OBOファウンドリー

OBOファウンドリー
集中	バイオメディカルオントロジーの改善
メンバー	27
主要人物	スザンナ・ルイス、バリー・スミス、マイケル・アッシュバーナー
Webサイト	出典:

オープン生物学および生物医学オントロジー（OBO）ファウンドリーは、生命科学に関連するオントロジーを構築および維持するグループです。^{[1] OBOファウンドリーは、生物医学領域で相互運用可能な}参照オントロジースイートを作成するためのオントロジー開発の一連の原則を確立しています。現在、 OBOファウンドリーの原則に従うオントロジーは100以上あります。

OBOファウンドリーの取り組みにより、生物医学的成果を統合し、バイオインフォマティクスの分析を行うことが容易になります。これは、さまざまな研究分野の用語とその相互関係（例：マウスモデルの表現型とゼブラフィッシュの関連する表現型）の構造化された参照を提供することで実現します。^[2]

導入

Foundry イニシアチブは、ライフサイエンスにおけるデータ統合の改善を目指しています。統合への 1 つのアプローチは、制御された語彙を使用してさまざまなソースからのデータに注釈を付けることです。理想的には、このような制御された語彙はオントロジーの形式を取り、語彙内の用語を使用して注釈が付けられたデータに対する論理的推論をサポートします。

バイオメディカル領域の概念の形式化は、OBO ファウンドリーの一部である遺伝子オントロジーコンソーシアムの活動を通じて特に知られています。これにより、オントロジー開発における優れた実践の原則がいくつか提案され、現在、OBO ファウンドリーイニシアチブを通じて Open Biomedical Ontologies コンソーシアムのフレームワーク内で実践されています。OBO オントロジーは、国立バイオメディカルオントロジーセンターのリソースの一部であり、NCBO のバイオポータルの中心的なコンポーネントを形成しています。

オープンな生物学および生物医学オントロジー

オープン生物学および生物医学オントロジー（OBO、旧称オープン生物医学オントロジー）は、生物学および医学の領域全体で使用するためのオントロジー（制御された語彙）を作成する取り組みです。オリジナルのOBOオントロジーのサブセットからOBOファウンドリーが開始され、2007年以来OBOの取り組みを主導しています。^[1]

2001年のOBOの創設は、遺伝子オントロジープロジェクトの取り組みに大きく影響を受けました。^{[3] OBOは、}米国国立生物医学オントロジーセンター（NCBIO）のリソースの一部であり、NCBOのバイオポータルの中心的な要素です。これは、OBOファウンドリーが主導する取り組みです。

参加ルール

OBO ファウンドリーは、関心のある個人であれば誰でも参加できます。OBO ファウンドリーの公式メンバーとなることを希望するオントロジーは、OBO の原則に従い、メンバーによる一連のレビューに合格する必要があります。その際、「ファウンドリーのコーディネーターは、ジャーナル編集者のアナログとして機能します。」^[1] OBO の原則に従っているものの、正式には OBO の一部ではないオントロジーもあります。たとえば、eagle-iの Reagent Application Ontologyです。 ^[4]および Animals in Context Ontology です。^[5]

候補オントロジーを標準化するためのステップとして、 OntoCleanの剛性理論をOBOに統合することが提案されている。この統合により、候補を自動的にチェックするソフトウェアの開発が容易になる。^[6]

ツール

OBO Foundry コミュニティは、オントロジーの作成と維持を容易にするツールの開発にも取り組んでいます。OBO のオントロジー開発者のほとんどは、オントロジーの構築にProtégéオントロジーエディタとWeb Ontology Language (OWL) を使用しています。Protégé および OWL 互換の形式でオントロジーをコマンドラインで管理できるようにするために、OBO Foundry は ROBOT (ROBOT は OBO ツール) というツールを開発しました。ROBOT はオントロジー開発における日常的なタスクの機能を集約したオープンソースのツールで、コマンドライン経由でも、 Java 仮想マシン上の任意の言語のライブラリとしても使用できます。^[7]

OBOの取り組みに関連する他のツールとしては、遺伝子オントロジーコンソーシアムが資金提供しているオントロジーエディタおよび推論ツールであるOBO-Edit [8]があります。また、半^自動オントロジージェネレーターDOG4DAGなど、オントロジーの開発を容易にするOBO-Edit用のプラグインもあります。^[9]

OBOファイル形式

OBO ファイル形式は、オントロジーを構築するための生物学指向の言語です。これは、Web オントロジー言語 (OWL)の原理に基づいています。

コミュニティの努力により、オープンバイオメディカルオントロジー（OBO）形式とOWL間のロスレス往復変換のための標準的な共通マッピングが作成されました。^[10]^[11]この研究には、OBOの各構成要素の系統的な調査と、セマンティックウェブスタックに似たOBOのレイヤーケーキが含まれています。^[12]

OBO ファウンドリオントロジー

OBOファウンドリーオントロジーの初期セットは、成熟したオントロジー（遺伝子オントロジー、GO、解剖学の基礎モデル、FMAOなど）、既存のオントロジーの統合（例：細胞オントロジー、^[13] CL、さまざまな専用オントロジーから形成^[14]^[15]およびGOとFMAOの関連部分）、およびその原則に基づく新しいオントロジーの開発によって構成されていました。^[16]

オリジナルのオントロジーセットには、ゼブラフィッシュ解剖オントロジー^{[17] （}ゼブラフィッシュ情報ネットワークの一部）、CheBIオントロジー、疾患オントロジー、植物オントロジー、配列オントロジー、生物医学調査のためのオントロジー、タンパク質オントロジーも含まれていました。^[16]

OBO のオントロジーの数は数百にまで増加しており、それらはOBO ファウンドリーオントロジーのリストにまとめられています。

OBO Foundry と Wikidata

数多くの異なるOBOファウンドリーオントロジーもウィキデータナレッジグラフに統合されています。^[18]^[19] これにより、OBO構造化オントロジーが他の非OBOデータベースのデータに統合されるようになりました。たとえば、ヒト疾患オントロジー^[20]をウィキデータに統合すると、リソースCellosaurusの細胞株の説明へのリンクが可能になります。^[21] OBOファウンドリーをウィキデータに統合する目的の1つは、オントロジスト以外の人がオントロジーに貢献したり使用したりする障壁を下げることです。ウィキデータは、従来のオントロジーモデル（高度な専門知識が必要）よりも理解しやすく、使いやすいと言えます。^[22]

原則

OBO互換の生命科学オントロジーの開発のためのOBOファウンドリー原則^[23]の要約：

オープンさ

オントロジーは公開されており、 CC-BY 3.0ライセンスまたはパブリックドメイン（CC0）のいずれかでリリースされる必要があります。^{[24]オントロジーのオープン性により、たとえば、}遺伝子オントロジー（OBO原則に従うオントロジーの1つ）からWikidataプロジェクトへの用語のインポートが可能になりました。^[25]

共通フォーマット

オントロジーは共通の形式言語で利用可能でなければならない。実際には、OBOファウンドリーの一部であるオントロジーは、相互運用性を最大限に高めるために、 RDF/XML構文を使用してOWL/ OWL2またはOBO形式で項目を記述する必要があることを意味する。^[26]

直交性

用語はOBO空間内で一意である必要があります。つまり、各項目には一意のオントロジープレフィックス（CHEBI、GO、PROなど）とオントロジー内のローカル数値識別子があります。^[27]数値IDを選択したのは、リソースのメンテナンスと進化を改善するためです。^[28] OBOファウンドリーに参加するには、オントロジーは直交している必要があり、モデル化する概念はOBO内で一意である必要があります。そのため、各概念には単一のUniform Resource Identifier（URI）があります。そのため、新しいオントロジーでは、他の取り組みで行われた作業を再利用する必要があります。^[28]

用語の一意性と相互運用性という理想にもかかわらず、実際にはこれを実施することは難しく、用語の重複が発生します。さらに、一部のオントロジーでは用語を再利用しないか、不適切に再利用しています。^[29]

バージョン管理

オントロジーは時間とともに進化し、特定のドメインの知識の進歩に応じて概念と説明が洗練されます。^[30] 新しいバージョンが更新され、古いバージョンのオントロジーを使用するツールが引き続き機能することを保証するために、OBOはバージョン管理システムを実施し、各オントロジーバージョンに日付または番号システムの形式とメタデータのDAGのいずれかの一意の識別子を割り当てます。^[31]

範囲

オントロジーは、明確に指定された範囲（カバーしようとする領域）を持つ必要がある。^[32]

テキストによる定義がある

オントロジーは、各項目について人間が読める形でテキスト定義を持つべきである。つまり、各項目の英数字による識別に加えて、オントロジー内で一意な方法でアリストテレス論理に従った論理的肯定によって自然言語で記述されるべきである。 ^[33]

標準化された関係と関係オントロジー (RO)

オントロジーは関係オントロジー（RO）の項目間の関係を使用する必要があります。これにより、異なるオントロジーをシームレスに統合できることが保証され、これは論理的推論にとって特に重要です。^[34]

関係オントロジー（RO）は、さまざまな生物医学的概念間の関係を表すために設計されたオントロジーです。 ^[35]多くのOBOファウンドリーオントロジーで再利用される「part_of」、「located_in」、「preceded_by」などの関係を厳密に記述します。

ドキュメント

OBOオントロジーは徹底的に文書化される必要がある。これは多くの場合、それぞれのオントロジーごとにGitHubリポジトリを介して行われる（ OBOファウンドリーオントロジーのリストを参照）。^[36]

複数のユーザー

オントロジーはさまざまな人々にとって有用であるべきであり、オントロジー開発者は使用の証拠を文書化する必要があります。この基準はレビュープロセスにとって重要です。使用例としては、他のオントロジーによる用語へのリンク、セマンティックウェブプロジェクトでの使用、注釈やその他の研究アプリケーションでの使用などがあります。^[37]

コラボレーションへのオープン性

オントロジーは他のOBOファウンドリーメンバーとのコラボレーションを可能にする方法で開発されるべきである。^[38]

権威の所在

オントロジーには、コミュニティとのやりとりを仲介するオントロジーの責任者が1人必要です。^[39]

命名規則

OBOオントロジーの命名規則は、主ラベルをオントロジー内（できればOBO内）で明確かつ一意にすることを目的としています。ラベルと同義語は英語で記述し、アンダースコアやキャメルケースの使用は避けてください。^[40] OBOには多言語サポートのメカニズムがありませんが、Wikidataでは異なるシステムのラベルが許可されています。OBOの命名システムは、現在のオントロジーの命名規則をカタログ化し、これらの規則に関連する問題を発見するための一連の調査に基づいています。^[41]

メンテナンス

オントロジーは、科学的コンセンサスの変化に応じて更新されるべきである。OBOファウンドリーは、科学的コンセンサスを「1年以上にわたって独立した研究室から発表された複数の論文が同じ結論に達し、同じ期間内に発表された反対意見がないか、または限られている（10%未満）こと」と定義している。^[42]

参照

参考文献

^ abc Smith B、Ashburner M、Rosse C、Bard J、Bug W、Ceusters W、他 (2007 年 11 月)。「OBO ファウンドリー: バイオメディカルデータ統合をサポートするオントロジーの協調的進化」。Nature Biotechnology . 25 (11): 1251–5. doi :10.1038/nbt1346. PMC 2814061 . PMID 17989687。
^ Mungall, Christopher J; Gkoutos, Georgios V; Smith, Cynthia L; Haendel, Melissa A ; Lewis, Suzanna E; Ashburner, Michael (2010). 「複数の種にわたる表現型オントロジーの統合」.ゲノム生物学. 11 (1): R2. doi : 10.1186/gb-2010-11-1-r2 . ISSN 1465-6906. PMC 2847714. PMID 20064205 .
^ Shimoyama, Mary; Dwinell, Melinda; Jacob, Howard (2009-08-05). 「複雑な表現型データセットを統合するための複数のオントロジー」. Nature Precedings . doi : 10.1038/npre.2009.3554 . ISSN 1756-0357.
^ Brush MH、Vasilevsky N、Torniai C、Johnson T、Shaffer C、Haendel M (2011)。「OBOファウンドリフレームワーク内での試薬アプリケーションオントロジーの開発」。CEURワークショップ議事録。833 ： 234–236。
^ Santamaria SL (2012). Animals in Context オントロジーの開発(PDF)。国際バイオメディカルオントロジー会議の議事録。グラーツ。
^ Seyed, Patrice、Stuart C. Shapiro (2011)。OBO ファウンドリ候補オントロジーの標準化への厳格性の適用(PDF)。国際バイオメディカルオントロジー会議 (CEUR 993) の議事録。{{cite conference}}: CS1 maint: multiple names: authors list (link)
^ Jackson RC、Balhoff JP、Douglass E、Harris NL、Mungall CJ 、Overton JA (2019年7月) 。「ROBOT: オントロジーワークフローを自動化するツール」。BMCバイオインフォマティクス。20 (1): 407。doi : 10.1186 /s12859-019-3002-3。PMC 6664714 。PMID 31357927 。
^ Day -Richter J、Harris MA、Haendel M、Lewis S (2007年8 月)。「OBO-Edit - 生物学者のためのオントロジーエディター」。バイオインフォマティクス。23 (16): 2198–200。doi : 10.1093/bioinformatics/ btm112。PMID 17545183。
^ Wächter T, Schroeder M (2010 年 6 月). 「OBO-Edit 内での半自動オントロジー生成」.バイオインフォマティクス. 26 (12): i88-96. doi : 10.1093/bioinformatics/btq188 . PMC 2881373. PMID 20529942 .
^ ab Tirmizi, Syed; Aitken, Stuart; Moreira, Dilvan A; Mungall, Chris; Sequeda, Juan; Shah, Nigam H; Miranker, Daniel P (2011). 「OBO と OWL オントロジー言語間のマッピング」. Journal of Biomedical Semantics . 2 (Suppl 1): S3. doi : 10.1186/2041-1480-2-s1-s3 . ISSN 2041-1480. PMC 3105495. PMID 21388572 .
^ Golbreich, Christine; Horridge, Matthew; Horrocks, Ian; Motik, Boris; Shearer, Rob (2007)、「OBO と OWL: 生命科学のためのセマンティックウェブ技術の活用」、The Semantic Web、Lecture Notes in Computer Science、vol. 4825、Springer Berlin Heidelberg、pp. 169–182、Bibcode :2007LNCS.4825..169G、doi : 10.1007/978-3-540-76298-0_13、ISBN 978-3-540-76297-3
^ アンテザナ、E.エガナ、M.デ・ベイツ、B.カイパー、M.ミロノフ、V. (2008)。「ONTO-PERL：バイオオントロジーの開発・解析を支援するAPI」。バイオインフォマティクス。24 (6): 885–887。土井：10.1093/bioinformatics/btn042。PMID 18245124。
^ Diehl, Alexander D.; Meehan, Terrence F.; Bradford, Yvonne M.; Brush, Matthew H.; Dahdul, Wasila M.; Dougall, David S.; He, Yongqun; Osumi-Sutherland, David; Ruttenberg, Alan; Sarntivijai, Sirarat; Van Slyke, Ceri E. (2016-07-04). 「細胞オントロジー 2016: 強化されたコンテンツ、モジュール化、およびオントロジーの相互運用性」. Journal of Biomedical Semantics . 7 (1): 44. doi : 10.1186/s13326-016-0088-7 . ISSN 2041-1480. PMC 4932724. PMID 27377652 .
^ Bard, Jonathan; Rhee, Seung Y.; Ashburner, Michael (2005-01-14). 「細胞タイプのオントロジー」.ゲノム生物学. 6 (2): R21. doi : 10.1186/gb-2005-6-2-r21 . ISSN 1474-760X. PMC 551541. PMID 15693950 .
^ Kelso, J. (2003-05-12). 「eVOC: 遺伝子発現データを統合するための制御語彙」.ゲノム研究. 13 (6): 1222–1230. doi :10.1101/gr.985203. ISSN 1088-9051. PMC 403650. PMID 12799354 .
^ ab Smith, Barry; Ashburner, Michael; Rosse, Cornelius; Bard, Jonathan; Bug, William; Ceusters, Werner; Goldberg, Louis J; Eilbeck, Karen; Ireland, Amelia; Mungall, Christopher J; Leontis, Neocles (2007 年 11 月)。「OBO ファウンドリー: バイオメディカルデータ統合をサポートするオントロジーの協調的進化」。Nature Biotechnology . 25 (11): 1251–1255. doi :10.1038/nbt1346. ISSN 1087-0156. PMC 2814061 . PMID 17989687.
^ Van Slyke, Ceri E.; Bradford, Yvonne M.; Westerfield, Monte; Haendel, Melissa A. (2014-02-25). 「ゼブラフィッシュの解剖学とステージオントロジー：Danio rerio の解剖学と発達の表現」Journal of Biomedical Semantics . 5 (1): 12. doi : 10.1186/2041-1480-5-12 . ISSN 2041-1480. PMC 3944782 . PMID 24568621.
^ Waagmeester, Andra; Stupp, Gregory; Burgstaller-Muehlbacher, Sebastian; Good, Benjamin M; Griffith, Malachi; Griffith, Obi L; Hanspers, Kristina; Hermjakob, Henning; Hudson, Toby S; Hybiske, Kevin; Keating, Sarah M (2020-03-17). Rodgers, Peter; Mungall, Chris (eds.). 「生命科学のための知識グラフとしてのWikidata」. eLife . 9 : e52614. doi : 10.7554/eLife.52614 . ISSN 2050-084X. PMC 7077981 . PMID 32180547.
^ トルキ、ホウセメディン;シェイフィー、トーマス。ハジ・タイエブ、モハメド・アリ。ベン・アウイチャ、モハメッド。ヴランデチッチ、デニー。ダス、ディプタンシュ。ハムディ、ヘルミ (2019-11-01)。「ウィキデータ: 大規模な共同存在論的医療データベース」。生物医学情報学ジャーナル。99 : 103292.土井: 10.1016/j.jbi.2019.103292。ISSN 1532-0464。PMID 31557529。
^ Schriml, Lynn M.; Mitraka, Elvira; Munro, James; Tauber, Becky; Schor, Mike; Nickle, Lance; Felix, Victor; Jeng, Linda; Bearer, Cynthia; Lichenstein, Richard; Bisordi, Katharine (2019-01-08). 「ヒト疾患オントロジー2018アップデート：分類、コンテンツ、ワークフロー拡張」。核酸研究。47 （D1 ）：D955–D962。doi ：10.1093 / nar /gky1032。ISSN 0305-1048。PMC 6323977。PMID 30407550。
^ “HeLa”. www.wikidata.org . 2020年5月4日閲覧。
^ ヤコブセン、アニカ;ワーグメースター、アンドラ。カリヤペルマル、ラジャラム州。ステュップ、グレゴリー S. M. シュリムル、リン;トンプソン、マーク。 I.スー、アンドリュー;ルース、マルコ (2018-12-04)。「データ FAIRification におけるセマンティックデータモデリングに向けた直感的なリソースとしてのウィキデータ」。フィグシェア。土井：10.6084/m9.figshare.7415282.v2。
^ 「概要」。obofoundry.org 。 2020年2月6日閲覧。
^ 「オープン（原則1）」obofoundry.org . 2020年2月6日閲覧。
^ Burgstaller-Muehlbacher S、Waagmeester A、Mitraka E、Turner J、Putman T、Leong J、他。 (2016-01-01)。「Gene Wiki イニシアチブの意味論的フレームワークとしての Wikidata」。データベース。2016 : baw015.土井：10.1093/database/baw015。PMC 4795929。PMID 26989148。
^ 「共通フォーマット（原則2）」。obofoundry.org 。2020年2月6日閲覧。
^ 「URI/識別子空間（原則3）」obofoundry.org . 2020年2月6日閲覧。
^ ab Courtot M、Mungall C、Brinkman RR、Ruttenberg A (2010)。OBOファウンドリーの構築 - 一度に 1 つのポリシー。CEURS Proceedings: 国際バイオメディカルオントロジー会議。
^ Ghazvinian A、Noy NF、Musen MA (2011 年 5 月)。「OBO ファウンドリーオントロジーはどの程度直交しているか?」Journal of Biomedical Semantics . 2 (Suppl 2): S2. doi : 10.1186/2041-1480-2-s2-s2 . PMC 3102891 . PMID 21624157。
^ Groß, Anika; Pruski, Cédric; Rahm, Erhard (2016). 「バイオメディカルオントロジーとマッピングの進化：最近のアプローチの概要」Computational and Structural Biotechnology Journal . 14 : 333–340. doi : 10.1016/j.csbj.2016.08.002 . ISSN 2001-0370. PMC 5018063 . PMID 27642503.
^ 「バージョン管理（原則4）」。obofoundry.org 。2020年2月6日閲覧。
^ 「範囲（原則5）」。obofoundry.org 。 2020年2月6日閲覧。
^ 「テキスト定義（原則6）」obofoundry.org . 2020年2月6日閲覧。
^ 「関係（原則7）」obofoundry.org . 2020年2月6日閲覧。
^ Smith, Barry; Ceusters, Werner; Klagges, Bert; Köhler, Jacob; Kumar, Anand; Lomax, Jane; Mungall, Chris; Neuhaus, Fabian; Rector, Alan L; Rosse, Cornelius (2005). 「生物医学オントロジーにおける関係」.ゲノム生物学. 6 (5): R46. doi : 10.1186/gb-2005-6-5-r46 . PMC 1175958. PMID 15892874 .
^ 「ドキュメンテーション（原則8）」obofoundry.org . 2020年2月6日閲覧。
^ 「文書化されたユーザーの複数性（原則9）」obofoundry.org 。 2020年2月6日閲覧。
^ 「コラボレーションへのコミットメント（原則10）」obofoundry.org . 2020年2月6日閲覧。
^ 「権威の所在（原則11）」obofoundry.org . 2020年2月6日閲覧。
^ 「命名規則（原則12）」。obofoundry.org 。2020年2月6日閲覧。
^ Schober, Daniel; Smith, Barry; Lewis, Suzanna E; Kusnierczyk, Waclaw; Lomax, Jane; Mungall, Chris; Taylor, Chris F; Rocca-Serra, Philippe; Sansone, Susanna-Assunta (2009). 「OBO Foundry オントロジー開発で使用するための調査ベースの命名規則」BMC Bioinformatics . 10 (1): 125. doi : 10.1186/1471-2105-10-125 . ISSN 1471-2105. PMC 2684543 . PMID 19397794.
^ 「メンテナンス（原則16）」obofoundry.org . 2020年2月6日閲覧。

外部リンク

OBOファウンドリー
ロボットツール
NCBOのバイオポータル
OBO Foundry オントロジーの最初のセット。
Barry Smithによるバイオオントロジーに関するコースと OBO Foundry に関するスライドデッキ。
MIBBI (生物学および生物医学研究のための最小限の情報)
オントロジー検索サービスウェブサイト
BRENDA ウェブサイトのほとんどのオープン生物学オントロジー用のオントロジーブラウザー
PubOnto: OBOベースの文献検索ツール
オントパール
SimCT は、注釈の類似性に基づいて、オントロジーに注釈が付けられた生物学的オブジェクト間の関係をツリー形式で表示する Web ベースのツールです。archive.orgで公開されています。
テキサス州オースティン大学によるモーフスタープロジェクト。archive.org に掲載
OBO Foundry 上の関係オントロジー。

[:0-1] Smith B、Ashburner M、Rosse C、Bard J、Bug W、Ceusters W、他 (2007 年 11 月)。「OBO ファウンドリー: バイオメディカルデータ統合をサポートするオントロジーの協調的進化」。Nature Biotechnology . 25 (11): 1251–5. doi :10.1038/nbt1346. PMC 2814061 . PMID 17989687。

[2] Mungall, Christopher J; Gkoutos, Georgios V; Smith, Cynthia L; Haendel, Melissa A ; Lewis, Suzanna E; Ashburner, Michael (2010). 「複数の種にわたる表現型オントロジーの統合」.ゲノム生物学. 11 (1): R2. doi : 10.1186/gb-2010-11-1-r2 . ISSN 1465-6906. PMC 2847714. PMID 20064205 .

[3] Shimoyama, Mary; Dwinell, Melinda; Jacob, Howard (2009-08-05). 「複雑な表現型データセットを統合するための複数のオントロジー」. Nature Precedings . doi : 10.1038/npre.2009.3554 . ISSN 1756-0357.

[4] Brush MH、Vasilevsky N、Torniai C、Johnson T、Shaffer C、Haendel M (2011)。「OBOファウンドリフレームワーク内での試薬アプリケーションオントロジーの開発」。CEURワークショップ議事録。833 ： 234–236。

[5] Santamaria SL (2012). Animals in Context オントロジーの開発(PDF)。国際バイオメディカルオントロジー会議の議事録。グラーツ。

[6] Seyed, Patrice、Stuart C. Shapiro (2011)。OBO ファウンドリ候補オントロジーの標準化への厳格性の適用(PDF)。国際バイオメディカルオントロジー会議 (CEUR 993) の議事録。{{cite conference}}: CS1 maint: multiple names: authors list (link)

[7] ^ Jackson RC、Balhoff JP、Douglass E、Harris NL、Mungall CJ 、Overton JA (2019年7月) 。「ROBOT: オントロジーワークフローを自動化するツール」。BMCバイオインフォマティクス。20 (1): 407。doi : 10.1186 /s12859-019-3002-3。PMC 6664714 。PMID 31357927 。

[8] Day -Richter J、Harris MA、Haendel M、Lewis S (2007年8 月)。「OBO-Edit - 生物学者のためのオントロジーエディター」。バイオインフォマティクス。23 (16): 2198–200。doi : 10.1093/bioinformatics/ btm112。PMID 17545183。

[9] Wächter T, Schroeder M (2010 年 6 月). 「OBO-Edit 内での半自動オントロジー生成」.バイオインフォマティクス. 26 (12): i88-96. doi : 10.1093/bioinformatics/btq188 . PMC 2881373. PMID 20529942 .

[:3-10] Tirmizi, Syed; Aitken, Stuart; Moreira, Dilvan A; Mungall, Chris; Sequeda, Juan; Shah, Nigam H; Miranker, Daniel P (2011). 「OBO と OWL オントロジー言語間のマッピング」. Journal of Biomedical Semantics . 2 (Suppl 1): S3. doi : 10.1186/2041-1480-2-s1-s3 . ISSN 2041-1480. PMC 3105495. PMID 21388572 .

[11] Golbreich, Christine; Horridge, Matthew; Horrocks, Ian; Motik, Boris; Shearer, Rob (2007)、「OBO と OWL: 生命科学のためのセマンティックウェブ技術の活用」、The Semantic Web、Lecture Notes in Computer Science、vol. 4825、Springer Berlin Heidelberg、pp. 169–182、Bibcode :2007LNCS.4825..169G、doi : 10.1007/978-3-540-76298-0_13、ISBN 978-3-540-76297-3

[pmid18245124-12] アンテザナ、E.エガナ、M.デ・ベイツ、B.カイパー、M.ミロノフ、V. (2008)。「ONTO-PERL：バイオオントロジーの開発・解析を支援するAPI」。バイオインフォマティクス。24 (6): 885–887。土井：10.1093/bioinformatics/btn042。PMID 18245124。

[13] Diehl, Alexander D.; Meehan, Terrence F.; Bradford, Yvonne M.; Brush, Matthew H.; Dahdul, Wasila M.; Dougall, David S.; He, Yongqun; Osumi-Sutherland, David; Ruttenberg, Alan; Sarntivijai, Sirarat; Van Slyke, Ceri E. (2016-07-04). 「細胞オントロジー 2016: 強化されたコンテンツ、モジュール化、およびオントロジーの相互運用性」. Journal of Biomedical Semantics . 7 (1): 44. doi : 10.1186/s13326-016-0088-7 . ISSN 2041-1480. PMC 4932724. PMID 27377652 .

[14] Bard, Jonathan; Rhee, Seung Y.; Ashburner, Michael (2005-01-14). 「細胞タイプのオントロジー」.ゲノム生物学. 6 (2): R21. doi : 10.1186/gb-2005-6-2-r21 . ISSN 1474-760X. PMC 551541. PMID 15693950 .

[15] Kelso, J. (2003-05-12). 「eVOC: 遺伝子発現データを統合するための制御語彙」.ゲノム研究. 13 (6): 1222–1230. doi :10.1101/gr.985203. ISSN 1088-9051. PMC 403650. PMID 12799354 .

[:2-16] Smith, Barry; Ashburner, Michael; Rosse, Cornelius; Bard, Jonathan; Bug, William; Ceusters, Werner; Goldberg, Louis J; Eilbeck, Karen; Ireland, Amelia; Mungall, Christopher J; Leontis, Neocles (2007 年 11 月)。「OBO ファウンドリー: バイオメディカルデータ統合をサポートするオントロジーの協調的進化」。Nature Biotechnology . 25 (11): 1251–1255. doi :10.1038/nbt1346. ISSN 1087-0156. PMC 2814061 . PMID 17989687.

[17] Van Slyke, Ceri E.; Bradford, Yvonne M.; Westerfield, Monte; Haendel, Melissa A. (2014-02-25). 「ゼブラフィッシュの解剖学とステージオントロジー：Danio rerio の解剖学と発達の表現」Journal of Biomedical Semantics . 5 (1): 12. doi : 10.1186/2041-1480-5-12 . ISSN 2041-1480. PMC 3944782 . PMID 24568621.

[18] Waagmeester, Andra; Stupp, Gregory; Burgstaller-Muehlbacher, Sebastian; Good, Benjamin M; Griffith, Malachi; Griffith, Obi L; Hanspers, Kristina; Hermjakob, Henning; Hudson, Toby S; Hybiske, Kevin; Keating, Sarah M (2020-03-17). Rodgers, Peter; Mungall, Chris (eds.). 「生命科学のための知識グラフとしてのWikidata」. eLife . 9 : e52614. doi : 10.7554/eLife.52614 . ISSN 2050-084X. PMC 7077981 . PMID 32180547.

[19] トルキ、ホウセメディン;シェイフィー、トーマス。ハジ・タイエブ、モハメド・アリ。ベン・アウイチャ、モハメッド。ヴランデチッチ、デニー。ダス、ディプタンシュ。ハムディ、ヘルミ (2019-11-01)。「ウィキデータ: 大規模な共同存在論的医療データベース」。生物医学情報学ジャーナル。99 : 103292.土井: 10.1016/j.jbi.2019.103292。ISSN 1532-0464。PMID 31557529。

[20] Schriml, Lynn M.; Mitraka, Elvira; Munro, James; Tauber, Becky; Schor, Mike; Nickle, Lance; Felix, Victor; Jeng, Linda; Bearer, Cynthia; Lichenstein, Richard; Bisordi, Katharine (2019-01-08). 「ヒト疾患オントロジー2018アップデート：分類、コンテンツ、ワークフロー拡張」。核酸研究。47 （D1 ）：D955–D962。doi ：10.1093 / nar /gky1032。ISSN 0305-1048。PMC 6323977。PMID 30407550。

[21] “HeLa”. www.wikidata.org . 2020年5月4日閲覧。

[22] ヤコブセン、アニカ;ワーグメースター、アンドラ。カリヤペルマル、ラジャラム州。ステュップ、グレゴリー S. M. シュリムル、リン;トンプソン、マーク。 I.スー、アンドリュー;ルース、マルコ (2018-12-04)。「データ FAIRification におけるセマンティックデータモデリングに向けた直感的なリソースとしてのウィキデータ」。フィグシェア。土井：10.6084/m9.figshare.7415282.v2。

[23] 「概要」。obofoundry.org 。 2020年2月6日閲覧。

[24] 「オープン（原則1）」obofoundry.org . 2020年2月6日閲覧。

[25] Burgstaller-Muehlbacher S、Waagmeester A、Mitraka E、Turner J、Putman T、Leong J、他。 (2016-01-01)。「Gene Wiki イニシアチブの意味論的フレームワークとしての Wikidata」。データベース。2016 : baw015.土井：10.1093/database/baw015。PMC 4795929。PMID 26989148。

[26] 「共通フォーマット（原則2）」。obofoundry.org 。2020年2月6日閲覧。

[27] 「URI/識別子空間（原則3）」obofoundry.org . 2020年2月6日閲覧。

[:1-28] Courtot M、Mungall C、Brinkman RR、Ruttenberg A (2010)。OBOファウンドリーの構築 - 一度に 1 つのポリシー。CEURS Proceedings: 国際バイオメディカルオントロジー会議。

[29] Ghazvinian A、Noy NF、Musen MA (2011 年 5 月)。「OBO ファウンドリーオントロジーはどの程度直交しているか?」Journal of Biomedical Semantics . 2 (Suppl 2): S2. doi : 10.1186/2041-1480-2-s2-s2 . PMC 3102891 . PMID 21624157。

[30] Groß, Anika; Pruski, Cédric; Rahm, Erhard (2016). 「バイオメディカルオントロジーとマッピングの進化：最近のアプローチの概要」Computational and Structural Biotechnology Journal . 14 : 333–340. doi : 10.1016/j.csbj.2016.08.002 . ISSN 2001-0370. PMC 5018063 . PMID 27642503.

[31] 「バージョン管理（原則4）」。obofoundry.org 。2020年2月6日閲覧。

[32] 「範囲（原則5）」。obofoundry.org 。 2020年2月6日閲覧。

[33] 「テキスト定義（原則6）」obofoundry.org . 2020年2月6日閲覧。

[34] 「関係（原則7）」obofoundry.org . 2020年2月6日閲覧。

[35] Smith, Barry; Ceusters, Werner; Klagges, Bert; Köhler, Jacob; Kumar, Anand; Lomax, Jane; Mungall, Chris; Neuhaus, Fabian; Rector, Alan L; Rosse, Cornelius (2005). 「生物医学オントロジーにおける関係」.ゲノム生物学. 6 (5): R46. doi : 10.1186/gb-2005-6-5-r46 . PMC 1175958. PMID 15892874 .

[36] 「ドキュメンテーション（原則8）」obofoundry.org . 2020年2月6日閲覧。

[37] 「文書化されたユーザーの複数性（原則9）」obofoundry.org 。 2020年2月6日閲覧。

[38] 「コラボレーションへのコミットメント（原則10）」obofoundry.org . 2020年2月6日閲覧。

[39] 「権威の所在（原則11）」obofoundry.org . 2020年2月6日閲覧。

[40] 「命名規則（原則12）」。obofoundry.org 。2020年2月6日閲覧。

[41] Schober, Daniel; Smith, Barry; Lewis, Suzanna E; Kusnierczyk, Waclaw; Lomax, Jane; Mungall, Chris; Taylor, Chris F; Rocca-Serra, Philippe; Sansone, Susanna-Assunta (2009). 「OBO Foundry オントロジー開発で使用するための調査ベースの命名規則」BMC Bioinformatics . 10 (1): 125. doi : 10.1186/1471-2105-10-125 . ISSN 1471-2105. PMC 2684543 . PMID 19397794.

[42] 「メンテナンス（原則16）」obofoundry.org . 2020年2月6日閲覧。

導入