マインツ司教区は745年に大司教区に昇格するまで司教によって統治されていた。10世紀までに、大司教は神聖ローマ帝国の領土に対して世俗的な管轄権を持つようになった。これが後のマインツ選帝侯領である。13世紀以降、大司教は帝国の選帝侯の中で第一位の地位にあり、当然ながら大宰相でもあった。しかし、彼らの世俗的な管轄権と精神的な管轄権は地理的に一致していなかった。
教会階層において、マインツ大司教はプリマス・ゲルマニアエであった。
マインツ選帝侯は、神聖ローマ帝国の7人の選帝侯の1人でした。マインツ大司教とマインツ選帝侯領の君主を兼任していたマインツ選帝侯は、中世において強力な地位を占めていました。大司教兼選帝侯は、選帝侯団の議長、帝国の宰相、そしてアルプス以北の教皇特使としてドイツの首座司教を務め、 1806年の帝国の解体までその地位にありました。
この大司教区は、神聖ローマ帝国の広大な教会領でした。帝国末期にはその面積は3200平方マイルに達しました。最後の選帝侯はカール・テオドール・フォン・ダルベルクで、1803年に大司教区が世俗化された際に世俗権力を失いました。この教会領には、ライン川の両岸にあるマインツ近郊の土地、フランクフルトより上流のマイン川沿いの地域(アシャッフェンブルク地区を含む)、ニーダーザクセン州とテューリンゲン州のアイヒスフェルト地方、そしてテューリンゲン州のエアフルト周辺の地域が含まれていました。大司教はまた、伝統的に、 1251年から形式的には、1263年から1803年までは恒久的に、ドイツの大宰相であり、選帝侯団の議長である帝国選帝侯の一人でもありました。
マインツ司教座は古代ローマ時代に、モグンティアクムと呼ばれるローマ属州の州都であったマインツ市に設立されましたが、その地位が真に重要になったのは、780/82年に大司教区に昇格した時です。4世紀以前の最初の司教には、クレセンスをはじめとする伝説的な名前が付けられています。マインツで最初に確認できる司教は、343年のマルティヌスです。マインツの教会的および世俗的な重要性は、747年に聖ボニファティウスが司教座に就任したことに始まります。ボニファティウスは以前は大司教でしたが、その栄誉がすぐに司教座自体に帰属したのは、後継者のルルスまで待たなければなりませんでした。
1802年、マインツは司教座都市としての性格を失った。 1803年の帝国代表団の最高決定(「ドイツの世俗化」)に伴う世俗化により、選帝侯カール・テオドール・フォン・ダルベルクの居城はレーゲンスブルクに移され、選帝侯領は左岸の領地をフランスに、フランクフルトより下流のマイン川沿いの右岸の地域をヘッセン=ダルムシュタットとナッサウ諸侯に、アイヒスフェルトとエアフルトをプロイセンにそれぞれ失った。しかしダルベルクはアシャッフェンブルクの地域を保持し、1806年に神聖ローマ帝国が最終的に終焉を迎えると、そこがダルベルクの新たなフランクフルト大公国の核心となった。ダルベルクは1813年に辞任し、1815年のウィーン会議で彼の領地はバイエルン国王、ヘッセン選帝侯、ヘッセン=ダルムシュタット大公、フランクフルト自由市に分割された。
現代のマインツ司教区は1802年にフランス領内に設立され、1814年にその管轄区域はヘッセン=ダルムシュタット地方にまで拡大された。以来、2人の枢機卿を輩出し、様々な政教協約を通じて、司教の後継者を選出する大聖堂参事会の伝統を中世から受け継いできた。