ホモサピエンス種のタンパク質コード遺伝子
KDM5B 利用可能な構造 電子データ オルソログ検索: PDBe RCSB PDB IDコードのリスト 2MA5、2MNY、2MNZ、5A1F、5A3N、5A3P、5A3T、5A3W、5FPL、5FPU、5FV3、5FZ6、5FUP、5FUN、5FZK、5FYZ、5FZ7、5FZ9、5FYU、5FZB、5FZC、5FYT、5FZ0、5FYY、5FZ1、5FZ3、5FZL、5FZA、5FZ4
識別子 エイリアス KDM5B 、CT31、JARID1B、PLU-1、PLU1、PPP1R98、PUT1、RBBP2H1A、RBP2-H1、リジン脱メチル化酵素5B、MRT65 外部ID オミム ：605393; MGI : 1922855; ホモロジーン : 48448; ジーンカード ：KDM5B; OMA :KDM5B - オルソログ 遺伝子の位置（ マウス ） クロ。 染色体1（マウス） [2] バンド 1 E4|1 58.24 cM 始める 134,487,909 bp [2] 終わり 134,563,023 bp [2]
RNA発現 パターン ブギー 人間 マウス （相同遺伝子） トップの表現 精子 左精巣 右精巣 神経節隆起 心室帯 結腸上皮 睾丸 生殖腺 太ももの皮 軟骨組織
トップの表現 吻側回遊流 精母細胞 上顎突出 下顎突出 精子細胞 臼歯 内頸動脈 神経節隆起 腹壁 生殖腺隆起
参照表現データの詳細
バイオGPS
遺伝子オントロジー 分子機能
DNA結合 転写コリプレッサー活性 DNA結合転写因子活性 ジオキシゲナーゼ活性 金属イオン結合 タンパク質結合 酸化還元酵素活性 ヒストン脱メチル化酵素活性 ヒストン H3-トリ/ジ/モノメチル-リジン-4 脱メチル化酵素活性 配列特異的二本鎖DNA結合 ヒストンH3-メチルリジン-4脱メチル化酵素活性 ヒストン結合 亜鉛イオン結合 DNA結合転写因子活性、RNAポリメラーゼII特異的 DNA結合転写抑制活性、RNAポリメラーゼII特異的 クロマチン結合 メチル化ヒストン結合 細胞成分
核質 核 細胞質 ヒストンメチルトランスフェラーゼ複合体 生物学的プロセス
殺菌剤に対する反応 乳腺上皮細胞増殖の正の調節 転写の調節、DNAテンプレート 乳腺管の形態形成に関与する分岐 子宮の形態形成 リズミカルなプロセス エストラジオール分泌の調節 胚発生後 線維芽細胞増殖因子刺激に対する細胞反応 転写、DNAテンプレート 一回受精 乳管末端芽の成長 遺伝子発現の正の調節 水晶体線維細胞の分化 転写の負の調節、DNAテンプレート ヒストンH3-K4脱メチル化、トリメチル-H3-K4特異的 RNAポリメラーゼIIによる転写の調節 ヒストンH3-K4の脱メチル化 白血病阻害因子に対する細胞反応 クロマチン組織 RNAポリメラーゼIIによる転写の負の制御 クロマチンリモデリング 出典:Amigo / QuickGO
オルソログ 種 人間 ねずみ エントレズ アンサンブル ユニプロット RefSeq (mRNA) NM_001314042 NM_006618 NM_001347591 NM_001399817
RefSeq (タンパク質) NP_001300971 NP_001334520 NP_006609
場所 (UCSC) 1 章: 202.72 – 202.81 Mb 1 章: 134.49 – 134.56 Mb PubMed 検索 [3] [4]
ウィキデータ
リジン特異的脱メチラーゼ5Bは ヒストン脱メチラーゼJARID1B としても知られ 、ヒトでは KDM5B 遺伝子によってコードされる 脱メチラーゼ 酵素 である 。 [5] [6] [7] JARID1Bは α-ケトグルタル酸依存性ヒドロキシラーゼ スーパーファミリーに属する 。
関数 Jarid1B（KDM5BまたはPLU1としても知られる）はJHDM遺伝子ファミリーに属します。これらはヒストン3の4位にあるトリメチル化リジンとジメチル化リジン（ H3K4me3 とH3K4me2）の脱メチル化を担っています。Jarid1BはKDM5サブファミリーに属するマルチドメイン酵素です。Jarid1ファミリー全体はH3K4ヒストン脱メチル化酵素活性を有するタンパク質ファミリーです。 [8]
Jarid1Bは、前立腺がん、乳がん、皮膚がんの発生に関与しているほか、悪性黒色腫の維持にも関係している。作製されたノックアウトマウス（Jarid1b−/−）は新生児期に生存可能である。これらのマウスは、早期死亡、雌マウスの生殖能力の低下、体重減少、乳腺発達障害などの表現型を示す。また、血清エストロゲン濃度を低下させ、思春期初期に乳腺上皮細胞の増殖を低下させる作用もあった。これらのJarid1b−/−マウスは、FOXA1やエストロゲン受容体αなど、乳腺発達の多くの調節因子に大きな影響を受けているようである。 [9] しかし、他の研究では、Jarid1Bノックアウト胚は呼吸器系の機能不全により新生児致死となることがわかっている。ノックアウト胚には、脳神経の混乱、脳外傷の発生率の増加、眼の発達の欠陥など、いくつかの異なる神経欠陥があることも確認されている。 [10]
インタラクション JARID1BはFOXG1 [11] および PAX9 [11] と 相互作用する ことが示されている 。
参考文献
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さらに読む
Lu PJ、Sundquist K、Baeckstrom D、Poulsom R、Hanby A、Meier-Ewert S、Jones T、Mitchell M、Pitha-Rowe P、Freemont P、Taylor-Papadimitriou J (1999 年 5 月)。「高度に保存された推定 DNA/クロマチン結合モチーフを含む新規遺伝子 (PLU-1) は、乳がんにおいて特異的にアップレギュレーションされる」。The Journal of Biological Chemistry。274 ( 22): 15633–45。doi : 10.1074/ jbc.274.22.15633。PMID 10336460 。 Kashuba V、Protopopov A、Podowski R、Gizatullin R、Li J、Klein G、Wahlestedt C、Zabarovsky E (2000 年 6 月)。「新しいヒト網膜芽細胞腫結合タンパク質 2 ホモログ 1a (RBBP2H1A) の単離と染色体局在」。European Journal of Human Genetics。8 ( 6): 407–13。doi : 10.1038/ sj.ejhg.5200474。PMID 10878660 。 Barrett A、Madsen B、Copier J、Lu PJ、Cooper L、Scibetta AG、Burchell J、Taylor-Papadimitriou J (2002 年 10 月)。「乳がんにおいて発現が上昇する PLU-1 核タンパク質は、正常な成人の組織では限定的な発現を示す: 新たながん/精巣抗原?」 International Journal of Cancer . 101 (6): 581–8. doi : 10.1002/ijc.10644 . PMID 12237901。 Tan K、Shaw AL、Madsen B、Jensen K、Taylor-Papadimitriou J、Freemont PS (2003 年 6 月)。「ヒト PLU-1 は転写抑制特性を持ち、発達転写因子 BF-1 および PAX9 と相互作用する」。The Journal of Biological Chemistry。278 ( 23): 20507–13。doi : 10.1074/jbc.M301994200。PMID 12657635 。 Patsialou A、Wilsker D 、 Moran E (2005)。「ARIDファミリータンパク質のDNA結合特性」。 核酸 研究 。33 (1): 66–80。doi :10.1093 / nar/gki145。PMC 546134。PMID 15640446 。 Tzschach A、Lenzner S、Moser B、Reinhardt R、Chelly J、Fryns JP、Kleefstra T、Raynaud M、Turner G、Ropers HH、Kuss A、Jensen LR (2006 年 4 月)。「X 連鎖性精神遅滞患者における新規 JARID1C/SMCX 変異」。Human Mutation。27 ( 4 ) : 389。doi : 10.1002/humu.9420。PMID 16541399 。 Yamane K, Tateishi K, Klose RJ, Fang J, Fabrizio LA, Erdjument-Bromage H, Taylor-Papadimitriou J, Tempst P, Zhang Y (2007 年 3 月)。「PLU-1 は転写抑制と乳がん細胞の増殖に関与する H3K4 脱メチル化酵素である」。Molecular Cell . 25 (6): 801–12. doi : 10.1016/j.molcel.2007.03.001 . PMID 17363312。 Barrett A、Santangelo S、Tan K、Catchpole S、Roberts K、Spencer-Dene B、Hall D、Scibetta A、Burchell J、Verdin E、Freemont P、Taylor-Papadimitriou J (2007 年 7 月)。「乳がん関連転写抑制因子 PLU-1/JARID1B はヒストン脱アセチル化酵素と直接相互作用する」。International Journal of Cancer。121 ( 2 ): 265–75。doi :10.1002/ijc.22673。PMID 17373667。S2CID 24855452 。
外部リンク 米国国立医学図書館の 医学主題標目表 (MeSH)における JARID1B+タンパク質、+ヒト この記事には、 パブリックドメイン である 米国国立医学図書館 のテキストが組み込まれています。
