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分子生物学では、下流プロモーター要素（DPE）はコアプロモーター要素です。すべてのコアプロモーターと同様に、DPEはRNAポリメラーゼIIによる遺伝子転写の開始に重要な役割を果たします。DPEは、 1996年にカリフォルニア大学サンディエゴ校のTW BurkeとJames T. KadonagaによってDrosophila melanogasterで初めて記述されました。 [2] また、ヒトを含む他の種にも存在しますが、Saccharomyces cerevisiaeには存在しません。[3]
DPEは、もう一つのコアプロモーター要素であるイニシエーターモチーフ（Inr）とともに、転写因子II D（TFIID）サブユニットTAF6およびTAF9によって認識されます。[2] [4] [5] DPE依存性の基礎転写はInr（およびその逆）に大きく依存し、2つの要素間の正しい間隔にも依存することが示されている。[2] [4] [6]
DPEコンセンサス配列はもともとRGWCGTGであると考えられていましたが[2] 、最近の研究では類似しているがより一般的な配列RGWYV(T)であることが示唆されています。[a] [1] [3] [7] これは転写開始部位の下流約28～33ヌクレオチドに位置しています。[3]
発生
DPEはD. melanogasterにおいてTATAボックスと同程度広く使用されていることが示されている。[6] DPEはTATAボックスを含まない多くのプロモーター で発見されたが、TATAボックスとDPEの両方を含むプロモーターも存在する。[6]
進化的に最も新しい遺伝子であるUbxとAbd-A を除くD. melanogasterのほぼすべてのHox 遺伝子のプロモーターはDPE モチーフを含み、TATA ボックスを欠いている。[8] DPE 配列を含むDrosophilaプロモーターにはAbd-B、Antp P2、bride of sevenless、brown、caudal、E74、E75、engrailed、Gsα、labial、nmMHC、ras2、singed、stellate、whiteがある。[2] D. melanogaster以外の生物では、ヒトとマウスのIRF1遺伝子のプロモーターに転写開始部位から適切な距離のところに DPE コンセンサス配列が含まれていることがわかっている。このプロモーターにも TATA ボックスは含まれていない。
DPEは原始的真核生物である赤痢アメーバにおいても役割を果たしていると報告されている。[9]
注記
参考文献
- ^ ab バトラー、ジェニファー EF;門永、ジェームス・T (2002 年 10 月 15 日)。 「RNA ポリメラーゼ II コア プロモーター: 遺伝子発現の制御における重要なコンポーネント」。遺伝子と発達。16 (20): 2583–2592。土井: 10.1101/gad.1026202。PMID 12381658。
- ^ abcde Burke, TW; Kadonaga, JT (1996 年 3 月 15 日). 「ショウジョウバエ TFIID は、多くの TATA ボックス欠損プロモーターに存在する保存された下流基底プロモーター要素に結合する」. Genes & Development . 10 (6): 711–724. doi : 10.1101/gad.10.6.711 . PMID 8598298.
- ^ abc Juven-Gershon, Tamar; Kadonaga, James T. (2010年3月). 「コアプロモーターと基礎転写機構による遺伝子発現の制御」.発達生物学. 339 (2): 225–229. doi :10.1016/j.ydbio.2009.08.009. PMC 2830304. PMID 19682982 .
- ^ ab Burke, Thomas W.; Kadonaga, James T. (1997 年 11 月 15 日). 「下流コアプロモーター要素 DPE は、ショウジョウバエからヒトまで保存されており、ショウジョウバエの TAFII60 によって認識されます」。遺伝子と発達。11 ( 22): 3020–3031。doi :10.1101/ gad.11.22.3020。PMC 316699。PMID 9367984。
- ^ Yang, Chuhu; Bolotin, Eugene; Jiang, Tao; Sladek, Frances M.; Martinez, Ernest (2007 年 3 月)。「ヒトおよび酵母遺伝子における TATA ボックス上のイニシエーターの普及と、ヒトの TATA のないコアプロモーターに豊富に含まれる DNA モチーフの特定」。Gene . 389 ( 1): 52–65. doi :10.1016/j.gene.2006.09.029. PMC 1955227 . PMID 17123746。
- ^ abc Kutach, Alan K; Kadonaga, James T (2000 年 7 月 1 日). 「下流プロモーター要素 DPE は、ショウジョウバエのコアプロモーターで TATA ボックスと同じくらい広く使用されているようです」. Molecular and Cellular Biology . 20 (13): 4754–4764. doi :10.1128/MCB.20.13.4754-4764.2000. PMC 85905. PMID 10848601 .
- ^ Kadonaga, James T (2002年9月). 「DPE、RNAポリメラーゼIIによる転写のコアプロモーターエレメント」.実験・分子医学. 34 (4): 259–264. doi : 10.1038/emm.2002.36 . PMID 12515390.
- ^ ユーベン＝ガーション、タマル;スー、ジャーユアン。門永、ジェームス T. (2008 年 10 月 15 日)。 「重要な発生制御因子である尾側は、DPE 特異的な転写因子です。」遺伝子と発達。22 (20): 2823–2830。土井：10.1101/gad.1698108。PMC 2569877。PMID 18923080。
- ^ Naiyer, Sarah; Kaur, Devinder; Ahamad, Jamaluddin; Singh, Shashi Shekhar; Singh, Yatendra Pratap; Thakur, Vivek; Bhattacharya, Alok; Bhattacharya, Sudha (2019-03-12). 「トランスクリプトーム解析により、赤痢アメーバの新規下流調節モチーフと高度に転写された毒性因子遺伝子が明らかに」BMC Genomics . 20 (1): 206. doi : 10.1186/s12864-019-5570-z . PMC 6416950 . PMID 30866809.