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ニドウイルス目は、脊椎動物と無脊椎動物に感染するエンベロープを持つプラス鎖RNAウイルスの目である。宿主生物には、哺乳類、鳥類、爬虫類、両生類、魚類、節足動物、軟体動物、蠕虫類が含まれる。 [ 1 ]この目には、コロナウイルス科、アルテリウイルス科、ロニウイルス科、トバニウイルス科、メソニウイルス科が含まれる。 [ 2 ]
メンバーウイルスはウイルスエンベロープと、キャップとポリアデニル化されたプラス鎖一本鎖RNAゲノムを持つ。[ 3 ]ニドウイルスは、ラテン語のnidus （巣を意味する）にちなんで名付けられており、この目に属するすべてのウイルスは、感染中に3'末端が共末端のサブゲノムmRNAのネストセットを生成する。[ 4 ]
ニドウイルスは、ウイルスエンベロープと、キャップとポリアデニル化されたプラス鎖一本鎖RNAゲノムを持つ。[ 3 ]このグループは、構造タンパク質を非構造タンパク質とは別に発現する。構造タンパク質はゲノムの3'領域にコードされており、サブゲノムmRNAのセットから発現される。
構成ウイルスは、1つの主要プロテアーゼと、主に複製酵素遺伝子の発現に関与する1～3個の補助プロテアーゼをコードしている。これらのプロテアーゼは、ウイルスのライフサイクルの適切なタイミングで特定のタンパク質を活性化または不活性化する役割も担っており、複製が適切なタイミングで行われることを保証する。
ニドウイルスは、7 つの保存ドメイン（5'-TM2-3CLpro-TM3-RdRp-Zm-HEL1-NendoU-3'）の組み合わせによって他の RNA ウイルスと区別できます。最初の 3 つのドメインはORF1aに、残りの 4 つのドメインはORF1bにコードされています。TM2 と TM3 は膜貫通ドメインです。RdRp はRNA 依存性 RNA ポリメラーゼです。Zm はヘリカーゼ(HEL1)と融合した Zn クラスター結合ドメインです。3CLpro は3C 様プロテアーゼです。NendoU はウリジル酸特異的エンドヌクレアーゼです。3CLpro は触媒His - Cys二量体を持ち、 SARS コロナウイルスのメインプロテアーゼ(Mpro)と関連しています。
ニドウイルスのサブゲノムRNAのほとんどは、ゲノムRNAの5'末端に由来する5'リーダー配列を含んでいるが、すべてではない。ORF1bのフレームシフトを引き起こすフレームシフトは、 ORF1aの終止コドンと推定されるRNA擬似結び目構造の上流に位置するUUUAAACヘプタヌクレオチド「スリッパリー」配列で発生する。
ニドウイルス目のゲノム上には多くのタンパク質が同定されているが、その機能はまだ解明されていない。ゲノム中に存在する可能性のある他の酵素としては、パパイン様プロテアーゼ、ADPリボース/ポリ(ADPリボース)結合酵素またはADPリボース1''-リン酸ホスファターゼ活性、および環状ヌクレオチドホスホジエステラーゼなどが挙げられる。
ニドウイルス目は、ゲノムのサイズに応じて2つの系統群に分けられます。1つはゲノムが大きいもの（26.3～31.7キロベース）で、コロナウイルス科とロニウイルス科（大型ニドウイルス）が含まれます。もう1つはゲノムが小さいもの（小型ニドウイルス）で、遠縁のアルテリウイルス科（12.7～15.7 kb）が含まれます。
大型ニドウイルスは、2'-O-メチルトランスフェラーゼと3'-5'エキソリボヌクレアーゼ（ExoN）の両方をコードしている。後者はRNAウイルスとしては非常に珍しい。また、スーパーファミリー1ヘリカーゼ、ウリジル酸特異的エンドヌクレアーゼ（ニドウイルス特有の酵素）、およびいくつかのプロテアーゼもコードしている。
ニドウイルスは、ウイルスの中で最大のRNAゲノムを持つグループです。RNAウイルスで報告されている最大のゲノムは、マガキニドウイルス（CGNV）[ 6 ]と太平洋カキニドウイルス1（PONV 1）[ 7 ]です。これらは2つのセグメントからなり、サイズは約64kbで、太平洋カキに感染します。これらは、提案されているメガルナウイルス科に属する、広く分布しているウイルスのグループのメンバーです。[ 7 ]以前は、報告されている最大のゲノムは、プラナリア扁形動物に感染するプラナリア分泌細胞ニドウイルス（PSCNV）[ 8 ] の41.1kbの非セグメントゲノムでした。[ 9 ]
以下の亜目と科が認識されています（-virineaeは亜目、-viridaeは科を表します）：[ 10 ]
