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旧石器時代（きゅうせきじだい）は、土器の発達以前の、一般的に紀元前10,000年以前の日本の人類居住の時代である。[ 1 ]この時代の開始時期は一般的に紀元前40,000年頃とされているが、[ 2 ]近年の研究者らは紀元前36,000年頃からの居住の確かな証拠があると示唆している。[ 3 ]この時代は中石器時代の縄文時代の始まり、つまり紀元前14,000年頃まで続いた。[ 4 ]
日本の旧石器時代の研究はごく最近まで始まっていませんでした。最初の旧石器時代の遺跡が発見されたのは、第二次世界大戦終結後の1946年のことでした。[ 1 ]縄文時代以前には日本に人類が住んでいなかったという従来の考えから、発掘調査は通常、縄文層（紀元前14,000年）の初めで止まり、それ以上は続けられませんでした。しかし、相沢忠弘による最初の旧石器時代の発見以来、約5,000の旧石器時代の遺跡が発見されており、その中には既存の縄文時代の遺跡もあれば、更新世に遡るものもあります。遺跡は九州南部から北海道北部まで発見されていますが、ほとんどは小規模で、日本の土壌の酸性度が高いため、石器しか保存されていません。旧石器時代の人々は更新世に海面が低下した際に露出した広い沿岸棚に住んでいたと考えられているため、遺跡の大部分は水没している可能性が高いです。[ 1 ]
日本の旧石器時代の研究は、列島が火山性であることから、豊富な地層情報が得られるという特徴がある。大規模な噴火は島々を火山灰層で覆い、これらの層は年代測定が容易で、日本全国で参照として利用できる。そのような層の中でも特に重要なのが、約2万1000～2万2000年前に日本列島全体を覆ったAT（姶良丹沢）軽石層である。
2000年、日本の旧石器時代考古学の評判は、いわゆる「日本旧石器時代捏造事件」として知られるスキャンダルによって大きく損なわれた。毎日新聞は、宮城県のアマチュア考古学者である藤村慎一氏が、上高森遺跡で遺物を仕込み、翌日に「発見」したとされる写真を掲載した。藤村氏は新聞のインタビューで捏造を認めた。日本考古学会は藤村氏を除名した。同学会の特別調査チームは、彼が発見したとされる遺物のほぼ全てが捏造であったことを明らかにした。
捏造が発覚して以来、日本の人類の活動を紀元前4万～5万年と暫定的に推定できる遺跡はごくわずかであり、列島における人類の存在が広く認められている最初の年代は紀元前3万5千年頃と確実に推定できる。[ 5 ]これらの時代に遡る最も重要な遺跡の1つが野尻湖で、紀元前3万7千年（紀元前約3万6千年）のもので、日本固有の絶滅した大型動物種のうち、ゾウのパレオロクソドン・ナウマンニとオオジカのシノメガケロス・ヤベイの2種の解体の痕跡が見られる。[ 3 ]
人類が琉球諸島に初めて到達したのは約32,000～24,000年前と考えられており[ 6 ] 、これはおそらく、小型のシカであるCervus astylodonなどの同諸島の固有種の絶滅の原因となったと考えられる[ 7 ]。
日本の旧石器時代は、世界で最も古い既知の磨製石器と研磨石器のセットの一つを取り入れている点で独特である[ 8 ]。ただし、オーストラリアではより古い磨製石器が発見されている[ 9 ] [ 10 ] 。紀元前3万年頃に作られたとされるこれらの石器は、世界の他の地域では紀元前1万年頃の新石器時代の始まりに関連付けられている技術である。なぜ日本でこのような石器がこんなに早く作られたのかは不明である[ 11 ] 。
この独自性ゆえに、日本の旧石器時代は、石器技術（剥片石器）に基づく従来の旧石器時代の定義とは厳密には一致しない。そのため、日本の旧石器時代の道具は、紀元前3万年という早い時期から中石器時代や新石器時代の特徴を示している。 [ 8 ]
日本の旧石器時代の人々、そして後の縄文時代の人々は、今日の中国、韓国、日本の人々に特徴的な人口が拡大する以前にアジアの広範囲を占めていた古代の旧アジア人集団と関連しているようです。[ 12 ] [ 13 ]
この期間の大部分において、日本は海面が低かったため陸橋によってアジア大陸と繋がっていた。[ 1 ]骨格の特徴は、アジア大陸の他の先住民との多くの類似点を示している。歯の構造は独特だが、一般的にはシノドント群よりもスンダドント群に近く、東南アジアまたは大陸の南の島々の集団に起源があることを示唆している。頭蓋骨の特徴はより強く、目は比較的奥まっている傾向がある。 [ 14 ]シュミットと瀬口による「縄文文化と日本列島の人口増加」によると、先史時代の縄文人はシベリア（アルタイ山脈の地域）の旧石器時代の集団の子孫である。引用されている他の学者は、縄文人とさまざまな旧石器時代および青銅器時代のシベリア人との類似点を指摘している。古代日本への移住は複数回あった可能性が高い。[ 15 ]
崎谷満によると、縄文人は2つの異なる民族集団の混血であった。3万年以上前から日本に存在していたより古い集団（Y染色体D1aの保有者）と、約1万3千年前に日本に移住してきたより新しい集団（Y染色体C1aの保有者）（縄文人）である。[ 16 ]
現代の日本人集団の遺伝子分析は明確ではなく、日本の初期の集団と後から来た人々との間でかなりの遺伝的混合があったことを示唆する傾向がある（カヴァッリ＝スフォルツァ）。現代の日本人は縄文人の祖先を約10％持っていると推定されている。[ 17 ]
縄文人は非常に多様であったことが判明した。王台山本第一遺跡の縄文サンプルは、北海道や地理的に近い本州東部の縄文サンプルとは異なる。王台山本縄文人はC1a1遺伝子を持ち、遺伝的には古代および現代の北東アジア人集団に近いが、井河津縄文や浦和縄文などの他の縄文サンプルとは著しく異なっている。同様に、湯郷洞窟遺跡の長野縄文人は現代の東アジア人と近縁であるが、北海道縄文人の直系の子孫であるアイヌ民族とは遺伝的に異なっている。[ 18 ] [ 19 ]
ある研究では、縄文人はかなり異質で、多くの縄文集団は、地元の狩猟採集民の上に定着した古代の「アルタイ語族に似た」集団（オロチョンに代表される現代のツングース語話者に近い）の子孫であると示唆している。この「アルタイ語族に似た」集団は紀元前6000年頃に北東アジアから移住し、他の無関係な部族と共存したり、混血したりした後、後の弥生人に取って代わられた。C1a1とC2は、紀元前6000年頃に北東アジアから縄文時代の列島にやって来て、大台山本1世遺跡のような初期の土器文化に代表される初期縄文文化をもたらした「ツングース語族に似た人々」と関連付けられている。[ 20 ]