| コンテンツ | |
|---|---|
| 説明 | Cellosaurus : 細胞株に関する知識リソース |
キャプチャされたデータの種類 | 細胞株 |
| 生物 | 脊椎動物、昆虫、ダニ |
| 接触 | |
| 研究センター | スイスバイオインフォマティクス研究所 |
| 研究室 | カリフォ |
| 著者 | アモス・バイロシュ |
| アクセス | |
| データ形式 | フラットファイルデータベース、OBO、XML |
| Webサイト | セルサウルス |
| ダウンロードURL | ftp://ftp.expasy.org/databases/cellosaurus |
| ウェブサービスURL | API https://api.cellosaurus.org/ |
| ツール | |
| ウェブ | 検索 |
| その他 | |
| ライセンス | クリエイティブ・コモンズCC BY 4.0 |
| バージョン管理 | はい |
| データ公開 頻度 | 年間4~6回のリリース |
| キュレーションポリシー | はい - 手動 |
| ブックマーク可能な エンティティ | はい - 個々の細胞株エントリー |
Cellosaurusは細胞株に関するオンライン知識ベースであり、生物医学研究で使用されるすべての細胞株を文書化しようとしています。[1]これはスイスバイオインフォマティクス研究所(SIB)によって提供されています。これはELIXIRコアデータリソース[2] [3]であり、IRDiRCの認定リソースでもあります。[4] これは、リソース識別ポータルの細胞株の貢献リソースです。[5] 2022年12月現在、144,000を超える細胞株の情報が含まれています。[6]
その範囲には、不死化細胞株、自然不死細胞株(例:胚性幹細胞)、および広く配布され使用されている有限寿命細胞株が含まれます。 Cellosaurus は、手作業でまとめられた豊富な情報を提供します。各細胞株について、推奨される名前、同義語、および起源の種を一覧表示します。その他の種類の情報には、標準化された疾患用語(がんまたは遺伝性疾患細胞株)、細胞株を不死化するために使用される形質転換体、トランスフェクトまたはノックアウトされた遺伝子、マイクロサテライト不安定性、倍加時間、ドナー(患者または動物)の性別と年齢、重要な配列変異、Web リンク、出版物の参照、および 100 近くのさまざまなデータベース、オントロジー、細胞コレクション、およびその他の関連リソースへの相互参照が含まれます。[1] [7]
研究に用いられる細胞株の多くは誤認または汚染されているため、Cellosaurusは国際細胞株認証委員会(ICLAC)[8]の表に記載されているものすべてを含め、問題のある細胞株を追跡しています。ヒトおよび一部のイヌ細胞株については、ショートタンデムリピート(STR)プロファイル情報を提供しています。2018年7月以降、Cellosaurusの細胞株はWikidataの項目として表されています。[1] 2020年3月、CellosaurusはCOVID-19パンデミックへの対応として、SARS-CoV-2に関連する細胞株情報を含むページを作成しました。[9]
セルサウルス百科事典は、細胞株情報の権威ある情報源として広く認められており、固有の識別子 [10] [11]とキュレーションされた情報源[12] [13] [14]を提供しています。
参考文献
- ^ abc Bairoch Amos (2018). 「The Cellosaurus, a cell-line knowledge resource」. Journal of Biomolecular Techniques . 29 ([印刷前の電子出版): 1–14. doi :10.7171/jbt.18-2902-002. PMC 5945021. PMID 29805321 .
- ^ Dubar, Elsa. 「CellosaurusとRheaがELIXIR Core Data Resourcesのポートフォリオに加わる」www.sib.swiss . 2021年10月19日閲覧。
- ^ 「Rhea、Reactome、CellosaurusがELIXIRの最高品質データベースラベルを取得」ELIXIR 2020年12月24日2021年10月19日閲覧。
- ^ 「新しいIRDiRC認定リソース:Cellosaurus」. irdirc.org . 2021年11月2日閲覧。
- ^ 「RRID | 細胞株での検索」。
- ^ “Expasy - Cellosaurus”. web.expasy.org . 2021年10月19日閲覧。
- ^ 「セロサウルスの説明 - 細胞株に関する知識リソース」web.expasy.org . 2020年4月13日閲覧。
- ^ 「交差汚染または誤認された細胞株のデータベース」(PDF) 。 2016年12月20日時点のオリジナルよりアーカイブ(PDF) 。
- ^ 「Cellosaurus - SARS-CoV-2 関連情報」www.cellosaurus.org . 2022年9月1日閲覧。
- ^ 「RRID:我々はどのようにしてここにたどり着き、どこへ向かうのか?」eLife . 2017-05-11 . 2021-10-19閲覧。
- ^ Groll, Helga; Rodgers, Peter A, 編 (2018-11-01). 「決定書: RRID を使用して細胞株を識別する論文では、問題のある細胞株の発生率が低い」doi : 10.7554/elife.41676.020 . S2CID 239787612.
{{cite journal}}:ジャーナルを引用するには|journal=(ヘルプ)が必要です - ^ Horbach, Serge PJM; Halffman, Willem (2017-10-12). 「HeLaの幽霊:細胞株の誤認が科学文献を汚染する方法」. PLOS ONE . 12 (10): e0186281. Bibcode :2017PLoSO..1286281H. doi : 10.1371/journal.pone.0186281 . ISSN 1932-6203. PMC 5638414. PMID 29023500 .
- ^ Ong, Edison; Sarntivijai, Sirarat; Jupp, Simon; Parkinson, Helen; He, Yongqun (2017年12月). 「CLOとEFO間の細胞株情報の比較、アラインメント、同期」BMC Bioinformatics . 18 (S17): 557. doi : 10.1186/s12859-017-1979-z . ISSN 1471-2105. PMC 5763470 . PMID 29322915.
- ^ 服部 恵美; 大山 理恵子; 近藤 正 (2019-02-13). 「ヒト肉腫細胞株の現状に関する系統的レビュー」.細胞. 8 (2): 157. doi : 10.3390/cells8020157 . ISSN 2073-4409. PMC 6406745. PMID 30781855 .
外部リンク
- セロサウルス
- セルサウルスの紹介ビデオ
- Cellosaurus の GitHub ディレクトリ
- FAIRsharing.orgに記録する
- Identifiers.org に記録する
