カンディダトゥス

原核生物の 命名法では、Candidatus（略称Ca.、ラテン語で「ローマ職務の候補者」）は、十分に特徴付けられているがまだ培養されていない原核生物の分類群の命名に使用されます。^[1] 16SリボソームRNAシーケンシングやメタゲノミクスなどの現代のシーケンシング手法は、分析された生物に関する多くの情報を提供し、個々の種の識別と特徴付けを可能にします。しかし、原核生物種の大部分は培養できず、したがってin vitro研究でさらに特徴付けを行うことができません。最近、多数の候補分類群が発見されたことで、細菌の多様性に関する新しい洞察を通じて、 候補門の放散が生命の樹を拡大することにつながっています。

国際原核生物命名規約（ICNP）の当初および初期の改訂版では、まだ培養できない原核生物を特定する可能性が考慮されていませんでした。そのため、 1994年に国際原核生物分類学委員会（ICSP、旧国際細菌分類学委員会）の会議で、規約の改訂を開始するためにCandidatusという用語が提案されました。^{[2]シーケンシング技術の継続的な進歩に伴い}Candidatus分類群 の数が増加したため、ICSPは1996年に国際原核生物命名規約を採択し、 Candidatus分類群の付録を追加しました^[3]（最新版^{[4]の付録11） しかし、} Candidatus分類群の命名法は依然として原核生物規約の一般規則でカバーされておらず、 Candidatus分類群を優先するために現在の規約を変更する議論と提案が続いています。^{[5] [6]}

現在、暫定ステータス「Candidatus」は、以下の情報が提供されている場合に使用できます。^{[引用が必要]}

1. ゲノム情報 [...] 生物の系統学的位置を決定します。
2. これまでのすべての情報は以下から入手できます。
   1. 構造と形態
   2. 生理学と代謝
   3. 生殖機能
   4. 生物が識別できる自然環境と
   5. その他入手可能な適切な情報。^{[4] : 付録11}

Candidatusに属する生物の種名は、 Candidatusという単語に続いて属名と種小名、または属名のみ、あるいは種小名のみで構成される。例としては、 Candidatus Liberobacter asiaticum、Candidatus magnetobacterium、Candidatus intracellularisなどがある。すべてのCandidatus分類群のリスト( Candidatus リスト) は、ICSP の司法委員会がIJSEM編集委員会と協力して管理しており、適切な間隔で更新されている。^[4] Candidatus分類群の培養に成功したら、その名前をこのリストから削除し、国際原核生物命名規約に従って新しい名前を提案しなければならない。^[要出典]

1994年の提案とその後の規約では、Candidatus リストを維持することを求めているが、名前のキュレーション作業は、2017 年に「No. 0」トライアルが公開されるまで開始されなかった。著者は、収集された約 400 の名前のうち 120 の名前が、正式に提案された場合に規約に違反することを発見した。一般的な理由は、ラテン語の誤り、重複した名前、非ラテン語の名前である。その結果、Candidatus リストでは、そのような名前の訂正も提供されるようになった。訂正された名前には、出典フィールドにcorrig. ( corrigendum^{の略) が示され、 [7]}一部の情報源では、さらに訂正を引用している (例: " Ca. Karelsulcia " corrig. Moran et al. 2005 in Ogen et al. 2020)。^[8]公開された各リストは、No. 1 から始まり、特定の期間に提案されたすべての既知のCandidatus名と、それ以前の期間の補遺を網羅している。 ^[7] 2022年12月現在^{[アップデート]}、最新のものは2022年11月に発行されたCandidatusリスト第4号で、2021年に提案された名前をカバーしています。 ^[9] Candidatus 門を扱うために2023年に番号なしリストが発行されました。将来の番号付きリストには門が含まれます。^[10]

2022年の配列データから記述された原核生物の命名法コード（SeqCode）は、ICNPとは別のシステムで名前の公表を標準化する。SeqCodeは、タイプ培養を必要とする代わりに、命名タイプとして高品質のゲノムを必要とし、事実上、Candidatusの名前を公式化するためのルートを提供している。これは、ICSPとは無関係の国際微生物生態学会（ISME）によって作成されている。^[11] SeqCodeは、2023年以前にICNPで公表された名前（Candidatusの名前を含む）の優先順位を認識している。 ^[12]

SeqCodeチームは当初、ICNPを修正してそのようなシステムを追加することを望んでいましたが、ICSPがその請願を却下したため、別のコードを作成する必要がありました。^[11]

多くの原核生物種が実験室で増殖しない理由はいくつかありますが、その多くは十分に解明されていません。その理由の 1 つは、種が回収される環境が実験室環境でシミュレートするのが難しいことです。多くの原核生物は、特定の栄養組成、特定の pH 条件、温度、大気圧、酸素レベルなど、非常に特殊な増殖要件を持っています。^[13]市販されている増殖培地や培養プロトコルのほとんどはこれらの要件を十分に満たしておらず、環境サンプルから目的の細菌をうまく分離するには、包括的な生息地評価が必要です。^[要出典]

原核生物種のほとんどは単独では生息せず、すべての生物界に属する他の種と複雑な共同体を形成しています。その結果、多くの種は自身の細胞の成長のために近隣種の代謝産物やシグナル伝達化合物に依存しています。必要な物質を特定することは困難な場合がありますが、特定されれば、特定の化合物を共培養または添加することで、対象種を培養できる可能性があります。

種間相互作用の多くの例は共生的性質のものであり、これは2つ以上の種の間の親密で長期的な関係として定義され、相互利益的、中立的、または有害である可能性がある。^[14]共生生物の場所に応じて、共生生物は外部共生生物または内部共生生物のいずれかになる可能性がある。遺伝子欠失によるゲノムの大幅な縮小が内部共生細菌で観察されているが、これは多くの遺伝子が保護された宿主環境で不要になるためであると考えられている。これはDNA修復と転写調節の遺伝子に頻繁に影響を及ぼし、これらの生物を宿主の外で培養することを困難にする。^[14]

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• 候補者区分
• 科学的な命名の用語集
• 国際細菌命名規約
• 候補分類群のリスト
• 未記載分類群

• Labeda, DP (1997)。「国際系統的細菌学委員会の司法委員会 第8回国際微生物学および応用細菌学会議：1996年8月17日および22日、イスラエル、エルサレムの会議議事録」。国際系統的細菌学ジャーナル。47 ：240。doi ：10.1099 /00207713-47-1-240。
• 「国際系統細菌学委員会 第7回国際微生物学および応用細菌学会議：1996年8月17日、18日、22日、イスラエル、エルサレムの会議議事録」。国際系統細菌学ジャーナル。47 （2）：597–600。1997年。doi：10.1099/00207713-47-2-597。
• De Vos, P.; Trüper, HG; Tindall, BJ (2005). 「原核生物の分類学に関する国際委員会の司法委員会、細菌学および応用微生物学の第 10 回国際会議 (IUMS)、会議の議事録、2002 年 7 月 28 日、29 日、31 日および 8 月 1 日、フランス、パリ」。International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology。55 : 525–532。doi : 10.1099/ ijs.0.63585-0。
• Stackebrandt, E.; Frederiksen, W.; Garrity, GM; Grimont, PA; Kämpfer, P.; Maiden, MC; Nesme, X.; Rosselló-Mora, R.; Swings, J.; Trüper, HG; Vauterin, L.; Ward, AC; Whitman, WB (2002). 「細菌学における種の定義の再評価に関する特別委員会の報告書」International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 52 (Pt 3): 1043–1047. doi :10.1099/ijs.0.02360-0. PMID  12054223.