分類
Prxは歴史的に、典型的な2-Cys Prx、非典型的な2-Cys Prx、および1-Cys Prxの3つの(機構的な)クラスに分類されていました。「1-Cys」および「2-Cys」Prxという名称は、当時知られていた22のPrx配列のうち、完全に保存されているCys残基が1つだけであることに気付いた1994年に導入されました。これは現在、(必須の)ペルオキシダーゼシステインC Pとして認識されている残基です。当時注目された2番目の半保存システインは、分解システインC Rであり、広く普及し豊富に存在するPrx(「典型的な2-Cys Prx」と呼ばれることもある)では、C Pとサブユニット間ジスルフィド結合を形成します。[ 2 ] 最終的に、C R はさまざまな Prx ファミリーメンバーの複数の位置に存在できることが認識され、「非典型 2-Cys Prx」カテゴリー (C Rが存在するが、最初に特定された「典型的」な位置にはない Prx) が追加されました。[ 3 ]
現在、ファミリーメンバーは、配列/構造の類似性に基づいて、AhpC/Prx1 (実質的に「典型的な 2-Cys」と同義; アルキルヒドロペルオキシド還元酵素 C)、Prx5、Prx6、PrxQ/BCP (バクテリオフェリチン共移動タンパク質)、Tpx (チオールペルオキシダーゼ)、および AhpE (アルキルヒドロペルオキシド還元酵素 E) グループとして指定される 6 つのクラスまたはサブグループに分類されることが認識されています。[ 4 ] [ 5 ]現在では、6 つのグループすべてにわたって C Rの存在と位置が不均一であることが認識されています。したがって、「1-Cys Prx」という指定は、ヒト PrxVI に C Rがないことを根拠に、当初は Prx6 グループに関連付けられていましたが、多くの Prx6 グループメンバーは C Rを持っていないように見えますが、すべてのサブグループに「1-Cys」メンバーが存在します。さらに、C R は構造内の 5 つの (既知の) 位置に存在することができ、酸化タンパク質では (C R の位置に応じて) サブユニット間またはサブユニット内のジスルフィド結合のいずれかを形成します。[ 6 ]新しいメンバーとその所属するサブグループの識別を支援するために、GenBank (2008 年 1 月から 2011 年 10 月まで) から識別された Prx 配列を含む検索可能なデータベース ( PeroxiRedoxin 分類 indEX ) がバイオインフォマティクス解析によって作成され、公開されています。[ 7 ]
関数
ペルオキシレドキシンは、以下の反応で過酸化水素(H 2 O 2 )を還元した後、チオレドキシン(Trx)によって還元されます。 [ 1 ]
- Prx(還元型) + H₂O₂ → Prx (酸化型) + 2H₂O
- Prx(酸化型) + Trx(還元型) → Prx(還元型) + Trx(酸化型)
化学的な観点から見ると、これらの反応は次のように表すことができます。
- RSH + H₂O₂ → RSOH + 2H₂O
- RSOH + R'SH → RSSR'
- RSSR' + 2 R"SH → RSH + R'SH + R"SSR"
Prxの酸化型は還元酵素活性は失活しているが、分子シャペロンとして機能することができ、[ 16 ]触媒活性を回復するには還元型Trxからの電子供与が必要である。[ 17 ]
ペルオキシレドキシンが生理学的に重要であることは、その相対的な存在量(赤血球中のヘモグロビンに次いで最も豊富なタンパク質の 1 つはペルオキシレドキシン 2である)とノックアウトマウスの研究によって示されています。ペルオキシレドキシン 1または 2 を欠損したマウスは重度の溶血性貧血を発症し、特定の造血器癌にかかりやすくなります。ペルオキシレドキシン 1 ノックアウト マウスは寿命が 15% 短縮します。[ 18 ]ペルオキシレドキシン 6 ノックアウト マウスは生存可能で、明らかな肉眼的病理は示しませんが、高酸素などの特定の外因性酸化ストレス源に対してより敏感です。[ 19 ]ペルオキシレドキシン 3 (ミトコンドリア マトリックス ペルオキシレドキシン) ノックアウト マウスは生存可能で、明らかな肉眼的病理は示しません。ペルオキシレドキシンは、 H2O2レベルを調節することによって細胞シグナル伝達に役割を果たしていると考えられています。[ 20 ]
植物の2-Cysペルオキシレドキシンは翻訳後修飾を受けて葉緑体に標的化され、[ 21 ]そこで光合成膜を光酸化損傷から保護する。[ 22 ]核遺伝子発現は葉緑体から核へのシグナル伝達に依存し、光化学系IIにおける受容体の利用可能性やABAなどの光合成シグナルに応答する。[ 23 ]
概日時計
ペルオキシレドキシンは、多くの生物の24時間周期の体内時計に関与していることが示唆されている。[ 1 ]
参考文献
- 1 2 3 4 5 6 7 Rhee, Sue Goo; Kil, In Sup (2017). "哺乳類ペルオキシレドキシンの多機能性と調節". Annual Review of Biochemistry . 86 : 749– 775. doi : 10.1146/annurev-biochem-060815-014431 . PMID 28226215 .
- ↑ Chae HZ、Robison K、Poole LB、Church G、Storz G、Rhee SG (1994)。「哺乳類脳由来チオール特異的抗酸化物質のクローニングと配列決定:アルキルヒドロペルオキシド還元酵素とチオール特異的抗酸化物質は、抗酸化酵素の大きなファミリーを定義する」。米国科学アカデミー紀要。91 ( 15 ) : 7017–7021。Bibcode : 1994PNAS ... 91.7017C。doi : 10.1073/ pnas.91.15.7017。PMC 44329。PMID 8041738。
- ↑ Hall, A; Karplus, PA; Poole, LB (2009 年 5 月). "典型的な 2-Cys ペルオキシレドキシン - 構造、メカニズム、機能" . The FEBS Journal . 276 (9): 2469–77 . doi : 10.1111/j.1742-4658.2009.06985.x . PMC 2747500 . PMID 19476488 .
- ↑ Nelson KJ、Knutson ST、Soito L、Klomsiri C、Poole LB、Fetrow JS (2011 年 3 月)。「ペルオキシレドキシン ファミリーの解析: 活性部位の構造と配列情報を使用した全体的な分類と残基解析」。Proteins。97 ( 3 ): 947–964。doi : 10.1002/ prot.22936。PMC 3065352。PMID 21287625。
- ↑ Harper AF、Leuthaeuser JB、Babbitt PC、Morris JH、Ferrin TE、Poole LB、Fetrow JS (2017年2月10日)。「活性部位プロファイルに基づくタンパク質の機能的に関連するクラスタリング手法を用いて作成されたペルオキシレドキシンアトラス」。PLOS Comput Biol。13 (2) e1005284。Bibcode : 2017PLSCB..13E5284H。doi : 10.1371 /journal.pcbi.1005284。PMC 5302317。PMID 28187133。
- ↑ Perkins, Arden; Nelson, Kimberly J.; Parsonage, Derek; Poole, Leslie B.; Karplus, P. Andrew (2015-08-01). "ペルオキシレドキシン:酸化ストレスに対する守護者および過酸化物シグナル伝達の調節因子" . Trends in Biochemical Sciences . 40 (8): 435– 445. doi : 10.1016/j.tibs.2015.05.001 . ISSN 0968-0004 . PMC 4509974 . PMID 26067716 .
- ↑ Soito, Laura; Williamson, Chris; Knutson, Stacy T.; Fetrow, Jacquelyn S.; Poole, Leslie B.; Nelson, Kimberly J. (2011-01-01). "PREX: PeroxiRedoxin classification indEX, a database of subfamily assignments across the diverse peroxiredoxin family" . Nucleic Acids Research . 39 (Database issue): D332–337. doi : 10.1093/nar/gkq1060 . ISSN 1362-4962 . PMC 3013668 . PMID 21036863 .
- ↑ 「検索結果(PRXL)|HUGO遺伝子命名委員会」。www.genenames.org 。
- ↑ Lobanov AV、Fomenko DE、Zhang Y 、Sengupta A、Hatfield DL、Gladyshev VN (2007)。「真核生物のセレノプロテオームの進化ダイナミクス:大きなセレノプロテオームは水生生物と関連し、小さなセレノプロテオームは陸生生物と関連している可能性がある」。Genome Biology。8 ( 9 ) R198。doi : 10.1186 / gb-2007-8-9- r198。PMC 2375036。PMID 17880704。
- ↑ Castellano, Sergi; Novoselov, Sergey V.; Kryukov, Gregory V.; et al. (2004). "真核生物セレノプロテインの進化の再考:散在する系統発生分布を持つ新規非哺乳類ファミリー" . EMBO Reports . 5 (1): 71– 7. doi : 10.1038/sj.embor.7400036 . PMC 1298953 . PMID 14710190 .
- ↑ Monteiro G、Horta BB、Pimenta DC、Augusto O、Netto LE (2007 年 3 月)。「アスコルビン酸による 1-Cys ペルオキシレドキシンの還元は、チオール特異的抗酸化パラダイムを変化させ、ビタミン C の別の機能を明らかにする」。Proc . Natl . Acad . Sci . USA。104 ( 12 ) : 4886–91。Bibcode : 2007PNAS..104.4886M。doi : 10.1073 / pnas.0700481104。PMC 1829234。PMID 17360337。
- ↑ Perkins, Arden; Parsonage, Derek; Nelson, Kimberly J.; Ogba, O. Maduka; Cheong, Paul Ha-Yeon; Poole, Leslie B.; Karplus, P. Andrew (2016-10-04). "ペルオキシレドキシン触媒の原子分解能での解析" . Structure . 24 (10): 1668– 1678. doi : 10.1016/j.str.2016.07.012 . ISSN 1878-4186 . PMC 5241139 . PMID 27594682 .
- ↑ Wood ZA、Schröder E、Robin Harris J、Poole LB (2003 年 1 月)。「ペルオキシレドキシンの構造、メカニズム、および調節」。Trends Biochem. Sci . 28 (1): 32–40 . doi : 10.1016/S0968-0004(02)00003-8 . PMID 12517450 .
- ↑ Poole LB (2005 年 1 月)「酸化剤に対する細菌の防御:システインベースのペルオキシダーゼとそのフラボタンパク質還元酵素のメカニズム的特徴」Arch. Biochem. Biophys . 433 (1): 240–54 . doi : 10.1016/j.abb.2004.09.006 . PMID 15581580 .
- ↑ Chae HZ 、Rhee SG(1994年5月)。「チオール特異的抗酸化物質と機能不明の様々なタンパク質との配列相同性」。BioFactors。4 (3–4 ):177–80。PMID 7916964。
- ↑ Wu, C; Dai, H; Yan, L; Liu, T; Cui, C; Chen, T; Li, H (2017年7月). "ヒトペルオキシレドキシン1の分解システインのスルホン化:質量分析による包括的な分析" . Free Radical Biology & Medicine . 108 : 785– 792. doi : 10.1016/j.freeradbiomed.2017.04.341 . PMC 5564515 . PMID 28450148 .
- ↑ Pillay CS、Hofmeyr JH、Olivier BG、Snoep JL、Rohwer JM (2009 年 1 月)。「酵素か酸化還元対か?システム生物学の観点から見たチオレドキシンとグルタレドキシン反応の速度論」。Biochem . J. 417 ( 1): 269–75 . doi : 10.1042/BJ20080690 . PMID 18694397 .
- ↑ Neumann CA、Krause DS、Carman CV、Das S、Dubey DP、Abraham JL、Bronson RT、Fujiwara Y、Orkin SH、Van Etten RA (2003年7月)。「赤血球の抗酸化防御と腫瘍抑制におけるペルオキシレドキシンPrdx1の必須の役割」。Nature。424 (6948): 561–5。Bibcode : 2003Natur.424..561N。doi : 10.1038 / nature01819。PMID 12891360。S2CID 3570549。
- ↑ Muller FL、Lustgarten MS、Jang Y、Richardson A、Van Remmen H (2007年8月)。「酸化老化理論の動向」。Free Radic. Biol. Med . 43 (4): 477–503 . doi : 10.1016/j.freeradbiomed.2007.03.034 . PMID 17640558 .
- ↑ Rhee SG、Kang SW、Jeong W、Chang TS、Yang KS、Woo HA (2005 年 4 月)「過酸化水素の細胞内メッセンジャー機能とペルオキシレドキシンによるその調節」Curr. Opin. Cell Biol . 17 (2): 183–9 . doi : 10.1016/j.ceb.2005.02.004 . PMID 15780595 .
- ↑ Baier M、Dietz KJ (1997年7月) 「植物2-CysペルオキシレドキシンBAS1は核コード葉緑体タンパク質である:その発現調節、系統発生起源、および植物におけるその特異的な生理機能への示唆」 Plant J. 12 ( 1): 179–90 . doi : 10.1046/j.1365-313X.1997.12010179.x . PMID 9263459 .
- ↑ Baier M、Dietz KJ (1999年4月) 「光合成における葉緑体2-システインペルオキシレドキシンの保護機能。形質転換シロイヌナズナからの証拠」 Plant Physiol . 119 ( 4): 1407–14 . doi : 10.1104/pp.119.4.1407 . PMC 32026. PMID 10198100 .
- ↑ Baier M、Ströher E、Dietz KJ (2004 年 8 月)。「光化学系 I におけるアクセプターの利用可能性と ABA がシロイヌナズナにおける 2-Cys ペルオキシレドキシン A の核内発現を制御する」。Plant Cell Physiol . 45 (8): 997–1006 . doi : 10.1093/pcp/pch114 . PMID 15356325 .