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| グルシー | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 識別子 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| エイリアス | DGLUCY、C14orf159、染色体14オープンリーディングフレーム159、D-グルタミン酸シクラーゼ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 外部ID | MGI : 2444813; HomoloGene : 11798; GeneCards : DGLUCY; OMA :DGLUCY - オルソログ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| ウィキデータ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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DGLUCY（D-グルタミン酸シクラーゼ）は、ヒトではDGLUCY遺伝子によってコードされるタンパク質である。[5]
オルソログ
ヒト遺伝子DGLUCYは、哺乳類と鳥類で高度に保存されています。[6] BLASTおよびBLAT検索から収集されたオルソログは、ヒトDGLUCY mRNA配列がチンパンジーで98% 、マウスで88% 、カモノハシとニワトリで81%の配列同一性で保存されていることを示しています。[7] [8]次の表には、BLAST検索から収集されたオルソログのリストが含まれています。ヒトc14orf159バリアント1 mRNAとそのオルソログ間の配列同一性、スコア、およびE値を導出するために、blastnを使用して配列アライメントを実行しました。
ヒト遺伝子 DGLUCY がコードするタンパク質は、哺乳類、鳥類、両生類、魚類、尾索動物、刺胞動物、棘皮動物の間で高度に保存されていることがわかっています。しかし、線虫、節足動物、真菌、原生生物、植物、細菌、古細菌ではタンパク質の相同遺伝子は見つかっていません。真菌と細菌には、ヒト c14orf159 とその相同遺伝子に見られる DUF1445 保存ドメインが含まれています。c14orf159 タンパク質の相同遺伝子を見つけるために、BLAST および BLAT 検索が利用されています。次の表は、ヒトタンパク質のタンパク質相同遺伝子を、blastp 配列比較から得られた配列同一性、配列類似性、スコア、および E 値とともに示しています。[9]
翻訳後修飾
DGLUCY遺伝子のタンパク質産物はミトコンドリアに転座すると予測され[5]、[10] [11]発見された。
タンパク質DGLUCYには翻訳後修飾が予測される。ヒトDGLUCYの予測部位はすべて、複数の配列アライメントを使用して相同遺伝子と比較され、修飾の可能性が判定された。[12] [13] [14] [15] [16]
規制
エストロゲン受容体αはエストラジオールの存在下でDGLUCY遺伝子に結合し、その発現を制御すると考えられる。[17]
参考文献
- ^ abc GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000133943 – Ensembl、2017 年 5 月
- ^ abc GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000021185 – Ensembl、2017 年 5 月
- ^ 「Human PubMed Reference:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
- ^ 「マウス PubMed リファレンス:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
- ^ ab "Entrez Gene: C14orf159 染色体 14 オープンリーディングフレーム 159"。
- ^ BLAST. NCBI. 2010 年 4 月 19 日にアクセス。http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
- ^ UCSC Genome Browser ウェブサイト、BLAT。2010 年 4 月 10 日にアクセス。
- ^ BLAST. NCBI. 2010年4月19日にアクセス。
- ^ Blastp. NCBI. http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
- ^ Mehrle A、Rosenfelder H. 「RZPD CloneID DKFZp686J0759」。LifeDB : タンパク質の局在、相互作用、機能アッセイ、発現のデータベース。ドイツ癌研究センター。[永久リンク切れ ]
- ^ Wiemann S、Arlt D、Huber W、Wellenreuther R、Schleeger S、Mehrle A、Bechtel S、Sauermann M、Korf U、Pepperkok R、Sültmann H、Poustka A (2004 年 10 月)。 「ORFeome から生物学へ: 機能的ゲノミクス パイプライン」。ゲノム解析14 (10B): 2136–44。土井：10.1101/gr.2576704。PMC 528930。PMID 15489336。
- ^ ヒトプロテオーム全体にわたるグリコシル化の予測とタンパク質機能との相関。Gupta, R. および S. Brunak。Pacific Symposium on Biocomputing、7:310-322、2002 <http://www.cbs.dtu.dk/services/YinOYang/>。
- ^ TargetP、SignalP、および関連ツールを使用した細胞内のタンパク質の位置特定 Olof Emanuelsson、Søren Brunak、Gunnar von Heijne、Henrik Nielsen Nature Protocols 2、953-971 (2007) http://www.cbs.dtu.dk/services/シグナルP/。
- ^ ニューラルネットワークを使用して、利用可能な Dictyostelium discoideum プロテオームの O 結合型 GlcNAc グリコシル化部位をスキャンします。R. Gupta、E. Jung、AA Gooley、KL Williams、S. Brunak、J. Hansen。Glycobiology: 9(10):1009-22、1999 http://www.cbs.dtu.dk/services/DictyOGlyc/。
- ^ 哺乳類タンパク質の糖化の分析と予測。 Morten Bo Johansen、Lars Kiemer、Søren Brunak Glycobiology、16:844-853、2006 http://www.cbs.dtu.dk/services/NetGlycate/。
- ^ Sulfinator. Expasyツール。2010年。http://expasy.org/tools/sulfinator/.
- ^ Creekmore AL、Ziegler YS、Bonéy JL、Nardulli AM (2007 年 3 月)。「エストロゲン受容体 α はイントロン DNA 配列を介して乳がん 1 関連リングドメイン 1 (BARD1) 遺伝子の発現を制御する」。Mol . Cell. Endocrinol . 267 (1–2): 106–15. doi :10.1016/j.mce.2007.01.001. PMC 1933484. PMID 17275994 。
外部リンク
- UCSC ゲノム ブラウザのヒト C14orf159 ゲノムの位置と C14orf159 遺伝子の詳細ページ。
さらに読む
- Maruyama K, Sugano S (1994). 「オリゴキャッピング：真核生物mRNAのキャップ構造をオリゴリボヌクレオチドで置き換える簡単な方法」Gene . 138 (1–2): 171–4. doi :10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
- Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, et al. (1997). 「全長濃縮および5'末端濃縮cDNAライブラリーの構築と特性評価」. Gene . 200 (1–2): 149–56. doi :10.1016/S0378-1119(97)00411-3. PMID 9373149.
- Hartley JL、Temple GF、Brasch MA (2001)。「In Vitro 部位特異的組換えを用いた DNA クローニング」。Genome Res . 10 (11): 1788–95. doi :10.1101/gr.143000. PMC 310948 . PMID 11076863。
- Wiemann S、Weil B、Wellenreuther R、他 (2001)。「ヒト遺伝子およびタンパク質のカタログに向けて：ヒトcDNAをコードする新規完全タンパク質500種の配列決定および分析」。Genome Res . 11 (3): 422–35. doi :10.1101/gr.GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166 。
- Strausberg RL、Feingold EA、Grouse LH、他 (2003)。「15,000 を超える完全長のヒトおよびマウス cDNA 配列の生成と初期分析」。Proc . Natl. Acad. Sci. USA . 99 ( 26): 16899–903。Bibcode : 2002PNAS ... 9916899M。doi : 10.1073/ pnas.242603899。PMC 139241。PMID 12477932。
- Clark HF、Gurney AL、Abaya E、他 (2003)。「分泌タンパク質発見イニシアチブ (SPDI)、新規ヒト分泌タンパク質および膜貫通タンパク質を同定するための大規模な取り組み: バイオインフォマティクス評価」。Genome Res . 13 (10): 2265–70. doi :10.1101/gr.1293003. PMC 403697. PMID 12975309 。
- 太田 孝文、鈴木 勇、西川 孝文、他 (2004)。「21,243 個の完全長ヒト cDNA の完全な配列決定と特性解析」。Nat . Genet . 36 (1): 40–5. doi : 10.1038/ng1285 . PMID 14702039。
- Gerhard DS、Wagner L、Feingold EA、他 (2004)。「NIH 完全長 cDNA プロジェクトの状況、品質、および拡張: 哺乳類遺伝子コレクション (MGC)」。Genome Res . 14 (10B): 2121–7. doi :10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334 。
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