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ヨハン・ヴィルヘルム（1530年3月11日 - 1573年3月2日）は、ザクセン＝ヴァイマル公であり、兄のヨハン・フリードリヒ2世が投獄された後、帝国政治に深く関わるようになった。プロテスタントの利益を守ることが期待されていたにもかかわらず、彼はカトリックのフランス王シャルル9世の将軍としてユグノー派に対する戦役に従事したことで、皇帝と臣民の両方を敵に回した。彼の政治的な失策は帝国の不信感を招き、エアフルト分割（1572年）につながり、公国は彼と兄の2人の息子の間で3つに分割された。ヨハン・ヴィルヘルムはヴァイマルを保持し、アルテンブルク、ゴータ、マイニンゲンを獲得したが、他の領地を失った。
彼はザクセン選帝侯ヨハン・フリードリヒ1世とクレーフェのシビラの次男であった。
ヨハン・ヴィルヘルムが生まれた当時、彼の父はまだザクセン選帝侯の称号を保持していたが、プロテスタント宗教改革を支持したために皇帝カール5世に敗れて捕らえられ、1547年にその称号を失った。ヨハン・フリードリヒは釈放され、テューリンゲンにあった以前の領地よりもかなり狭い地域で、ザクセン公というより低い称号を名乗ることを余儀なくされた。1554年、父の死後、ヨハン・ヴィルヘルムは兄のヨハン・フリードリヒ2世、弟のヨハン・フリードリヒ3世とともにザクセン公国を継承した。
3人の兄弟は公国を分割した。一族の長であるヨハン・フリードリヒ2世はアイゼナハとコーブルクを、ヨハン・ヴィルヘルムはヴァイマルを、ヨハン・フリードリヒ3世はゴータをそれぞれ継承した。しかし1565年、ヨハン・フリードリヒ3世が後継者なく死去すると、生き残った2人の兄弟は彼の領地を分割する新たな条約を作成した。兄は元の領地を保持しゴータを占領し、ヨハン・ヴィルヘルムはヴァイマルの領地を保持した。分割計画では、2人の兄弟が3年ごとに領地を交換することも規定されていたが、この規定は実行されなかった。
ヨハン・フリードリヒ2世の政治政策は、1547年に父が失った領地と選帝侯の称号を取り戻すことを目的としていた。彼は1554年から1556年にかけて一時的に選帝侯の地位を取り戻したが、政治的陰謀に関与したことで皇帝マクシミリアン2世の怒りを買った。皇帝はついに彼に帝国追放令（ライヒザハト）を発令し、これにより彼は帝国警察による強制捜査（ライヒゼクセクティオン）の対象となり、ヨハン・ヴィルヘルムもこの捜査に参加した。ゴータ城の包囲戦の後、ヨハン・フリードリヒは1566年についに敗北し、残りの人生を皇帝の囚人として過ごした。彼の財産は皇帝によって没収され、ヨハン・ヴィルヘルムに引き渡された。こうしてヴィルヘルムはザクセン公国全体の唯一の支配者となった。
しかし、ヨハン・ヴィルヘルムは、フランス国王シャルル9世の将軍としてユグノー派との戦いに参謀したことで、皇帝の不興を買うことになった（フランス国王はハプスブルク家の皇帝たちの敵であった）。このことは、彼のプロテスタント臣民をも遠ざける結果となった。ヨハン・ヴィルヘルムは、フリードリヒ賢公の時代からドイツにおけるプロテスタントの守護者として君臨してきたヴェッティン家の出身であったにもかかわらず、プロテスタントのユグノー派に対抗するため、カトリックのフランス国王と同盟を結んだのである。
皇帝はヨハン・フリードリヒ2世の生き残った2人の息子をヨハン・ヴィルヘルムと対立させ、1572年にエアフルト分割が成立した。ザクセン公国は3つに分割された。ヨハン・フリードリヒ2世の2人の息子のうち、兄のヨハン・カジミールはコーブルクを、弟のヨハン・エルンストはアイゼナハをそれぞれ受け継いだ。ヨハン・ヴィルヘルムは公国のより小さな部分、ヴァイマル周辺の地域のみを保持したが、アルテンブルク、ゴータ、マイニンゲンの各地区を自らの領地に加えた。エアフルト分割の結果、ヴェッティン家の領地は、どの分家が個々の地域を統治していたかにかかわらず、すべて連続したものとなった。ザクセン＝ヴァイマル家と、後にザクセン＝ヴァイマルから分離した最初のザクセン＝アルテンブルク家（エルネスティーネ公国も参照）は、いずれもヨハン・ヴィルヘルムの子孫である。
1560年6月15日、ハイデルベルクでヨハン・ヴィルヘルムは、プファルツ選帝侯フリードリヒ3世の娘、ジンメルンのドロテア・スザンネと結婚した。二人の間には5人の子供が生まれた。