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国際ヌクレオチド配列データベース共同体（INSDC ）は、 DNAおよびRNA配列を含むデータベースを収集および配布するための共同の取り組みです。 [1] これには、NIGの日本DNAデータバンク（日本）、NCBIのGenBank（米国）、およびEMBL - EBIの欧州ヌクレオチドアーカイブ（EMBL ）のコンピュータデータベースが含まれます。研究チームによって3つのデータベースに提供されたヌクレオチド配列に関する新規および更新されたデータは、各協力組織のスタッフ間の継続的なやり取りを通じて毎日同期されます。
INSDC のすべてのデータは、いかなる目的でも無料で無制限にアクセスできます。データの分析、再配布、再公開に制限はありません。このポリシーは、INSDC の設立以来の基本原則となっています。[2]公式のポリシー ステートメントは、http://www.insdc.org/ で参照できます。[3] 1990 年代以降、世界の主要な科学雑誌のほとんどが、出版の前提条件として、配列データを INSDC データベースに保存することを要求しています。
DDBJ / EMBL-EBI / GenBankの同期は、国際諮問委員会によって作成され公開されているいくつかのガイドラインに従って維持されています。[4] ガイドラインは、データベースエントリの内容と構文を規制するデータベースの機能テーブルの共通定義[5]で構成されており、共通のDTD (文書型定義)の形式になっています。 [6]
この構文はINSDSeqと呼ばれ、その核となる部分は遺伝子発現の文字配列（アミノ酸配列）と遺伝子またはデコードされたセグメント内のヌクレオチド塩基の文字配列から構成されています。DBFetch操作では、EMBL-EBIデータベースの典型的なINSDエントリが表示されます。 [7] NCBIの同じエントリです。[8]
参照
参考文献
- ^ Karsch-Mizrachi, I.; Nakamura, Y.; Cochrane, G.; International Nucleotide Sequence Database Collaboration (2011). 「The International Nucleotide Sequence Database Collaboration」. Nucleic Acids Research . 40 (データベース号): D33–D37. doi :10.1093/nar/gkr1006. PMC 3244996. PMID 22080546 .
- ^ ブルナク、ソーレン;ダンチン、アントワーヌ。服部正平；中村春樹；篠崎一雄；マティス、タラ。ダフネ、プロイス (2002 年 11 月 15 日)。 「塩基配列データベースポリシー」。科学。298 (5597): 1333.土井:10.1126/science.298.5597.1333b。ISSN 1095-9203。PMID 12436968。S2CID 42740562 。
- ^ "insdc.org" より。
- ^ “INSDC :: Advisors”. 2007年12月9日時点のオリジナルよりアーカイブ。2019年6月29日閲覧。
- ^ 「DDBJ/ENA/GenBank Feature Table Definition」。Ebi.ac.uk。2005年3月24日時点のオリジナルよりアーカイブ。2019年6月29日閲覧。
- ^ 「欧州ヌクレオチドアーカイブ < EMBL-EBI」www.ebi.ac.uk。
- ^ 「データベースの閲覧」。2005年2月12日時点のオリジナルよりアーカイブ。2005年3月2日閲覧。
- ^ USA (2019-05-06). 「Trifolium repensの非シアン生成ベータグルコシダーゼmRNA - ヌクレオチド - NCBI」。Ncbi.nlm.nih.gov 。 2019年6月29日閲覧。
外部リンク
- 公式サイト
外部リンク
- 公式サイト
- EMBL-EBI INSDC サイト
- EMBL-EBI ヌクレオチドデータベース
- 日本DNAデータバンク
- GenBank ヌクレオチド検索