生物医学研究のためのオントロジー

生物医学調査のためのオントロジー ( OBI )は、生物学的および臨床的調査を記述するためのオープンアクセスの統合オントロジーです。 ^[1] OBI は、調査の設計、使用されるプロトコルと機器、使用される材料、生成されるデータ、およびそれに対して実行される分析のタイプのモデルを提供します。このプロジェクトはOBO ファウンドリーの一部として開発されており、直交カバレッジ (つまり、他のファウンドリー メンバーのオントロジーからの明確な区別) や共通の形式言語の使用など、OBO ファウンドリーのすべての原則に準拠しています。OBI で使用される共通の形式言語はWeb オントロジー言語(OWL) です。2008 年 3 月現在、オントロジーのプレリリース バージョンがプロジェクトのSVNリポジトリで利用可能になっています。^[2]

バイオメディカル調査用オントロジー (OBI) は、実験データの統合と共同 (「クロスオミクス」) 分析をサポートする制御語彙の必要性に対応しています。この必要性は、もともとトランスクリプトミクスの領域でFGED 協会によって特定されたもので、同協会はマイクロアレイ データの注釈リソースとして MGED オントロジーを開発しました。Smith B、Ashburner M、Rosse C、Bard J、Bug W、Ceusters W、他 (2007 年 11 月)。「OBO ファウンドリ: バイオメディカル データ統合をサポートするオントロジーの協調的進化」。Nature Biotechnology . 25 (11): 1251–5. doi :10.1038/nbt1346. PMC  2814061 . PMID  17989687。OBIは、特定の問題領域に属さない一般的なエンティティを記述する手段として、 基本形式オントロジー^[3] の上位レベルオントロジーを使用します。そのため、すべてのOBIクラスは、何らかのBFOクラスのサブクラスです。

オントロジーは、すべての生物医学的調査をモデル化する範囲を持ち、次のような側面に関するオントロジー用語が含まれています。

• 生物学的物質 – 例えば血漿
• 機器（およびその中の機器の部品） - 例えば、DNAマイクロアレイ、遠心分離機
• 情報コンテンツ - 画像や電子医療記録などのデジタル情報エンティティなど
• 調査（およびその中の個々の実験）の設計と実行 - たとえば、研究設計、電気泳動による物質の分離
• データ変換（データの正規化やデータ分析などの側面を組み込む） - たとえば、主成分分析の次元削減、平均計算

特定のシナリオで特定のエンティティが果たす役割 (たとえば、実験における化合物の役割) やエンティティの機能 (たとえば、体に栄養を与える胃の消化機能) などの、それほど「具体的」ではない側面も、オントロジーでカバーされます。

MGEDオントロジーはもともとFGED協会によってトランスクリプトミクス分野で特定され、データ統合のニーズに対応するために開発されました。共同作業の相互決定に続いて、この取り組みは後にトランスクリプトミクス、プロテオミクス、メタボロミクスなどの分野のニーズに応えてFGED、PSI、MSIなどのグループ間のより広範な共同作業となり、FuGO（機能ゲノム研究オントロジー）^[4]が作成されました。これが後に、すべての生物医学研究のより広い範囲をカバーするOBIになりました。

OBI コンソーシアムは、国際的な分野横断的な取り組みとして、生物学に限らず、さまざまな分野の専門家の集まりを活用しています。現在の OBI コンソーシアム メンバーのリストは、OBI コンソーシアムの Web サイトでご覧いただけます。コンソーシアムは、コミュニティ代表者 (特定の生物医学コミュニティを代表する人々) とコア開発者 (単一のコミュニティのメンバーであるかどうかは問わないオントロジー開発者) の 2 つのサブグループを組み合わせた調整委員会で構成されています。調整委員会とは別に、開発者ワーキング グループがあり、これは現在の OBI コンソーシアム メンバーの裁量で OBI の開発に協力しているコミュニティ内の開発者で構成されています。

• 「OBI コンソーシアム プロジェクトのホームページ」。
• 「OBI コンソーシアム SVN リポジトリ ホームページ」。2017 年 2 月 22 日。