ホモサピエンス種のタンパク質コード遺伝子
ＫＤＭ５Ｄ 利用可能な構造 電子データ オルソログ検索: PDBe RCSB
識別子 エイリアス KDM5D 、HY、HYA、JARID1D、SMCY、リジンデメチラーゼ5D 外部ID OMIM : 426000; MGI : 99780; ホモロジーン : 55838; ジーンカード ：KDM5D; OMA :KDM5D - オルソログ 遺伝子の位置（ マウス ） クロ。 Y染色体（マウス） [2] バンド Y|イプター 始める 897,788 bp [2] 終わり 956,786 bp [2]
RNA発現 パターン ブギー 人間 マウス （相同遺伝子） トップの表現 心の頂点 直腸 右肺 前立腺 太ももの皮 横行結腸粘膜 尿道 海綿骨 生殖腺 ブロードマン領域9
トップの表現 胎児の尾 左肺葉 内頸動脈 外頸動脈 女性の尿道 顆粒球 男性の尿道 精管 上腕三頭筋 胃の上皮
参照表現データの詳細
バイオGPS 参照表現データの詳細
遺伝子オントロジー 分子機能
ヒストンH3-メチルリジン-4脱メチル化酵素活性 DNA結合 酸化還元酵素活性 ジオキシゲナーゼ活性 金属イオン結合 ヒストン脱メチル化酵素活性 アンドロゲン受容体結合 タンパク質結合 DNA結合転写因子活性、RNAポリメラーゼII特異的 DNA結合転写抑制活性、RNAポリメラーゼII特異的 クロマチン結合 ヒストン H3-トリ/ジ/モノメチル-リジン-4 脱メチル化酵素活性 メチル化ヒストン結合 細胞成分
核 核質 原線維中心 細胞成分 ヒストンメチルトランスフェラーゼ複合体 生物学的プロセス
ヒストンH3-K4の脱メチル化 T細胞抗原の処理と提示 転写、DNAテンプレート 転写の調節、DNAテンプレート アンドロゲン受容体シグナル伝達経路の調節 クロマチン組織 RNAポリメラーゼIIによる転写の調節 RNAポリメラーゼIIによる転写の負の制御 ヒストンH3-K4脱メチル化、トリメチル-H3-K4特異的 クロマチンリモデリング 出典:Amigo / QuickGO
オルソログ 種 人間 ねずみ エントレズ アンサンブル ユニプロット RefSeq (mRNA) NM_001146705 NM_001146706 NM_004653
RefSeq (タンパク質) NP_001140177 NP_001140178 NP_004644
場所 (UCSC) クロノス Y: 19.7 – 19.74 Mb クロマチンY: 0.9 – 0.96 Mb PubMed 検索 [3] [4]
ウィキデータ
リジン特異的脱メチラーゼ5D は、ヒトでは KDM5D 遺伝子によってコードされる 酵素 である 。 [5] [6] [7] KDM5Dは α-ケトグルタル酸依存性ヒドロキシラーゼス ーパーファミリーに属する 。
この遺伝子は、 ジンクフィンガー ドメインを含む タンパク質 をコードしています。このタンパク質から得られる短いペプチドは、 マイナー組織適合性抗原 であり、女性のレシピエントにおける男性ドナー細胞の移植拒絶反応を引き起こす可能性があります。 [7]
参考文献
^ abc GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000012817 – Ensembl 、2017 年 5 月 ^ abc GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000056673 – Ensembl 、2017 年 5 月 ^ 「Human PubMed Reference:」。 国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館 。 ^ 「マウス PubMed リファレンス:」。 国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館 。 ^ Froggatt P (1977 年 2月)。「 Inst医療部門の設立とベル ファスト 熱病病院との連携」 アルスター医学ジャーナル 。45 (2): 107–45。PMC 2385577。PMID 795123 。 ^ Kent-First MG、Maffitt M、Muallem A、Brisco P、Shultz J、Ekenberg S、Agulnik AI、Agulnik I、Shramm D、Bavister B、Abdul-Mawgood A、VandeBerg J (1996 年 10 月)。 「ヒトSMCYの遺伝子配列と進化的保存」。 自然遺伝学 。 14 (2): 128–9 . 土井 :10.1038/ng1096-128。 PMID 8841177。S2CID 23054699 。 ^ ab "Entrez Gene: JARID1D jumonji、AT リッチインタラクティブドメイン 1D"。
さらに読む
Simpson E、Scott D 、 Chandler P (1997)。「男性特異的組織適合抗原、HY：移植の歴史、免疫応答遺伝子、性別決定、発現クローニング」。Annual Review of Immunology。15 ： 39 ～ 61。doi ：10.1146/annurev.immunol.15.1.39。PMID 9143681 。 Wolf U (1998). 「血清学的に検出されたHY抗原の再検討」. 細胞遺伝学と細胞遺伝学 . 80 ( 1– 4): 232– 5. doi :10.1159/000014986. PMID 9678364. S2CID 25908189. Agulnik AI、Mitchell MJ、Lerner JL、 Woods DR、Bishop CE (1994 年 6 月)。「マウス Y 染色体遺伝子は、精子形成と男性特異的マイナー組織適合抗原の発現に必須の領域によってコード化されている」。 ヒト 分子 遺伝学 。3 (6): 873–8。doi :10.1093/hmg/3.6.873。PMID 7524912 。 Wang W, Meadows LR, den Haan JM, Sherman NE, Chen Y, Blokland E, Shabanowitz J, Agulnik AI, Hendrickson RC, Bishop CE (1995 年 9 月). 「ヒト HY: SMCY タンパク質由来の男性特異的組織適合抗原」. Science . 269 (5230): 1588– 90. Bibcode :1995Sci...269.1588W. doi :10.1126/science.7667640. hdl : 1887/2988 . PMID 7667640. 永瀬哲也、関直人、石川和人、大平正人、瓦林裕子、大原央、田中亜人、小谷弘、宮島直人、野村直人（1996年10月）。 「未確認のヒト遺伝子のコード配列の予測。VI. 細胞株 KG-1 および脳からの cDNA クローンの分析によって推定された 80 個の新しい遺伝子 (KIAA0201 ～ KIAA0280) のコード配列」。 DNA 研究 。 3 (5): 321–9 , 341–54 . 土井 : 10.1093/dnares/3.5.321 。 PMID 9039502。 Agulnik AI、Bishop CE、Lerner JL、Agulnik SI、Solovyev VV (1997 年 2 月)。「SMCY/SMCX 遺伝子の変異率の分析により、哺乳類の進化は雄主導であることが示される」。 哺乳類 ゲノム 。8 ( 2 ) : 134–8。doi :10.1007/s003359900372。PMID 9060413。S2CID 8099911 。 Rufer N、Wolpert E、Helg C、Tiercy JM、Gratwohl A、Chapuis B、Jeannet M、Goulmy E、Roosnek E (1998 年 10 月)。「HA-1 および SMCY 由来ペプチド FIDSYICQV (HY) は、骨髄移植後の免疫優位マイナー組織適合抗原である」。 移植 。66 ( 7 ) : 910–6。doi : 10.1097 /00007890-199810150-00016。PMID 9798702 。 Lau YF、 Zhang J (2000 年 4 月)。「ヒト前立腺癌における 31 個の Y 染色体遺伝子の発現解析」。 分子発癌 。27 (4): 308– 21。doi :10.1002/(SICI)1098-2744(200004)27:4<308::AID-MC9 > 3.0.CO;2- R。PMID 10747295。S2CID 23677925 。 Shen P、Wang F、Underhill PA、Franco C、Yang WH、Roxas A、Sung R、Lin AA、Hyman RW、Vollrath D、Davis RW、Cavalli-Sforza LL、Oefner PJ (2000 年 6 月)。「4 つの Y 染色体遺伝子の配列変異による集団遺伝学的影響」。 米国 科学 アカデミー 紀要 。97 ( 13): 7354–9。Bibcode : 2000PNAS ...97.7354S。doi : 10.1073 / pnas.97.13.7354。PMC 16549。PMID 10861003 。 Skaletsky H、Kuroda-Kawaguchi T、Minx PJ、Cordum HS、Hillier L、Brown LG、Repping S、Pyntikova T、Ali J、Bieri T、Chinwalla A、Delehaunty A、Delehaunty K、Du H、Fewell G、Fulton L、Fulton R、Graves T、Hou SF、Latrielle P、Leonard S、Mardis E、Maupin R、McPherson J、Miner T、Nash W、Nguyen C、Ozersky P、Pepin K、Rock S、Rohlfing T、Scott K、Schultz B、Strong C、Tin-Wollam A、Yang SP、Waterston RH、Wilson RK、Rozen S、Page DC (2003 年 6 月)。「ヒト Y 染色体の男性特異的領域は、個別の配列クラスのモザイクである」 。Nature 。 423 (6942): 825– 37. Bibcode :2003Natur.423..825S. doi : 10.1038/nature01722 . PMID 12815422. Agate RJ、 Choe M 、 Arnold AP (2004 年 2 月)。「キンカチョウにおける性染色体遺伝子 CHD1Z および CHD1W の構造と発現の性差」。 分子生物学 と進化 。21 (2): 384– 96。doi : 10.1093/molbev/msh027。PMID 14660691 。 Miklos DB、Kim HT、Miller KH、Guo L、Zorn E、Lee SJ、Hochberg EP、Wu CJ、Alyea EP、Cutler C、Ho V、Soiffer RJ、Antin JH、Ritz J (2005 年 4 月)。「HY マイナー組織適合抗原に対する抗体反応は、慢性移植片対宿主病および疾患寛解と相関する」。Blood . 105 (7): 2973–8 . doi :10.1182/ blood -2004-09-3660. PMC 1350982 . PMID 15613541。 Piper KP、McLarnon A、Arrazi J、Horlock C、Ainsworth J、Kilby MD、Martin WL、Moss PA (2007 年 1 月)。「男性胎児を妊娠した女性の多くに機能的な HY 特異的 CD8+ T 細胞が認められる」。 生殖 生物 学 。76 ( 1): 96– 101。doi : 10.1095/biolreprod.106.055426。PMID 16988213 。 Iwase S, Lan F, Bayliss P, de la Torre-Ubieta L, Huarte M, Qi HH, Whetstine JR, Bonni A, Roberts TM, Shi Y (2007 年 3 月)。「X 連鎖性精神遅滞遺伝子 SMCX/JARID1C はヒストン H3 リジン 4 脱メチル化酵素ファミリーを定義する」。Cell . 128 ( 6): 1077–88 . doi : 10.1016/j.cell.2007.02.017 . PMID 17320160. S2CID 14729302。 Lee MG、Norman J 、Shilatifard A、Shiekhattar R (2007 年 3 月)。「トリメチル H3K4 脱メチル化酵素とポリコーム様タンパク質である Ring6a/MBLR の物理的および機能的関連性」。Cell . 128 (5): 877– 87. doi : 10.1016/j.cell.2007.02.004 . PMID 17320162. S2CID 6519228。
外部リンク この記事には、 パブリックドメイン である 米国国立医学図書館 のテキストが組み込まれています。
