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| オペレーティング·システム | Windows、Mac OS X |
|---|---|
| タイプ | バイオインフォマティクス |
| ライセンス | GPL v3 |
| Webサイト | gmod.org/wiki/メインページ |
Generic Model Organism Database ( GMOD ) プロジェクトは、生物学研究コミュニティに、生物学的データの視覚化、注釈付け、管理、保存のためのオープンソース ソフトウェアコンポーネントのツールキットを提供します。GMOD プロジェクトは、米国国立衛生研究所、国立科学財団、および米国農務省農業研究局によって資金提供されています。
歴史
GMOD プロジェクトは、シーケンス プロジェクトのデータを処理するための同様のソフトウェアツールを作成するという共通のニーズを持つ複数のモデル生物データベース(MOD) 間のコラボレーションとして 2000 年代初頭に開始されました。MOD (生物固有のデータベース) は、生命科学における重要な実験生物のゲノムやその他の情報を記述し、現代の生物学で生成される大量のデータと情報を収集します。各グループが独自のソフトウェアを設計するのではなく、4 つの主要な MOD ( FlyBase、Saccharomyces Genome Database、Mouse Genome Database、および) が Chado スキーマ データベースに基づいて実行されます。
Chado データベース スキーマ
Chado [1]スキーマは、遺伝子データから系統樹、出版物、生物、マイクロアレイデータ、ID、RNA/タンパク質発現まで、現代の生物学者が頻繁に使用する多くのデータクラスをカバーすることを目的としています。Chado は、データベース内のすべてのエンティティをタイプするために制御された語彙を広範に使用します。たとえば、遺伝子、転写産物、エクソン、転移要素などは、シーケンスオントロジーによって提供されるタイプとともに、フィーチャテーブルに格納されます。シーケンスオントロジーに新しいタイプが追加された場合、フィーチャテーブルを変更する必要はなく、データベースのデータを更新するだけで済みます。Chado に格納できる分析データについても、ほぼ同じことが当てはまります。
Chado の既存のコア モジュールは次のとおりです。
- シーケンス - シーケンス/フィーチャ用
- cv - 制御された語彙/オントロジー用
- 一般 - 現在は dbxrefs のみ
- 生物 - 分類データ
- pub - 出版物と参考文献
- companalysis - 計算分析データでシーケンスモジュールを拡張します
- マップ - 非シーケンスマップ
- 遺伝的 - 遺伝的および表現型データ
- 発現 - 遺伝子発現
- 自然の多様性 - 人口データ
ソフトウェア
GMODソフトウェアコンポーネントの完全なリストは、GMODコンポーネントページにあります。[2] これらのコンポーネントには次のものが含まれます。
参加データベース
以下の生物データベースは、モデル生物データベースの GMOD コンポーネントに貢献および/または採用しています。
関連プロジェクト
- Bioperl、BioJava、Biopython、BioRubyなど。
- アンサンブル
- 遺伝子オントロジー
- ダス
- ゲノミクス統合スキーマ
- Manatee: 手動注釈ツール
- バイオキュレーター
- オープンバイオメディカルオントロジー
- シーケンスオントロジープロジェクト
参照
参考文献
- ^ Christopher J. Mungall 、 David B. Emmert、The FlyBase Consortium (2007)。「Chado のケーススタディ: ゲノム関連生物学的情報を表すオントロジーベースのモジュールスキーマ」。バイオインフォマティクス。23 (13): i337 – i346。doi : 10.1093/ bioinformatics /btm189。PMID 17646315。
- ^ 「GMOD コンポーネント - GMOD」。gmod.org。
- ^ 「Chado - はじめに - GMOD」。gmod.org。
- ^ 「XORT - GMOD」. gmod.org .
- ^ 「GMODTools - GMOD」. gmod.org .
- ^ 「Tripal」. gmod.org.
- ^ 「アポロ - GMOD」. gmod.org .
- ^ 「Apollo — Apollo 2.7.0 ドキュメント」. genomearchitect.readthedocs.io .
- ^ 「GBrowse - GMOD」. gmod.org .
- ^ Stein LD; Mungall C; Shu S; Caudy M; Mangone M; Day A; Nickerson E; Stajich JE; Harris TW; Arva A; Lewis S. (2002). 「汎用ゲノムブラウザ：モデル生物システムデータベースの構成要素」Genome Res . 12 (10): 1599– 610. doi :10.1101/gr.403602. PMC 187535. PMID 12368253 .
- ^ 「JBrowse - GMOD」. gmod.org .
- ^ "GBrowse syn - GMOD". gmod.org。
- ^ 「CMap - GMOD」. gmod.org .
- ^ 「Textpresso」. gmod.org.
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外部リンク
- GMODウェブサイト