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日本の司法制度において、日本国憲法は「裁判官は、良心に従って独立し、この憲法及び法律のみに拘束される」（第76条）と保障している。裁判官は「職務遂行能力を欠くと司法的に宣告されない限り」罷免されることはなく、行政機関による懲戒処分も受けない（第78条）。ただし、最高裁判所判事は、任命後最初の総選挙で行われる国民投票、およびその後10年ごとに行われる国民投票において、有権者の過半数の賛成により罷免される可能性がある。明治憲法下の司法は、現在の憲法下よりもはるかに制約を受けており、行政法や憲法に関する事件については権限を持っていなかった。さらに、法務省は裁判所の行政事務を完全に直接管理していた。しかしながら、ジョン・ヘイリー教授は、個々の事件の審理においては裁判所は完全な独立性を維持していたと主張している。[ 1 ] : 99「政治部門からの司法の独立は、明治憲法第57条において統治の基本原則として明確に確立された。政府のすべての部門の中で、裁判所だけが『天皇の名において』権限を行使した。」[ 1 ] : 115ヘイリーは、これは日本の裁判官にとって大きな誇りであり、今もそうであると主張し、「すべての法廷に『天皇の名において』という銘文が目立つように掲示されており、天皇の裁判官は政治的な支配や指示を受けないことを、天皇の官僚と臣民の両方に意味のある形で思い出させるものであった」と指摘している。[ 1 ] : 115 [ 2 ]
日本の裁判所の重要な特徴の一つは、当事者間の合意による「和合」和解を重視している点であり、勝者も敗者も存在しない。これらの和解は、裁判所の判決と同等の効力を持つ（民事訴訟法第267条、民事執行法第22条）。例えば、2016年には、地方裁判所で63,801件の判決・命令が下され、そのうち52,957件が和合和解によって解決された。簡易裁判所では、それぞれ186,808件と40,509件であった。
歴史的に見ると、日本の裁判所は、例えば 江戸時代の白州裁判所のように、奉行が検察官も兼任する審問主義的な手続きに従っていた。1890年以降、日本はフランスやドイツの法制度に代表されるヨーロッパの審問主義的な手法の影響を受け、裁判官と検察官が事実の発見と法の適用に責任を負うようになった。1948年以降、日本の裁判所はアメリカの対審制度の影響を受けるようになった。
2021年、日本は前年と同様に世界正義プロジェクトの法の支配指数で15位にランクインし、G7諸国の中では3位となった。[ 3 ]
日本の裁判制度は4つの段階に分かれている。
4段階の裁判所のうち、最も下位に位置するのは438の簡易裁判所（ 簡易裁判所）で、 806人の簡易裁判長が配置されています。簡易裁判長は職業裁判官ではなく、正規の裁判官としての資格は必要ありません。代わりに、簡易裁判長は、最高裁判事全員、東京高等裁判所長、副検事、弁護士会代表、その他「特別な知識と経験を有する者」で構成される特別選考委員会によって、形式的な内閣任命のために正式に指名されます。彼らは主に少額訴訟（ 140万円以下の紛争）や軽微な刑事事件を扱います。被告人を拘禁できるのはごく一部の特別な場合のみです。簡易裁判所は1人の裁判官によって運営されます。簡易裁判所の民事事件は地方裁判所に、刑事事件は高等裁判所に上訴されます。
第二階層には地方裁判所（地方裁判所）があり、第一審の主要裁判所です。都道府県都には50の地方裁判所があり、さらに203の支部があります。審理される事件の80～90パーセントを占める軽微な事件を除き、裁判には3人の裁判官による合議体が必要です。これらは一般管轄裁判所と第一審の主要裁判所です。[ 1 ]： 99、100～101地方裁判所は、重罪事件と、係争額が140万円を超える民事事件について第一審管轄権を有します。また、破産審理も扱います。地方裁判所の裁判は、少なくとも1人の裁判官によって主宰されます。略式裁判所または家庭裁判所からの控訴事件、または最高刑が懲役1年を超える刑事事件には、2人の陪席裁判官も呼ばれます。弁護士は法廷の両側に座り、中央を向いています。刑事事件では、被告人は法廷の後方から裁判官に面して立つ。証人席は中央にあり、こちらも裁判官に面している。2022年には、新裁判所「知的財産高等法院及び東京地方裁判所中目黒支部（通称「商事裁判所」）が霞が関から移転し、新裁判所が開設された」[ 4 ] 。
地方高等裁判所は8 つあります。それら (札幌、仙台、東京、名古屋、大阪、広島、高松、福岡) は、それぞれ複数の都道府県の定義されたサーキットにサービスを提供しています。秋田、金沢、岡山、松江、宮崎、那覇にも「出張所」がございます。東京には、東京高等裁判所の特別支部である知的財産高等裁判所が存在します。高等法院は通常、裁判官3人の地方裁判所と同じ方式で審理される。各裁判所は内閣によって任命された大統領によって指揮されます。高等裁判所への控訴を控訴といいます。高等裁判所は、地方裁判所の判決に対する控訴、略式裁判所の刑事判決に対する控訴、または略式裁判所で最初に審理された民事事件における法律問題に限定された第二審（上告）のための上訴裁判所である。
都道府県地方裁判所は、以下のように地方高等裁判所の管轄下に置かれる。
司法階層の頂点に位置するのは、東京都千代田区永田町の国会議事堂に隣接する最高裁判所である。最高裁判所の「大法廷」は、天皇の承認を得て内閣が任命する判事たちで構成されている。最高裁判所長官は内閣が指名し、天皇が任命する。大法廷は、それぞれ5人の判事からなる3つの「小法廷」に分かれており、上告を審理し、大法廷での審理を勧告する。最高裁判所への上告は上告と呼ばれ、憲法の解釈の誤り、または最高裁判所もしくは高等裁判所の判例の解釈の誤りを主張する場合に行われる。
これらの階層に加え、各地方裁判所に付属する家庭裁判所、および全国200以上の支所にも家庭裁判所が設置されています。家庭裁判所は主に少年非行事件や離婚事件を扱いますが、戸籍訂正や財産分与など、あらゆる形態の家庭内紛争を管轄する幅広い権限を有しています。当事者間で和解が成立しない場合は、地方裁判所に移送されます。
日本では1943年以降陪審制度は廃止されているが、2004年5月に新たな準陪審制度が制定され、2009年に施行された。これは陪審員ではなく、「裁判員」と呼ばれる一般の裁判官が「専門の裁判官」と並んで審理を行う制度である。通常、1件の事件につき6人の一般裁判官と3人の専門裁判官が参加する。判決は多数決で行われ、専門裁判官のうち少なくとも1人が賛成しなければならない。このような裁判員による審理は、死刑や終身刑に相当する重大事件、あるいは被害者が死亡した事件など、重大な事件にのみ適用される。これは「裁判員による刑事裁判に関する法律」に規定されている。
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