに集中した場合、占領軍は報復を少なくし、家屋を焼き払い、殺害する人数も少なかった」と結論づけている。[ 8 ] [ 9 ]
第二次世界大戦終結前のソ連ベラルーシ最大のユダヤ人ゲットーは、ドイツ軍が侵攻開始直後に設置したミンスク・ゲットーでした。ドイツ軍の進攻に先立って東へ避難しなかったベラルーシのユダヤ人人口は、ほぼ全員がホロコーストで銃殺されました。ナチス・ソ連占領下のポーランドからソ連ベラルーシとの国境まで東に広がる、消滅したユダヤ人ゲットーの一覧は、「ドイツ占領下のポーランドのユダヤ人ゲットー」の記事でご覧いただけます。
1944年後半、ドイツで訓練を受けたベラルーシ人30人がソ連軍前線の後方に空挺降下し、混乱を引き起こした。彼らはミハウ・ヴィトゥシュカ率いる「チョルニー・コット」（黒猫）として知られていた。赤軍後衛の混乱により、彼らは当初ある程度の成功を収めた。他のベラルーシ部隊もビャウォヴィエジャの森を抜け、1945年には本格的なゲリラ戦が勃発した。NKVDはこれらの部隊に潜入し、1946年末までに無力化した。
ベラルーシは第二次世界大戦で、戦前の人口の4分の1を失い、その中には知識人層のほぼすべてが含まれた。約9,200の村と120万戸の家屋が破壊された。主要都市であるミンスクとヴィテプスクでは、建物と都市インフラの80%以上が失われた。ドイツ軍に対する防衛と、ドイツ占領下での粘り強さを称え、首都ミンスクは戦後「英雄都市」の称号を授与された。ブレスト要塞は「英雄要塞」の称号を授与された。