DCD 利用可能な構造 ＰＤＢ ヒト UniProt 検索: PDBe RCSB
識別子 エイリアス DCD 、AIDD、DCD-1、DSEP、HCAP、PIF、ダームシジン 外部ID オミム ：606634; ホモロジーン : 89039; ジーンカード ：DCD; OMA :DCD - オルソログ RNA発現 パターン ブギー 人間 マウス （相同遺伝子） トップの表現 太ももの皮 ヒップの皮膚 腹部の皮膚 生殖腺 腓腹筋 右副腎皮質 乳首 腓骨神経 皮下脂肪組織 膝窩動脈
参照表現データの詳細
バイオGPS 参照表現データの詳細
遺伝子オントロジー 分子機能
ペプチダーゼ活性 タンパク質結合 加水分解酵素活性 RNA結合 細胞成分
細胞外エクソソーム 細胞外マトリックス 細胞外領域 細胞外空間 生物学的プロセス
細菌に対する防御反応 タンパク質分解 抗菌体液反応 抗菌ペプチドを介した抗菌性体液性免疫応答 他の生物の細胞を殺す 真菌に対する防御反応 出典:Amigo / QuickGO
ウィキデータ
ダームシジン は 110個のアミノ酸からなる タンパク質で、ヒトでは DCD 遺伝子 によってコードされている。 [3] [4] 全長タンパク質は タンパク質分解誘導因子 （ PIF ）やその他の 抗菌 ペプチド などの派生ペプチドを生成し、 [4]免疫系の自然宿主防御の一環としてヒトの エクリン汗腺 から皮膚に分泌される 。PIFは筋肉のタンパク質分解に関与している。 [4]
関数 ダームシジンは分泌タンパク質で、その後、異なる生物学的活性を持つ成熟ペプチドに加工される。C末端ペプチドは汗中に恒常的に発現し、 抗菌 ・抗真菌活性を持つ。拡散性生存回避ペプチドとしても知られるN末端ペプチドは、重度の 酸化ストレス 条件下で 神経細胞の生存を促進する。N末端ペプチドのグリコシル化形態は、 癌患者の 悪液質 （筋肉の消耗） と関連している可能性がある 。 [4]
生存回避ペプチド 抗菌ペプチド
YDPEAASAPGSGNPCHEASAAQKENAGEDPGLARQAPKPRKQR SSLLEKGLDGAKKAVGGLGKLGKDAVEDLESVGKGAVHDVKDVLDSVL C末端前駆体DCD-1Lは48残基のペプチドで、溶液中で部分的ならせん構造を示す。これは NMR と CD分光法による溶液構造の決定によって証明されている。 全長前駆体はヒトの汗中に存在する未確認のプロテアーゼによって処理され、さまざまな抗菌活性を示すいくつかの短いペプチドを形成し、C末端の アミノ酸 トリプレットと残基の長さに従って命名されている。そのような活性ペプチドの1つがSSL25で、 DCD-1Lと比較して 大腸菌 に対する活性が2倍に増加している。 [5]
DCD-1L SSLLEKGLDGAKKAVGGLGKLGKDAVEDLESSVGKGAVHDVKDVLDSVL
DCD-1 SSLLEKGLDGAKKAVGGLGKLGKDAVEDLESVGKGAVHDVKDVLDSV
SSL25 SSLLEKGLDGAKKAVGGLGKLGKDA
機構 デルミシジンの結晶 構造は 溶液中で解読され、 亜鉛 イオン結合によって媒介される六量体らせん束を明らかにした。 [6]これは 分子動力学 シミュレーションによる計算検査で膜内に傾斜チャネルを形成することが観察されており 、この観察から推測される抗菌作用の1つの提案されたメカニズムは、 生体膜 を横切る イオン勾配の分離によるものである。これは、 脂質二重層 の電圧依存性脱分極の実験研究における同時観察によって裏付けられている 。 [ 要出典 ]
参考文献
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さらに読む
Todorov P, Cariuk P, McDevitt T, et al. (1996). 「癌悪液質因子の特性」. Nature . 379 (6567): 739–42. Bibcode :1996Natur.379..739T. doi :10.1038/379739a0. PMID 8602222. S2CID 4331928. Todorov PT、Deacon M、Tisdale MJ (1997)。「筋肉タンパク質分解を開始できる腫瘍産生硫酸化糖タンパク質の構造解析」。J . Biol. Chem . 272 (19): 12279–88. doi : 10.1074/jbc.272.19.12279 . PMID 9139670。 Cunningham TJ、Hodge L、Speicher D、他 (1998)。「神経系起源の酸化ストレスを受けた細胞株によって調整された培地中の生存促進ペプチドの同定」。J . Neurosci . 18 (18): 7047–60. doi : 10.1523/JNEUROSCI.18-18-07047.1998 . PMC 6793258 . PMID 9736629。 Cunningham TJ、Jing H、Wang Y、Hodge L (2000)。「ラットの全身治療の影響を含む、生存ペプチドY-P30のカルレティキュリン結合とその他の生物学的活性」。Exp . Neurol . 163 (2): 457–68. doi :10.1006/exnr.2000.7390. PMID 10833321. S2CID 22279800。 Cunningham TJ、Jing H、Akerblom I、他 (2002)。「新しい生存/回避ペプチド (DSEP) のヒト cDNA の同定: 神経細胞による過剰発現の in vitro および in vivo 研究」。Exp . Neurol . 177 (1): 32–9. doi :10.1006/exnr.2002.7979. PMID 12429208. S2CID 11829104。 Strausberg RL、Feingold EA、Grouse LH、他 (2003)。「15,000 を超える完全長のヒトおよびマウス cDNA 配列の生成と初期分析」。Proc . Natl. Acad. Sci. USA . 99 ( 26): 16899–903。Bibcode : 2002PNAS ... 9916899M。doi : 10.1073/ pnas.242603899。PMC 139241。PMID 12477932 。 Porter D, Weremowicz S, Chin K, et al. (2003). 「神経生存因子は乳がんの候補がん遺伝子である」 Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 100 (19): 10931–6. Bibcode :2003PNAS..10010931P. doi : 10.1073/pnas.1932980100 . PMC 196905 . PMID 12953101. Zhang Z、Henzel WJ (2005)。「実験的に検証された切断部位の分析に基づくシグナルペプチド予測」。Protein Sci . 13 (10): 2819–24. doi :10.1110/ps.04682504. PMC 2286551. PMID 15340161 。 Suzuki Y, Yamashita R, Shirota M, et al. (2004). 「ヒトとマウスの遺伝子の配列比較によりプロモーター領域に相同ブロック構造が発見される」 Genome Res . 14 (9): 1711–8. doi :10.1101/gr.2435604. PMC 515316. PMID 15342556 . Monitto CL、Dong SM、Jen J、Sidransky D (2005)。「タンパク質分解誘導因子のヒトホモログの特性と癌性悪液質におけるその役割」。Clin . Cancer Res . 10 (17): 5862–9. doi : 10.1158/1078-0432.CCR-04-0435 . PMID 15355918。 Gerhard DS、Wagner L、Feingold EA、他 (2004)。「NIH 完全長 cDNA プロジェクトの現状、品質、拡大: 哺乳類遺伝子コレクション (MGC)」。 Genome Res . 14 (10B): 2121–7. doi :10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334 。 Lai YP、Peng YF、Zuo Y、他 (2005)。「ヒト抗菌ペプチドである組み換えデルミシジン-1Lの機能的および構造的特徴付け」。Biochem . Biophys. Res. Commun . 328 (1): 243–50. doi :10.1016/j.bbrc.2004.12.143. PMID 15670776。 Rieg S、Steffen H、Seeber S、他 (2005)。「アトピー性皮膚炎患者の汗中のデルミシジン由来抗菌ペプチドの欠乏は、生体内でのヒト皮膚の自然防御機能の低下と相関している」。J . Immunol . 174 (12): 8003–10. doi : 10.4049/jimmunol.174.12.8003 . PMID 15944307。 Watchorn TM、Dowidar N、Dejong CH、et al. (2006)。「悪液質メディエータータンパク質分解誘導因子はヒトクッパー細胞および単球でNF-κBおよびSTAT3を活性化する」。Int . J. Oncol . 27 (4): 1105–11. doi :10.3892/ijo.27.4.1105. PMID 16142329。 Lowrie AG、Wigmore SJ、Wright DJ、et al. (2006)。「肝細胞におけるデルミシジン発現はN-グリコシル化なしで生存率を改善するが、アスパラギン残基を必要とする」。Br . J. Cancer . 94 (11): 1663–71. doi :10.1038/sj.bjc.6603148. PMC 2361319. PMID 16685272 。 Ewing RM、Chu P、Elisma F、他 (2007)。「質量分析法によるヒトタンパク質間相互作用の大規模マッピング」。Mol . Syst. Biol . 3 (1): 89. doi :10.1038/msb4100134. PMC 1847948. PMID 17353931 。 Frum R、Busby SA、Ramamoorthy M、et al. (2007)。「HDM2 結合パートナー: 翻訳伸長因子 EF1alpha との相互作用」。J . Proteome Res . 6 (4): 1410–7. doi :10.1021/pr060584p. PMC 4626875. PMID 17373842 。 Lee Motoyama JP、Kim-Motoyama H、Kim P、他 (2007)。「ヒト妊娠組織におけるデルミシジンの同定およびそのタンパク質分解活性の特性評価」。Biochem . Biophys. Res. Commun . 357 (4): 828–33. doi :10.1016/j.bbrc.2007.03.112. PMID 17448443。
外部リンク
