国立バイオテクノロジー情報センター

国立バイオテクノロジー情報センター

略語	国立情報学研究所
設立	1988年; 36年前 （1988年）
本部	メリーランド州ベセスダ
位置	アメリカ合衆国
座標	北緯38°59′45″ 西経77°05′56″ / 北緯38.9959° 西経77.0989° / 38.9959; -77.0989
公用語	英語
監督	スティーブン・シェリー （2022年9月26日以降）
親組織	米国国立医学図書館
所属	国立衛生研究所
Webサイト	翻訳元

国立生物工学情報センター（NCBI）^{[1] [2]は、}国立衛生研究所（NIH）の一部門である（NLM）の一部です。米国政府によって承認され、資金援助を受けています。NCBIはメリーランド州ベセスダにあり、1988年に米国下院議員クロード・ペッパーの立法によって設立されました。

NCBIにはバイオテクノロジーやバイオメディカルに関連する一連のデータベースがあり、バイオインフォマティクスのツールやサービスの重要なリソースとなっています。主要なデータベースには、 DNA配列のGenBankやバイオメディカル文献の書誌データベースであるPubMedなどがあります。その他のデータベースには、 NCBIエピゲノミクスデータベースがあります。これらのデータベースはすべて、 Entrez検索エンジンを通じてオンラインで利用できます。NCBIは、BLAST配列アライメントプログラム^[3]のオリジナル著者の1人であり、バイオインフォマティクスの分野で広く尊敬されているDavid Lipman ^[2]によって運営されています。

NCBIは1992年以来、 GenBank DNA 配列データベースの提供に責任を負ってきた。^{[4] GenBankは、}欧州分子生物学研究所（EMBL）や日本DNAデータバンク（DDBJ）などの個々の研究室や他の配列データベースと連携している。^[4]

1992年以降、NCBIは成長を続け、GenBankに加えて他のデータベースも提供している。NCBIは遺伝子データベース、オンラインメンデル遺伝学、分子モデリングデータベース（3Dタンパク質構造）、dbSNP （一塩基多型のデータベース）、参照配列コレクション、ヒトゲノムマップ、分類ブラウザを提供しており、国立がん研究所と協力してがんゲノム解剖プロジェクトも提供している。NCBIは生物のそれぞれの種に固有の識別子（分類ID番号）を割り当てている。^[5]

NCBI には、インターネット ブラウザーまたはFTP経由で利用できるソフトウェア ツールがあります。たとえば、BLASTは配列類似性検索プログラムです。BLAST は、GenBank DNA データベースとの配列比較を 15 秒未満で実行できます。

NCBI Bookshelf ^[6]は、厳選された生物医学書籍の、無料でアクセスおよびダウンロード可能なオンライン版のコレクションです。Bookshelf は、分子生物学、生化学、細胞生物学、遺伝学、微生物学、分子および細胞の観点から見た疾患状態、研究方法、ウイルス学など、幅広いトピックをカバーしています。書籍の中には、以前に出版された書籍のオンライン版もありますが、 Coffee Breakなどの他の書籍は、NCBI スタッフが執筆および編集しています。Bookshelf は、査読済み出版物の要約を収めたEntrez PubMedリポジトリを補完するものであり、Bookshelf のコンテンツは、進化する研究分野に関する確立された視点と、報告されたさまざまな個々の研究を整理できるコンテキストを提供します。^[要出典]

BLASTは、 DNAのヌクレオチド配列やタンパク質のアミノ酸配列などの生物学的配列間の配列類似性を計算するために使用されるアルゴリズムです。 ^[7] BLAST は、同じ生物内または異なる生物内でクエリ配列に類似した配列を見つけるための強力なツールです。クエリ配列を NCBI データベースおよびサーバーで検索し、結果を選択した形式でユーザーのブラウザーに返します。BLAST への入力配列は主に FASTA または GenBank 形式ですが、出力は HTML、XML 形式、プレーンテキストなどさまざまな形式で配信できます。HTML は、NCBI の Web ページのデフォルトの出力形式です。NCBI-BLAST の結果は、見つかったすべてのヒット、スコアリング関連データを持つヒットの配列識別子を含む表、対象の配列のアラインメント、およびこれらの類似 BLAST スコアとともに受信したヒットとともに、グラフ形式で表示されます。^[8]

Entrez Global Query Cross-Database Search System は、NCBI で、ヌクレオチドおよびタンパク質配列、タンパク質構造、PubMed、Taxonomy、Complete Genomes、OMIM などの主要なデータベースすべてに使用されています。[ ^9] Entrez は、生物医学研究のためのさまざまなソースからのデータを含む索引付けおよび検索システムです。NCBI は、1991 年に Entrez の最初のバージョンを配布しました。このバージョンは、PDBおよびGenBankからのヌクレオチド配列、SWISS-PROT からのタンパク質配列、翻訳された GenBank、PIR、PRF、PDB、および PubMed からの関連する要約と引用で構成されていました。Entrez は、いくつかの異なるソース、データベース、および形式からのデータを、関連する参照、配列、および構造を効率的に検索できる統一された情報モデルおよび検索システムに統合するように特別に設計されています。^[10]

Gene は、遺伝子に関する情報を特徴付け、整理するために NCBI に実装されています。これは、ゲノムマップ、発現、配列、タンパク質機能、構造、相同性データのつながりにおける主要なノードとして機能します。各遺伝子レコードには、改訂サイクルを通じて追跡できる一意の GeneID が割り当てられます。既知または予測された遺伝子の遺伝子レコードはここで確立され、マップの位置またはヌクレオチド配列によって区別されます。Gene には、NCBI の他のデータベースとの統合の改善、より広い分類範囲、Entrez システムによって提供されるクエリと検索の強化されたオプションなど、前身の LocusLink に比べていくつかの利点があります。^[11]

タンパク質データベースは、NCBI Reference Sequence (RefSeq) プロジェクト、GenBank、PDB、UniProtKB/SWISS-Prot などのさまざまなリソースから派生した個々のタンパク質配列のテキスト レコードを維持します。タンパク質レコードは、FASTA やXMLなどのさまざまな形式で存在し、他の NCBI リソースにリンクされています。タンパク質は、遺伝子、DNA/RNA 配列、生物学的経路、発現および変異データ、文献などの関連データをユーザーに提供します。また、BLAST によって計算された各配列の類似および同一のタンパク質の所定のセットも提供します。NCBI の構造データベースには、NCBI によってインポートされた PDB 内の実験的に決定された構造の 3D 座標セットが含まれています。タンパク質の保存ドメイン データベース ( CDD ) には、タンパク質配列内の高度に保存されたドメインを特徴付ける配列プロファイルが含まれています。また、SMART やPfamなどの外部リソースからのレコードもあります。タンパク質クラスターデータベースと呼ばれる別のタンパク質データベースがあり、これにはBLASTによって計算された個々の配列間の最大アラインメントに従ってクラスター化されたタンパク質配列のセットが含まれています。^[12]

NCBIのPubChemデータベースは、分子と生物学的アッセイに対するその活性に関する公開リソースです。PubChemはEntrez情報検索システムで検索およびアクセスできます。^[13]

• 日本DNAデータバンク（DDBJ）
• 欧州バイオインフォマティクス研究所(EBI)

Wikidata には次のプロパティがあります:

• NCBI分類ID (P685) (使用法を参照)

• 公式サイト
• [国立医学図書館の公式サイト]
• 国立衛生研究所の公式ウェブサイト