SOX遺伝子ファミリー

SOXE、N末端
SOXE、N末端
識別子
シンボル	ソックスN
パム	PF12444
インタープロ	著作権
パム
利用可能なタンパク質構造:
パム	構造 / ECOD
電子データ	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBサム	構造の概要

利用可能なタンパク質構造:
パム	構造 / ECOD
電子データ	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBサム	構造の概要

SOXB サブファミリー、C 末端は HMG ボックスの隣
SOXB サブファミリー、C 末端は HMG ボックスの隣
識別子
シンボル	SOXp
パム	PF12336
インタープロ	著作権
パム
利用可能なタンパク質構造:
パム	構造 / ECOD
電子データ	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBサム	構造の概要

SOXF、C末端、9aaTAD
識別子
シンボル	ソックス
インタープロ	IPR021934
プロサイト	PS51516

SOXF、中央

識別子

シンボル

ソックス17_18_ミッド

パム

PF12067

インタープロ

著作権

利用可能なタンパク質構造:
パム	構造 / ECOD
電子データ	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBサム	構造の概要

SOX遺伝子( SRY関連HMG ボックス遺伝子) は、 DNAの副溝に結合する転写因子のファミリーをコードしHMG ボックス (高移動度グループ) と呼ばれる相同配列を特徴とする遺伝子のスーパーファミリーに属します。この HMG ボックスは、真核生物種全体で高度に保存されているDNA 結合ドメインです。相同遺伝子は、昆虫、線虫、両生類、爬虫類、鳥類、およびさまざまな哺乳類で確認されています。ただし、 HMG ボックスは本質的に非常に多様であり、種間で保存されているアミノ酸はわずかです。

Sox遺伝子は、 Y染色体上にあるSRYと呼ばれる性決定に関与する遺伝子のHMGボックスを含むものとして定義されます。ヒトとマウスには20個のSOX遺伝子があり、ショウジョウバエには8個あります。ほぼすべてのSox遺伝子は、SryのHMGボックスと少なくとも50％のアミノ酸類似性を示します。このファミリーは、HMGドメインやその他の構造モチーフ内の相同性、および機能アッセイに応じてサブグループに分けられます。^[1]

発達上重要なSoxファミリーには単一の機能はなく、多くのメンバーが発達のさまざまな側面を制御する能力を持っています。多くのSox遺伝子は性別決定に関与していますが、いくつかはニューロンの発達などのプロセスにも重要です。たとえば、Sox2とSox3は、小脳の上皮顆粒細胞の移動状態への移行に関与しています。Sox2は、初期胚とES細胞の両方で多能性を維持する転写因子でもあります。^[2]顆粒細胞はその後、顆粒ニューロンに分化しますが、このプロセスにはSox11が関与しています。^{[3]一部のSox遺伝子は、小脳でのこの連続的な発現により小児}脳腫瘍の早期診断に役立つ可能性があると考えられており、重要な研究の対象となっています。

Soxタンパク質はWWCAAW配列および類似配列（W=AまたはT）に結合します。結合特異性は弱く、DNAに対する親和性は異常に低いです。Sox遺伝子はTcf/Lef1遺伝子群と関連しており、この遺伝子群も配列特異的な高移動度グループを含み、同様の配列特異性（おおよそTWWCAAAG）を持っています。^[4]

グループ

Sox遺伝子はグループに分類されます。異なるグループのSox遺伝子はDNA結合ドメイン以外ではほとんど類似性がありません。マウスとヒトのグループのメンバーは次のとおりです。^[5]

ソックスA: SRY
SoxB1: SOX1、SOX2、SOX3
SoxB2: SOX14、SOX21
SoxC: SOX4、SOX11、 SOX12
ソックスD: SOX5、SOX6、SOX13
ソックスE: SOX8、SOX9、SOX10
SoxF: SOX7、SOX17、SOX18
ソックスG: SOX15
ソックスH: SOX30

参照

参考文献

^ Bowles, J; Schepers G; Koopman P. (2000 年 11 月). 「配列と構造指標に基づく発達転写因子 SOX ファミリーの系統発生」. Dev. Biol . 227 (2): 239–55. doi : 10.1006/dbio.2000.9883 . PMID 11071752.
^ 高橋和俊; 山中伸弥 (2006-08-25). 「特定の因子によるマウス胎児および成体線維芽細胞培養からの多能性幹細胞の誘導」. Cell . 126 (4): 663–676. doi : 10.1016/j.cell.2006.07.024 . hdl : 2433/159777 . ISSN 0092-8674. PMID 16904174.
^ Rex, M; Church, R; Tointon, K; Ichihashi, RM; Mokhtar, S; Uwanogho, D; Sharpe, PT; Scotting, PJ (1998 年 3 月)。「小脳の顆粒細胞発達は Sox 遺伝子発現の変化によって中断される」。分子脳研究。55 (1): 28–34。doi : 10.1016 /S0169-328X(97)00354-9。PMID 9645957 。
^ Lefebvre V, Dumitriu B, Penzo-Méndez A, Han Y, Pallavi B (2007). 「Sry関連高移動度グループボックス（Sox）転写因子による細胞運命と分化の制御」Int. J. Biochem. Cell Biol . 39 (12): 2195–214. doi :10.1016/j.biocel.2007.05.019. PMC 2080623. PMID 17625949 .
^ Guth SI、Wegner M (2008 年 10 月)。「両方の側面を持つ: Sox タンパク質の保全と革新の間の機能」。Cell . Mol. Life Sci . 65 (19): 3000–18. doi :10.1007/s00018-008-8138-7. PMC 11131603. PMID 18516494. S2CID 8943181 .

Wegner, M (1999 年 3 月)。「頭からつま先まで: Sox タンパク質の多様な側面」。Nucleic Acids Res. 27 (6): 1409–1420。doi : 10.1093/ nar /27.6.1409。PMC 148332。PMID 10037800。

Wright, EM; Snopek B; Koopman P. (1993 年 2 月)。「マウスの発達中に発現した Sox 遺伝子ファミリーの 7 つの新しいメンバー」。Nucleic Acids Res . 21 (3): 744. doi :10.1093/nar/21.3.744. PMC 309180 . PMID 8441686。

外部リンク

NCBI CDD: cd01388 (SOX-TCF_HMG-box); ヒトタンパク質

[1] Bowles, J; Schepers G; Koopman P. (2000 年 11 月). 「配列と構造指標に基づく発達転写因子 SOX ファミリーの系統発生」. Dev. Biol . 227 (2): 239–55. doi : 10.1006/dbio.2000.9883 . PMID 11071752.

[2] 高橋和俊; 山中伸弥 (2006-08-25). 「特定の因子によるマウス胎児および成体線維芽細胞培養からの多能性幹細胞の誘導」. Cell . 126 (4): 663–676. doi : 10.1016/j.cell.2006.07.024 . hdl : 2433/159777 . ISSN 0092-8674. PMID 16904174.

[3] Rex, M; Church, R; Tointon, K; Ichihashi, RM; Mokhtar, S; Uwanogho, D; Sharpe, PT; Scotting, PJ (1998 年 3 月)。「小脳の顆粒細胞発達は Sox 遺伝子発現の変化によって中断される」。分子脳研究。55 (1): 28–34。doi : 10.1016 /S0169-328X(97)00354-9。PMID 9645957 。

[4] Lefebvre V, Dumitriu B, Penzo-Méndez A, Han Y, Pallavi B (2007). 「Sry関連高移動度グループボックス（Sox）転写因子による細胞運命と分化の制御」Int. J. Biochem. Cell Biol . 39 (12): 2195–214. doi :10.1016/j.biocel.2007.05.019. PMC 2080623. PMID 17625949 .

[5] Guth SI、Wegner M (2008 年 10 月)。「両方の側面を持つ: Sox タンパク質の保全と革新の間の機能」。Cell . Mol. Life Sci . 65 (19): 3000–18. doi :10.1007/s00018-008-8138-7. PMC 11131603. PMID 18516494. S2CID 8943181 .