1086年の教皇選挙(5月24日実施)は、1年間の教皇空位期間を経て、モンテ・カッシーノ修道院長デジデリウスがグレゴリウス7世の後継者として選出されることで終了した。
グレゴリウス7世は1085年5月25日、亡命先のサレルノで死去した。死に先立ち、教皇は後継者として3人の枢機卿を指名した。オスティアの枢機卿司教オド・ド・シャティヨン、ルッカの司教アンセルム、リヨンの大司教ユーグである。当時ローマは対立教皇クレメンス3世の支配下にあり、皇帝ハインリヒ4世の支援を受けていたため、グレゴリウス7世の後継者選出はほぼ1年後に行われた。

1059年の教皇勅書「イン・ノミネ・ドミニ」は、教皇選挙に郊外の7人の枢機卿司教のみが参加できるように選挙法を変更した。教皇勅書に対する疑念は、選挙への参加を要求した枢機卿司祭によって疑問視された。グレゴリウス7世が明らかに後者を支持していたという事実により、枢機卿司祭と枢機卿司祭の間の対立は激化した。対立教皇クレメンス3世がローマに就任すると、彼はグレゴリウス7世を追放した。グレゴリウスには、いわゆる「グレゴリウス派」の枢機卿司祭18人のうち7人[注1 ]と、枢機卿司教1人だけが同行した。
反乱の理由の一つは、グレゴリウス7世が教皇庁の顧問団に枢機卿司祭しか認めなかったことだった。間もなく、対立教皇を支持する分裂派の聖職者たちは、ローマの28の名義教会のうち17を支配下に置いた。グレゴリウスに忠誠を誓っていた枢機卿司祭たちでさえ、枢機卿司教たちに抗議した。「グレゴリウス派」のサン・ピエトロ・イン・ヴィンコリのデウスデディット枢機卿は、教皇勅書「イン・ノミネ・ドミニ」の改ざん版を配布し始めた。この改ざん版では、「枢機卿司教」という言葉が「枢機卿」に置き換えられていた。当時の用語では、「枢機卿司祭」とは枢機卿司祭のみを意味していた。これにより、彼らはグレゴリウス7世の後継者選出に参加できるようになった。枢機卿司祭が認められたのはこれが初めてと推測されるが、枢機卿司教の支配的な役割は維持された。
1086年、グレゴリウス7世の服従下には6人の枢機卿司教がいた。[注2 ]
入手可能なデータに基づくと、グレゴリウス7世の管轄下には枢機卿司祭が10人しかいなかったと推測できるが、データが不完全である可能性もある。[注2 ]
教会の助祭たちがこの選挙に参加したかどうかは不明である。グレゴリウスに服従する助祭たちは、枢機卿とさえ見なされていなかったようだ。宮廷の助祭たち(約7人)が枢機卿助祭として枢機卿団に加わったのは、1088年頃になってからのことである。この変化は、分裂主義の対立教皇クレメンス3世によってもたらされた。1084年、宮廷の7人の助祭のうち3人が対立教皇に加わった際、彼らは記録の中で自らを「枢機卿助祭」と称し始めた。この概念は後にウルバヌス2世によって借用された。
グレゴリウス7世の死後、人々は対立教皇クレメンス3世をローマから追放し、グレゴリウスの支持者たちがローマに戻ることを許した。1086年5月、ノルマン軍が「グレゴリウス派」の枢機卿たちと共にローマに到着し、彼らは教皇選挙を開始した。1086年5月24日、セピソリオのサンタ・ルチア教会で開かれた会議で、枢機卿たちは、グレゴリウスが指名した候補者の中にいなかったにもかかわらず、モンテカッシーノ修道院長でサンタ・チェチリアの枢機卿司祭であるデジデリウスを教皇に選出した。しかし、デジデリウスは教皇冠の受け取りを拒否し、選挙人たちを修道院に戻ると脅した。執政官センキウスは、唯一反対していた枢機卿であり、デジデリウスの選出を受け入れざるを得なかった唯一の枢機卿であるオスティアの枢機卿司教オト・デ・ラジェリを推薦した。しかし、デ・ラゲリーの立候補は、枢機卿の一人(おそらくデウスデディット)から反対を受けた。その枢機卿は、司教をある教区から別の教区へ異動させることを禁じる古い教会法を根拠に反対した。
この状況下で、デジデリウスの選択が支持され、彼はヴィクトル3世として受け入れざるを得なかった。4日後、「グレゴリアン」はクレメンス3世の支持者であるローマ帝国長官の前にローマからテラチーナへ逃亡した。テラチーナで、選出された教皇は教皇の印章を捨て、モンテ・カッシーノに退き、そこで10ヶ月間頑なに拒否し続けた。彼がカトリック教会の首長としての選出を受け入れたのは、1087年3月のカプア教会会議においてのことだった。その後まもなく、ノルマン人は再び対立教皇クレメンス3世をローマから追放した。1087年5月9日、ヴィクトル3世はサン・ピエトロ大聖堂で聖別され、戴冠した。