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| 略語 | 教育 |
|---|---|
| 形成 | 1999年11月 |
| 溶解した | 2021年9月 |
| タイプ | 特定非営利活動法人 |
| 目的 | 科学的 |
公用語 | 英語 |
社長 | フランシス・ウエレット |
主な臓器 | 取締役会 |
| Webサイト | 詳しくはこちら |
機能ゲノミクスデータ協会( FGED ) (旧称MGED 協会) は、生物学者、コンピューター科学者、データアナリストがボランティアで運営する非営利の国際組織で、データ統合を通じて生物学および生物医学の発見を促進することを目的としています。FGED のアプローチは、主に機能ゲノミクス の領域内で大規模なデータセットを生成するハイスループット技術によって生成された基礎研究 データの共有を促進することでした。
FGED 協会の会員は、他の組織と協力して、機能ゲノムデータの効果的な共有と再現性をサポートし、標準とその標準を活用するソフトウェア ツールの作成を促進し、生命科学および生物医学コミュニティ内で高品質で適切に注釈が付けられたデータの共有を促進しました。
この組織は、1999年に「マイクロアレイ遺伝子発現データ（MGED）協会」として設立されましたが、遺伝子発現分析のためのDNAマイクロアレイの応用を超えて、ハイスループットシーケンシングなどの技術を含むように焦点を広げたという事実を反映して、2010年に「機能ゲノミクスデータ協会」に名前を変更しました。[引用が必要] FGED協会の範囲には、遺伝子発現、結合、変更、およびその他の関連アプリケーションのゲノム規模の研究に適用された場合、あらゆる機能ゲノミクス技術を使用して生成されたデータが含まれます。
2021年9月、FGED協会は活動を停止した。[1]
歴史
FGED 協会は、 DNA マイクロアレイ実験のデータを共有および保存するための標準を確立する必要性を認識し、1999 年にマイクロアレイ遺伝子発現データベースに関する会議で設立されました。 [引用が必要]当初は「MGED 協会」と名付けられ、DNA マイクロアレイと遺伝子発現データに重点を置いて始まりました。
元々の MGED 協会は、2002 年にMicroarray Gene Expression Data Societyという名称で非営利の 公益団体 として設立され、2007 年に永続的な慈善団体としての地位を獲得しました。 [要出典] MGED の名前は、より広い範囲を強調するために、2007 年にMicroarray and Gene Expression Data Societyに法的に変更されました 。
2008 年 9 月、当協会は、マイクロアレイ技術や遺伝子発現アプリケーションを超えて協会の範囲を広げつつ、コミュニティ内で MGED の名前の価値を維持するため、単に MGED 協会として自らを宣伝することを決定しました。[引用が必要]
2010年7月、同学会は、マイクロアレイや遺伝子発現を超えて、遺伝子発現、結合、修飾（DNAメチル化など）、その他の関連アプリケーションのゲノム規模の研究に適用されるあらゆる機能ゲノミクス技術を 使用して生成されたデータを網羅するという現在の使命を反映するために、名称を「機能ゲノミクスデータ（FGED）学会」に変更することを決議した。これは、2010年7月14日に同学会の「MGED13」年次総会で正式に発表された。[2]
FGED協会会長
FGED 協会の理事および役員は毎年 5 月に選出され、6 月に職務を開始します。FGED 協会の会長とその任期は次のとおりです。
- フランシス・ウエレット (2013–2021)
- ジョン・クワッケンブッシュ(2011–2013)
- クリス・ストッカート (2007–2011)
- キャサリン・ボール（2003年～2007年）
- アルヴィス・ブラスマ（1999–2003）
メンバーシップ
FGED の理事会と諮問委員会は、機能ゲノミクス分野で情報の生成、分析、アーカイブ、出版を行っているさまざまな分野の学界、産業界、政府、ジャーナルのボランティアで構成されています。正式なメンバーシップはありませんが、毎年開催される FGED 会議の出席者は FGED コミュニティの一員とみなされます。
標準
これまで、FGED は DNA マイクロアレイ実験に関するさまざまな標準仕様を作成してきました。これらの標準は、生命科学研究コミュニティ内でのこうした実験から得られたデータと知見の注釈付け、伝達、共有を改善するために設計されています。
ミンセケ
ハイスループットシーケンシング実験に関する最小限の情報（MINSEQE）は、結果の解釈と再現を目的としてハイスループットシーケンシング実験を適切に文書化するために必要な必須情報を記述したデータコンテンツの最小限の情報標準です。 [3]
ミアメ
MIAME (マイクロアレイ実験に関する最小限の情報) は、結果の解釈と再現を目的として DNA マイクロアレイ実験を適切に文書化するために必要な必須情報を記述するデータ コンテンツ標準です。これは、生命科学におけるハイスループット実験の最小限の情報標準として初めて公開された例であり、他のバイオサイエンス領域における同様の標準の基礎を築きました。
MAGE-OM と MAGE-TAB
MAGE-OM (MicroArray Gene Expression Object Model) は、マイクロアレイ実験のデータをエンコードし、 XMLファイルを介してソフトウェア ツールやデータベースにエクスポートおよびインポートするために使用するデータ交換およびデータ モデリング標準です。MAGE-OM は、XML ベースの MAGE-ML 形式で実装されたプラットフォームに依存しないモデルです。
新しいバージョンのMAGE-TABは、 Microsoft Excelなどの広く利用可能なスプレッドシートソフトウェアを使用して表示および編集できる形式（タブ区切り）であるため、データ作成者が理解し、生成しやすくするために開発されました。[4]
MGEDオントロジー
MGEDオントロジー（MO）は、DNAマイクロアレイ実験のコンポーネントを記述するための標準用語を提供します。[5]生物医学研究のためのオントロジー （OBI）は、MOの代替として開発されています。MOからOBIへのオントロジー用語のマッピングが利用可能です。[6]
年次総会
FGED協会の活動の主要な要素は、最先端の科学的研究を展示し、標準を推進するための年次FGED会議です。[7]
FGED 協会は 1999 年以来、講演、ポスター セッション、ワークショップ、チュートリアルのためのスペースを提供する地元の科学組織と連携しながら、世界各地で年次総会を開催しています。
FGED 協会の過去の会議
FGED協会の過去の年次会議の日程と場所のリストは、こちらです。[8] 2010年以前の会議はすべて「MGED協会」という名前で開催されました。
参照
参考文献
- ^ 「機能ゲノムデータ協会の歴史」FGED協会2022年2月13日閲覧。
- ^ FGED_Society. 「ビッグニュース：MGEDが新しい名前になりました：FGED – Functional Genomics Data Society」。Twitter 。 2010年8月10日閲覧。
- ^ Functional Genomics Data Society (2012 年 6 月)。「ハイスループット SEQuencing 実験に関する最小限の情報」。
- ^ 「MAGE-TABホームページ」FGEDウェブサイト. 2022年2月13日閲覧。
- ^ 「MGEDオントロジーFAQ」。MOプロジェクトウェブサイト。 2008年11月23日閲覧。
- ^ 「生物医学研究のための MO とオントロジー間の用語のマッピング」。MGED オントロジー ワーキング グループ。2010年8 月 10 日閲覧。
- ^ 「FGED年次会議一覧」FGEDウェブサイト2022年2月13日閲覧。
- ^ 「FGED Society Meetings」 FGED Society . 2022年2月13日閲覧。
- ^ 「FGED 15th International Conference: Translational Genomics: Applications of Genomics to Clinical Diagnosis and Treatment, 20–22 June 2013」 FGED.org。2015年9月19日時点のオリジナルよりアーカイブ。2014年9月24日閲覧。
- ^ 「データ共有と統合のベストプラクティス、2012年1月25～26日（招待者のみ）」。FGED.org。2016年8月21日時点のオリジナルよりアーカイブ。2014年10月29日閲覧。