コンテンツ PubMedはMEDLINEに加えて、以下の情報へのアクセスも提供しています。
PubMedの多くのレコードには全文記事へのリンクが含まれており、その一部はPubMed Central [ 5 ] やEurope PubMed Central [ 6 ]
MEDLINEに索引付けされ、PubMedを通じて入手可能なジャーナルに関する情報は、NLMカタログに記載されています。[ 7 ]
2025年 3月 15日現在 2023年現在 [ 8 ]
2016年、NLMは索引システムを変更し、出版社がPubMedに索引付けされた記事の誤字脱字や誤りを直接修正できるようにした。[ 9 ]
PubMedには、ハゲタカジャーナルに掲載された論文が含まれていることが報告されている。データベースに収録するジャーナルの選択に関するMEDLINEとPubMedの方針は若干異なる。PubMed Centralのジャーナル索引付けの基準と手順の弱点により、ハゲタカジャーナルからの出版物がPubMedに漏れる可能性がある。[ 10 ]
2025年3月4日、PubMedデータベースで一時的な世界規模の障害が発生した。障害は約1日続き、世界中の研究者が査読済みの科学文献にアクセスするためにPubMedに依存しているため、「データベースの将来に対する不安を煽った」。この障害は明らかに意図的なものではなく、サービスは復旧したが、この出来事は重要な研究インフラの信頼性と緊急時対応計画に関する懸念を浮き彫りにした。[ 11 ]
特徴
ウェブサイトデザイン 2009年10月に新しいPubMedインターフェースがリリースされ、Googleのような迅速な検索式の使用が推奨されました。これらは「テレグラム」検索とも呼ばれています。[ 12 ] [ 13 ]
PubMedのウェブサイトのデザインとドメインは2020年1月に更新され、更新された新機能とともに2020年5月15日にデフォルトになった。[ 14 ] [ 15 ]
検索
標準検索 PubMedでの簡単な検索は、PubMedの検索ウィンドウに主題の主要な要素を入力することで実行できます。
PubMed はこの初期検索式を翻訳し、フィールド名、関連する MeSH (医学主題見出し) 用語、同義語、ブール演算子を自動的に追加し、結果として得られる用語を適切に「ネスト」することで、特にテキストワードと MeSH 用語を (OR 演算子を使用して) 日常的に組み合わせることにより、検索式を大幅に強化します。
包括的な検索 PubMed で最適な検索を行うには、そのコアコンポーネントである MEDLINE、特に MEDLINE 記事の索引付けに使用される MeSH (Medical Subject Headings) 統制語彙を理解する必要があります。また、複雑な検索戦略、フィールド名 (タグ) の使用、制限の適切な使用、その他の機能が必要になる場合もあります。参考資料司書や検索スペシャリストが検索サービスを提供しています。[ 18 ] [ 19 ]
PubMedの検索ウィンドウでの検索は、明確なトピックやまだMeSH見出しが作成されていない新しい介入の検索、および医薬品の市販ブランドや固有名詞の検索にのみ推奨されます。適切な見出しがない場合や、記述子が部分的な側面を表している場合にも役立ちます。シソーラスMeSHを使用した検索はより正確で、無関係な結果が少なくなります。さらに、スペル、単数形/複数形、略語の違いを考慮する必要があるフリーテキスト検索の欠点を回避できます。一方、記述子がまだ割り当てられていない、データベースに最近組み込まれた記事は見つかりません。したがって、網羅的な検索を保証するには、統制言語の見出しとフリーテキスト用語の組み合わせを使用する必要があります。[ 20 ]
ジャーナル記事のパラメータ 学術論文が索引付けされると、多数の論文パラメータが抽出され、構造化情報として保存されます。これらのパラメータには、論文の種類（MeSH用語、例：「臨床試験」）、二次識別子（MeSH用語）、言語、ジャーナルの発行国、出版履歴（電子出版日、印刷版ジャーナルの出版日）などがあります。
出版タイプパラメータを使用すると、さまざまな種類の臨床研究のレポートを含む、出版物のタイプ で検索できます。[ 21 ]
二次ID 2005 年 7 月以降、MEDLINE の記事索引付けプロセスでは、記事の要約から識別子を抽出し、それを Secondary Identifier (SI) と呼ばれるフィールドに格納します。この Secondary Identifier フィールドは、分子配列データ、遺伝子発現、化学化合物、臨床試験 ID などのさまざまなデータベースのアクセス番号を格納するためのものです。臨床試験については、PubMed は、2 つの最大の試験登録機関である ClinicalTrials.gov (NCT 識別子) と International Standard Randomized Controlled Trial Number Register (IRCTN 識別子) の試験 ID を抽出します。[ 22 ]
関連項目 特に関連性が高いと判断された文献にはマークを付けることができ、「関連論文」を特定できます。関連性がある場合は、複数の研究を選択し、「関連データの検索」オプションを使用して、それらすべての関連論文を生成できます（PubMed またはその他の NCBI Entrez データベースで）。関連論文は、「関連性」の順にリストされます。これらの関連論文リストを作成するために、PubMed は、強力な単語重み付けアルゴリズムを使用して、各引用文献のタイトルと要約の単語、および割り当てられた MeSH 見出しを比較します。[ 23 ] [ 24 ]
MeSHへのマッピング PubMed は MeSH 用語とサブ見出しに自動的にリンクします。たとえば、「口臭」は「口臭症」にリンクし（検索に含めます）、「心臓発作」は「心筋梗塞」にリンクします。適切な場合、これらの MeSH 用語は自動的に「展開」され、より具体的な用語が含まれます。「看護」などの用語は、「看護 [MeSH]」または「看護 [サブ見出し]」に自動的にリンクされます。この機能は自動用語マッピングと呼ばれ、デフォルトではフリーテキスト検索で有効になりますが、完全一致検索（つまり、検索クエリを二重引用符で囲む）では有効になりません。[ 25 ] [ 25 ]
PubMed では、引用符付きのフレーズを入力（例：「kidney allograft」）、アスタリスクで切り詰めた場合（例：kidney allograft*）、フィールド ラベルで検索した場合（例：Cancer [ti]）には、用語の自動マッピングは適用されません。[ 20 ]
私のNCBI PubMedのオプション機能「My NCBI」（無料登録）は、以下のツールを提供します。
検索を保存 検索結果のフィルタリング 電子メールによる自動更新の設定 PubMed検索で取得した参考文献セットを保存する 表示形式の設定や検索語句の強調表示 その他にも幅広い選択肢があります。[ 26 ] [ 27 ]
リンクアウト LinkOutは、NLMが提供する、ローカルジャーナルの全文をリンクして利用可能にする機能です。[ 28 ] 2010年 3月現在）。 オールボー大学からシアトルの ZymoGenetics まで。[ 29 ] [ 30 ]
PubMed Commons 2016年、PubMedは、PubMedに索引付けされた記事の著者がコメントできるようにしました。この機能は当初パイロットモードでテストされ（2013年から）、2016年に恒久化されました。[ 31 ] [ 32 ] [ 33 ]
askMEDLINE askMEDLINEは、ユーザーが自然言語で検索を行えるようにする自由形式のテキスト検索ツールとして開発されました。専門の検索者が使用するような専門用語を使うのではなく、このツールを使えば、ユーザーは自然言語だけで効率的なMEDLINE/PubMed検索を実行できます。また、携帯端末にも適しており、正式な検索クエリの形式に慣れていない研究者、臨床医、または一般の人々を対象としています。[ 34 ]
PubMed識別子 PMID （PubMed識別子またはPubMed固有識別子）[ 35 ] 一意の整数値 です。PMIDは、 無料でアクセスできるPubMed Centralで公開されたすべての作品の識別子である PMCID （PubMed Central識別子）とは異なります。[ 36 ] 1
PMIDまたはPMCIDが出版物に割り当てられても、読者はその内容の種類や質について何も知ることはできません。PMIDは、査読済み論文だけでなく、編集者への手紙 、社説、論説 コラム、その他編集者が掲載を選択したあらゆる記事に割り当てられます。識別番号が存在することは、論文が不正、無能、または不当行為のために撤回されていないことの証明にもなりません。元の論文の 訂正 に関する発表にもPMIDが割り当てられる場合があります。
PubMedの検索ウィンドウに入力された各番号は、デフォルトではPMIDとして扱われます。したがって、PubMed内のあらゆる文献はPMIDを使用して検索できます。
代替インターフェース MEDLINEは、PubMedを通じてアクセスできるデータベースの一つです。複数の企業が、自社のプラットフォームを通じてMEDLINEへのアクセスを提供しています。 米国国立医学図書館は、MEDLINEの情報をEmbase 、Ovid 、Dialog 、EBSCO 、Knowledge Finder などの多数の民間ベンダー、およびその他多くの営利、非営利、学術機関に貸与している。[ 37 ] 2008年 10月現在 [ 38 ]
Luは、インストールや登録が不要な、現在利用可能な無料のWebベースのPubMedバージョン28種類を特定し、それらを4つのカテゴリに分類しています。[ 38 ]
検索結果のランキング、例えば、eTBLAST 、MedlineRanker、[ 39 ] [ 40 ] トピック、著者、ジャーナルなどで結果をクラスタリングする例: Anne O'Tate ; [ 41 ] [ 42 ] 例えば、意味論と視覚化を強化する例として、EBIMed [ 43 ] [ 44 ]がある。 検索インターフェースと取得エクスペリエンスの改善、例えばaskMEDLINE [ 45 ] [ 46 ] [ 47 ] [ 48 ]など。 これらの代替手段のほとんどが基本的にNLM/PubMedからライセンスに基づいてリースされたPubMed/MEDLINEデータに依存しているため、「PubMed派生」という用語が提案されています。[ 38 ] 、誰でもEric Sayers博士による「The E-utilities In-Depth: Parameters, Syntax and More」で説明されているeutilsアプリケーションプログラムインターフェースを使用してPubMedアプリケーションを作成できます。[ 49 ]
2025年、ドイツ国立医学図書館（ZBMed） は、国際的にサポートされたオープンソース版のPubMedを開発する計画を発表した。[ 50 ] [ 51 ]
PubMedのデータマイニング PubMedのデータをマイニングする別の方法として、Matlab 、Python 、R などのプログラミング環境を使用する方法があります。これらの場合、PubMedへのクエリはコードとして記述され、PubMedに渡されます。そして、その応答はプログラミング環境内で直接処理されます。 コードは自動化することができ、疾患、年、臓器など、さまざまなキーワードで体系的にクエリを実行できます。
一括処理の場合、PubMedデータベース全体がXML形式で利用可能であり、FTPサーバーからダウンロードできます。年間ベースラインは12月にリリースされ、その後、毎日更新ファイルがリリースされます。[ 52 ]
PubMedは、従来の生物医学データベースとしての役割に加えて、生物医学言語モデルの トレーニングのための一般的なリソースにもなっています。[ 53 ]
PubMedでアクセスできるデータは、MEDOCなどの非公式ツールを使用してローカルにミラーリングできます。[ 54 ]
PubMed の数百万件のレコードは、 Unpaywall のようなオープンアクセス に関するさまざまなオープンデータデータセットを補強しています。Unpaywall Journals のようなデータ分析ツールは、図書館が大規模な契約の キャンセルを支援するために使用されています。図書館は、PubMed Central のようなオープンアーカイブ を介して即時オープンアクセス で既に提供されている資料の購読を回避できます。[ 55 ]
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外部リンク 公式サイト PubMedの検索タグとフィールド修飾子
