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| 腸内細菌 | |
|---|---|
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| エンテロバクター属、この目の基準属 | |
科学的分類 
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| ドメイン： | 細菌 |
| 門: | シュードモナドタ |
| クラス： | ガンマプロテオバクテリア |
| 注文： | エンテロバクテラル 目 Adeolu 他、2016 |
| 家族 | |
| 同義語 | |
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エンテロバクター目は、グラム陰性、非胞子形成、通性嫌気性、桿菌の目であり、ガンマプロテオバクテリア綱に属します。[1]この目の基準属はエンテロバクターです。[1]
腸内細菌科という名前は、ラテン語のEnterobacterに由来しており、この目（この目）のタイプ属と、目を表す接尾辞「-ales」に由来しています。これらを合わせると、腸内細菌科は命名上のタイプがEnterobacter属である目を指します。[1]
歴史的識別と体系
腸内細菌目は、2005年に「Enterobacteriales」という名前で提案されました。しかし、「Enterobacteriales」という名前は国際原核生物命名規約の規則に従って検証されておらず、命名法上の地位を欠いていたため、名前は括弧内に書かれました。「Enterobacteriales」は単型の目であり、腸内細菌科のみを含み、そのタイプ属である大腸菌を共有していました。[2] [3] [4]この目には、明確な生態学的地位を占め、さまざまな生化学的特徴を持つ、大規模で多様な種群が含まれていました。[5]この目の多くの属は、大腸菌、サルモネラ菌、ペスト菌などの病原菌や、ディケヤ属、ペクトバクテリウム属、ブレネリア属、エルウィニア属、パントエア属などの農業に害を及ぼす植物病原菌など、人間の活動に大きな影響を与えています。種の数が多く、生化学的特徴が多岐にわたるため、この目とそのサブグループを説明することは非常に困難でした。[6]この目の割り当てと分類は、主に16S rRNAゲノム配列に基づいて行われましたが、これは識別力が低く、使用するアルゴリズムと生物株によって異なる結果をもたらすことが知られています。[7]さらに、これらの分析により、「腸内細菌科」は多系統分岐を示し、明確なサブグループがあることが示されました。
2016年、「Enterobacteriales」はEnterobacteralesに再分類することが提案され、国際原核生物命名規約に従ってタイプ属がEnterobacterに変更されました。 [1]さらに、保存されたゲノム、16S rRNA配列、多座配列解析、および独立した分子マーカー（保存されたシグネチャーインデル）に基づいて構築された系統樹で見つかったグループ分けに基づいて、以前はEnterobacteriaceae科に属していた種で構成される、 Enterobacterales目内のいくつかの新しい科が提案されました。[1]
2021年現在、腸内細菌目には7つの科（Budviciaceae、Enterobacteriaceae、Erwiniaceae、Hafniaceae、Morganellaceae、Pectobacteriaceae、Yersiniaceae）が含まれています。[8]
分子シグネチャー
腸内細菌目のゲノム配列を解析した結果、ペプチドABCトランスポーターパーミアーゼ、伸長因子P様タンパク質YeiP、L-アラビノースイソメラーゼ、ピロホスファターゼ、および仮説上のタンパク質の5つの保存されたシグネチャーインデル（CSI）が、この目のすべてまたはほとんどのメンバーで排他的に共有されていることが明らかになりました。[1]これらのCSIは、この目と他のガンマプロテオバクテリアを区別する分子的手段を提供し、腸内細菌目の単系統性を裏付けています。
属
有効に公開された属
以下の属は有効に公表されているため、「命名法上有効」です。属が提案された年は、属名の後の括弧内に記載されています。
- アルセノフォヌス（1991）
- ビオストラティコラ（2008）
- ブレネリア（1999）
- ブフネラ（1991）
- ブドヴィシア（1985）
- ブティアウセラ（1982）
- セデセア（1981）
- ハニア（2016）
- シトロバクター（1932）
- コゼンツァエア（2011）
- クロノバクター（2008）
- ディケヤ（2005）
- エドワジエラ（1965）
- エンテロバチルス（2015）
- エンテロバクター（1960）
- エルヴィニア（1920）
- 大腸菌（1919）
- ユーインゲラ（1984）
- フランコニバクター（2014）
- ギブシエラ（2011）
- ハフニア（1954）
- イザキエラ（2016）
- クレブシエラ（1885）
- クルイヴェラ（1981）
- コサコニア（2013）
- レクレルシア（1987）
- レリオティア（2013）
- レミノレラ（1985）
- リムノバキュラム（2018）
- ロンズダリア（2012）
- マングロビバクター（2010）
- メタコサコニア（2017）
- ミクスタ（2018）
- モエレラ（1984）
- モルガネラ（1943）
- オベスムバクテリウム（1963）
- パントエア（1989）
- ペクトバクテリウム（1945）
- ファセオリバクター（2013）
- フォトラブダス（1993）
- フィトバクター（2017）
- プレシオモナス（1962）
- プルラリバクター（2013）
- プラギア（1988）
- プロテウス（1885）
- プロビデンシア（1962）
- シューデシェリキア（2017）
- シュードシトロバクター（2014）
- ラネラ（1981）
- ラウルテラ（2001）
- ローゼンベルギエラ（2013）
- ルーシェラ（2015）
- サッカロバクター（1990）
- サルモネラ（1990）
- サムソニア（2001）
- スカンジナビウム（2020）
- セラチア（1823）
- 赤痢菌（1919）
- シムウェリア（2010）
- シシバクター（2014）
- ソダリス（1999）
- スーパーフィシエバクター（2018）
- タトゥメラ（1982）
- トラブルシエラ（1992）
- ウィグルスワーシア（1995）
- クセノラブダス（1979）
- エルシニア（1944）
- ヨケネラ（1985）
- 「カンディダトゥス・アナンディア」
- 「カンジダトゥス・アロカティア」
- 「カンディダトゥス・アシュネラ」
- 「カンジダトゥス・ベニツチフィルス」
- 「カンディダトゥス・ブロクマンニア」
- 「カンジダトゥス・クルクリオニフィラス」
- 「カンジダタス・クチコバクテリウム」
- 「カンディダトゥス・ドゥーリトル」
- 「カンディダトゥス・フカツィア」
- 「カンジダトゥス・ジレテリア」
- 「カンジダトゥス・ガラネラ」
- 「カンジダタス・ハミルトネラ」
- 「カンディダトゥス・ハルティギア」
- 「カンジダトゥス・ホアグランデラ」
- 「カンジダタス・イシュノデミア」
- 「カンディダトゥス・イシカワエラ」
- 「カンジダトゥス・クレイドセリア」
- 「カンディダトゥス・コテジェラ」
- 「カンジダトゥス・マクロプレイコラ」
- 「カンディダトゥス・ミケラ」
- 「カンディダトゥス・モラネラ」
- 「カンジダタス・フロモバクター」
- 「カンディダトゥス・プロフティア」
- 「カンジダトゥス・プルセリエラ」
- 「カンジダトゥス・レジエラ」
- 「カンディダトゥス・リーシア」
- 「カンジダトゥス・ロールコルベリア」
- 「カンジダトゥス・ローゼンクランツィア」
- 「カンジダトゥス・シュナイデリア」
- 「カンディダトゥス・スタメラ」
- 「カンジダトゥス・スタメルラ」
- 「カンジダトゥス・タチカワエア」
- 「カンジダトゥス・ウェステベルハルディア」
提案されたが、命名法上の地位を獲得していない
- アクアモナス（2009）
- アラニコラ（1997）
- アトランティバクター（2016）
- アヴェリエラ（2005）
- グリモンテッラ（2003）
- グハイインゲラ（1995）
- マルガレフィア（2004）
- ティエジェイア（2005）
参考文献
- ^ abcdefg アデオル、M;アルナハル、S;ナウシャド、S; S・グプタ、R（2016年12月）。 「『腸内細菌目』のゲノムに基づく系統発生と分類学：腸内細菌科、エルウィニア科科 11 月号、ペクトバクテリア科 11 月号、エルシニア科 11 月号、ハフニア科 11 月号、 Morganellaceae 11 月、および Budviciaceaeファム。11月」。系統的および進化的微生物学の国際ジャーナル。66 (12): 5575–5599。土井：10.1099/ijsem.0.001485。PMID 27620848。
- ^ Zipcodezoo サイト Enterobacteriales 2014-04-27 にアーカイブされ、Wayback Machineで2013 年 3 月 9 日にアクセスされました
- ^ NCBI Enterobacterales 2013年3月9日アクセス
- ^ Taxonomicon Enterobacteriales 2013年3月9日アクセス
- ^ ブレンナー、ドン J.; クリーグ、ノエル R.; ステイリー、ジェームズ T.; ギャリティ、ジョージ M.; ブーン、デビッド R.; デ・ヴォス、ポール; グッドフェロー、マイケル; レイニー、フレッド A.; シュライファー、カール ハインツ、編 (2005)。Bergey's Manual® of Systematic Bacteriology。doi :10.1007 / 0-387-28022-7。ISBN 978-0-387-24144-9。
- ^ オクタヴィア、ソフィー、ラン、ルイティング（2014）、「腸内細菌科」、原核生物、ベルリン、ハイデルベルク：シュプリンガーベルリンハイデルベルク、pp. 225–286、doi：10.1007 / 978-3-642-38922-1_167、ISBN 978-3-642-38921-4、2021-06-02取得
- ^ Francino, M. Pilar; Santos, Scott R.; Ochman, Howard (2006)、「細菌の系統関係、特に内因性共生菌と腸内細菌種について」(PDF)、The Prokaryotes、ニューヨーク、NY: Springer New York、pp. 41–59、doi :10.1007/0-387-30746-x_2、ISBN 978-0-387-25496-8、2021-06-02取得
- ^ 「Order: Enterobacterales」. lpsn.dsmz.de . 2021年6月2日閲覧。