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B認識エレメント（BRE）は、真核生物および古細菌のほとんどの遺伝子のプロモーター領域に見られるDNA配列である。[ 1 ] [ 2 ] BREはTATAボックスのすぐ近く にあるシス調節エレメントで、 7ヌクレオチドからなる。BREには2セットある。1つ（BREu）はTATAボックスのすぐ上流にあり、コンセンサス配列SSRCGCCを持つ。もう1つ（BREd）は下流約7ヌクレオチドにあり、コンセンサス配列RTDKKKKを持つ。[a] [3] [4]
BREuは1998年にリチャード・エブライトと同僚によって発見されました。[1] BREdは2005年にデンとロバーツによって命名されました。[5]このような下流認識は2000年初頭にツァイとシグラーの結晶構造で報告されました。[6]
バインディング
転写因子II B（TFIIB）はいずれかのBREを認識し、それに結合します。両方のBREはTATAボックス（およびTATAボックス結合タンパク質）と連携して機能し、転写レベルにさまざまな影響を及ぼします。[4]
TFIIBはサイクリン様リピートを利用してDNAを認識する。TFIIBのC末端αヘリックスはBREuでDNAの主溝に挿入される。N末端ヘリックスはBREdで副溝に結合する。TFIIBはRNAポリメラーゼIIがDNAに結合するのを助ける前開始複合体の一部である。 [6]
ヒトTFIIB-BRE構造に加えて、他の多くの生物の構造も解明されています。その中には、逆向きの配向を示す古細菌ピロコッカス・ウォエセイ由来の転写因子B（TFB）[7]や、特定の挿入にもかかわらず同様の折り畳みを示す寄生虫トリパノソーマ・ブルーセイ由来のTFIIB [8]などがあります。
参照
注記
参考文献
- ^ ab Lagrange T、Kapanidis AN、Tang H 、 Reinberg D、Ebright RH (1998)。「RNAポリメラーゼII依存性転写における新しいコアプロモーターエレメント：転写因子IIBによる配列特異的DNA結合」。遺伝子と発達。12 ( 1): 34–44。doi :10.1101/ gad.12.1.34。PMC 316406。PMID 9420329 。
- ^ Littlefield O, Korkhin Y, Sigler PB (1999). 「TBP/TFB/プロモーター複合体の配向アセンブリの構造的基礎」。米国科学アカデミー紀要。96 ( 24 ): 13668–13673。Bibcode :1999PNAS...9613668L。doi : 10.1073 / pnas.96.24.13668。PMC 24122。PMID 10570130。
- ^ Wilson, David B. 「Drosophila Core Promoter Motifs」。gander.wustl.edu 。 2019年4月2日閲覧。
- ^ ab Juven-Gershon, T; Kadonaga, JT (2010 年 3 月 15 日). 「コアプロモーターと基礎転写機構による遺伝子発現の制御」.発達生物学. 339 (2): 225–9. doi :10.1016/j.ydbio.2009.08.009. PMC 2830304. PMID 19682982 .
- ^ Deng, W; Roberts, SG (2005 年 10 月 15 日). 「TFIIB によって認識される TATA ボックスの下流のコアプロモーター要素」. Genes & Development . 19 (20): 2418–23. doi :10.1101/gad.342405. PMC 1257396. PMID 16230532 .
- ^ ab Tsai, FT; Sigler, PB (2000年1月4日). 「ヒトpol IIプロモーターにおける前開始複合体アセンブリの構造的基礎」. The EMBO Journal . 19 (1): 25–36. doi :10.1093/emboj/19.1.25. PMC 1171774. PMID 10619841 .
- ^ Kosa, PF; Ghosh, G; DeDecker, BS; Sigler, PB (1997 年 6 月 10 日)。「古細菌の前開始複合体の 2.1-A 結晶構造: TATA ボックス結合タンパク質/転写因子 (II)B コア/TATA ボックス」。米国 科学アカデミー紀要。94 (12): 6042–7。doi : 10.1073 / pnas.94.12.6042。PMC 20997。PMID 9177165。
- ^ Ibrahim, BS; Kanneganti, N; Rieckhof, GE; Das, A; Laurents, DV; Palenchar, JB; Bellofatto, V; Wah, DA (2009 年 8 月 11 日)。「Trypanosoma brucei 由来の転写因子 IIB の C 末端ドメインの構造」。米国 科学アカデミー紀要。106 ( 32): 13242–7。Bibcode :2009PNAS..10613242I。doi : 10.1073 / pnas.0904309106。PMC 2726365。PMID 19666603。