晴海埠頭

選手村内には、雑貨店、カフェ、メディアセンターを備えた広場があった。オペレーションBATON（Building Athletes' Village with Timber Of the Nation）では、持続可能性を示すために、寄贈された4万個の木材で広場の構造物が作られ、後に木材は地方自治体に返却され、地元の施設で再利用される予定だった。^{[ 17 ]}

COVID-19対策の一環として、タスクフォースは、体温測定などの義務的な検査とは別に、感染症専用の特別な医療施設を設置し、日本の接触追跡モバイルアプリ「COCOA」（接触確認アプリケーション） ^{[ 18 ]} を使用することで、中央区の保健所への影響を軽減することを計画した。^{[ 19 ] [ 20 ]}

2020年11月中旬、コロナウイルスの感染リスクを軽減するため、選手村生活の一部である深夜の社交パーティーは支持されないこと、^{[ 21 ]}選手は選手村内に留まり、東京周辺を観光しないこと、競技期間中のみ選手村に入り滞在し、その後日本を離れることが奨励され、大会期間中ずっと滞在しないことが示された。^{[ 22 ] [ 23 ]}選手には COVID-19行動規範が徹底される。 ^{[ 24 ]}発表されたばかりのワクチンは大会への参加要件ではない。

16,500人を収容できるにもかかわらず、変更により、選手村には一度に6,000人から7,000人しかいなくなり、競技後に選手が村を去るにつれて人数は減少することになる。^{[ 25 ]} 食堂内の選手の人数は制限される（朝食は30分、昼食と夕食は1時間に制限され、食事メニューは携帯電話で受け取る）。^{[ 23 ]} 通常は一度に4,500人を収容できる食堂では、選手は一人で食事をし、身体的距離を保ち、食事後に表面を拭く必要がある。^{[ 26 ]} 観客と選手の減少に伴い、選手村と大会自体でハラール食品の供給が維持できるかどうかについて懸念が表明された。^{[ 27 ]} 食事時以外は常にマスクを着用することになっていた。^{[ 23 ]}

2021年2月、そして2021年4月に改訂されたオリンピック・パラリンピック組織委員会は、大会期間中および選手村内で参加者が健康的に安全な方法で生活を送るための一連の「プレイブック」を発表した。^{[ 28 ] [ 29 ]} 日本の調査では、ウイルスへの懸念、国内のワクチン接種率の低さ、そして第4波の感染を理由に、80%以上が大会の延期または中止を望んでいることが示されたため、国際オリンピック委員会会長のトーマス・バッハは2021年5月19日、選手村の住民の少なくとも80%が到着前にワクチン接種を受けることが期待され、大会と選手村に追加の医療スタッフを派遣する用意があると述べ、国民を安心させようとした。^{[ 30 ]}

ゲノム配列データを用いた事後検証により、大会参加者と地元住民の間でコロナウイルスの感染拡大はなかったことが確認された。^{[ 31 ]} 11,300人の選手のうち陽性反応が出たのはわずか33人だった。

新型コロナウイルス感染症のパンデミックの影響で2020年のオリンピックとパラリンピックが12か月延期されたため、オリンピック村を一時的にホームレスシェルターとして使用すべきだという声が上がった。^{[ 32 ]} 大会の延期に伴い、一部の物件がすでに開発業者に売却され、ユニットは2020年9月の大会終了後に入居予定の所有者に売却されていたという懸念が持ち上がった。^{[ 2 ]} 2021年2月、24人以上のアパート所有者が大会延期による補償を求めて訴訟を起こした。その多くは、古いアパートが売却されたため、新しいアパートのためにローンを組む必要があった。^{[ 16 ]}

2021年12月までに、開発業者はマンションの引き渡し遅延で訴えられており、マンションの価格は4900万円（37万ユーロ）から2億2900万円（180万ユーロ）であった。^{[ 33 ]}

イベント後のマンション供給量は、東京都の全区の年間供給量の30％と推定されており、これは市場の許容量を超える可能性があった。^{[ 6 ]} 新築ではないため、物件はプレミアム価格で売れない可能性がある。交通手段が限られていることも、新しい住宅地としての魅力を低下させる可能性がある。

2022年8月中旬までに、旧オリンピック・パラリンピック村は大会後の遺産として新たな住民を迎えることになり、その場所は「はるみフラッグ」と名付けられました。^{[ 3 ]}