ショーン・エキンス

ショーン・エキンス
2020年のショーン・イーキンス
生まれる	クリーソープス、イギリス
国籍	イギリス人、アメリカ人
母校	アバディーン大学 ノッティンガム・トレント大学
知られている	ADME/Toxモデル ファーマコフォア 医薬品研究開発のための新技術
科学者としてのキャリア
フィールド	薬理学 ケモインフォマティクス 科学協力 動物実験の代替
機関	化学におけるコラボレーション 国際異物学会
博士課程の指導教員	ガブリエル・M・ホークスワースとM・ダニー・バーク

ショーン・エキンスは英国の薬理学者であり、企業広報会社 Collaborations in Communications の一部門である Collaborations in Chemistry のADME/Tox、計算毒性学、ケモインフォマティクスの分野の専門家です。また、 John Wiley & Sonsの 4 冊の書籍と 1 シリーズの編集者でもあります。

ショーン・エキンスは、創薬分野で23年以上の幅広い経験を持つ科学リーダーです。 1970年3月2日、ジョン・エキンスとエルシー・メイ・エキンスの子としてイギリスのクリーソープスで生まれ、グリムズビーで育ちました。エキンスはエドワード・ストリート小学校と中学校に通い、その後ハブロック・スクールに進みました。その後、ノッティンガム・トレント大学（旧工科大学、1988～1991年）で応用生物学のHNDを取得し、1991年に卒業しました。その間、 1989～1990年、イギリスのフルマーにある製薬会社セルヴィエで勤務し、創薬への関心が高まりました。エキンスはその後、アバディーン大学で臨床薬理学の修士号（1991～1992年）を取得し、論文「S12363の代謝におけるシトクロムP450とフラビン含有モノオキシゲナーゼの相対的役割に関する考察」^[1]を執筆しました。その後、1996年にアバディーン大学でセルヴィエの資金援助を受けて臨床薬理学の博士号を取得し、「精密に切断された肝臓切片における異物代謝の維持と凍結保存。単離肝細胞に代わるin vitroモデルの評価」という論文を執筆しました。博士課程在籍中、動物モデルを使用する代わりに、 薬物間相互作用を計算で予測することに興味を持ちました。

1996年から1998年まで、エキンスはイーライリリー社の研究室でポスドクとして研究を続け、あまり知られていないCYP2B6の特性を明らかにし、この酵素に計算手法を適用しました。彼は他のP450の薬物間相互作用Kiデータを収集し、ファーマコフォアを生成しました。彼はモデルをテストするためのテストセットを作成し、最終的に公開しました。^{[2] [3] [4] [5] [6]}彼は、このようなモデルを使用して、予測される薬物間相互作用の化合物ライブラリをプロファイルする方法に関する独創的なアイデアを発表しました。^{[7] [8]}

1998年後半、エキンスはファイザーに入社し、薬物相互作用とADME特性の予測への関心を継続しました。1999年にリリーに移り、ADME/Tox予測グループを構築しました。1999年から2001年後半にかけて、P糖タンパク質^[9]、^{[10] [11] [12]} PXR ^[13]や酵素^{[14] [15]など、さまざまなタンパク質のファーマコフォアと統計モデルを作成しました。}

2001年12月、彼は新興企業であるConcurrent Pharmaceuticals（現Vitae Pharmaceuticals）^[16]で計算創薬担当副ディレクターとして働き始めました。彼はADME/Toxと関心対象の計算モデルの開発を担当しました。この間、彼はADME/Toxタンパク質の多薬理学に興味を持ちました。2004年に彼はGeneGo（現在はThomson Reutersが所有）に計算生物学担当副社長として入社し、MetaDrug製品（特許出願中）を開発しました。^{[17] [18] [19] [20]}

2005 年に、彼は「ヒトにおける薬物相互作用を予測するための計算モデルと in vitro モデル」と題する論文でアバディーン大学から理学博士号を取得しました。

2006年から2016年まで、Ekins氏はCollaborative Drug Discoveryを含むいくつかの企業にコンサルタントとして携わりました。

2011年、エキンス氏はサンフィリッポ症候群の治療に取り組むフェニックス・ネストを共同設立しました。

2015 年、エキンス氏は、複数の希少疾患や感染症に対する革新的な治療法の研究開発を行う非公開企業、Collaborations Pharmaceuticals を設立しました。Collaborations Pharmaceuticals は、学術界や企業と提携して、初期の前臨床段階の資産を特定し、臨床段階に移行しています。

Ekins 氏はまた、薬物輸送体のファーマコフォア、免疫測定交差反応性を予測するためのケモインフォマティクス、核受容体リガンド共進化の研究モデル、PXR アゴニストとアンタゴニストの計算モデル、大規模データセットとクラウドソーシング データの分析などのトピックに関する独自の研究と共同研究も行っています。

2010 年、ショーン・エキンスは、データ共有と医薬品データのよりオープンな公開に関する重要な論文の共著者となりました。

1. 臨床前ADME/Toxデータを競争前データにすることの必要性について^[21]

2.製薬業界でクラウドソーシングをどのように活用できるか^[22]

3.薬剤経済学の計算モデルを科学界でどのように共有できるか^[23]

4. ケモインフォマティクスにおいてどのようなツールがまだ必要とされており、モデル共有の方法がどのように重要になるか^[24]

5. 製薬会社がオープンソースの分子記述子とアルゴリズムを活用して、学術界や無視されている病気のコミュニティと計算モデルを共有する方法^[25]

この研究は、前臨床および市販後のデータとモデルを利用できるようにするための幅広いアプローチの確立と、そのようなアプローチの実現可能性の実証を初めて顕著に提唱したため、重要です。Ekins はChemSpiderの諮問グループに所属し、コミュニティが利用できるようにデータベースにさまざまな医薬品データセットを提供しました。

ビル＆メリンダ・ゲイツ財団の資金提供を受けたCollaborative Drug Discoveryで働いていたとき、彼は製薬業界から公開されたデータを分析した。具体的には、グラクソ・スミスクラインの13,000以上の化合物に関するマラリアスクリーニングデータだった。この研究の結果、科学界はそのようなデータを額面通りに受け入れることに対する重要な警告を得た。^[26]これらのデータは他のマラリアや結核のデータと比較された。^[27]

さらに彼は、重要な物理化学的特性を浮き彫りにする非常に大規模な結核データライブラリの解析を提供した。^{[28] [29]}

エキンスは結核研究におけるギャップ、特に化学情報科学と他の計算ツールを統合して効率を向上させる方法を強調し^[30]、計算手法が結核に有効な化合物のスクリーニングにどのように役立つかの例を示しました^[31]。

2011年2月、エキンスは共同創薬の一環としてMM4TBプロジェクトに参加し始めた。^[32]このプロジェクトはスチュワート・コール教授が主導した。^[33]

エキンスはアントニー・ジョン・ウィリアムズと共同でサイエンスモバイルアプリケーション^[34]と呼ばれるウィキを開発し、2011年6月21日に公開しました。^{[35]当初は化学アプリ[36]} （提出された論文用）を追跡したいという願望から始まり、その後化学教室での科学用アプリが開発されました。^[37]

エキンスとアントニー・ウィリアムズは、それぞれのブログを使用して、NCGC NPCブラウザのリリースから数日以内に科学界に警告しました。^[38]分子構造に重大な誤りがあることを指摘しました。これらの観察結果は、後にDrug Discovery Todayの論説として発表されました。^[39]

2015年、ショーンは機械学習アプローチの応用から生まれたコラボレーションとプロジェクトを基盤としてCollaborations Pharmaceuticalsを設立しました。プロジェクトには、結核、シャーガス病などの顧みられない病気や、バッテン病、ピットホプキンス症候群などの希少疾患が含まれていました。現在までに、5つの希少疾患または顧みられない病気で8つの希少疾病用医薬品の指定を受けており、その結果は査読付き学術誌に広く発表されています。[SE1] 同社は現在までにNIHと国防総省の助成金から760万ドル以上の資金を獲得しています。

エボラ研究

ショーンは2014年以来、エボラ治療薬の発見に取り組んでおり、19本の論文を発表しています。これらのうちの1本は、機械学習モデルを使用してエボラに有効な化合物を特定した初めての論文です（こちら）。[SE2] これにより、in vitroで3つの活性化合物（チロロン、キナクリン、ピロナリジン）が特定され、その後、in vivoでテストされ、マウスで有効であることがわかりました（論文1、2、3）（最近では、ピロナリジンがモルモットのin vivoでエボラに対してある程度の活性を持つことが示されました。これらの分子はマールブルグにも活性を示し、エボラ糖タンパク質に結合します。

シャーガス病研究

2015 年に、ショーンは、シャーガス病を引き起こす寄生虫である T.Cruzi に対して活性を持つ分子を予測する機械学習モデルを開発しました。ピロナリジンは、in vitro および in vivo で活性が特定されたいくつかの分子の 1 つでした。

SARS-CoV-2研究

2020年に、エボラウイルスに対する活性が特定された3つの分子がSARS-CoV-2に対してテストされ、チロロンがMERSを阻害することが示され、他のウイルスを阻害することがよく知られているため、潜在的な関心を集めました。

ソフトウェア製品

Collaborations Pharmaceuticals Inc. は、データキュレーションと機械学習を活用して創薬や計算 ADME/Tox に関連するモデルをキュレートする Assay Central®、MegaTox®、MegaTrans®、MegaPredict® などのソフトウェア製品をいくつか開発しました。

Ekins は、Wiley の 4 冊の書籍の編集または共同編集を担当しており、その中には、「Computer Applications in Pharmaceutical Research and Development (2006)」、「Computational Toxicology: Risk Assessment For Pharmaceutical and Environmental Chemicals (1007)」、「Drug Efficacy, Safety, and Biologics Discovery (2009)」、「Collaborative Computational Technologies for Biomedical Research (2011)」が含まれます。これらの書籍はすべて、計算技術と医薬品研究開発への応用に根底で関連しています。

彼が最近編集した本は『計算毒性学：化学物質のリスク評価』で、これは以前の本『計算毒性学：医薬品および環境化学物質のリスク評価』の続編です。

エキンスは4件の米国特許^[40]と^{[41]の発明者である。}

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• 化学におけるコラボレーション
• ショーン・エキンスのプレゼンテーション
• ショーン・エキンスのブログ
• Google Scholarにインデックスされた Sean Ekins の出版物