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スリッパリー配列は、リボソームフレームシフトの速度と可能性を制御するコドンヌクレオチド配列の小さなセクション（通常はUUUAAAC）です。スリッパリー配列はリボソーム転移を高速化し、読み取りリボソームの「スリップ」を引き起こす可能性があります。これにより、tRNAはアンチコドンと対になった後、1塩基（-1）シフトして読み取りフレームを変更します。[2] [3] [4] [5] [6]このような配列によって引き起こされる-1フレームシフトは、プログラムされた-1リボソームフレームシフトです。その後にスペーサー領域とRNA二次構造が続きます。このような配列は、ウイルスポリタンパク質でよく見られます。[1]
フレームシフトは、ウォブルペアリングによって起こる。下流の二次構造のギブス自由エネルギーは、フレームシフトがどのくらいの頻度で起こるかのヒントを与える。[7] mRNA分子の張力も役割を果たす。[8]動物ウイルスで見つかった滑りやすい配列のリストは、Huang et al. [9]から入手可能である。
2塩基スリップ（−2フレームシフト）を引き起こすスリッパ配列は、HIV UUUUUUA配列から構築されている。[8]
参照
参考文献
- ^ ab Jacks T、Madhani HD、Masiarz FR、Varmus HE（1988年11月）。「ラウス肉腫ウイルスgag-pol領域におけるリボソームフレームシフトのシグナル」。Cell。55 （ 3 ）： 447–58。doi ：10.1016 /0092-8674（ 88 ）90031-1。PMC 7133365。PMID 2846182。S2CID 25672863。
- ^ Green L、Kim CH、Bustamante C、Tinoco I (2008年1月)。「RNAシュードノットの機械的展開の特性評価」。Journal of Molecular Biology。375 ( 2 ): 511–28。doi : 10.1016 /j.jmb.2007.05.058。PMC 7094456。PMID 18021801。
- ^ Yu CH、Noteborn MH、 Olsthoorn RC (2010 年 12 月)。「アンチセンス LNA によるリボソームフレームシフトの刺激」。核酸研究。38 (22): 8277–83。doi :10.1093/nar/gkq650。PMC 3001050。PMID 20693527。
- ^ 「Dr Ian Brierley Research description」。ケンブリッジ大学病理学部。2013年10月2日時点のオリジナルよりアーカイブ。2013年7月28日閲覧。
- ^ 「分子生物学：フレームシフトは滑りやすい配列で起こる」 Molecularstudy.blogspot.com. 2012-10-16 . 2013-07-28に閲覧。
- ^ Farabaugh PJ、 Björk GR (1999年3月)。「翻訳精度がリーディングフレームの維持にどのように影響するか」。The EMBO Journal。18 ( 6 ): 1427–34。doi : 10.1093 /emboj/18.6.1427。PMC 1171232。PMID 10075915。
- ^ Cao S, Chen SJ (2008年3月). 「リボソームフレームシフト効率の予測」. Physical Biology . 5 (1): 016002. Bibcode :2008PhBio...5a6002C. doi :10.1088/1478-3975/5/1/016002. PMC 2442619. PMID 18367782.
- ^ ab Lin Z、Gilbert RJ、Brierley I (2012 年 9 月)。「U6A ヘプタマーにおけるプログラムされた -1 または -2 リボソームフレームシフトのスペーサー長依存性は、フレームシフトにおけるメッセンジャー RNA (mRNA) 張力の役割を支持する」。核酸 研究。40 ( 17): 8674–89。doi : 10.1093/nar / gks629。PMC 3458567。PMID 22743270。
- ^ Huang X、Cheng Q 、 Du Z ( 2013)。「動物ウイルスにおける効率的な-1リボソームフレームシフトまたは リードスルーを刺激するRNAシュードノットのゲノムワイド解析」。BioMed Research International。2013：984028。doi ：10.1155/2013/ 984028。PMC 3835772。PMID 24298557。
外部リンク
- 擬似ベース
- 再コード化
- フレームシフト、+リボソーム、米国国立医学図書館医学件名標目表(MeSH)
- Wise2 -フレームシフトとイントロンを許可しながら、 DNA配列に対してタンパク質を整列させる
- FastY -ギャップやフレームシフトを考慮して、 DNA配列をタンパク質配列データベースと比較します。
- Path Archived 2011-07-19 at the Wayback Machine - 2つのフレームシフト タンパク質を比較するツール（逆翻訳原理）
- Recode2 - プログラムされた翻訳フレームシフトを必要とする遺伝子を含む、再コード化された遺伝子のデータベース。
- Rfamのコロナウイルス フレームシフト刺激要素のページ