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| ペクトバクテリア科 | |
|---|---|
科学的分類 
| |
| ドメイン： | 細菌 |
| 門: | シュードモナドタ |
| クラス： | ガンマプロテオバクテリア |
| 注文： | 腸内細菌 |
| 家族： | ペクトバクテリア科 Adeolu et al. 2016年 |
| 属 | |
ペクトバクテリア科は、主に植物病原菌からなるグラム陰性細菌の科である。この科は、シュードモナス門ガンマプロテオバクテリア綱腸内細菌目に属する。[1]この科のタイプ種はペクトバクテリウムである。[2]
Pectobacteriaceaeという名前は、ラテン語のPectobacteriumに由来しており、科のタイプ属と、科を表す接尾辞「-aceae」に由来しています。これらを合わせると、Pectobacteriaceae は命名上のタイプがPectobacterium属である科を指します。[1]
生化学的特性と分子シグネチャー[1]
この科の細菌は、N-アセチルグルコサミンから酸を生成し、アルギニンジヒドロラーゼ、オルチニンデカルボキシラーゼ、リジンデカルボキシラーゼは陰性です。これらの細菌はカタラーゼ陽性、オキシダーゼ陰性であり、二硫化水素を生成しません。
ゲノム解析により、転写活性化因子RhaS、鞭毛モータータンパク質MotB、2成分センサーヒスチジンキナーゼタンパク質、および仮説タンパク質の、この科に特有の4つの保存されたシグネチャーインデル（CSI）が特定されました。[1]これらの分子シグネチャーは、ペクトバクテリア科のメンバーを腸内細菌目の他の科や他の細菌と区別するための信頼性の高い分子的手段を提供します。
歴史的系統学と現在の分類学
ペクトバクテリア科には、2021年現在、8つの有効に公表された属が含まれています。[2]この科のメンバーは、もともと腸内細菌科のメンバーでした。腸内細菌科は、異なる生化学的特徴と異なる生態学的ニッチを持つ、系統学的に無関係な大きな種のグループです。腸内細菌科への種の当初の割り当ては、主に16S rRNAゲノム配列解析に基づいていましたが、これは識別力が低いことが知られており、その結果はアルゴリズムと使用される生物情報に依存します。それにもかかわらず、解析は依然として多系統分岐を示しており、科内に異なるサブグループが存在することを示しています。[1]
2016年、Adeoluらは、比較ゲノム解析と、保存されたゲノム配列、16S rRNA配列、多座配列解析から構築されたさまざまな系統樹の分岐パターンに基づいて、腸内細菌科を7つの新しい科に分類することを提案しました。この科に特有の分子マーカー、特に保存されたシグネチャーインデルも、系統樹とは独立した分類を支持する証拠として特定されました。[1]
参考文献
- ^ abcdef アデオル、M;アルナハル、S;ナウシャド、S; S グプタ、R (2016 年 12 月)。 「『腸内細菌目』のゲノムに基づく系統発生および分類学：腸内細菌科、エルウィニア科科 11 月号、ペクトバクテリア科 11 月号、エルシニア科 11 月号、ハフニア科 11 月号、 Morganellaceae 11 月、および Budviciaceaeファム。11月」。系統的および進化的微生物学の国際ジャーナル。66 (12): 5575–5599。土井：10.1099/ijsem.0.001485。PMID 27620848。
- ^ ab “Family: Pectobacteriaceae”. lpsn.dsmz.de . 2021年6月5日閲覧。
