バベルを開く

バベルを開く
開発者	Open Babel 開発チーム
初回リリース	2005年6月2日; 19年前
安定リリース	3.1.1 / 2020年5月8日; 4年前
リポジトリ	www.github.com/openbabel/openbabel
書かれた	C、C++（wxWidgets ）
オペレーティング·システム	Windows、macOS、Linux、Android
プラットフォーム	IA-32、x86-64
利用可能	英語
タイプ	ケミインフォマティクス、分子モデリング
ライセンス	GPL2.0ライセンス
Webサイト	オープンバベル

Open Babelは、化学ファイル形式の変換と分子データの管理を容易にするために設計された無料の化学情報ソフトウェアです。 ^{[3]これは化学}エキスパートシステムとして機能し、ケモインフォマティクス、分子モデリング、計算化学などの分野で広く使用されています。Open Babelは包括的なライブラリとコマンドラインユーティリティの両方を提供し、研究者、開発者、専門家にとって多目的なツールとなっています。^[4]

について

情報科学との強い関係により、このプログラムは分子モデリングというよりも化学情報科学のカテゴリに属します。Windows 、Unix、Linux、macOS、Androidで利用できます。GNU General Public License (GPL) 2.0に基づいてリリースされた無料のオープンソースソフトウェアです。

このプロジェクトの目標は、「Open Babel は、分子モデリング、化学、およびファイル形式とデータの相互変換を含む多くの関連分野をサポートするように設計されたクロスプラットフォームプログラムおよびライブラリとして、ユーザーと開発者の両方を支援するコミュニティ主導の科学プロジェクトです。」です。

歴史

Open Babel とJOELib は、 OELib ケミインフォマティクスライブラリから派生したものです。一方、 OELib は、オリジナルの化学プログラム Babel と、未リリースのオブジェクト指向プログラミングライブラリOBabelのアイデアに基づいています。

主な特徴

化学エキスパートシステム
多くの化学ファイル形式の相互変換
簡易分子入力ラインエントリシステム（SMILES）に基づく部分構造検索
指紋計算
3D座標生成^[5]
Python、Perl、Java、Ruby、C#のラッパー^[6]

アプリケーション

ケミインフォマティクスでは、Open Babel は、サブ構造検索と分子指紋計算を通じて分子データの管理を容易にします。これらの機能により、類似性分析、データセットのクラスタリング、化学ライブラリの効率的な編成が可能になり、大規模なワークフローに適しています。

創薬において、Open Babelは、ハイスループット仮想スクリーニングのための化学ライブラリの準備や、構造に基づく医薬品設計のための分子フォーマットの標準化などのタスクをサポートしています。このソフトウェアの3D分子座標を生成し、分子記述子を計算する機能は、溶解性、反応性、毒性などの特性を予測する際に特に役立ちます。^[7]

参照

Avogadro – Open Babel をベースにした分子ビルダーとエディター
Ghemical – Open Babel に基づく分子力学プログラム
JOELib – Open Babel とOELibの Java バージョン
XDrawChem – Open Babel をベースにした 2D 描画プログラム
分子力学モデリング用ソフトウェアの比較
ブルーオベリスク^[8]
無料およびオープンソースのソフトウェアパッケージの一覧

参考文献

^ “リリース 3.1.1”. 2020年5月8日. 2020年5月9日閲覧。
^ 「Debian -- jessie のパッケージ openbabel-gui の詳細」。2017年 3 月 10 日閲覧。
^ O'Boyle, NM; Banck, M.; James, CA; Morley, C.; Vandermeersch, T.; Hutchison, GR (2011). 「Open Babel: オープン化学ツールボックス」. Journal of Cheminformatics . 3 : 33. doi : 10.1186/1758-2946-3-33 . PMC 3198950. PMID 21982300 .
^ 「よくある質問 — Open Babel openbabel-3-1-1 ドキュメント」。openbabel.org 。2024 年 11 月 28 日閲覧。
^ 吉川成樹; ハッチソン, ジェフリー R. (2019年8月1日). 「Open Babel のための高速で効率的なフラグメントベースの座標生成」. Journal of Cheminformatics . 11 (1): 49. doi : 10.1186/s13321-019-0372-5 . PMC 6676618. PMID 31372768 .
^ 「Open Babel - 化学ツールボックス — Open Babel openbabel-3-1-1 ドキュメント」。openbabel.org 。2024年2月18日閲覧。
^ 「オープンソースを創薬に活用する」(PDF) rsc.org . 2024年11月28日閲覧。
^ Guha, R.; Howard, MT; Hutchison, GR; Murray-Rust, P.; Rzepa , H .; Steinbeck, C .; Wegner, J.; Willighagen, EL (2006). 「The Blue Obelisk - 化学情報学における相互運用性」. Journal of Chemical Information and Modeling . 46 (3): 991–998. doi :10.1021/ci050400b. PMC 4878861. PMID 16711717 .

外部リンク

公式サイト
E-BABEL – 仮想計算化学研究所の Open Babel のインタラクティブバージョン
chemCastエピソード003 – プロジェクトリード開発者のGeoff Hutchisonがポッドキャストでインタビューを受けました

[wikidata-8f299f9af733cfdda6853dee67bd60072cafbf5d-v18-1] “リリース 3.1.1”. 2020年5月8日. 2020年5月9日閲覧。

[2] 「Debian -- jessie のパッケージ openbabel-gui の詳細」。2017年 3 月 10 日閲覧。

[OBoyle2011-3] O'Boyle, NM; Banck, M.; James, CA; Morley, C.; Vandermeersch, T.; Hutchison, GR (2011). 「Open Babel: オープン化学ツールボックス」. Journal of Cheminformatics . 3 : 33. doi : 10.1186/1758-2946-3-33 . PMC 3198950. PMID 21982300 .

[4] 「よくある質問 — Open Babel openbabel-3-1-1 ドキュメント」。openbabel.org 。2024 年 11 月 28 日閲覧。

[5] 吉川成樹; ハッチソン, ジェフリー R. (2019年8月1日). 「Open Babel のための高速で効率的なフラグメントベースの座標生成」. Journal of Cheminformatics . 11 (1): 49. doi : 10.1186/s13321-019-0372-5 . PMC 6676618. PMID 31372768 .

[6] 「Open Babel - 化学ツールボックス — Open Babel openbabel-3-1-1 ドキュメント」。openbabel.org 。2024年2月18日閲覧。

[7] 「オープンソースを創薬に活用する」(PDF) rsc.org . 2024年11月28日閲覧。

[8] Guha, R.; Howard, MT; Hutchison, GR; Murray-Rust, P.; Rzepa , H .; Steinbeck, C .; Wegner, J.; Willighagen, EL (2006). 「The Blue Obelisk - 化学情報学における相互運用性」. Journal of Chemical Information and Modeling . 46 (3): 991–998. doi :10.1021/ci050400b. PMC 4878861. PMID 16711717 .