ホモサピエンス種のタンパク質コード遺伝子
| SNU13 |
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| 利用可能な構造 |
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| 電子データ | オルソログ検索: PDBe RCSB |
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| PDB IDコードのリスト |
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1E7K、2JNB、2OZB、3SIU、3SIV、3JCR |
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| 識別子 |
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| エイリアス | SNU13、15.5K、FA-1、FA1、NHPX、OTK27、SNRNP15-5、SPAG12、SSFA1、NHP2L1、SNU13ホモログ、小核リボ核タンパク質（U4/U6.U5）、小核リボ核タンパク質13 |
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| 外部ID | オミム：601304; MGI : 893586;ホモロジーン: 3672;ジーンカード：SNU13; OMA :SNU13 - オルソログ |
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| RNA発現パターン |
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| ブギー | | 人間 | マウス（相同遺伝子） |
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| トップの表現 | - ベータ細胞
- 前頭前皮質
- 視床下部
- 右前頭葉
- 太ももの筋肉
- 右心室
- 子宮内膜間質細胞
- 左精巣
- 右耳介
- ブロードマン領域9
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| | | 参照表現データの詳細 |
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| バイオGPS | |
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| 遺伝子オントロジー |
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| 分子機能 |
- U3 snoRNA結合
- ATPase結合
- U4 snRNA結合
- U4atac snRNA結合
- タンパク質結合
- snoRNA結合
- RNA結合
- ボックス C/D RNA結合
| | 細胞成分 |
- 核質
- スプライソソーム複合体
- 核
- 小サブユニットプロセソーム
- U4/U6 x U5 トリスnRNP複合体
- 核小体
- 高密度繊維成分
- 細胞質大リボソームサブユニット
- 触媒前スプライソソーム
- ボックス C/D RNP 複合体
- ユーアタック snRNP
- タンパク質含有複合体
- U2型プレ触媒スプライソソーム
- リボ核タンパク質複合体
| | 生物学的プロセス |
- mRNA処理
- リボソームの生合成
- スプライソソームを介したmRNAスプライシング
- RNAスプライシング
- LSU-rRNAの成熟
- SSU-rRNAの成熟
- タンパク質生合成
- rRNA処理
- 一回受精
- ボックス C/D snoRNP アセンブリ
| | 出典:Amigo / QuickGO |
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| ウィキデータ |
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NHP2様タンパク質1は、ヒトではSNU13遺伝子によってコードされるタンパク質である。[4] [5]
関数
このタンパク質は、サッカロミセス・セレビシエのNHP2（非ヒストンタンパク質2）との配列類似性から名付けられ、高度に保存された核タンパク質で、[U4/U6.U5]トリ-snRNPの構成要素であると考えられています。これは、 U4 snRNAの5' ステムループに結合します。この遺伝子には、同じタンパク質をコードする2つの転写変異体が見つかっています。[5]
インタラクション
SNU13はRAD17と相互作用することが示されている。[6]
参考文献
- ^ abc GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000100138 – Ensembl、2017 年 5 月
- ^ 「Human PubMed Reference:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
- ^ 「マウス PubMed リファレンス:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
- ^ Saito H, Fujiwara T, Shin S, Okui K, Nakamura Y (1997年1月). 「酵母核タンパク質NHP2と高い相同性を持つタンパク質をコードするヒト新規cDNA（NHP2L1）のクローニングとマッピング」.細胞遺伝学と細胞遺伝学. 72 (2–3): 191–3. doi :10.1159/000134186. PMID 8978773.
- ^ ab "Entrez Gene: NHP2L1 NHP2 非ヒストン染色体タンパク質 2 様 1 (S. cerevisiae)".
- ^ Chang MS、Sasaki H、Campbell MS、Kraeft SK、Sutherland R、Yang CY、Liu Y、Auclair D、Hao L、Sonoda H、Ferland LH、Chen LB (1999 年 12 月)。「HRad17 は核小体で NHP2L1 と共局在し、紫外線照射後に再分布する」。The Journal of Biological Chemistry 。274 ( 51 ) : 36544–9。doi : 10.1074 /jbc.274.51.36544。PMID 10593953。
さらに読む
- Nottrott S、Hartmuth K、Fabrizio P、Urlaub H、Vidovic I、Ficner R、Lührmann R (1999 年 11 月)。「新規 15.5kD [U4/U6.U5] tri-snRNP タンパク質と U4 snRNA の 5' ステムループとの機能的相互作用」。The EMBO Journal。18 ( 21 ): 6119–33。doi : 10.1093/ emboj /18.21.6119。PMC 1171676。PMID 10545122。
- Dunham I、Shimizu N、Roe BA、Chissoe S、Hunt AR、Collins JE、Bruskiewich R、Beare DM、Clamp M、Smink LJ、Ainscough R、Almeida JP、Babbage A、Bagguley C、Bailey J、Barlow K、Bates KN、Beasley O、Bird CP、Blakey S、Bridgeman AM、Buck D、Burgess J、Burrill WD、O'Brien KP (1999 年 12 月)。「ヒト染色体 22 の DNA 配列」。Nature。402 ( 6761 ) : 489–95。Bibcode :1999Natur.402..489D。doi : 10.1038/ 990031。PMID 10591208 。
- Chang MS、Sasaki H、Campbell MS、Kraeft SK、Sutherland R、Yang CY、Liu Y、Auclair D、Hao L、Sonoda H、Ferland LH、Chen LB (1999 年 12 月)。「HRad17 は核小体で NHP2L1 と共存し、紫外線照射後に再分布する」。The Journal of Biological Chemistry . 274 (51): 36544–9. doi : 10.1074/jbc.274.51.36544 . PMID 10593953。
- Vidovic I、Nottrott S、Hartmuth K、Lührmann R、Ficner R (2000 年 12 月)。「U4 snRNA フラグメントに結合したスプライソソーム 15.5kD タンパク質の結晶構造」。分子細胞。6 ( 6): 1331–42。doi : 10.1016/S1097-2765(00)00131-3。hdl : 11858 / 00-001M-0000-0012-F75C- F。PMID 11163207 。
- Andersen JS、Lyon CE、Fox AH、Leung AK、Lam YW、Steen H、Mann M、Lamond AI (2002 年 1 月)。「ヒト核小体の指向性プロテオーム解析」。Current Biology . 12 (1): 1–11. Bibcode :2002CBio...12....1A. doi : 10.1016/S0960-9822(01)00650-9 . PMID 11790298.
- Leung AK、Lamond AI (2002 年 5 月)。「NHPX の in vivo 分析により、スプライシング スペックルの一時的な蓄積 を伴う新しい核小体局在経路が明らかになりました」。The Journal of Cell Biology。157 ( 4): 615–29。doi :10.1083/ jcb.200201120。PMC 2173864。PMID 12011111。
- Watkins NJ、Dickmanns A、Lührmann R (2002 年 12 月)。「ボックス C/D モチーフの保存されたステム II は核小体の局在に必須であり、15.5K タンパク質とともにボックス C/D snoRNP の階層的アセンブリに必要である」。分子細胞生物学。22 (23): 8342–52。doi :10.1128/ MCB.22.23.8342-8352.2002。PMC 134055。PMID 12417735。
- Scherl A、Couté Y、Déon C、Callé A、Kindbeiter K、Sanchez JC、Greco A、Hochstrasser D、Diaz JJ (2002 年 11 月)。「ヒト核小体の機能的プロテオーム解析」。Molecular Biology of the Cell . 13 (11): 4100–9. doi :10.1091/mbc.E02-05-0271. PMC 133617 . PMID 12429849.
- Collins JE、Wright CL、Edwards CA、Davis MP、Grinham JA、Cole CG、Goward ME、Aguado B、Mallya M、Mokrab Y、Huckle EJ、Beare DM、Dunham I (2005)。「ゲノム注釈主導型アプローチによるヒトORFeomeのクローニング」。ゲノム生物学。5 ( 10 ) : R84。doi : 10.1186 / gb -2004-5-10- r84。PMC 545604。PMID 15461802。
- Andersen JS、Lam YW、Leung AK、Ong SE、Lyon CE、Lamond AI、Mann M (2005 年 1 月)。「核小体プロテオームダイナミクス」。Nature . 433 ( 7021 ) : 77–83。Bibcode :2005Natur.433...77A。doi : 10.1038/nature03207。PMID 15635413。S2CID 4344740。
- Stelzl U、Worm U、Lalowski M、Haenig C、Brembeck FH、Goehler H、Stroedicke M、Zenkner M、Schoenherr A、Koeppen S、Timm J、Mintzlaff S、Abraham C、Bock N、Kietzmann S、Goedde A、Toksöz E、Droege A、Krobitsch S、Korn B、Birchmeier W、Lehrach H、Wanker EE (2005 年 9 月)。「ヒトタンパク質間相互作用ネットワーク: プロテオームの注釈付けのためのリソース」。Cell . 122 (6): 957–68. doi :10.1016/j.cell.2005.08.029. hdl : 11858 /00-001M-0000-0010-8592-0。PMID 16169070。S2CID 8235923 。
- ルアル JF、ヴェンカテサン K、ハオ T、弘實＝岸川 T、ドリコット A、リー N、ベリス GF、ギボンズ FD、ドレーゼ M、アイヴィ＝グエデフスー N、クリットゴード N、サイモン C、ボクセム M、ミルスタイン S、ローゼンバーグ J、ゴールドバーグDS、チャン LV、ウォン SL、フランクリン G、リー S、アルバラ JS、リム J、フロートン C、ラモサス E、セビック S、ベックス C、ラメシュ P、シコルスキー RS、ヴァンデンハウト J、ゾグビ HY、スモリャル A、ボサク S、 Sequerra R、Doucette-Stamm L、Cusick ME、Hill DE、Roth FP、Vidal M (2005 年 10 月)。 「ヒトタンパク質間相互作用ネットワークのプロテオームスケールマップに向けて」。自然。437 (7062): 1173–8. Bibcode :2005Natur.437.1173R. doi :10.1038/nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
