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アレクサンドリアのギリシャ正教総主教は、「アレクサンドリアおよび全アフリカの教皇兼総主教」という称号を持つ。 「ギリシャ人」という用語は宗教的な識別名であり、民族的な識別名ではない。これらの総主教の多くはギリシャ人であったが、中にはギリシャ化したエジプト人や、メルキト派のアラブ人もいた。
451年のカルケドン公会議の後、エジプトでは公会議の決定を受け入れた者と拒否した者の間で分裂が生じた。前者はカルケドン派、後者は単性論派として知られている。その後数十年間、この二つの派閥はアレクサンドリア総主教座を巡って争い、しばしば同じ総主教を承認していた。しかし536年以降、両者は恒久的に別々の総主教座を設立し、それ以来、別々の総主教の系譜を維持している。単性論派はコプト教会(東方正教会の一部)となり、カルケドン派はアレクサンドリア・ギリシャ正教会(より広範な東方正教会の一部)となった。
536年までのアレクサンドリア総主教の一覧については、「アレクサンドリア総主教一覧」を参照してください。
イスラム教徒の征服により、カルケドン派のアレクサンドリア司教座は空位となった。
727年以降、ビザンツ皇帝レオ3世は再びアレクサンドリアにメルキト派の総主教を任命しようと試みた。イスラム当局の同意を得て、それ以降、司教区は再び総主教によって統治されるようになった。