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| ＫＤＭ２Ｂ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 識別子 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| エイリアス | KDM2B、CXXC2、FBXL10、Fbl10、JHDM1B、PCCX2、リジン脱メチル化酵素2B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 外部ID | オミム：609078; MGI : 1354737;ホモロジーン: 13069;ジーンカード：KDM2B; OMA :KDM2B - オルソログ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ヒトKDM2B 遺伝子は、タンパク質リジン（K）特異的脱メチル化酵素2Bをコードする。[5]
組織および細胞内分布
KDM2Bは、胚組織（特に脊椎動物の発達中の中枢神経系）で広く高度に発現しています。KDM2Bの発現は、成人のほとんどの臓器でも保持されています。[6]このタンパク質は核質に存在し、核小体に濃縮されており、そこでリボソームRNAの転写領域に結合してリボソームRNA遺伝子の転写を抑制し、細胞の成長と増殖を阻害します。[7]
構造
KDM2Bタンパク質には、ヒストンH3のトリメチル化Lys-4とジメチル化Lys-36を脱メチル化するヒストン脱メチル化酵素活性を持つJmjCドメインを含むいくつかのドメインがあります。[8] [7] KDM2Bは、 ZF-CxxC DNA結合ドメインを介してCpGアイランドの非メチル化DNAを特異的に認識して結合します。 [9] KDM2Bは、その結果、 BCORおよびPCGF1との直接相互作用を介して 非標準ポリコーム抑制複合体1.1（ncPRC1）を非メチル化CpGアイランドにリクルートし、 [10] K119上のヒストンH2Aのモノユビキチン化と遺伝子抑制につながります。[11] [12] [13] [14] [15]
関数
この遺伝子は、約 40アミノ酸のモチーフである F ボックスを特徴とするF ボックス タンパク質ファミリーのメンバーをコードします。F ボックス タンパク質は、SCF (SKP1-cullin-F ボックス) と呼ばれるユビキチンタンパク質リガーゼ複合体の 4 つのサブユニットの 1 つを構成し、リン酸化依存性ユビキチン化で機能します。F ボックス タンパク質は、WD-40 ドメインを含む Fbws、ロイシンに富む繰り返しを含む Fbls、および異なるタンパク質間相互作用モジュールまたは認識可能なモチーフを含まない Fbxs の 3 つのクラスに分類されます。この遺伝子によってコードされるタンパク質は Fbls クラスに属します。この遺伝子には複数の選択的スプライシング転写バリアントが見つかっていますが、一部のバリアントの全長は決定されていません。[5]
ncPRC1.1 複合体の一部として、KDM2B は PARP1 および TIMELESS 依存的に DNA 損傷部位に迅速かつ一時的にリクルートされ、K119 上のヒストン H2A のモノユビキチン化を促進し、同時に H2A レベルの局所的減少と H2A.Z の増加を引き起こすことがわかった。これらのイベントは、DNA 損傷での転写抑制、二本鎖切断シグナル伝達、および相同組換え修復を促進する。DNA 損傷での ncPRC1.1 複合体の活性は、PCGF サブユニット MEL18 と BMI1 によってそれぞれ定義される 2 つの標準的な PRC1 複合体 (cPRC1.2 と cPRC1.4) の適切なリクルートに必要であった。したがって、ncPRC1.1 複合体のリクルートは、相同組換え修復における初期かつ重要な調節ステップを表す。[16]
臨床的意義
KDM2Bの喪失は重度の発達障害（神経管閉鎖不全や頭蓋顔面奇形、造血発達などの脳の成長障害）を引き起こし、胎児致死につながる[17]
参考文献
- ^ abc GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000089094 – Ensembl、2017 年 5 月
- ^ abc GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000029475 – Ensembl、2017 年 5 月
- ^ 「Human PubMed Reference:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
- ^ 「マウス PubMed リファレンス:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
- ^ ab 「Entrez Gene: リジン (K) 特異的デメチラーゼ 2B」。
- ^ Saritas-Yildirim B、Pliner HA、Ochoa A、Silva EM (2015)。「Xenopus F -Boxファミリータンパク質のゲノムワイド同定と発現」。PLOS ONE。10 ( 9 ) : e0136929。Bibcode : 2015PLoSO..1036929S。doi : 10.1371 / journal.pone.0136929。PMC 4556705。PMID 26327321。
- ^ ab Frescas D, Guardavaccaro D, Bassermann F, Koyama-Nasu R, Pagano M (2007 年 11 月). 「JHDM1B/FBXL10 はリボソーム RNA 遺伝子の転写を抑制する核小体タンパク質である」. Nature . 450 (7167): 309–13. Bibcode :2007Natur.450..309F. doi :10.1038/nature06255. PMID 17994099. S2CID 4325942.
- ^ Tsukada Y, Fang J, Erdjument-Bromage H, Warren ME, Borchers CH, Tempst P, Zhang Y (2006 年 2 月). 「JmjC ドメイン含有タンパク質ファミリーによるヒストン脱メチル化」. Nature . 439 (7078): 811–6. Bibcode :2006Natur.439..811T. doi :10.1038/nature04433. PMID 16362057. S2CID 4415889.
- ^ Farcas AM、Blackledge NP、Sudbery I、Long HK、McGouran JF、Rose NR、他 (2012 年 12 月)。Struhl K (編)。「KDM2B はポリコーム抑制複合体 1 (PRC1) を CpG アイランドの認識にリンクします」。eLife . 1 : e00205. doi : 10.7554/eLife.00205 . PMC 3524939 . PMID 23256043。
- ^ Wong SJ、Gearhart MD、Taylor AB、Nanyes DR、Ha DJ、Robinson AK 、他 (2016 年 10 月)。「KDM2B によるポリコーム グループ コンプレックス PRC1.1 のリクルートには PCGF1 と BCORL1 の連携が必要」。Structure。24 ( 10 ) : 1795–1801。doi :10.1016/ j.str.2016.07.011。PMC 5088048。PMID 27568929。
- ^ Gao Z, Zhang J, Bonasio R, Strino F, Sawai A, Parisi F, et al. (2012年2月). 「PCGFホモログ、CBXタンパク質、RYBPが機能的に異なるPRC1ファミリー複合体を定義する」. Molecular Cell . 45 (3): 344–56. doi :10.1016/j.molcel.2012.01.002. PMC 3293217. PMID 22325352 .
- ^ Sánchez C, Sánchez I, Demmers JA, Rodriguez P, Strouboulis J, Vidal M (2007 年 5 月). 「Ring1B/Rnf2 相互作用因子のプロテオミクス解析により、Fbxl10/Jhdm1B ヒストン脱メチル化酵素と Bcl6 相互作用コリプレッサーとの新規複合体が特定される」. Molecular & Cellular Proteomics . 6 (5): 820–34. doi : 10.1074/mcp.M600275-MCP200 . PMID 17296600.
- ^ Gearhart MD、Corcoran CM、Wamstad JA 、 Bardwell VJ (2006 年 9 月)。「ポリコーム グループと SCF ユビキチン リガーゼは、BCL6 ターゲットにリクルートされる新しい BCOR 複合体で発見されました」。分子細胞生物学。26 ( 18 ): 6880–9。doi :10.1128/ MCB.00630-06。PMC 1592854。PMID 16943429。
- ^ Andricovich J、Kai Y、Peng W、Foudi A、Tzatsos A（2016年3月）。「ヒストン脱メチル化酵素KDM2Bは正常および悪性造血における系統コミットメントを制御する」。The Journal of Clinical Investigation。126（3）：905–20。doi ： 10.1172 /JCI84014。PMC 4767361。PMID 26808549。
- ^ タンブリ S、ラバローネ E、フェルナンデス ペレス D、コンウェイ E、ザノッティ M、マンガナーロ D、パシーニ D (2020 年 2 月)。 「ヒストン H2AK119 のモノユビキチン化はポリコームを介した転写抑制に必須である」。分子細胞。77 (4): 840–856.e5。土井：10.1016/j.molcel.2019.11.021。PMC 7033561。PMID 31883952。
- ^ Rona G、Roberti D、Yin Y、Pagan JK、Homer H、Sassani E、Zeke A、Busino L、Rothenberg E、Pagano M (2018 年 7 月)。「PARP1 依存的に FBXL10-RNF68-RNF2 ユビキチンリガーゼが DNA 損傷部位にリクルートされ、H2A.Z のローディングが制御さ れる」。eLife。7。doi : 10.7554 / eLife.38771。PMC 6037479。PMID 29985131。
- ^ Boulard, M; Edwards, JR; Bestor, TH (2015年5月). 「FBXL10はポリコーム結合遺伝子を過剰メチル化から保護する」. Nature Genetics . 45 (5): 479–485. doi :10.1038/ng.3272. PMID 25848754. S2CID 205349859.
さらに読む
- 藤野 孝文、長谷川 正之、柴田 聡、岸本 孝文、今井 聡文、高野 孝文 (2000 年 5 月)。「PHD フィンガーと CXXC ドメインを持つ新規 DNA 結合タンパク質 PCCX1 はタンパク質分解によって制御される」。生化学および生物物理学的研究通信。271 (2): 305–10。doi :10.1006/ bbrc.2000.2614。PMID 10799292 。
- Tzatsos A、Paskaleva P、Ferrari F、Deshpande V、Stoykova S、Contino G、Wong KK、Lan F、Trojer P、Park PJ、Bardeesy N (2013 年 2 月)。「KDM2B はポリコーム依存性および非依存性転写プログラムを介して膵臓がんを促進する」。The Journal of Clinical Investigation。123 ( 2 ): 727–39。doi :10.1172/JCI64535。PMC 3561797。PMID 23321669 。
- Tzatsos A、Pfau R、 Kampranis SC、Tsichlis PN (2009 年 2 月)。「Ndy1/KDM2B は Ink4a/Arf 遺伝子座を抑制することでマウス胎児線維芽細胞を不死化する」。米国 科学アカデミー紀要。106 (8): 2641–6。Bibcode :2009PNAS..106.2641T。doi : 10.1073 / pnas.0813139106。PMC 2650317。PMID 19202064。
- Janzer A、Stamm K、Becker A、Zimmer A、Buettner R、Kirfel J (2012 年 9 月)。「H3K4me3 ヒストン脱メチル化酵素 Fbxl10 は、線維芽細胞のケモカイン発現、細胞形態、およびメタボロームの調節因子である」。The Journal of Biological Chemistry。287 ( 37 ): 30984–92。doi : 10.1074/ jbc.M112.341040。PMC 3438931。PMID 22825849。
- Frescas D、Guardavaccaro D、Bassermann F、Koyama-Nasu R、Pagano M (2007 年 11 月)。「JHDM1B/FBXL10 は、リボソーム RNA 遺伝子の転写を抑制する核小体タンパク質です」。Nature . 450 ( 7167 ) : 309–13。Bibcode :2007Natur.450..309F。doi :10.1038/nature06255。PMID 17994099。S2CID 4325942 。
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- Tsukada Y, Fang J, Erdjument-Bromage H, Warren ME, Borchers CH, Tempst P, Zhang Y (2006 年 2 月)。「JmjC ドメイン含有タンパク質ファミリーによるヒストンの脱メチル化」。Nature . 439 ( 7078 ) : 811–6。Bibcode : 2006Natur.439..811T。doi :10.1038/nature04433。PMID 16362057。S2CID 4415889。
- Ge R、Wang Z、Zeng Q、Xu X、Olumi AF (2011 年 7 月)。「NF-κB 依存性抗アポトーシスタンパク質である F-box タンパク質 10 は、c-Fos/c-FLIP 経路の調節を通じて TRAIL 誘導性アポトーシスを制御する」。細胞死 と分化。18 (7): 1184–95。doi : 10.1038/cdd.2010.185。PMC 3131965。PMID 21252908。
外部リンク
この記事には、パブリック ドメインである米国国立医学図書館のテキストが組み込まれています。