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エマ・ホドクロフト（1986年生まれ）は、ベルン大学社会予防医学研究所に所属するイギリス系アメリカ人の分子疫学者である。 [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ]彼女の研究は、ウイルスやその他の病原体の系統発生学に焦点を当て、さまざまな遺伝子変異体の拡散と進化をマッピングしている。ホドクロフトは、SARS-CoV-2やその他の病原体の感染経路を追跡するオープンサイエンスプロジェクトであるNextstrainプロジェクトの開発者である。[ 5 ] [ 6 ] 2020年には、SARS-CoV-2変異体を追跡するプロジェクトであるCoVariants.orgを立ち上げた。[ 7 ]
Nextstrain の研究は、 COVID-19 パンデミック中に世界的に注目を集め、科学やメディアの報道で広く引用されています。[ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ]世界中でウイルスの拡散を追跡している科学者として、Hodcroft 氏は、パンデミック初期に国から国へとどのように広がったか、季節性の可能性、懸念される変異株の蔓延と拡散などのトピックに関する論文を共同執筆しています。[ 12 ] [ 13 ] [ 14 ]
ホドクロフトは、アメリカ人の母親エレン・ルイーズ・ボイヤーとイギリス人の父親ケン・ホドクロフトの間に生まれた。[ 15 ]両親が離婚した後、彼女と2人の弟妹はテキサスとスコットランドで1年を過ごした。[ 8 ] [ 15 ]
ホドクロフトはテキサス・クリスチャン大学（TCU）で生物学の学士号を取得した。彼女はジョン・ホーナー教授と共同で、食虫植物サラセニア・アラタのウツボカズラを研究し、地理的に異なる植物集団間の遺伝的変異を調べた。この研究により、この種では一般的と考えられていたクローン繁殖が実際には非常に低いことが明らかになった。[ 4 ]
その後、ホドクロフトはエジンバラ大学で修士号を取得し、優秀な成績で卒業した。彼女の修士論文は、組織の種類、期間、免疫関連機能と非免疫関連機能の間で変化の速度を比較することにより、ショウジョウバエにおける適応選択の証拠を探るものであった。[ 4 ]
ホドクロフトはエジンバラ大学でアンドリュー・リー・ブラウン教授のもとで博士号を取得した。彼女の博士論文はHIVのウイルス量に影響を与える系統発生学的要因を研究したものであった。[ 16 ]彼女の博士論文の3分間の要約は、 3 Minute Thesis Competitionで学校レベルと国レベルの賞を受賞し、世界大会で3位に入賞した。[ 17 ] [ 18 ]
ホドクロフトの研究は、病原体の遺伝子変化とその疾患および疫学的動態への影響を追跡する計算手法に焦点を当てている。彼女は現在、リチャード・ネーハーと共にNextstrainの研究に取り組んでいるポスドクである。[ 17 ]
ホドクロフトの博士論文では、 HIVのウイルス量に影響を与える系統発生学的要因を研究し、英国の8,500のHIVサンプルの遺伝子配列を分析した。彼女は、HIV B株の変異は患者のウイルス量の変動のごく一部しか説明できないのに対し、HIV C株はウイルス量に対してより大きなウイルスの影響を示していることを発見した。[ 19 ] [ 16 ]彼女はPANGEA_HIVイニシアチブで最初の博士研究員としての職を終え、リー・ブラウンの研究室で研究を続けた。ホドクロフトは、サハラ砂漠以南のアフリカで発生したHIV流行のシミュレーションのための確率的エージェントベースモデルを開発した。[ 20 ]
ホドクロフトは、SARS-CoV-2やその他の病原体の感染経路を追跡するオープンサイエンスプロジェクトであるNextstrainプロジェクト[ 5 ]の開発者です。彼女の仕事には、ウイルスよりもはるかに大きなゲノムを持つ細菌性病原体を効率的に分析できるようにNextstrainを拡張することが含まれていました。
ホドクロフトの研究はその後、急性弛緩性脊髄炎と呼ばれるポリオ様疾患の流行に関与するウイルスであるエンテロウイルスD68に焦点を当てた。この研究は、病原体の進化、地理的拡散、人口分布の系統発生学的分析の発表で最高潮に達した。[ 21 ] [ 22 ]
COVID-19パンデミックの間、ウイルスの動態に対する科学的および一般の関心が急上昇しました。ホドクロフトは、Nextstrainでのアウトブレイクの継続的な分析を維持し、SARS-CoV-2変異株を追跡するための新しいサイトを開始し、アウトブレイクの動態を一般の人々に説明することに大きく貢献しました。[ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ]世界中でウイルスの拡散を追跡する科学者として、ホドクロフトは、初期のパンデミックが国から国へとどのように広がったか、季節性の可能性、懸念される変異株の蔓延と拡散など、複数のトピックについて論文を発表し、引用されています。[ 12 ] [ 13 ] [ 14 ]
パンデミックの初期に、ホドクロフトはシンガポールからの旅行者1人がどのようにして英国で感染者急増を引き起こしたのかに興味を持った。彼女はツイッターに、シンガポールからの旅行者からスイスのスキーシャレーの宿泊客、そして英国での感染拡大に至るまでの感染経路を追跡したインフォグラフィックを投稿した。同僚が彼女にその研究を発表するよう勧め、彼女は2月26日に記事を投稿し、翌日スイス・メディカル・ウィークリーに掲載された。[ 23 ]
その後数か月にわたり、系統解析や Nextstrain のようなオープンサイエンス プラットフォームが、流行の理解に重要な役割を果たしました。[ 24 ]この研究は、感染パターンの理解、重要な変異の追跡、流行の拡大速度の推定に役立ちました。[ 14 ] 2020 年 10 月、ホドクロフトと Nextstrain チームは、英国で新たな波を引き起こしている株が最初にスペインで出現したことを示す分析を発表しました。これは、スペインへの休暇旅行がアウトブレイクの可能性のある原因であることを示唆しています。[ 25 ]ホドクロフトは、懸念される変異株の出現をよりよく理解するために、競合する SARS-CoV-2 株の歴史について発表しています。[ 26 ] [ 27 ]ホドクロフトは、世界中から押し寄せるゲノムデータの収集、分析、エラーチェック、注釈付けの 24 時間体制の性質について書いています。[ 8 ] [ 14 ]
2021年3月、ホドクロフトは科学界がウイルス変異株をより迅速に追跡する方法についてNature誌に論説を寄稿した筆頭著者であった。[ 28 ]この論文では、データ共有のルールとインセンティブの改善、中堅研究者へのインセンティブの見直し、これまで大量のデータを収集・報告したことのない研究室からの膨大な量のデータの分析という課題への対応など、「バイオインフォマティクスのボトルネックを解消する」方法を推奨した。SARS-CoV-2の遺伝子追跡の多くは公衆衛生当局ではなく、パンデミック対策を支援するために研究を中断した中堅研究者によって行われたことを指摘した。この論文は、こうした研究者の努力がキャリアを後退させないよう、科学界にインセンティブの見直しを求めた。同様に、この論文は、データ共有を標準化する方法を見つけ、研究者が自身の発見を先取りされることなく、出版前にデータを共有できるようにすることをコミュニティに求めた。
2020年、彼女はSARS-CoV-2変異株を追跡するプロジェクトであるCoVariants.orgを立ち上げた。[ 7 ]
ホドクロフト氏は、ソーシャルメディアや報道機関において、科学コミュニケーターとしても頭角を現している。彼女は、ウイルスの感染経路に関する記事[ 29 ] 、ウイルスが人工的に作られたという説の否定に関する記事[ 30 ]、休暇旅行がウイルスの拡散に果たす役割に関する記事[ 31 ]、そして懸念される新たな変異株の影響に関する記事[ 32 ]で引用されている。
ホドクロフトは、HIVに関する研究を、ワシントン州シアトルで開催された2012年のレトロウイルスおよび日和見感染症に関する会議（CROI）と、ジョージア州アトランタで開催された2013年のCROI、およびイギリスのノッティンガムで開催された第45回集団遺伝学グループ会議、ノースカロライナ州アッシュビル、オランダのユトレヒト、アリゾナ州ツーソンで開催された第19回、第20回、第21回HIVダイナミクスおよび進化会議など、多くの会議で発表している。[ 17 ]
ホドクロフトの2014年3分論文コンテストへの応募作品「HIVの株によって、人を病気にさせるスピードが異なるのか？」は、エジンバラ大学で開催された「3分論文コンテスト」決勝で1位と「観客賞」を受賞した。プレゼンテーションのビデオは、2014年に世界規模のUniversitas 21コンテストで3位に入賞した。 [ 17 ] [ 18 ]
Hodcroftが共同開発したNextstrainツールは、 2020年5月にWebby特別功労賞を受賞しました。 [ 33 ]
2021年3月、ニューヨーク・タイムズはホドクロフトを、科学分野における女性の「リーダーシップのあり方を変えつつある」新世代の科学者として挙げた。[ 34 ]
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自己紹介：エマ・ホドクロフトについて