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| コンテンツ | |
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| 説明 | 植物オントロジー |
キャプチャされたデータの種類 | 植物の解剖と発達 |
| 生物 | 緑色植物 |
| 接触 | |
| 主な引用 | ウォールズら（2012）[1] |
| 発売日 | 2002年[2] |
| アクセス | |
| データ形式 | OBO とOWL |
| Webサイト | http://plantontology.org |
| ダウンロードURL | http://purl.obolibrary.org/obo/po.owl |
| Sparqlエンドポイント | http://sparql.hegroup.org/sparql |
| その他 | |
| ライセンス | CC BY 4.0 |
植物オントロジー（PO）は、植物オントロジーコンソーシアムによって開発されたオントロジーのコレクションです。これらのオントロジーは、緑色植物全体の解剖学的構造と成長および発達段階を記述します。[2] [3] [4] [5] [6] [7] POは、遺伝学、ゲノミクス、フェノミクス、発達、分類学と系統学、意味論的応用、教育など、複数のアプリケーションを対象としています。[1] [8]
プロジェクトメンバー
- オレゴン州立大学
- ニューヨーク植物園
- コーネル大学の LH ベイリー ホートリアム
- アンサンブル
- 大豆ベース
- スワップ
- シンガポール
- グラメン
- アラビドプシス情報リソース(TAIR)
- トウモロコシGDB
- ミズーリ大学セントルイス校
- ミズーリ植物園
参照
- 汎用モデル生物データベース
- オープンバイオメディカルオントロジー
- OBOファウンドリー
参考文献
- ^ ab Walls, RL; Athreya, B.; Cooper, L.; Elser, J.; Gandolfo, MA; Jaiswal, P.; Mungall, CJ; Preece, J.; Rensing, S.; Smith, B.; Stevenson, DW (2012). 「植物科学のための統合ツールとしてのオントロジー」. American Journal of Botany . 99 (8): 1263–1275. doi :10.3732/ajb.1200222. PMC 3492881. PMID 22847540.
- ^ ab The Plant Ontology Consortium, C. (2002). 「The Plant Ontology™ Consortium and Plant Ontologies」. Comparative and Functional Genomics . 3 (2): 137–142. doi :10.1002/cfg.154. PMC 2447263. PMID 18628842 .
- ^ Ilic, Katica (2008). Albert, Burger (ed.). Plant Structure Ontology (PSO) - A morphological and anatomical ontology of flowering plants. Springer. pp. 27–42 . 2012年8月22日閲覧。
- ^ Avraham, S.; Tung, C.-W.; Ilic, K.; Jaiswal, P.; Kellogg, EA; McCouch, S .; Pujar, A.; Reiser, L.; Rhee, SY; Sachs, MM; Schaeffer, M.; Stein, L.; Stevens, P.; Vincent, L.; Zapata, F.; Ware, D. (2007). 「植物オントロジーデータベース：植物の構造と発達段階の統制された語彙と注釈のためのコミュニティリソース」。Nucleic Acids Research . 36 (データベース号): D449–D454. doi :10.1093/nar/gkm908. PMC 2238838 . PMID 18194960.
- ^ Ilic, K.; Kellogg, EA; Jaiswal, P.; Zapata, F.; Stevens, PF; Vincent, LP; Avraham, S.; Reiser, L.; Pujar, A.; Sachs, MM; Whitman, NT; McCouch, SR; Schaeffer, ML; Ware, DH; Stein, LD; Rhee, SY (2006). 「植物構造オントロジー、顕花植物の解剖学と形態学の統一語彙」.植物生理学. 143 (2): 587–599. doi :10.1104/pp.106.092825. PMC 1803752. PMID 17142475 .
- ^ Pujar, A.; Jaiswal, P.; Kellogg, EA; Ilic, K.; Vincent, L.; Avraham, S.; Stevens, P.; Zapata, F.; Reiser, L.; Rhee, SY; Sachs, MM; Schaeffer, M.; Stein, L.; Ware, D.; McCouch, S. (2006). 「被子植物の全植物成長段階オントロジーと植物生物学への応用」. Plant Physiology . 142 (2): 414–428. doi :10.1104/pp.106.085720. PMC 1586063 . PMID 16905665.
- ^ Jaiswal, P.; Avraham, S.; Ilic, K.; Kellogg, EA; McCouch, S.; Pujar, A.; Reiser, L.; Rhee, SY; Sachs, MM; Schaeffer, M.; Stein, L.; Stevens, P.; Vincent, L.; Ware, D.; Zapata, F. (2005). 「植物オントロジー (PO): 植物の構造と成長段階の制御された語彙」.比較機能ゲノミクス. 6 (7–8): 388–397. doi :10.1002/cfg.496. PMC 2447502. PMID 18629207 .
- ^ 「ビッグデータ時代の情報過多」。サイエンスデイリー。 2012年8月23日閲覧。
外部リンク
- 植物オントロジーコンソーシアム
- グラメン
- タイル
- トウモロコシGDB
- ナスク
- 大豆ベース