歴史 NCBIのNLM Archiving and Interchange DTD スイートは、導入以来、学術出版 におけるジャーナル記事マークアップの事実上の 標準 となっています。[ 2 ] NISO JATSの導入により、真の標準 へと昇格しました。[ 3 ] 公開データ交換がなくても、NISO JATSの採用による利点は、出版社が制作ワークフローを効率化し、システム間の相互運用性を最適化することにあります。[ 4 ] [ 5 ]
タイムライン NLM JATS NLM JATS、バージョン1 2003年 3月31日( 2003-03-31 ) :NLM DTD v1.0が導入されました。 [ 6 ] 2003年 11月5日( 2003-11-05 ) :バージョン1.1アップデートがリリースされました。 [ 6 ] NLM JATS、バージョン2 2004年 12月30日( 2004-12-30 ) :バージョン2.0のメジャーアップデートがリリースされました。これはカスタマイズのベストプラクティスをサポートするように設計されています。 [ 6 ] 2005年 11月14日( 2005-11-14 ) :記事作成DTDを 追加したバージョン2.1アップデートがリリースされました 。 [ 6 ] [ 7 ] 2006年 6月8日( 2006-06-08 ) :バージョン2.2アップデートがリリースされました。 [ 6 ] 2007年 3月28日( 2007-03-28 ) :バージョン2.3アップデートがリリースされました。 [ 6 ] NLM JATS、バージョン3 2008年 11月21日( 2008-11-21 ) :バージョン3.0のメジャーアップデートがリリースされました。 [ 6 ] [ 7 ] NISO JATS NISO JATS、バージョン1.0 2011年 3月30日( 2011-03-30 ) ~2011年9月30日( 2011-09-30 ) :NISO Z39.96.201xバージョン0.4の初稿がリリースされ、6ヶ月間のコメント期間が設けられた。 [ 8 ] 2012 年 7 月15 日( 2012-07-15 ) : NISO JATS、v1.0 が NISO の承認を取得しました。 [ 9 ] 2012年 8月9日( 2012-08-09 ) :NISO JATS、v1.0がANSIの承認を受けた。 [ 9 ] 2012年 8月22日( 2012-08-22 ) :ANSI/NISO Z39.96-2012、JATS:ジャーナル記事タグスイート(バージョン1.0)が公開されました。NLM JATS v3.0との完全な下位互換性をサポートしています。 [ 6 ] [ 9 ] NISO JATS、バージョン1.1 2013年 12月9日( 2013-12-09 ) :NISO JATS、v1.1d1の初稿がリリースされました。 [ 10 ] 2014年 12月29日( 2014-12-29 ) :第2草案、NISO JATS、v1.1d2がリリースされました。 [ 11 ] 2015年 4月14日( 2015-04-14 ) :第3草案、NISO JATS、v1.1dがリリースされました。 [ 12 ] 2015 年 10 月22 日( 2015-10-22 ) : NISO JATS、v1.1 が NISO の承認を取得しました。 [ 13 ] 2015年 11月19日( 2015-11-19 ) :NISO JATS、v1.1がANSIの承認を受けた [ 13 ] 2016年 1月6日( 2016-01-06 ) :ANSI/NISO Z39.96-2015、JATS:ジャーナル記事タグスイート、バージョン1.1が公開されました。 [ 13 ] NISO JATS、バージョン1.2 2017年 7月20日( 2017-07-20 ) :NISO JATS、v1.2d1の初稿がリリースされました。 [ 14 ] 2018年 5月23日( 2018-05-23 ) :NISO JATS、v1.2d2の初稿がリリースされました。 [ 15 ] 2019年 2月8日( 2019-02-08 ) :ANSI/NISO Z39.96-2019、JATS:ジャーナル記事タグスイート、バージョン1.2が公開されました。 [ 16 ] NISO JATS、バージョン1.3 2021年 7月7日( 2021-07-07 ) :ANSI/NISO Z39.96-2021、JATS:ジャーナル記事タグスイート、バージョン1.3が公開されました。 [ 17 ] NISO JATS、バージョン1.4 2024 年 10 月 31 日: ANSI/NISO Z39.96-2024、JATS: Journal Article Tag Suite、バージョン 1.4 が公開されました。[ 18 ]
技術的範囲 これは、 STMジャーナル に掲載される典型的な研究論文などのジャーナル記事のモデルとして設計されたものであり、完全なジャーナルのモデルではありません。[ 19 ]
タグセット 3つの仕様。色分けされたドキュメントのため、口語的には色で呼ばれます。 タグセットは3種類あります。
学術誌のアーカイブ と情報交換(グリーン ) 「タグセットの中で最も寛容なもの」[ 20 ] は、主に既存のジャーナルデータの取得とアーカイブを目的としています。 学術誌出版 (青 ) 「適度に規定的なタグセット」[ 20 ] は、ジャーナル制作および出版における一般的な使用を目的としています。 正式には、このモデルはアーカイブ モデルのサブセットです。これはJATSの中で最も頻繁に使用されるバリアントです。記事作成 (オレンジ ) 「タグセットの中で最も規定が厳しく、最も小さい」[ 20 ] は、JATSに有効なジャーナル記事を比較的軽量に作成することを目的としている。 正式には、このモデルは出版 モデルのサブセットである。文書型定義( RELAX NG およびXMLスキーマ の形式でも公開されている)は各セットを定義し、 MathML やXHTMLテーブルなどの他の標準(ただしXHTML 名前空間 には含まれていない)を組み込んでいる。
文書構造 JATS Publishing セットは、記事、書籍や製品のレビュー、編集者への手紙など、ジャーナルの最上位コンポーネントである文書を定義します。このような文書はそれぞれ、前書き(必須)と最大 3 つのオプション部分で構成されます。[ 19 ] これらは次の順序で表示する必要があります。
前書き 記事の冒頭部分には、記事のメタデータ(記事ヘッダー情報とも呼ばれます)が含まれます。例えば、記事のタイトル、掲載誌、その雑誌の発行日と号数、著作権表示などです。記事レベルと号レベルのメタデータ(要素内<article-meta>)と雑誌レベルのメタデータ(要素内<journal-meta>)の両方を取得できます。 本文(記事本文) 記事の本文は、記事の主要なテキストおよび図表コンテンツです。通常、段落とセクションで構成され、各セクションには図、表、サイドバー(枠囲みテキスト)などが含まれる場合があります。記事の本文は、記事のヘッダー情報のみを保持し、テキストコンテンツにタグ付けを行わないリポジトリに対応するために、オプションとなっています。 巻末資料 記事の巻末には、用語集、付録、参考文献一覧など、本文を補足する情報が掲載されている(掲載されている場合)。 浮遊物 出版社は、処理の便宜上、記事とその巻末資料(表、図、枠付きテキストのサイドバーなど)にあるすべての浮動オブジェクトを、物語の流れの外にある別のコンテナ要素に配置することを選択する場合があります。[ 19 ] 前面、本文、背面、および浮動素材に続いて、記事に対する1つ以上の応答、または1つ以上の従属記事が存在する場合があります。[ 19 ]
例 これは記事の最小限の構成です。
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> <!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.0 20120330//EN" "JATS-journalpublishing1.dtd" > <article dtd-version= "1.0" article-type= "article" specific-use= "migrated" xmlns:mml= "http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink= "http://www.w3.org/1999/xlink" > <front> ... </front> <body> ... </body> <back> ... </back> </article> ヘッダーはオプションであり、 SGML およびDTD 指向のバリデーター DOCTYPEからの名残です。この属性は、DTDヘッダーがなくても使用できます。dtd-version
ルート要素はarticle、NLM DTD と同様に、JATS のどのバージョン、あるいは「JATS ファミリー」にも共通です。<script> front、 <script> body、 back<script> タグの検証ルールは JATS のバージョンによって異なりますが、すべてのバージョンは同様の構造を持ち、長年にわたり良好な互換性を維持しています。スキーマの進化は、全体的な安定性を保つように配慮されています。
あまり一般的ではありませんが、「only front」、「only」、frontおよびback「」のバリエーションも、完全なコンテンツ表現以外の目的で使用されます。一般的な記事の構成(DTDコンテンツ表現 として)は
(前面、本文?、背面?、フロートグループ?、(サブ記事* | レスポンス*))
JATS の作成、編集、変換、および変換のためのさまざまなツールがあります。それらは、シンプルなフォーム[ 21 ] から完全な変換自動化まで多岐にわたります。
JATSへの変換 科学文書を入力として受け取り、人間の支援を受けながらJATS形式の出力を生成する。
OpenOffice (LibreOffice )およびMS Word 文書をJATS形式に変換する方法: Typeset: MS-Word から JATS XML への自動変換ツールセットを提供します。 OxGarage : [ 22 ] は 、さまざまな形式のドキュメントを「米国国立医学図書館 (NLM) DTD 3.0」に変換できます。meTypeset : meTypeset [ 23 ] 「Microsoft Word .docx 形式から NLM/JATS-XML に変換するための OxGarage スタックのフォーク」です。eXtyles : [ 24 ] は、Microsoft Word での文書編集の時間のかかる部分を自動化し、JATS XML (および他の多くの DTD) にエクスポートします。Markdown からJATSへの変換:Pandoc 2.0は、多くの入力フォーマットをJATSに変換できます。[ 25 ] PDFからJATSへの変換:これは非常に難しい問題です。成功するかどうかは、PDFの構造がどれだけしっかりしているか、そしてバッチ変換の場合は、PDFの構造がどれだけ一貫しているかにかかっています。 シャバシュ・メロプス[ 26 ] TypesetのPDFからJATS XMLへのコンバーター Public Knowledge Project [ 27 ] は、PDF を JATS に変換するパイプラインを開発しています。これにはpdfx の使用が含まれます。[ 28 ] CERMINEコンテンツ抽出ツールおよびMINEr [ 29 ]
JATSからの変換 JATSを入力として受け取り、別の種類の文書を出力として生成する。
JATSからHTMLへ JATS プレビュー スタイルシート (正規のXSLT 変換)、従来の (2013) コンバータを参照してください。[ 30 ] eLife Lens [ 31 ] は、NLM XML を JSON に変換して HTML と Javascript を使用して表示します。 JATSからPDFへ:JATSプレビュースタイルシート、XSLT + XSL-FO変換。 JATSからEPUBへ。[ 32 ] 汎用(JATS DTDから):DtdAnalyzer [ 33 ] — JATSを他の DTD と比較し、XML表現、XSLTおよびSchematron生成、その他のツールの作成を支援します。
編集者 Typesetは、学術論文用のWYSIWYM エディタを提供します。NISO JATSおよびNLM JATS規格のXMLエクスポートをサポートしています。主に、著者が提出したMS-WordファイルをXML、PDF、HTML、ePuBに変換したいと考えているジャーナルや出版社によって使用されています。[ 34 ] oXygen XML Editor 用 JATS フレームワーク: oXygen XML Editor および oXygen XML Author のユーザーは、最新バージョンの NISO JATS (およびボーナスとして NLM BITS) のサポートをインストールできるようになりました。DOCTYPE 宣言で指定された識別子に基づいて、oXygen は JATS ドキュメントを編集していることを検出し、スタイルシートとユーティリティを提供します。[ 35 ] FontoXML for JATS: JATSコンテンツの編集とレビューのためのWYSIWYSエディタ: [ 36 ] PubRef "Pipeline": ブラウザベースのリアルタイムプレビューJATSエディタ: [ 37 ] Annotum : [ 38 ] JATS (Kipling サブセット) での WYSIWYG オーサリング、査読および編集管理、出版機能を備えた WordPress テーマ。[ 39 ] ウェブベースのXMLエディタXeditor 用のJATS版。 Substance Consortiumのテクスチャエディタ [ 40 ] 。 [ 41 ] JATSで生まれた最初のオンラインエディタ[ 42 ] eLife が開発したLibero Editorは、「高品質なJATS XMLを作成するために、出版スタッフと著者向けに設計された、ユーザーフレンドリーな編集インターフェース」と自らを説明しています。
プレビュー JATSをHTMLにレンダリングするツール(通常は実行時にレンダリングする)。
JATS プレビュー スタイルシート: [ 43 ] JATS プレビュー スタイルシートは、有効な NISO Z39.96-2012 JATS 1.0 ファイルの .html または .pdf バージョンを作成する .xsl、.xpl、.css、および .sch ファイルのセットです。これは主に出版社の内部使用とカスタマイズの基盤を目的としています。[ 44 ] Typeset - クリック一つでJATS XMLからHTMLを生成できます。また、ジャーナルの要件に基づいてカスタムHTMLを生成する機能も提供します。[ 45 ] PubReader – 「PubReaderビューは代替のWebプレゼンテーションです...タブレットやその他の小型画面デバイスでの読みやすさを向上させるために特別に設計されたPubReaderは、デスクトップやラップトップ、複数のWebブラウザーからも使用できます。」[ 46 ]
カスタマイズ Jatsdoc - 特定の JATS カスタマイズに関するドキュメントを作成します。Jatsdoc は NCBI のDtdAnalyzer と統合されています。[ 47 ] [ 48 ]
JATS中央リポジトリ NISO JATSがオープンアクセスジャーナルの 事実上 および法律上の 標準となったことで、科学コミュニティは JATSリポジトリを一種の法定納本 として採用し、 PDF版のみが保存される従来のデジタルライブラリ よりも価値があるとみなされるようになりました。オープン ナレッジにはJATSのようなより豊富で構造化されたフォーマットが必要です。PDFとJATSは「同一コンテンツ」として認証されなければならず、「PDF+JATS」のセットが法定納本の単位となります。JATSリポジトリ とその内容の一覧:
これらのリポジトリは重複しており、同じ記事が複数のリポジトリに登録されている場合があります。
関連項目 (デジタル保存のために)使用されます
(出版)に利用される
参考文献 ↑ ANSI/NISO Z39.96-2012 ISSN 1041-5653。www.niso.org/standards/z39-96-2012 でz39.96-2012.pdf を参照してください ↑ Beck, J (2011). "NISO Z39.96 The Journal Article Tag Suite (JATS): What Happened to the NLM DTDs?" . The Journal of Electronic Publishing . 14 (1). doi : 10.3998/3336451.0014.106 . PMC 3227009 . PMID 22140303 . ↑ Zimmerman, Sara (2012). "The new NISO journal Article Tag Suite standard" . Zeeba.tv . ↑ Donohoe, Paul; Sherman, Jenny; Mistry, Ashwin (2015). "JATSへの長い道のり" . Journal Article Tag Suite Conference (JATS-Con) Proceedings 2015 . JATS-Con 2015 . Bethesda, MD: National Center for Biotechnology Information. ↑ Usdin, Tommie; Lapeyre, Deborah Aleyne; Glass, Carter M. (2015). "JATS へのビジネス ルールの重ね合わせ" . Journal Article Tag Suite Conference (JATS-Con) Proceedings 2015 . JATS-Con 2015 . Bethesda, MD: National Center for Biotechnology Information. 1 2 3 4 5 6 7 8 「NLMジャーナルアーカイブおよび交換タグスイート」 。国立生物工学情報センター。2012年9月13日。 2016年8月27日にオリジナルから アーカイブされました。 1 2 「JATSとNLM DTD」 。 ジャーナル記事タグスイート 。国立生物工学情報センター。2016年1月8日。 2016年3月7日のオリジナルから アーカイブ。 ↑ 「NISO JATS v0.4: 試用版標準規格案」 。 ジャーナル記事タグスイート 。国立生物工学情報センター。 1 2 3 "ANSI/NISO Z39.96-2012 JATS: Journal Article Tag Suite" . National Information Standards Organization . 2013年7月26日。 ↑ 「JATS v1.1d1 (DRAFT)」 。 ジャーナル記事タグスイート 。国立生物工学情報センター。2015年4月14日。 ↑ 「JATS v1.1d2 (DRAFT)」 。 ジャーナル記事タグスイート 。国立生物工学情報センター。2015年4月14日。 ↑ 「JATS v1.1d3 (DRAFT)」 。 ジャーナル記事タグスイート 。国立生物工学情報センター。2015年4月14日。 1 2 3 "ANSI/NISO Z39.96-2015 JATS: Journal Article Tag Suite" . National Information Standards Organization . 2016年1月8日。 2016年8月29日の オリジナルからアーカイブ済み。 2016年 8月29日 取得 。 ↑ "JATS v1.2d1" . Journal Article Tag Suite . National Center for Biotechnology Information. ↑ "JATS v1.2d2" . Journal Article Tag Suite . National Center for Biotechnology Information. ↑ 「ANSI/NISO Z39.96-2019、JATS:ジャーナル記事タグスイート、バージョン1.2」 。 米国情報標準化機構 。2019年2月8日。 ↑ 「ANSI/NISO Z39.96-2021、JATS:ジャーナル記事タグスイート、バージョン1.3」 。 米国情報標準化機構 。2021年7月7日。 ↑ National Information Standards Organization JATS Standing Committee, ANSI/NISO Z39.96-2024, JATS: Journal Article Tag Suite, version 1.4 , Baltimore, MD: NISO, doi : 10.3789/ansi.niso.z39.96-2024 , 2025年 8月20日 取得 1 2 3 4 「概要」 。 ジャーナル出版タグライブラリ NISO JATS バージョン 1.0 。国立生物工学情報センター。2012 年 8 月。 1 2 3 「JATS: Journal Article Tag Suite」 。国立生物工学情報センター。 ↑ 2012年のsemanticpublishing.wordpress.com JATSメタデータ入力フォーム。 ↑ http://www.oucs.ox.ac.uk/oxgarage/ 2014年5月26日にWayback Machine に アーカイブされました(ドキュメント) ↑ "MartinPaulEve/meTypeset" . GitHub . 2019年6月20日。 ↑ 「エクススタイル」 。 イネラ 。 2022 年 12 月 13 日 に取得 。 ↑ 「Pandoc - Pandoc ユーザーガイド」 。 ↑ 「Merops:出版社と校正者のための強力なAI 」 ↑ 「パブリック・ナレッジ・プロジェクト」 。 2022年 12月13日 取得 。 ↑ Constantin, S.Pettifer (2013). "PDFX: 科学文献の完全自動PDF-XML変換". 2013年ACM文書工学シンポジウム議事録 . pp. 177–180 . doi : 10.1145/2494266.2494271 . ISBN 9781450317894 。↑ 「Content ExtRactor and MINEr - User Console」 . cermine.ceon.pl . 2022年 12月13日 取得 。 ↑ "JATS プレビュー スタイルシート 2013" . GitHub . ↑ 「eLife Lens」 . lens.elifesciences.org . 2022年 12月13日 取得 。 ↑ biglist.com/mulberrytech msgおよびncbi.nlm.nih.gov/books の記事の説明 ↑ "ncbi/DtdAnalyzer" . GitHub . 2019年4月19日。 ↑ 「ジャーナルアーカイブスキーマとタグライブラリ」 。 タイプセット 。 ↑ "wendell piez. oXygen JATS framework" . GitHub . 2019年6月24日。 ↑ JATS 用の FontoXML ↑ PubRef ↑ 「注釈」 。 注釈。 2022年 12月13日 取得 。 ↑ Carl Leubsdorf , Jr (2011). Annotum: WordPress をベースにしたオープンソースのオーサリングおよびパブリッシングプラットフォーム 。Journal Article Tag Suite Conference (JATS-Con) Proceedings 2011 - NCBI Bookshelf。 ↑ "GitHub - substance/Texture: 研究用ビジュアルエディタ" . GitHub . 2019年6月25日。 ↑ 「物質コンソーシアム」 。 ↑ 「Texture - オープンサイエンス論文編集ツール」 。2017年7月24日。 ↑ "ncbi/JATSPreviewStylesheets" . GitHub . 2019年2月11日。 ↑ Wendell Piez (2010). Fitting the Journal Publishing 3.0 Preview Stylesheets to Your Needs: Capabilities and Customizations . Journal Article Tag Suite Conference (JATS-Con) Proceedings 2010 - NCBI Bookshelf. ↑ 「雑誌および出版社向け組版」 . 出版社向け組版 . 2020年1月4日。 ↑ NCBI/PubReader github.com/ncbi/PubReader ソースコード ↑ マロニー、クリス(2017年9月8日)。 「 Jatsdoc ドキュメント ブラウザ」 。GitHub 。 ↑ 「DtdAnalyzer: DTD の分析と操作のためのツール」 。 ジャーナルアーカイブおよび交換タグスイート 。国立生物工学情報センター。 ↑ PMCホームページ、 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/ ↑ PMC Europe、「概要」ページ、 http://europepmc.org/About ↑ SciELO ホーム、 http://www.scielo.org/php/index.php?lang =ja ↑ マークアップからリンクトデータへ:SPAR(セマンティックパブリッシングおよび参照)オントロジーを使用したNISO JATS v1.0からRDFへのマッピング 。米国国立生物工学情報センター。2012年。
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外部リンク NLMジャーナル記事タグスイート– NCBIの情報およびドキュメントサイト。 NISO JATS バージョン 1.1(現行規格): アーカイブおよび交換タグライブラリ 公開タグライブラリ 記事作成タグライブラリ スタイルとカスタマイズ: SciELO出版スキーマ(SPS) – SciELOのカスタマイズ。 PubMed Centralが推奨するXMLタグ付けスタイルのタグ付けガイドライン NISO JATSのカスタマイズとしてのISO規格タグセット(ISOSTS) NISO Book Interchange Tag Suite (BITS) は 、JATS をベースとしています。 TextureJATSは、JATSの最小限かつ一貫性のある部分集合です。 JATSオープンコミュニティ: 「JATS for Reuse」(JATS4R)コミュニティ、バリデーター SchemaOrgコミュニティ、ScholarlyArticle PeerJのXML-JATSからHTML5-ScholarlyArticleへの変換